４年に及んだマーレと中東連合との戦争は終結した。だが、あわやマーレの巨人２体が失われる事態は、巨人の力ですべてを支配する時代が終わりつつあることを示していた。対巨人兵器の開発を進める諸外国への後れを挽回すべく、ジーク・イェーガーはあることを軍の上層部に進言する。

故郷に帰り、母と再会したライナー・ブラウン。その夜、彼は戦士をめざした幼き日々を思い返していた。エルディア人を母に持つライナーの夢は、母と共に名誉マーレ人の称号を手に入れて、離れ離れになった父と共に暮らすこと。巨人の力を継承して世界を救う英雄になれば、その願いが叶うと信じて……。

戦士候補生の一人、ファルコ・グライス。想いを寄せるガビ・ブラウンを守るためには、自分が「鎧の巨人」を継承しなければならない。しかし、ガビとの成績の差は開くばかり。肩を落として歩く彼に、1人の男が声を掛ける。

ファルコに連れられ、とある建物の地下室へと足を踏み入れたライナー。そこで彼を待つ人物の顔を見て、ライナーは愕然とする。そんな中、世界中の注目を集める、ヴィリー・タイバーによる演説が始まろうとしていた。

ヴィリー・タイバーの演説によるパラディ島への宣戦布告。その最中、騒然とする広場に、招かれざるものが現れる。

混迷を極める戦場。自在に空【くう】を飛び、襲い来る兵士たちに、立ち向かう戦士たち。この戦いの行方は……？

行く当ても、手がかりも、帰れる保証もない。そんな彼らに手を差し伸べたのは、憎むべき悪魔だった。