Dopo quasi un anno dalla traumatica perdita della sua amica Lilly, Veronica si barcamena tra la vita di studentessa nel prestigioso liceo di Neptune e quella di investigatrice privata accanto a suo padre, l’ex-sceriffo Keith Mars. Quando Veronica aiuta il suo nuovo compagno di scuola, Wallace Fennel, legato nudo all'asta della bandiera nel cortile, finisce per scatenare le ire di chi l’ha messo lì: il bullo Eli Navarro, detto "Weevil", e i suoi amici motociclisti. E mentre è costretta ad aiutarli a risolvere i loro problemi con la legge, Veronica decide di disobbedire al padre, seguendo contro la sua volontà l’auto di Jake Kane, sospettato di adulterio. Quando Veronica ricerca il nome della macchina della sospetta amante, rimane scioccata nello scoprire che l’auto appartiene a sua madre...

Tra Logan Echolls e Weevil Navarro non scorre certo buon sangue: i due non perdono occasione per scontrarsi e punzecchiarsi. La tensione tra i due giunge al culmine quando la nonna di Weevil, che lavora per la famiglia di Logan, viene licenziata; la donna, infatti, è accusata di una truffa con le carte di credito a danno degli Echolls. Weevil confessa di essere il colpevole, ma Veronica non pensa che il caso sia risolto e decide di aiutarlo nonostante lui stesso non voglia essere scagionato. Anche le indagini su Lilly prendono una svolta inaspettata, quando una nuova prova capita, per caso, nelle mani di Veronica...

Veronica ha passato un’estate decisamente intensa, ma ora tutto sembra andare per il meglio: Wallace è sempre accanto a lei, ha un lavoro normale, ha finalmente un fidanzato che non deve tenere segreto, la sua reputazione sta migliorando e l’assassino di Lilly è stato assicurato alla giustizia. La scuola è appena cominciata e per Veronica è già arrivato un nuovo mistero da risolvere: i migliori atleti della Neptune High, tra i quali Wallace e Meg, sono risultati positivi ai test antidroga; sono stati, quindi, espulsi da tutte le attività sportive. Ma a Neptune niente succede per caso...

Duncan rapisce la figlia di Meg (i suoi genitori l'avevano chiamata Faith, ma Duncan la chiamerà Lilly) e scappa non solo creando problemi a Veronica, ma coinvolgendo anche l'FBI. Veronica sembra collaborare con le indagini, ma in realtà sta aiutando Duncan a lasciare lo stato. Astrid, che sta aiutando Veronica e Duncan, usa la carta di credito di Veronica in Messico per depistare le indagini e mandare così lo sceriffo Lamb nel posto sbagliato. Quando Keith lo scopre, dice a Veronica di non potersi più fidare di lei. Weevil e Logan stanno ancora lavorando insieme. Essi pensano che uno dei PCHers abbia ucciso Felix e sia in affari con i Fitzpatricks, così creano una messa in scena per fare uscire allo scoperto il colpevole, ma il piano fallisce. Weevil riesce comunque a scoprire che Felix usciva con Molly Fitzpatricks. Wallace lascia Chicago perché coinvolto in un incidente d'auto durante il quale è morto un barbone. Un giornalista del Chicago Statesman riesce però a trovarlo.

Comincia il nuovo anno scolastico, e Veronica Mars frequenta ora l'Hearst College. Lei e Logan stanno ancora insieme e Veronica vive ancora a casa con suo padre. Anche Mac e Wallace frequentano l'Hearst College e hanno dei nuovi compagni di stanza. Infine anche lo stupratore della seconda stagione si trova ancora nel campus dell'Hearst.

Piz e Mac sono ad una festa dei Pi greco e Veronica corre disperata e col naso insanguinato per il campus gridando aiuto.

La puntata si apre con un Logan tutto insanguinato che si presenta a casa di Veronica per informarla che il suo ragazzo Piz l'ha ripresa in atteggiamenti provocatori per poi far girare per e-mail il video. Veronica non crede alle parole di Logan e si arrabbia a tal punto da dirgli di stare per sempre fuori dalla sua vita.

Il panico si diffonde a Nettuno quando una bomba esplode durante le vacanze di primavera. Veronica e Keith sono assunti dalla ricca famiglia di una vittima ferita nell’attentato per scoprire chi è responsabile.

Matty entra in casa di Big Dick per provare che è lui il dinamitardo di Neptune. Quando fa ritorno a casa trova ad attenderlo Alonzo e Dodie.