한 국제선 여객기가 승객들이 모두 사망한 채로 보스턴 로건 공항에 착륙한다. FBI 요원 올리비아 더넘은 태스크 포스의 일원으로 수사에 참여한다. 동료 요원 존 스콧이 수사 중에 목숨이 위험해지자, 더넘은 아인슈타인의 뒤를 이을 천재로 불리는 월터 비숍 박사에게 도움을 청한다.

올리비아와 월터, 피터의 어색한 동행이 시작되고 얼마 후, 한 여성이 몇 시간 만에 임신부터 출산까지 겪은 뒤 사망하는 사건이 발생한다. 여성이 낳은 아이는 급속도로 성장하더니 고작 몇 분 만에 80세까지 노화해 목숨을 잃는다.

이상 현상을 전문으로 수사하는 프린지 부서의 세 사람은 출근길 버스에서 마치 호박에 갇힌 벌레처럼 승객들이 굳은 채로 사망한 사건을 맡게 된다.

뉴욕시 공사 현장에서 큰 폭발이 일어나자, 브로일스는 프린지 부서의 세 사람에게 현장에서 멀쩡한 상태로 발견된 수수께끼의 실린더를 조사할 것을 지시한다.

전자 기기를 제어하는 능력을 지닌 한 남자로 인해 무시무시한 참사가 발생하고, 프린지 부서의 세 사람은 그 남자의 능력 뒤에 숨겨진 비밀을 파헤친다.

희귀병을 앓는 여성이 실종된 지 몇 주 만에 매사추세츠 교외에 나타나더니, 주변에 있던 사람들을 고통스러운 죽음으로 몰고 간다.

더넘과 동료들은 내장에 알 수 없는 기생충이 들러붙어 죽어 가는 FBI 요원을 살리기 위해 동분서주한다.

음악에 천부적인 재능을 보이는 소년이 연쇄 납치범에게 잡혀 가고, 월터는 목격자로부터 불빛 이야기를 듣고 세인트 클레어 병원에서 만난 친구를 떠올린다.

매시브 다이내믹의 직원이 나비들로부터 공격당한다는 환각에 사로잡혀 투신하는 사건이 발생하자, 프린지 수사팀이 조사에 나선다.

연쇄 은행털이 사건을 수사하던 올리비아, 월터, 피터는 알 수 없는 이유로 금고 벽에 낀 채 죽어 있는 일당 한 명을 발견한다.

수상쩍은 FBI 요원 미첼 러브가 독일 감옥에 갇힌 데이비드 로버트 존스의 비현실적인 탈옥 및 올리비아의 불안한 납치를 계획한 후, 한층 커다란 위협의 조짐이 등장하기 시작한다.

올리비아, 월터와 피터는 끈적한 웅덩이에서 발견된 자동차 영업 사원의 죽음을 수사한다. 월터는 끈적한 액체의 정체가 뇌 물질임을 밝히고, 세 사람은 살인자가 인간의 뇌를 액화한 방법을 알아내려 한다.

프린지 부서가 초대형 국제선 여객기에서 발생한 또 다른 기이한 사건을 조사할 때, 추락 지점에서 괴상한 유해가 발견된다.

독일 요원이 올리비아에게 현재 미국에서 거주 중이며 그녀가 몇 달 전 신문한 탈옥수 데이비드 로버트 존스와의 관계를 묻는다. 한편, 프린지 부서는 피해자들의 안면부 구멍이 갑작스레 막히며 얼굴이 사라진 채 사망하는 위협적인 사건을 수사한다.

건물 철거를 몇 초 앞두고, 홀로 지하에서 살아 온 의문의 말 없는 아이가 발견된다. FBI 프린지 부서가 수사에 나서자, 소년은 올리비아 더넘 요원과 무언의 교감을 형성한다.

어느 연구실을 뒤지던 동물 보호 운동가들은 우리에 갇힌 동물이 흉포한 성향을 드러내며 뜻밖의 상황을 마주한다. 시신을 기괴하게 훼손하는 유전자 조작 짐승이 찰리를 공격한다.

올리비아는 자신의 현실이 완전히 바뀔 수 있음을 깨닫는다. 뉴욕의 상징적인 그랜드 센트럴 역에서 자살 사건이 발생하고, 동시에 보스턴에서 잠든 더넘 요원은 꿈속에서 그 장면을 목격한다.

프린지 부서는 척수액이 사라진 채 심각하게 훼손된 시신이 연달아 발견되자 수사에 나선다. 수사 결과 ZFT 생물 테러 조직과의 접점이 의심되는 과학자를 찾아낸 그들은 살인자의 정체와 동기를 깨닫고 충격에 빠진다.

올리비아는 맨정신에 꿈을 꾸며 현실에 존재하지 않는 정교한 환영을 목격한다. 자연 발화로 추정되는 한 여성의 충격적인 사건을 수사하던 중, 올리비아는 대담하게도 의문투성이인 자신의 환영을 한층 더 깊이 탐구한다.

프린지 부서와 밀접하게 관련 있는 어느 인물을 노린 기습 공격, 생물 테러범 데이비드 로버트 존스의 귀환과 월터의 기묘한 실종을 배경으로 수많은 비밀이 드러나는 극적인 첫 시즌 마지막 회가 펼쳐진다.

올리비아는 월터 비숍의 옛 연구실 파트너이자 매시브 다이내믹의 창립자인 윌리엄 벨을 만나 평행 우주의 존재와 두 세계를 오가는 능력을 알게 된다.

올리비아를 둘러싼 상황에 긴장감이 맴도는 가운데 프린지 팀은 유전자 변이와 관련된 까다로운 사건을 수사하게 된다. 펜실베이니아주 교외에서 한 고속도로 건설 노동자가 인간의 유해가 가득한 지하 터널로 끌려 들어가 실종된다.

피터, 월터, 올리비아, 브로일스는 필라델피아의 한 역사에서 일어난 기묘한 폭발 사건을 수사한다. 수많은 사상자가 발생했지만 폭발 장치의 흔적을 찾을 수가 없다.

올리비아는 매시브 다이내믹의 창립자인 윌리엄 벨과의 충격적인 만남에서 서서히 회복하는 와중에, 비숍 박사가 기억을 촉진하기 위해 만들어 준 강력한 프린지 음료를 마신다.

프린지 팀은 미스터리한 사건을 수사하러 시애틀로 향한다. 한 남자가 상사를 숫양 뿔이 달린 사악한 괴생명체로 오인해 공격한다. 영문을 알 수 없는 사건이 계속 벌어지는 가운데, 프리지 팀은 꿈과 연관된 기묘한 단서를 끈질기게 추적한다.

의문의 사건이 발생해 프린지 부서가 혼란에 빠진다. 프린지 팀이 설명할 수 없는 이유로 피해자들이 흙으로 붕괴되는 사건의 수사를 맡으며, 브로일스 요원이 사건 해결의 실마리를 찾는다.

뉴욕에서 벌어진 납치 사건이 인질극이 되고 만다. 당국은 두 용의자를 조사하면서 정신을 조종하는 불가사의한 힘의 실체를 알게 된다.

미스터리한 존재인 관찰자 중 한 명이 한 여성을 납치한다. 프린지 팀이 납치 이유를 수사하고, 관찰자의 비밀과 함께 수년 전 월터와 관찰자 간의 은밀한 거래가 밝혀진다.

화물선이 좌초되어 괴생명체의 숙주가 된 시신으로 해안이 뒤덮인다. 프린지 팀은 사건 현장으로 출동해 시신을 살펴보고 정체불명의 유기체가 사실 거대한 기생충이라는 사실을 알게 된다.

정신 건강 센터의 한 환자가 긴급한 뇌 수술을 받은 뒤에 뇌가 노출된 채 발견되어 프린지 팀이 수사에 나선다. 믿을 수 없는 사건이 발생했지만, 프린지 팀이 도착하기 전에 환자의 상태와 정신병이 놀라울 정도로 개선된다.

10대 소녀가 뇌사 판정을 받자 어머니는 생명 유지 장치를 떼기로 한다. 그러나 장기 제거 수술을 하던 중, 죽었던 소녀가 일어나서 알파벳과 숫자로 된 암호를 외친다. 이 에피소드는 시즌 1의 미방영 에피소드일까, 아니면 평행 우주일까? 또 다른 수수께끼다.

알 수 없는 이유로 흉측한 모습의 인간들이 사람들을 공격한다. 프린지 팀은 뉴욕 북부의 작은 마을 에다이나를 방문해서 기이한 사건의 실마리를 캔다.

미팅 때문에 한 남자가 보스턴의 사무실에 방문했다가 넋을 잃고 쓰러진다. 남자는 정맥이 파열되어 온 사방에 피를 뿜는다. 기묘한 사건을 조사하기 위해 현장을 방문한 올리비아와 피터는 그 원인이 치명적인 바이러스인 것을 알게 된다

매사추세츠 브루클린의 한 결혼식에서 특정 하객들이 체내에서의 현상 때문에 질식당한다. 끔찍하고 당혹스러운 범죄 현장에서 프린지 팀은 범인이 어떻게 독을 풀고 목표를 설정했는지 조사한다.

엄청난 지진이 맨해튼의 오피스 건물을 강타한 뒤 단 한 명의 생존자가 발견된다. 프린지 팀은 생존자가 우리 우주의 사람이 아니라는 결론을 내린다.

월터는 올리비아에게 피터의 출신에 얽힌 초현실적인 사연을 들려준다. 월터의 이야기는 1985년으로 거슬러 올라가고, 과거가 밝혀지면서 수수께끼 역시 깊어진다.

건강한 여자가 갑자기 병에 걸려 죽은 채 발견된다. 무고한 사람들이 더 희생당하지 않도록 프린지 팀은 끔찍한 질병의 원인을 조사한다.

통근 열차에 탄 승객들이 마치 스위치를 끈 것 같은 모습으로 죽은 채 발견된다. 모든 휴대 전화와 MP3 플레이어, 노트북, 배터리, 그리고 사람의 생명까지도 에너지를 빼앗긴 것 같은 모습이었다.

버려진 창고에서 10대 청소년 둘이 대마를 피우며 데이트하다가 죽은 채 발견된다. 피해자들의 연개구에 남은 자상 세 개는 평행 우주에서 온 모습 변환자들의 표식이다.

힘든 소식에 시달리던 월터는 올리비아의 조카 엘라에게 동화 같은 이야기를 들려주고, 올리비아와 브로일스 요원의 뮤지컬이 곁들여진다.

피터는 지역 법 집행관 마시스 보안관과 팀을 이루어 뉴턴과 연관된 연쇄 살인 사건을 조사한다. 한편 월터는 세인트 클레어 병원으로 돌아갈지도 모른다는 공포에 시달리고, 다른 우주에서 사람이 하나 찾아온다.

월터와 올리비아는 평행 우주로 이동하고, 고대하던 월터 비숍과 윌리엄 벨의 대결이 벌어진다. 레너드 니모이가 다시 한 번 특별 출연한다.

희생자가 발생한다. 월터와 올리비아가 '저 너머에' 다녀온 사건으로 인해 두 우주는 완전히 다르게 변화한다.

피터는 큰 충격을 받고 자기가 태어난 평행 세계로 돌아가 자신의 기원을 깨닫고 친모를 만났다.

배경은 다시 이쪽 세계. 프린지 팀은 사람을 무아지경에 빠뜨리고 끝내 죽게 하는 기묘한 상자를 조사한다.

이례적인 사건이 연이어 발생한다. 프린지 부서는 놀라운 우연이 불러온 사망 사고를 해결해야 한다. 조사의 성패는 타이밍에 달렸다.

한 고위 관료가 불행한 사고에 휘말린다. 뉴턴은 그 뒤처리를 위해 잠복 중인 모습 변환자에게 지시를 내린다.

한 사내가 앰버 격리 구역에서 자신의 쌍둥이 형제를 구출하는 충격적인 침입 사건이 발생하고, 평행 세계의 프린지 부서가 조사에 나선다.

무대는 다시 이쪽 세계. 미국 동해안 전역에서 같은 단파 방송을 듣던 15명이 역행성 기억 상실을 겪는 기묘한 사건이 발생하고, 프린지 부서가 조사에 나선다.

저쪽 세계의 연쇄 유괴범이 활동을 재개한다. 브로일스 대령은 익숙하고도 개인적인 사건에 몹시 심란해하고, 올리비아는 열정적으로 유괴 사건의 비밀을 파헤친다.

피터는 최근 사건들의 뒤처리로 바쁘고 올리비아는 간절히 아군을 찾는다. 한편 프린지 팀은 차원 간 통신에 쓰이는 중요 장치를 발견한다.

심장이 적출된 피해자가 발견되고 프린지 팀이 조사에 나선다. 뒤이어 일어난 의문스러운 사건들의 목적은 누군가의 부활이다.

관찰자는 실수를 바로잡고자 프린지 팀과 접촉한다. 한편 월터는 자신의 음악적 우상인 1970년대의 밴드 '바이올렛 세단 체어'의 키보디스트 로스코 조이스와 친해진다.

두 가지 사건이 발생하고 대대적인 조사가 시작된다. 프린지 팀은 매시브 다이내믹의 종말 병기 제작 현장을 참관한다. 월터는 피터의 건강이 걱정이다.

한 과학자가 치명적인 파란 가루를 흡입한 후 시신의 뼈가 모두 분해된 채 사망하고 만다. 질병통제센터는 생화학 공격을 의심한다.

이야기의 중심은 다시 평행 세계로 돌아간다. 프린지 팀은 인육을 먹어치우는 곤충으로 무장한 생물학 테러리스트의 수사를 시작하지만, 브로일스 대령의 부재이 팀에 미치는 영향은 상당했다.

일련의 사건은 프린지 팀을 한 집으로 인도한다. 이곳에는 남편을 떠나보낸 슬픔에 잠긴 여성이 사는데... 한편, 피터와 올리비아는 두 사람 사이의 감정적인 균열을 메꾸고자 노력한다.

프린지 이번 화는 지난 시즌에서 다룬 피터의 과거 에피소드 후속편으로, 비숍 일가와 올리비아가 겪었던 고통 시기를 그린다.

하늘로 올라간 게 늘 내려오는 건 아니다. 프린지팀은 중력의 법칙을 거스를 수 있는 범죄자들의 수사를 시작한다. 한편, 월터는 자기 때문에 손상된 차원의 막이 더 약해지는 걸 막으려고 노력한다.

답을 구하면 새로운 의문이 생겨난다는 프린지팀은 자살 사건의 피해자를 수사한다. 현장에서 발견한 지문을 분석하자, 죽을 수 없다는 불가사의한 특징을 지닌 여성의 존재가 드러난다.

올리비아의 생명이 위협받자, 저편에서의 삶이 숨가쁘게 돌아가기 시작한다.

올리비아의 의식이 영원히 사라질지도 모를 상황에 처하자, 프린지팀은 올리비아의 육신에서 윌리엄 벨의 의식을 떼어내기 위해 지푸라기라도 잡는 심정으로 기상천외한 실험법을 시행한다.

월터네이트가 '이곳'에 대혼란을 일으킬 방법을 찾아내면서 종말이 시작되고, 두 세계 모두 큰 위험에 빠진다

올리비아는 의문의 사내인 샘 와이스와 힘을 합치고, 시시각각 조여오는 위험에서 벗어나고자 필사적으로 몸부림친다.

박진감 넘치는 세 번째 시즌이 절정에 달하며 막을 내린다. 피터가 자신의 운명과 마주하고 때 이른 죽음을 맞이하면서 마침내 쌓였던 의문이 풀린다.

피터 비숍이 두 세계를 구하고 존재가 사라진 지 일주일이 지났다. 양쪽 세계는 휴전을 유지하며 협력해야 한다.

평행 세계의 천재 연쇄 살인범에게 당하는 피해자가 속출한다. 범죄 심리학 교수가 수사에 합류하고, 프린지 팀은 민간인들을 다른 세계로 보내는 것을 고려한다.

12세 소년 두 명이 한 아이를 괴롭히다가 사망하고, 이들의 시신은 단 몇 시간 만에 급속도로 부패한 채 발견된다.

올리비아는 월터가 과거에 진행한 코텍시판 실험과 연관성이 있을지 모르는 위험한 에너지의 정체를 파헤친다.

세상에는 손대면 안 되는 부분이 있다. 끔찍한 사건이 잇달아 발생한 뒤로, 반투명한 모습 변환자들이 돌아오며 상황은 최악으로 치닫는다.

프린지 팀이 비극적인 타임 루프 현상의 패턴을 찾아 나선다. 수사가 시작되고, 시간은 생사가 걸린 문제로 떠오른다.

한 남자가 보이지 않는 존재에게 의문스러운 죽임을 당하자 매우 빠른 속도로 창백하게 변한다. 프린지 팀은 살인범이 과거에 죽은 아이와 관계가 있다는 증거를 발견한다.

선택의 순간이 다가왔다. 피터는 집으로 돌아갈 방법을 찾고자, 다른 우주로 넘어가 월터네이트와 마주한다.

피터의 평행 우주 방문이 극적인 상황으로 치닫는다. 월터네이트의 프린지 부서는 새롭게 등장한 강적과 시각을 다투는 맞대결을 펼친다.

올리비아가 관찰차의 불길한 예언 때문에 나날이 괴로워하는 사이에, 프린지 팀과 피터는 미래와 죽음을 예지하는 능력을 지닌 소녀를 찾아낸다.

두 애스트리드가 처음으로 서로 마주하는 동안 피터와 올리비아는 아직 발명되지 않은 독소로 살인을 저지르는 범인을 쫓는다. 무엇이 가능하고 불가능한지, 그 경계를 밀쳐 내는 사건을 두고 양쪽 우주의 의견 대립이 펼쳐진다.

피터, 올리비아와 월터는 의문스럽고 소름 끼치는 프린지 사건에 휘말려 탈출할 수 없는 마을에 갇히게 된다.

프린지 팀은 여러 건의 살인 사건에 연루된 정신 병원 환자를 수사하게 된다. 무시무시한 단서와 연관성을 밝혀내면서 올리비아가 충격적인 사실을 알게 된다.

피터와 프린지 팀은 생명을 위협하는 사건이 벌어지지 않도록 특별한 조치를 취하게 된다.

최근에 충격적인 사실을 알게 되고 감정적인 일을 겪었던 피터는 프린지 팀이 조사 중인 사랑을 겨냥한 살인범의 수사에 자신의 의견을 관철한다.

프린지 팀이 마주한 사건이 피터에게 익숙한 것 같은 느낌이다. 이상하게도 그 사건은 이 세계에서 벌어진다.

링컨은 다른 세계로 이동하여 볼리비아, 자신의 평행 존재와 함께 자경단원을 쫓다가 모습 변환자에 관한 놀라운 사실을 알아낸다.

월터는 평행 우주로 가서 양쪽 세상을 연결하는 프린지 사건의 수사를 돕는다. 한편, 데이비드 로버트 존스가 다음 목표를 공개한다.

프린지 팀이 미래로 향한다. 2036년, 프린지 팀과 관찰자들은 세상을 바꾸는 전투를 벌인다.

양쪽 세계의 프린지 팀은 같은 목적을 위해 싸우며, 코텍시판 실험에 참가했던 아이들은 충격적인 근황과 함께 다시 나타난다.

사람들이 자연 발화하는 의문의 프린지 사건으로 인해 월터는 아픈 과거를 회상한다. 한편, 프린지 팀은 두 세계를 구하기 위해 데이비드 로버트 존스와 맞선다.

프린지 팀은 모든 사람들의 삶을 위협하는 대재앙이 일어나지 않도록 한계까지 밀어붙이는 필살의 노력을 한다.

20년간 앰버에 갇혀 있던 프린지 팀은 저항군과 함께 자유를 목표로 싸우기로 한다. 성인이 된 딸과 재회한 피터는 아내이자 헨리에타의 어머니인 올리비아를 찾아 나선다.

자유를 쟁취하고 세상을 구할 핵심 정보를 찾아서 프린지 팀이 월터의 하버드 연구실을 다시 찾는다.

프린지 팀은 관찰자와 대적할 도구를 얻으려 깊은 숲속으로 향하고, 이곳에서 인류 역사를 기록하는 일에 헌신하는 특별한 무리와 마주한다.

프린지 팀이 삼엄한 경비를 뚫고 중요한 물건을 찾아 나선다. 그 와중에 필립 브로일스가 다시 모습을 드러내고, 엄청난 사건이 벌어진다. 과연 프린지 팀은 브로일스를 믿을 수 있을까?

프린지 팀은 최근에 일어난 극적인 사건에 영향을 받아 거센 움직임을 보인다. 한편, 핵심 멤버 중 한 명이 아주 놀랍고도 중요한 선택을 하고 만다.

월터가 홀로 관찰자 처단 계획의 핵심 요소를 찾아 나서고, 그 사이 프린지 팀 중 한 명은 새로운 역할을 맡는다.

미래를 되찾기 위한 싸움이 갈수록 치열해지고, 프린지 팀원 중 한 명이 판도를 바꿔 놓을 프린지 사건을 조작한다.

중요한 장비가 있다는 곳으로 찾아간 올리비아는 그곳에서 만난 시몬이라는 사람에게 장비뿐만 아니라 귀중한 조언을 얻는다.

조급해진 월터는 LSD의 힘을 빌려 머릿속에 흩어져 있는 관찰자 처단 계획을 찾아 나선다. 한편, 피터와 올리비아는 무선 전파 신호를 따라서 불가사의한 숲속으로 향하고, 그곳에서 끔찍한 광경을 목격한다.

피터와 올리비아, 애스트리드 그리고 월터가 관찰자 처단 계획의 핵심에 다가가고, 이 계획을 완벽하게 기억해내기 위해 다시 한번 니나 샤프에게 도움을 청한다.

월터는 수수께끼의 인물인 도널드를 찾으려 감각 차단 탱크에 들어간다. 한편, 윈드마크는 오랜 의문이 풀리면서 자신의 임무를 수행한다.

하나뿐인 계획을 끝까지 완수하기 위해 올리비아가 미지의 세계를 향해 모험을 떠난다.

올리비아가 위험한 여행을 성공적으로 마친 후 올리비아와 피터, 애스트리드와 브로일스는 인류의 운명을 걸고 관찰자와 최후의 대결을 펼친다.