艦の荷物に隠れたままバルギアの移動要塞にたどり着いたカイナたちは、脱出手段を探すはずが物取りに荷物を盗まれてしまう。３人が途方にくれていると「バルギア軍がアトランドの王女を処刑する」という情報が流れる。

バルギア下層で暮らす少年少女の盗賊団から信頼を得たカイナたちは、彼らの作った船を託され、バルギアから脱出する。一行は、暗い夜の雪海で励まし合いながら、アトランドを目指して航行を続ける。

カイナは、雪海の世界で失われてしまったはずの文字で記された「何か」がアトランド王宮の地下にあったことを思い出し、大軌道樹の手がかりを求めて探索に向かう。しかし、そのころバルギアはアトランドへの攻撃を開始してしまう。

大軌道樹への地図を手に、国王のもとへ向かうカイナたち。しかし、激しい戦場でカイナとリリハは分断されてしまう。そして、ハンダーギルが起動させた「化け物」によってアトランドは甚大な被害を受ける。

ハンダーギルと強大な建設者。軌道樹の民に伝わる「オオノボリ」を前にしても止まらない、人々が畏怖する狂気の姿。アトランド、そしてカイナとリリハの運命は？