Russia. In una gelida notte, Velma e la ragazza Hot Dog, ossia Marcie Fleach, entrano in un museo nel quale è custodita la casa di una strega del folklore, Baba Yaga, per recuperare un oggetto bramato da Mr. E. I piani delle ragazze vengono rovinati dall'arrivo di un custode, anche se, improvvisamente, la statua di Baba Yaga prende vita.

Fred consulta lo psicologo Henklefurst per capire cosa c'è che non vada in lui, ed entrambi concludono che Daphne sia il pezzo mancante alla vita del ragazzo. Al termine della seduta, Fred lascia l'ufficio, mentre il dottore riceve la visita del Clown Gne-Gne Bebè, che lo cattura e porta via.

Per vendicarsi di una partita persa a un gioco di ruolo, Feist entra nei sogni dei suoi vecchi compagni e li ossessiona fino a farli arrestare.

Gary ed Ethan, due calciatori della squadra del liceo di Crystal Cove, scalano il cosiddetto "Monte Diabla" per un allenamento speciale, ma d'improvviso, dal cielo, plana una creatura urlante dal nome "Dark Lilith", che fa precipitare i 2 ragazzi giù per un dirupo, facendo perdere il loro pallone fortunato.

La Mystery Inc. deve affrontare gli stessi elementi per distruggere l'Entità Malvagia.

Nibiru arriva e Le vite di Scooby e della gang sono in pericolo, la realtà stessa è minacciata.