ウトガルド城を取り囲んだ巨人の群れはユミルの活躍と、駆けつけた調査兵団の主力部隊によって撃退された。重傷を負ったユミルは治療のためトロスト区に送られることとなり、残った調査兵団は壁の修復作戦を再開することに。ところが、穴の位置を知らせに来たはずのハンネスは「穴はどこにもない」と報告する。穴がないのだとしたら、巨人はどうやって壁の内側に現れたのか？　疑問を抱えたまま、エレンたちはトロスト区で待機する。

どれほどの時間が経ったのか。礼拝堂の地下で目を覚ましたエレンの体は鎖で拘束され、目の前には父・ロッドに味方するヒストリアが立っていた。ロッドとヒストリアの手が背中に触れたことで、エレンの脳内に浮かび上がってくる忌まわしき記憶。それは、５年前のある夜にレイス家を襲ったという悲劇の真相だった。あの夜、ロッドから家族を奪ったのはエレンの父、グリシャ・イェーガーだというのだが……。

グリシャが残した記憶。その中でグリシャは、ある任務を託されることになる……。