L'académie Cross est une école privée à la fois prestigieuse et très spéciale. Personne ne le sait, mais les élèves de la classe de nuit, à la beauté si extraordinaire, sont en réalité des vampires.

Yuki est occupée à patrouiller dans l'enceinte de l'école pour repérer les filles de la classe de jour qui tentent d'offrir en cachette des chocolats aux garçons de la classe de nuit à l'occasion de la Saint-Xocolat.

Lorsque Zero quitte soudainement l'enceinte de l'école, Yuki le poursuit et erre seule dans les rues, jusqu'à ce qu'une mère et un enfant mystérieux apparaissent devant elle.

Voyant l'état dans lequel se trouve Yuki, Kaname l'enlève à Zero, qui reste sans voix lorsqu'il réalise ce qu'il a fait.

Un nouveau professeur d'éthique arrive à Cross Academy. Son apparence atypique fait le buzz parmi les élèves de la classe de jour ; même Zéro a perdu son calme habituel.

Zero est tenté de planter ses crocs dans ceux de Yuki, et même s'il parvient à retrouver son calme, il se retrouve la cible d'un professeur.

Yuki prend une décision concernant Zero, qui est déterminé à combattre sa maladie jusqu'au bout. Yuki se sent coupable d'avoir trahi Kaname.

L'agitation règne dans le dortoir Moon lorsque la classe de nuit apprend que le grand-père de Takuma, une figure du monde des vampires, va lui rendre visite.

Les élèves de la classe de jour poursuivent les élèves de la classe de nuit en raison du bal à venir. Pendant ce temps, le directeur de l'école demande à Yuki de faire visiter l'école à un élève transféré.

Zero donne des cours à Yuki pour un examen, mais pendant ce temps, quelque chose ne va pas chez lui. Pendant ce temps, au dortoir Moon, Kaname confronte Maria dans sa chambre.

Le serviteur masqué de Maria se révèle être un personnage jaloux du passé de Zero, que ce dernier n'a pas revu depuis leur séparation il y a longtemps.

Yuki apprend la véritable identité de Maria. Forte de cette nouvelle information, Yuki accepte d'offrir son sang pour sauver Zero.

Shizuka souffre d’une blessure. Pendant ce temps, Yuki et Zero essaient de savoir où Shizuka est peut-être allé, mais Zero est constamment contrecarré par ses crises de niveau E.

After Shizuka Hio’s death, peace is restored at the academy. But when Zero returns, the vampires of the Senate accuse him of murder.

Yuki has a lot on her mind after almost being kissed by Zero. She asserts that she will not speak to Kaname until he admits to Zero’s innocence.

The Night Class goes to the Aido family’s vacation home during the long break, but Hanabusa decides to stay at the academy to investigate Kaname.

While the Night Class is at the Aido family’s vacation home, Yuki, driven by her desire to stop hurting Zero, tries to regain her memory of the past.

Yuki is continually haunted by visions of blood. Nevertheless, she is determined to find out about her past from Kaname.

Kaname asks Yuki to be his lover. The Night Class guards begin accompanying her everywhere, and Yuki cannot hide her embarrassment.

Senri returns to the Academy, but upon having a confidential talk with Ichiru, he becomes noticeably different from before.

Yuki wakes up a vampire, and her memory of her childhood returns. She now remembers her father, her mother and her brother.

Aidou has the idea to hold elections for Moon's Dorm president. The candidates are Kaname and the current president Ichijou. Who will win?

Yuki now understands who she really is. Worried about Zero, she sneaks out of her room to find him -- but he simply can't accept what she has become.

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The Headmaster calls for an emergency evacuation of the Day Class students, as Rido’s servant vampires begin attacking the students.

In order to protect the academy, the Headmaster confronts the head of the Hunter Society while Rido is still on the rampage.

Yuki decides that as Guardian, she must protect all the students at the academy and fight Rido.

All of Zero’s strength is not enough to kill Rido -- he will need Kaname's help. But the fight will leave Cross Academy devastated.