平凡な大学生、雨宮夕日はある朝、目が覚めると騎士と名乗る喋るトカゲ、ノイ＝クレザントと邂逅する。ノイから地球を滅ぼす悪の魔法使いから姫を守り、世界を救えという荒唐無稽な依頼をされるが、俄には信じられない夕日。 しかし、夕日の目の前に悪の魔法使いの作った『泥人形』が現れる。絶体絶命の夕日の元に現れたのは――。

夕日はさみだれが地球を自分の手で破壊したい理由を知り、自身の能力向上のため日々鍛錬を続けるが、祖父の呪いのような『躾』が鎖のイメージとともに夕日を縛り付ける。 そんな中、実家から祖父が病院で入院していると連絡が入る――。

実家に帰省し、祖父と対峙する夕日。 病床の祖父は、自分の考えが過去とは変わった事を伝え、夕日にしてきた行いを詫びる。 その姿に激しく動揺し、激昂する夕日。そんな中、新たな泥人形が夕日を襲う。 さみだれの助けを望めない状況で、夕日は戦いに臨む。

夕日とさみだれは犬の騎士、東雲半月と出会い、親交を深める。 新たな泥人形を難なく撃退する半月の力に、強い警戒心を抱く夕日。 一方で半月と氷雨が接近する中、さみだれの父親が帰ってくる。 様々な種類の『大人』と触れ合う夕日は、亡き父を想い――。

夕日は、さみだれが実は病弱で、元気なのは精霊アニマのおかげであり、戦いが終わればまた余命いくばくかだと知る。 東雲半月に強くなりたいと願い、それに応える半月。そして半月自身の過去も語られていく――。

半月の死に折り合いがつかない夕日達の前に、続々と現れる獣の騎士達。 カラスの騎士・東雲三日月とムー、馬の騎士・南雲宗一朗とダンス、ヘビの騎士・白道八宵とシア。 騎士達をまとめて、泥人形に立ち向かおうとする南雲。しかし戦闘狂の三日月は、味方であるはずの南雲に勝負を挑む。 一方、夕日は目の前で半月が死んだトラウマで戦えなくなっていた――。

『東雲半月の技を、雨宮夕日に渡す』という半月の願いのおかげで、夕日は半月の技を使えるようになっていた。それを聞きつけた三日月は夕日に決闘を申し込む。 獣の騎士団には、新たに黒猫の騎士・風巻豹とクー、鶏の騎士・星川昴とリー、亀の騎士・月代雪待とロン、ネズミの騎士・日下部太朗とランス、カマキリの騎士・宙野花子とキル、フクロウの騎士・茜太陽とロキが加わった。 そして、ついに悪の魔法使い『アニムス』が姿をあらわす。

獣の騎士団の生存者10名はアニマの元に集った。騎士団をまとめようとする南雲は元刑事で、ある事情から警察を辞職していた。 風巻は夢の世界で度々アニムスと会話をしていた。 アニムスは風巻を仲間に引き入れようとするが、風巻はそれを拒否しアニムスと対峙する。そこに意外な人物が現れる――。

来たるべき戦闘のために山で落とし穴を掘っていた夕日は、箱を掘り当てる。 中には未来視を持つカジキマグロの騎士・秋谷稲近から夕日に宛てた手紙が入っていた。 稲近が遺した書物を読み始める夕日。 そこには稲近の驚くべき半生が書かれていた。

獣の騎士団は三日月の提案で海に合宿に行く。海を楽しむ一同の前に現れる泥人形。 殲滅しに向かおうとする獣の騎士だが、そこにアニムスが現れ、夕日とさみだれは仲間達から分断されてしまう。 最大の攻撃力を持つさみだれを欠いたまま泥人形と戦う獣の騎士団。 そして、夕日とさみだれは、アニムスと対峙する――。

風巻の泥人形で訓練をする獣の騎士団。夕日は徐々に半月の技を使いこなしていく。 そんな中、夕日の家にさみだれが家出してくる。 家に帰ってきた母親と会いたくないさみだれと入れ替わりで、夕日は氷雨に連行され、なし崩し的にさみだれの家に泊まる事に――。

突如、現れた精霊アニマ。 アニマは獣の騎士団を集合させ、唐突にダンス＝ダークを幻獣の騎士にパワーアップさせる。 そして新たな泥人形が現れるが、さみだれはアニマが力を使った影響で動けない。 獣の騎士団はさみだれ抜きで泥人形と戦う事に――。

騎士の契約の願い事の影響で、花子の死亡率が上がってしまっている事を、太朗はずっと気にかけていた。 そんな中、出現した９体目の泥人形『メタゲイトニオン』に苦戦を強いられる獣の騎士団。 現れるたび強さを増していく泥人形との戦いで太朗は花子の前に立つ。

太朗を失った獣の騎士団は悲しみに暮れるが、花子は涙を流せないでいた。 そんな花子の前に太朗の姿を模した『マイマクテリオン』が現れる。花子は動揺するが、太朗との過去を思い出し、目の前の偽物の笑顔と本物の笑顔の違いに冷静さを取り戻す。 そして泥人形『メタゲイトニオン』に、太朗の弔い合戦を挑んでいく。

三日月は半月から引き継いだ危ないアルバイトに夕日を誘う。 アルバイトの後、アニマを交えた飲み会で、三日月は半月との思い出を語り出す。 半月の思い出に浸り、夕日は三日月に決闘を申し込む。

昴と雪待は、獣の従者リーとロンとの出会いを回想する。師匠である稲近との日々を過ごした２人は、騎士の契約の時、同じ願いを口にする。一方、太陽は、敵である泥人形『マイマクテリオン』と親交を深めていた。

何度倒しても現れる１０体目の泥人形『ピュアノプシオン』は、マジカルマリーに擬態したマイマクテリオンと一緒に、獣の騎士団を追い詰める。 辛くも２体を退ける獣の騎士団。 戦いの中で大人達の活躍を目の当たりにした太陽は、少しずつ彼らに心を開いていく。

ある日、夕日の元に祖父の訃報が届く。 夕日は祖父との思い出を反芻し、祖父の呪縛を断ち切るように叫ぶ。 そして夕日は夢の世界でアニマからの試練を受ける事になる。 試練の中で夕日が出会ったのは夕日のよく知る人物だった――。

獣の騎士団はついにアニムスとの最終決戦を迎える。 アニムスの１２体目の泥人形『ポジディオン』に戦いを挑む獣の騎士団。 そしてついに『ビスケットハンマー』が発動する。

アニムスの『ビスケットハンマー』を砕いたさみだれ。 そしてついにアニムスと獣の騎士団の戦いが始まる。

ついにアニムスを倒した獣の騎士団。 さみだれは地球を破壊する計画を騎士たちに告げる。 獣の騎士団は地球の破壊を止めるべく、さみだれを守る夕日に戦いを挑んでいく。 ――地球の命運をかけた真の戦いが始まる。

全ての戦いが終わり、騎士団と従者達との別れの時がやってきた。 消えゆく従者達の横で夕日と三日月は己のプライドをかけた戦いを始める。 ――やがて時はながれ… 共に分かち合い、生死をかけた戦いを乗り越えた騎士達は一同に会する。