São relatados alguns casos de desaparecimento na pequena cidade de Cheddar. A polícia manda um grande efetivo para o local em busca dos responsáveis, mas o grupo não é bem-sucedido. Sem poder esperar mais, a força policial aciona a organização Hellsing. Alucard então é enviado a Cheddar para achar o vampiro responsável pela carnificina. Contudo, seu caminho está prestes a ser cruzado por uma jovem policial que poderá mudar completamente os rumos de sua vida.

Seras Victoria encara um duro treinamento, já que a garota era apenas uma policial amadora até alguns poucos dias. Enquanto ela se acostuma com suas novas habilidades de vampira, logo aprende que está na Hellsing por conta própria. Mesmo assim a policial ainda tenta se segurar a seus últimos traços de humanidade e se recusa a beber sangue para se alimentar. Contudo, ela não tem tempo para pensar tanto em sua vida já que dois vampiros novos aparecem e começam a matar famílias em Londres.

Novos relatos surgem dizendo que vampiros artificiais estão sendo criados. A organização Hellsing confirma os boatos quando um estudante italiano é achado portando um chip de computador em seu cérebro, o que permite que o garoto tenha as habilidades de qualquer outro vampiro. Alucard vai até o local para derrotar o rapaz, mas Alexander Anderson surge em seu caminho. O homem se apresenta como membro do Vaticano e diz que a Igreja já tem planos para o garoto. Os dois entram em um combate violento, mas a luta é interrompida por Integra.

A Hellsing interessa-se por um vídeo no qual um de seus membros é assassinado. Seras parte com um grupo de soldados para destruir alguns zumbis em um prédio. Contudo, a operação é transmitida pela televisão em rede nacional. Sabendo do perigo que a super-exposição poderia causar à Hellsing, Victoria parte em uma investigação por sua conta e risco.

Seras permanece se acostumando com o fato de que ela agora é uma vampira. As coisas parecem melhorar quando ela começa a ser tratada como parte da equipe da Hellsing. Contudo, a situação muda de figura quando dois irmãos vampiros assassinam um membro do governo. A Hellsing vai investigar o caso, mas os dois são mais rápidos e resolvem fazer um ataque surpresa ao prédio da organização.

Jan e Luke Valentine continuam seu ataque contra o prédio da Hellsing, mas Walter, Seras e Alucard estão preparados para a luta. O mordomo e a policial decidem partir para o ataque contra Jan e seus zumbis, enquanto Alucard espera para lutar com Luke. Walter finalmente revela suas habilidades e com a ajuda de Seras derrota Jan e seus comandados. Na outra frente de batalha Alucard libera um pouco mais de seus poderes e extermina Luke.

Enquanto a Hellsing se reeorganiza após a invasão, Integra decide que é hora da retaliação. Seras é enviada com sua unidade para achar e destruir alguns membros vinculados ao ataque do dia anterior. Ao mesmo tempo a senhora Wingates recebe uma visita inesperada de um membro do vaticano. Alucard corre para a mansão Hellsing a fim de duelar novamente com Alexander Anderson

Depois que um ataque em uma fábrica chinesa resulta na completa destruição de evidências, Integra resolve focar as ações da Hellsing na procura por quem vem espalhando os chips que transformam pessoas em vampiros artificiais. Enquanto isso Seras e o agente Anders do MI-5 vão atrás de informações por conta própria . Os dois visitam Helena, uma velha vampira que tem a aparência de uma simples garotinha.

No meio de um ataque a um velho castelo, a Hellsing é ordenada pela S.A.S para recuar e deixar o grupo tomar conta do caso. Enquanto isso na mansão, Integra recebe a visita de sua irmã Laura que tem agido de forma estranha recentemente. Alucard consegue entrar no castelo e encontra um vampiro que porta uma arma ainda maior que a sua. Contudo, antes mesmo da batalha começar, Alucard deixa o local e vai atrás de Integra que agora luta por sua própria vida.

Integra passa por uma cirurgia de emergência em função do ferimento que ela própria causou para não se transformar em um zumbi. Durante a operação a líder da Hellsing se lembra de seu passado e das circunstâncias que a fizeram conhecer Alucard.

Integra ainda se recupera de seus ferimentos enquanto diversos ataques são feitos contra a rainha. Os cavaleiros reais se reunem para decidir o que fazer, mas Integra não pode comparecer à reunião. Porém quando Integra descobre que a própria rainha comparecerá a uma cerimônia na mansão Hellsing ela manda alguns soldados para a Torre de Londres em uma tentativa de elaborar uma cilada para os responsáveis pelos ataques. Enquanto isso Seras tenta descobrir o porquê de ela estar tendo estranhas visões.

Depois da reunião entre Integra e a rainha ser cancelada, a líder da Hellsing é avisada de que seus soldados enfrentam séria resistência na Torre de Londres. Para piorar as coisas, a Hellsing é rotulada como uma organização terrorista e o exército inglês resolve agir para colocar um ponto final nas ações do grupo. Enquanto isso Alucard se dirige à Torre para encontrar a criatura Incognito.

A feroz luta entre Alucard e Incognito continua. O vilão destrói totalmente o corpo do vampiro à exceção de sua cabeça. Walter e Integra resolvem ir por conta própria à Torre, mas o exército britânico faz de tudo para impedir que eles se aproximem do local. Incognito revela suas verdadeiras intenções à líder da Hellsing e ela descobre que o futuro de toda a humanidade recai agora nos ombros de Alucard. O vampiro se levanta uma vez mais e se prepara para finalmente liberar todos os seus poderes.