時に西暦2205年。ガミラス民族の移民先を探し求めたデスラーは、〈ガルマン〉という名の星へと辿り着いた。一方、地球では宇宙戦艦ヤマトが旗艦となる第65護衛隊が誕生。出航前の訓練に明け暮れる若きクルーのなかには、ヤマトへと険しい視線を向ける青年、土門竜介の姿があった。

土門は不正な手段を使ってヤマト配属を叶えていた。第65護衛隊、出航の日。新たなるクルーの手で、ヤマトが動き出す。機関室には、あの徳川機関長の息子、徳川太助。そして舵を握るのは、土門。ヤマト艦長となった古代進は、彼に艦を託すことでその覚悟を問う。

突如現れた無数の黒色の槍〈デザリアム・ハンマー〉がガミラス星へと刺さり、惑星のコア融解を加速させた。やがて惑星は崩壊を始め、大地は裂け、残された人々がマグマに呑まれてゆく。ひとりでも多くの民を救おうとするデスラーの決意も虚しく、いまガミラス星に最期の刻が――!?

デザリアム艦隊襲来!!イスカンダルの海に退避した難民を救うべく、デスラー艦隊は孤立しながらも戦闘を続けていた。しかし戦渦が及ぶことを危惧した地球政府は、ヤマトに介入を禁じ帰還を命令する。土門たち若者は、そんな大人たちの態度に納得できず反乱を企てるのだが……。

ヤマトと僚艦２隻は、デスラー艦隊と合流を果たした。デザリアムはイスカンダルをさらにワープさせるべく、エネルギー資源として惑星ガルマリオを狙っている。その作戦を挫くべく古代は、波動砲による惑星破壊を決断するが……。

自動惑星ゴルバを前に為す術もない地球・ガミラス艦隊は、イスカンダルにいる全員の救助を優先する方針を決定。しかし古代は、波動砲使用の後ろめたさからスターシャの説得を固辞。そんな古代にデスラーは、侮蔑の言葉を投げつける。

イスカンダルの地下に広がる聖所サンクテルに、スターシャは古代とデスラーを招き入れた。星のエレメントを保管する大記憶庫で、古代は亡き兄・古代守と再会を果たす。イスカンダルの「救済」の真実、そしてガミラスの真実とは――!?

愛ゆえにデスラーは、ゴルバに一矢報いるべく古代に波動砲を撃てと叫んだ。その現実を受け入れようとしたとき、土門の若き熱意が古代の心を動かした。全員を救う。土門が立案した作戦を実行すべく、古代たちはスターシャのもとへと急ぐ。