"אימפריית הפשע" היא יצירת מופת על לידתו של הפשע המאורגן באטלנטיק סיטי של שנות העשרים, ונכתבה ע"י המפיק והתסריטאי טרנס וינטר (זוכת גלובוס הזהב כסדרת הדרמה הטובה ביותר).

ג'ימי נאלץ לשלם את המחיר על השוד העצמאי שעשה, ונאקי מודיע לו שהוא מפוטר ושהוא חייב לו עוד 3,000 דולר. הסוכן הפדרלי ואן אולדן חוקר את נאקי על הרצח, ולא משתכנע ששרודר, האיש שלו יוחס הרצח, אכן אשם.

כשהאיש ששרד את הטבח ביער מתגלה, השריף מנסה להרוג אותו בבית החולים, אבל הסוכן ואן אולדן מציל אותו ומצליח לחלץ ממנו את שמו של ג'ימי כאחד היורים. ג'ב שרודר מוצאת, בעזרת נאקי, עבודה בחנות בגדים צרפתית יוקרתית.

ג'ימי עובד בשיקגו עם אל קפונה שמתחיל לפלס את דרכו בעולם הפשע, אך נאלץ לשלם מחיר על קרבתו לאיש. בינתיים באטלנטיק סיטי אמו זוכה לביקור ממישהו שמחפש אותו. נאקי מתכונן לחגוג את יום הולדתו.

נאקי מתכונן ליום סנט פטריק אבל מוצא את עצמו בסכסוך עם איליי שמרגיש שהוא חי בצלו. ההתקפה על פרל מסתיימת בתוצאות טרגיות לה ולג'ימי. ג'יליאן מציעה לאנגלה, אם בנו של ג'ימי, לגדל את הילד במקומה כדי שתוכל להיות חופשייה.

נאקי חוקר שוד של אחד הגובים שלו בטיילת, מה שמוביל אותו לעימות עם לוציאנו, שמנהל רומן עם ג'יליאן, אמו של ג'ימי. מרגרט מאמצת את תפקידה החדש כפילגשו של נאקי, ולא נרתעת מעימות עם לוסי.

נאקי מעלה זיכרונות כואבים מהילדות. ג'ימי כורת ברית עם ריצרד הארו, לשעבר צלף בצבא שהוא פוגש בבית החולים. לוציאנו מגיע עם מאיר לנסקי ומציע לאחים דאלסיו לשדוד את הקזינו של נאקי כדי לממן את עסקי האלכוהול שלהם.

נאקי מבקר בשיקגו לרגל הוועידה הארצית של המפלגה הרפובליקנית ומגלה עניין במועמדות של וורן הרדינג, למרות שסיכויו לא נראים מבטיחים. האחים דאלסיו שודדים את הקזינו בדיוק כשאיליי בא לגבות את הכסף, והוא נפצע.

נאקי נאלץ לשנות את הבריתות הפוליטיות שלו מפני שהמועמד הדמוקרטי לראשות העיר מסכן את מעמדו. ג'ימי חוזר לשיקגו ובעזרת אמו תופס את לוציאנו ושומע על המעורבות של רותסטין עם האחים דאלסיו, אבל אז נעצר על-ידי ואן אולדן שמאשים אותו.

נאקי מבקש את עזרתה של מרגרט בתמיכה במועמד שלו לראשות העיר אצל ליגת הנשים המצביעות. מרגרט קצת מתלבטת. דויל מחליף צד ובא לספר לנאקי על התוכניות של רותסטין נגדו, מה שמוביל את נאקי לרקום תוכנית נגדית עם צ'וקי וייט.

נאקי מנהל שיחה טעונה עם מרגרט וגם עם איליי בעניין הרג בעלה של מרגרט, האנס שרודר, מה שמוביל לשינוי דרמטי בחייו האישיים. ג'ימי נפגש עם אביו הגוסס בפעם הראשונה מזה שנים, מה שמוביל אותו לבחון מחדש את יחסיו עם נאקי והוריו.

הבחירות הולכות ומתקרבות והסיכויים של נאקי ואנשיו לא נראים מזהירים. טוריו מתווך בסכסוך בין נאקי לרותסטין לפי עצתם ועידודם של לוציאנו ולנסקי. ג'ימי ואיליי משמיעים רטינות הולכות וגוברות כלפי נאקי והתנהלותו.

מבית היוצר של מרטין סקורסזה, עונה שנייה לסדרת הדגל של אייץ'-בי-או, זוכת 8 פרסי האמי וזוכת גלובוס הזהב עבור סדרת הדרמה הטובה ביותר. המשך קורותיו של נאקי תומפסון, השליט הבלתי מעורער של אטלנטיק סיטי במהלך שנות ה-20.

כאשר נאקי מבין שהוא עלול לאבד את השליטה באטלנטיק סיטי, הוא מנסה להבין מי מאנשיו בגד בו. כאשר סוכנים מחפשים אחר ראיות במשרד הגזבר, מרגרט, חופרת בעברה כדי לנסות ולעזור לנאקי בהווה.

הקומדור מנצל את קשריו במשמר החופים כדי לעצור את הגעת האלכוהול לאטלנטיק סיטי. כאשר קווי האספקה שלו נפגעים, נאקי מנסה ליצור קשר עם הארי דוהארטי, התובע הכללי החדש בוושינגטון, כדי לבקש ממנו טובה.

במהלך מסיבת יום ההולדת של ראש העיר, עורך הדין של נאקי מציע פתרון שיכול לעזור לנאקי לצאת מהתסבוכת של ההתערבות בבחירות. נאקי מבצע עסקה מפתיעה בניסיון להכניס אלכוהול לתוך אטלנטיק סיטי.

לאחר שהוא מבין שאוזלות לו האפשריות, אלי מטיל ספק בבריתות שלו. נאקי שוכר עורך דין חדש. ג'ימי לומד לקח מאחד מאנשיו של הקומודור שהוא לא ישכח במהירה, וריצ'ארד מחליט לצאת לצוד ביער.

נאקי מנסה לארגן משלוח אלכוהול לפילדלפיה, בעוד התובע הכללי דוהארטי מגלה בעיה שעלולה לסבך את החקירה שמתנהלת נגד נאקי. ג'ימי מוצא מנטור חדש, לינדר וויטלוק, שהוא גם עורך דין של הקומודור.

מרגרט נוסעת לבקר את משפחתה בניו יורק בזמן שנאקי צריך להתמודד עם לוסי ו-ואן הלדן באטלנטיק סיטי. ג'ימי נוקט בצעדים דרסטיים כדי להוכיח את עצמו לבן בריתו החדש.

בעודו מחלים מפציעת הירי שספג, נאקי מקבל חדשות מרעישות בנוגע לאביו. עקב עלייתו לעמדה של כוח, ג'ימי חייב להעריך מחדש את יחסיו עם אנג'לה.

נאקי ואוון מגיעים לבלפסט, כדי לחתום על עיסקה עם ראשי המחתרת האירית, האיי-אר-איי. מרגרט מקבלת חדשות רעות בנוגע לאמילי. ג'ימי ושותפיו סוגרים עיסקה מול ג'ורג' רימוס בנוגע לאלכוהול ה-"רפואי" שברשותו...

ג'ימי מנסה לטפח זרם חדש של הכנסות. הצוות של הקומודור צריך להתמודד עם העובדים השובתים בעיר. בינתיים, לנאקי יש עורך דין חדש, ועתידו של ואן אלדן אינו ברור.

ג'ימי מיואש בעקבות הרצח של אשתו ובגלל החשד של המשטרה שהוא בצע את הרצח. בנוסף, שותפיו של ג'ימי רוצים לקחת ממנו את החלק שלו בעסק. בינתיים, נאקי מגלה על הרומן של מרגרט.

ג'ימי חוזר לעיר ומסדר את העניינים עם צ'וקי וייט, ומבקש ממנו למסור לנאקי שהוא רוצה לדבר איתו. בפגישה עם נאקי הוא מביע חרטה על מעשיו ושואל מה יוכל לעשות כדי לעזור לו. מרגרט הולכת לתובעת רנדולף וזו מנסה לשכנע אותה להעיד.