Tudo o que existe foi feito para se extinguir. Este é o começo da história de dois androides e sua luta para defender a humanidade: 2B e 9S.

A Comandante da YoRHa manda 2B e 9S para ajudar a Resistência da humanidade contra as formas de vida mecânicas, e a líder de um dos grupos parece conhecer a androide da YoRHa.

2B e 9S se familiarizam com os integrantes da Resistência e chegam ao acampamento. Quando Jackass informa sobre as formas de vida mecânicas violentas que estão aparecendo no deserto, as unidades da YoRHa sugerem uma investigação conjunta.

2B e 9S recebem uma nova missão de reconhecimento após mais uma unidade YoRHa interromper suas comunicações. Embora a comandante do Bunker tivesse a intenção de enviar reforços, ela se vê obrigada a enviar apenas os dois androides.

2B e 9S são encarregados de ajudar a Resistência com uma missão de transporte. Embora a missão pareça simples, o destinatário da entrega deixa os androides surpresos.

Enquanto 9S vai consertar seu sistema de detecção de máquinas, Lily conta para 2B a respeito de suas experiências passadas com outra equipe da YoRHa.

2B e 9S aceitam relutantemente um pedido de Pascal: encontrar a irmãzinha perdida de uma das máquinas da vila. Infelizmente, tudo indica que ela está em um lugar perigoso chamado Reino da Floresta.

9S e 2B querem saber mais sobre a A2, a misteriosa androide que abandonou a YoRHa sem deixar de lutar contra as máquinas. Enquanto procuram Jackass, os androides encontram um momento de paz.

9S é sugado para um espaço virtual. Lá dentro, ele aprende mais sobre as formas de vida mecânicas, mas é encurralado. Enquanto isso, 2B e os dois Pods tentam localizar o paradeiro dele.

A morte de Eva faz com que a rede das máquinas comece a se reorganizar, dando origem a um culto religioso. 2B e os Pods são convidados a participar.

As formas de vida mecânicas perdem o controle e lançam ataques massivos em toda parte. A Resistência está em apuros, mas parece que a humanidade não pretende ajudar.

O ataque do laser vindo de um satélite da YoRHa não foi suficiente para deter Adão em sua forma gigantesca. Porém, este talvez esse não seja o maior perigo que aguarda 2B e 9S.

Uma androide da Resistência pede que 2B e 9S tentem encontrar uma amiga desaparecida seguindo o sinal fraco de um Pod.

O comando da YoRHa executa uma operação em larga escala contra as máquinas e parece que, pelo menos dessa vez, a vitória é certa.

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