ネイサンが何者かに銃撃され、すぐに狙撃犯を追ったマットとピーター。マットはその正体に驚がくするが、厳しい現実に目を向けざるを得ない事態に。

さらに多くの特殊能力を自分のものにしようとするサイラーは、プリマテック社に侵入し、凶悪犯を閉じ込めた"レベル5"と呼ばれる監獄を襲う。

レベル5を脱走した犯罪者たちが、銀行で人質を取り、立てこもる。アンジェラは、強力な新しいパートナーとベネットを組ませ、事態の収拾を任せる。

危機的状況にある未来を見たピーターは、それが現実のものにならないよう、ある力を手に入れようとしていた。ところが、その力には大きな代償が...。

レベル5から脱走した凶悪犯、スティーブン・キャンフィールドを、一人で追いかけるクレア。彼はブラックホールを発生させる能力を持っていた。

ノックスとダフニは、ヒロやほかの能力者たちをパインハーストに来るよう誘う。渦中の組織に一人、乗り込んで行ったピーターには危険なサプライズが。

マヤを助けたい一心で、研究に異常な執着を見せるモヒンダー。ネイサンとトレイシーに人体実験をしようと捕まえるが、激しい抵抗に遭い...。

ウスツに導かれ、ヒロは1年前の出来事を見る。当時、サイラーは自分の犯した残虐な行為を悔い、悩むが、エルとベネットがしょく罪の道を阻んでいた。

ネイサンは、自分の父が生きていて世界を滅ぼそうとしていることを知る。アーサーはノックスとフリントに、ピーターとクレアを捕まえるよう命じる。

アーサーがたくらむ悪夢のような計画を止められる可能性のある唯一の能力者、ハイチ人。彼を捜しにハイチへ向かうネイサンに、ピーターも同行する。

日食が始まるとともに、能力者たちそれぞれに影響が出始める。ベネットは、力を失ったエルとサイラーを追い詰め、ついに決着をつけようとするが...。

アーサーの力を抑えるためにハイチ人を伴ったピーターは、今度こそ自分の父を殺し、未来を変えようと決意する。ところがそこに、思わぬ能力者が現れて!?

ネイサンは、アーサーから計画を引き継ぎ、ピーターも仲間に引き入れようとしていた。やがて2人は、考え方の違いから敵対し、別々の道を行くことに。

能力者たちが平穏な生活を送れるようになって数週間。進路に悩むクレアだったが、ネイサンが計画した恐ろしい政策が実行に移され、状況は一変する。

ネイサンと軍隊が能力者を国家の脅威とみなし、組織的に捜し出し、収容していく。能力者たちは、再び自由を手にするため、なんとか逃げ延びようとする。

サイラーは、自分の父親について知っているらしいルークを連れて、父を捜す旅に出る。ところが、ネイサンの軍隊が2人を捕らえようと迫っていた。

妻と言い争いになったベネットは、ホテルのバーへ。飲み物に入れられた薬で意識をなくしたところに能力者たちが現れ、彼を連れ去り、監禁する。

マットとピーターのもとに、"反逆者"からダフニが収容されている場所の住所が送られてくる。2人はそこで、政府の計画が書かれた書類を見つける。

サイラーの父親捜しの旅は、ついに終わりを迎える。ダンコはネイサンに疑念を抱き、その正体を暴こうと、アンジェラやほかの能力者たちに探りを入れる。

ベネットとダンコは、"反逆者"を捕まえるため、トレイシーをおとりに使う作戦を立てる。同じ頃、アンジェラは古くからの友人に助けを求めていた。

能力者だったことが公になったネイサンは、クレアを連れてメキシコへ逃亡する。その頃、ある能力者を追うダンコは、意外な相手と手を組もうとしていた。

ダンコは能力者たちを一人残らず捕まえようと、さらなる謀略をめぐらせる。その冷徹さに憎しみを覚えたある能力者が、ダンコの大切な人に接近する。

アンジェラは息子たちに助けられながら、記憶の奥底に閉じ込めてきた少女時代の出来事を語る。そして、モヒンダーは父が長年隠していた秘密を知る。

ダンコたちを止めるため、第26ビルをつぶそうと意気込むヒロとアンドウ。ネイサンは、自分が起こした最悪な事態を一人で終わらせようと覚悟を決める。

大統領とのミーティングを阻止するため、ネイサンはスイートルームにいるサイラーを急襲する。ところが、それがきっかけとなり、事態は思わぬ方向へ。

大きな爪痕を残した一連の出来事が収束し、能力者たちは新しい生活の中でそれぞれの答えを探していた。大学生になったクレアに新たな問題が浮上する。

ヒロは新しい使命を見つけ、過去の間違いをすべて正しにいこうとする。同じ頃、ベネットは壊れているようにしか見えない古いコンパスを手にする。

複雑な思いを抱え、罪滅ぼしをしたいと考えるピーターは、人の命を直接救える救命士の仕事にのめり込む。誰よりも早く現場に急行し、多くの命を救う。

ヒロの健康状態は悪化の一途をたどっていく。アンジェラは不安を抱えるネイサンを見かねて、昔の持ち物を渡し、過去の記憶を思い出させようとする。

新しい能力が芽生え、過去を思い出す能力者があれば、自分の能力に起こった変化で別の能力者と出会う者も。またある者は、思わぬ相手からキスをされる。

サイラーを助けたサミュエルは、彼の中に2つの人格が存在することを知る。そして本来のサイラーを引き出すため、過去の記憶を思い出させようとする。

マットは、頭の中にすみついたサイラーに自身の生活を脅かされ、悩んでいた。そんな時、サイラーを消す方法に気づいたマットは、思い切った行動に出る。

大好きだったチャーリーを救おうと、3年前にタイムトラベルしたヒロ。今度こそチャーリーを、サイラーの魔の手から救うことができるのか?

クレアは、社交クラブの新入生歓迎"ゲーム"で起きた事件の犯人について探ろうとする。その頃、ピーターは新しい能力を救命士の仕事にフル活用していた。

自分の潜在能力に漠然と気づいていたサミュエル。そんな自分の能力を1000倍にも増やせると聞き、あるモノを手に入れようと危険な道を歩み始める。

ベネットは感謝祭にディナーをふるまうが、バラバラの家族は気まずい雰囲気に。一方、別の場所でも、ある家族が危険な新事実に対処しようとしていた。

ベネットの元には思いがけない訪問者が現れる。一方、ある能力者がカーニバルに到着し、サミュエルは自身の描く夢が実を結ぼうとしているのを感じる。

カーニバルに残ったクレアがサミュエルのトレーラーに朝食を運ぶと、そこでプリマテックの箱を目にする。すぐにベネットの持ち物だと気づいたクレアはサミュエルに不信感を抱く。その頃、ヒロは東京に瞬間移動していた。支離滅裂なことを口走り警察に連行されるヒロだが、幸い名刺を持っていたためヤマガト工業に連れて行かれ、アンドウと再会する。

ネイサンのことでピーターを心配したアンジェラは、クレアにピーターを見守ってほしいと頼む。一方、ベネットの元に、ナイフ使いのエドガーが現れる。ベネットはエドガーを捕まえあらゆる手段を使って情報を引き出そうとする。やがてエドガーはある告白を始め･･･。

アンドウはヒロが必死に伝えようとしていることがモヒンダーのことであることを理解し、助けに向かうが･･･。サミュエルの行方を捜していたベネットは、サミュエルが幼い頃に一緒に育ったヴァネッサという女性の存在を知る。カリフォルニアのマットに協力を頼み、２人でヴァネッサに会いに行くが…。アンジェラはエマの夢を見る。それは･･･。

病気が悪化し、ついに倒れたヒロは病院へ運ばれ、手術を受けることに。手術の間ヒロは奇妙な夢を見る。一方、孤独な死を恐れるサイラーは答えを求めてクレアの元へ向かっていた･･･。

クレアを取り戻そうと、ベネットはカーニバルの様子をうかがっていた。サミュエルはカーニバルの内部に自分への不信感が高まっていることを知り、一計を案じる。一方、エマの身を心配するピーターは、エマを救えるのがサイラーしかいないのでは、と考え･･･。そのサイラーは再びマットの元を訪れていた･･･。

夢の中に閉じ込められたサイラーを連れ戻そうと、ピーターはその悪夢の中に入っていく。無事にサイラーを見つけるものの、そこから抜け出す方法が見つからず･･・。一方ベネットはカーニバルを襲ったという濡れ衣を着せられ拘束されていた。解放するよう頼むクレアに、サミュエルはベネットの過去の記憶を見せる。それは･･･。

ピーターとサイラーは、サミュエルの企みを知り、セントラルパークへ向かう。脳腫瘍から回復したヒロもサミュエルを倒しに行こうとするが、看護師より、ある患者からのメモをもらう。彼を待っていたのは意外な人物だった。一方地中に埋められてしまったクレアとベネット。不死身のクレアはともかくベネットはどんどん衰弱していく…。