ごく普通の中学生、櫻羽一時は、毎日の習い事と幼馴染、紅雪の監視に嫌気がさしていた。そんな折、後輩の美少女、椿に告白される。人生初めての春に浮足立つ一時だが、母の弓香に交際を止められてしまう。一時はそれでもデートを断行し…。

忍術学園に入学した一時。そこで明るく親切な輝麗、美人でお淑やかな涼子と出会い、学園生活に希望を持ち始める。だが学園には甲賀を頂点とするカーストがあり、甲賀のエリート忍者、朱雀に目をつけられてしまう…。