Comienza un nuevo año en el Instituto de Neptune para Verónica Mars. El primer dia de clase ayuda a un novato que se ha visto atacado por los P.C.H., la banda de moteros de la zona marginal de la adinerada ciudad de Neptune. Empezará a crecer una gran amistad entre este novato, Wallace, y Veronica.

La abuela de Weevil es detenida acusada de fraude con tarjeta de crédito. Veronica y Wallace se disponen a averiguar la verdad y a limpiar el nombre de la abuela.

Por otro lado, Veronica descubre que a Lilly le pusieron una multa el día que murió, dos horas después de la supuesta hora de la muerte.

Después de conocer realmente quién fue el asesino de su amiga Lilly, Veronica está trabajando en un restaurante, donde recibe la visita de un compañero de clase, Kevin, que le pide ayuda. Ha dado positivo en el control antidopaje a pesar de estar limpio desde hace 10 meses. Ella declina ayudarle, ya que ya no se dedica a resolver casos. Todo cambia cuando Wallace tampoco pasa el test: Veronica se mete de nuevo en el mundo de la investigación. La ciudad de Neptune está revolucionada por un nuevo suceso acaecido al principio del verano. Por otra parte, la nueva profesora de periodismo organiza una visita a un estadio de béisbol. Los alumnos, que van en autobús hasta el lugar, conocen al candidato a alcalde, Woody Goodman, y a su hija, Gia. Keith asiste a un programa de televisión donde habla de un libro que ha escrito junto a un periodista: “Gran asesinato, pequeña ciudad”. Además, Logan pasa el día en cada de los Casablancas junto a sus amigos, Dick y Cassidy, y la joven madrastra de estos, Kendall.

Duncan desaparece con el bebé de Meg. Lamb debe cooperar con dos agentes del FBI que tratan de sacar información a Veronica. Wallace confiesa la razón real por la que ha vuelto a Neptune..

Veronica ha llegado a la universidad, lo que no hace que deje de investigar casos de sus compañeros de estudios. Esta vez, el compañero de habitación de Wallace, Piz, pide ayuda a veronica mars porque le han robado todas sus cosas. Mientras, una ola de violaciones se extiende entre las chicas de la residencia.

Después de que el violador del campus anuncie anónimamente el lugar de su próxima violación, Verónica decide contratar a sus amigos para seguirle la pista. Se sorprenderá al conocer quien es el culpable. Mientras, Logan toma una decisión drástica a cerca de su futuro con Verónica, y el decano O`Dell contrata a Keith para probar que su mujer le es infiel.

Llega el final del primer semestre en el Colégio Hearst, y la elección de Sheriff en Neptune conluye, mientras Veronica y Piz discuten sobre los efectos de pasar un verano apartados en su relación.

Varios jóvenes mueren por la explosión de una bomba y la familia de una víctima contrata a Verónica para averiguar quién es el responsable.

Varios adolescentes son asesinados durante sus vacaciones. Verónica Mars se sumerge en la investigación para descubrir quién es el culpable.