南極観測隊を襲撃した謎の飛行物体。それは、地球侵略を企むインベム星太陽系方面軍の尖兵であった。その時、氷の底から出現した巨大な宇宙船が博士の危機を救う。乗っていたのは、3万年前に高度な文明を誇ったソロン王国がインベムの侵略に対抗すべく生み出したサイバノイド戦士<ガイスラッガー>であった。

月へ向かったはずのスペースシャトルは、暗黒の宇宙にその無残な姿を漂わせていた。その連絡を受けたガイスラッガーは、ソロン号で調査に出かけたのだが、しかし、そこにはインベムの魔の手が伸びていたのである。激戦に傷つくタロ。そのタロを抱えながらインベムに敢然と立ち向かう。

深夜の志岐博士邸に、ケーブルカーのロープを切断すると脅迫電話がかかってきた。またしてもインベムの仕業か、それともただの悪戯電話か。しかし、ガイスラッガーが捕らえた男はイースター島から来た少年だった。モアイと呼ばれる謎の巨石像。解読不能のロンゴロンゴ文字と少年の間には、どんな秘密が隠されているのか。

小笠原海域を航行中の原子力タンカー大日本丸が突然消滅。魔の三角海域の謎の現象と同じ物か。志岐博士は調査に向かった。しかし、博士の乗った原子力潜水艦もその姿を消してしまった。博士を救出に向かうガイスラッガー。彼らを待ち受けているのは何か。

大地震によって発見されたトンカラリンと呼ばれる穴の中に、行方を絶ってしまった志岐博士。その後を追うガイスラッガー。ケンとマリは、無数に開いた穴を調べている内に不思議なトンネルの中へ。果たして、そのトンネルはどこへ通じているのか。

奈良県の明日香地方にUFOが出現。謎の巨石、酒船石とUFO。さらにインベムと関係のありそうな巨石が発見され、直ちに調査団が作られた。そして、その調査員の一人に変装したケンは、人質としてインベムの手に。

ある日、ケンと浩はソロン号で宇宙へ散歩に出かけた。そこをインベムに攻撃され、ソロン号は墜落してしまった。ガイスラッガー達に発見されたソロン号。だが、その最大の武器、ドリルオン装置が破壊されていたのだ。インベムに見つかる前に修理を終えなければ。

最新ジェット機JV-1のテスト飛行士、五郎、三郎の兄弟は、インベム出現の知らせを受け広島県は葦嶽山に飛んだ。葦嶽山とは日本のピラミッドと呼ばれる謎の三角山である。ピラミッド、それはフォーサーの着陸目標だった。果たして…

ある日、ソロン号の受信機がソロン信号をキャッチした。それは、ガイスラッガー以外にもソロン人がいる事を意味する。インベムがこの信号を見逃すはずがない。彼らは北極の地にソロンのカプセルを発見した。カプセルの中にはどんな秘密が隠されているのか。

二百万匹にも及ぶネズミの大群が異常発生し、東京に向かって集まってきた。逃げ惑う住民で町はパニック状態に陥り、国防庁の防衛線が張られたが、それも突破された。さらに犬の大群が人間を襲い始めた。これこそ、インベムの恐るべきアニマ作戦だった。

地球を分ける二大軍事勢力の原子力潜水艦が相次いで攻撃、爆破された事から始まった対立は、事件の真相も掴めぬまま、ますますエスカレートし、今や戦争への危険な道を歩みつつあった。人類平和のためにと、ガイスラッガー達は真相究明に乗り出したが…

幻の大陸、レムリアの存在の実証すべく、藤原博士の一行はスリランカへと向かった。同じ頃、インベムも大ウラン鉱脈のポイントを確認すべくスリランカへ。スリランカの古代遺跡に消えた博士。その遺跡に刻まれたインベムの暗号。残された謎の中へ乗り込むガイスラッガーは如何に…

ソロン号の攻撃に、あっけなく墜落したインベムのカーゴをガイスラッガー達は地質学研究所に持ち帰り、調べる事にした。しかし、カーゴの中にはたった一人インベムの少年が倒れているだけだった。果たして、その少年はどんな指令を受けているのか。浩、危うし。

ガイスラッガー達は一機のフォーサーを捕獲した。そのフォーサーに乗っていたのは、インベムに捕われたモロカ星出身の兵士だった。そして彼らの目的とは、南米はコスタリカにある巨大な石の玉に隠されている、モロカ星人の先祖の謎を解き明かす事であった。

ペルーの遺跡、マチュピチュの空中都市へ調査に出かけた石川教授の一行は、現代医学も及ばぬような外科手術の跡がある頭蓋骨を発見した。この謎に挑もうとした矢先、石川教授はインベムに連れ去られ洗脳手術をされてしまった。インベムの手先となった教授は、ソロン基地を爆破せよとの命令を受けるが…

美保の松原へピクニックに出かけたガイスラッガー達は、お伽話そっくりの天の羽衣を見つけた。羽衣の持ち主、夕子は円盤が迎えに来る目印に、それを松にかけたというのだその円盤は、なんとインベムのフォーサーだった。しかも、夕子はインベムの子孫であるかもしれない。

度重なる地球侵略の失敗に業を煮やしたインベム皇帝は、ゾルバとガルバという屈強な兄弟をデガス将軍のもとへ差し向けた。テレビに突如として現れたゾルバ兄弟は、ガイスラッガーに決闘を申し込むのだった。もしこれに応じなければ、地球に大地震を起こさせるという。

ペルーのナスカ平原にある地上絵を思わすような巨大なソロン王国の紋章が、サハラ砂漠で発見された。しかし、ガイスラッガーの資料にはソロン人がサハラに住んでいたという記録はない。インベム星人の罠と知りながらも、あえてソロン紋章の謎を解くため、彼らはサハラへ向かった。

玲子の同級生、コウジはソロン号を写真に収めた。それをネタに玲子を脅し、古代文字で綴った手紙をインベムに届けろというのであった。手紙を携えたソロン号に襲いかかるフォーサー。しかしコウジの手紙を見せるや、攻撃がやんでしまった。一体手紙には何が書かれていたのか。

デガス将軍自らが率いる大艦隊の地球総攻撃が刻々と近づいている。そんな中で、浩の誕生日パーティーが開かれていた。平和なひと時。いつまでも傍にいてと約束を迫る浩に、寂しく頷くガイスラッガー。彼らの決意は硬い。その決意とは…