被困于德尔塔象限的航海家号船员面临重新调配，查克泰推荐自己的船员贝拉娜·朵芮斯担任轮机长，但她因为天生的暴脾气和其他人相处不融洽（时不时打断别人鼻子），令珍妮薇不得不暂缓工作调配。航海家号途经一处黑洞时，接受到不明飞船的求救信号，珍妮薇下令前往黑洞附近展开救援，但船员们不仅没有发现所谓的遇难飞船，反倒是航海家号自己被困在了黑洞的视界之中。为了脱困，珍妮薇和贝拉娜一同驾驶穿梭机为航海家号引导方向，这给了珍妮薇检验贝拉娜实力的一个机会。

尼利克斯在一颗星球上进行侦查时遇到意外袭击，一个长期受一种微生物腐蚀的种族——维汀人为了替换自己衰竭的器官而偷走了他的肺，在医生的全力救治下，尼利克斯依靠一个全息肺活了下来，但为了让他能恢复，珍妮薇舰长下命令全力抓捕那群器官盗贼。

航海家号在一颗小行星内部发现了一种新的元素，当他们传送到其内部查看时才发现这里原来是一座墓地，那种新元素是尸体腐化的产物，为了不打扰逝者，查克泰等人打算离开，但是临走之前，一种异常的空间泡现象吸走了哈里·金，他被传送到了一颗深信转世说星球上的棺材里，而棺材里原有的“尸体”则被传送到航海家号上，原来那个空间异常便是所谓的转世，而哈里被当地人当成了“从另一个世界回来的人”为了尽快返回航海家号，哈里和船员们两头分工，试图揭开转世之谜。

一个种族拥有能让航海家号更快速回家的传送科技，但他们却不愿分享。在轮机员瑟斯卡的怂恿下，贝拉娜·朵芮斯违反最高指导原则，偷出那台传送器，却失望地发现它与航海家号设备不兼容。

航海家号接收到来自卡松飞船的求救信号，船员登舰后惊讶地发现所有卡松船员的身体都和船上甲板融合到了一起，仅有一人生还。朵芮斯还在卡松飞船上发现了来自星际联邦的合金成分，杜沃克怀疑有人暗中将航海家号上的设备交给了卡松人，珍妮薇下令让轮机组想办法回收那艘卡松飞船上的数据面板。瑟斯卡少尉违背朵瑞斯的命令，用极其冒险的方式回收卡松飞船的控制面板，结果遭到失败。医生和凯丝在治疗时发现瑟斯卡其实是卡达西人。朵芮斯成功回收卡松飞船上的控制面板，分析表明，爆炸源头来自卡松飞船上一台试图进行改装的食物复制机，而且其中的零件来自航海家号上。再也无可置疑了，航海家号上出现了叛徒。查克泰、朵芮斯、杜沃克几个人一块设局，试图让叛徒现出原形……

卡松-尼斯楚派偷走了航海家号上的一个传送器模块，企图兼并其他的卡松宗派。

珍妮薇尝试与卡松人组成一个联盟，来改善航海家号在第四象限的处境。

医生帮助了一名被噬菌感染的维汀女性，医生后来维汀女性相爱了。

船员们试图找出船上将情报出卖给卡松-尼斯楚派的叛徒。尼利斯发现了这个叛徒……

西斯卡与卡松人夺取了航海家号的控制权，并将她的船员放逐在一颗原始的行星上。船员们想尽一切办法生存……

船员们必须在这颗荒凉的行星上生存下来，而医生、苏德尔与派里斯则尝试重新夺回星舰的控制权。

贝拉娜·朵芮丝发现了一个不完整的全息甲板程序，在里面查可泰与马奇游击队的成员联合反抗珍妮薇。这个程序原来是杜沃克编写用于训练的，珍妮薇下令杜沃克把它编完。可是这时全息的塞斯卡造反了……

航海家号突然遭受猛烈撞击，致使曲速核过载。查克泰回到舰桥意外地发现船上的时间轴断裂，不同区域的时间各不相同。