B'Elanna Torres tiene que enfrentarse a un consejo de guerra por agredir a un oficial. Mientras tanto, la Voyager es atrapada en un agujero negro por una fuente de energía que puede destruirla.

La Voyager se ve atrapada por un enorme ser que puede provocar la destruccción de la nave.

Harry Kim es transportado durante su visita a un cementerio alienígena, quienes descubren que el edén que creían que existía después de la muerte en realidad es un asteroide desértico.

Harry Kim desaparece mientras está utilizando la Sala de Hologramas. El Doctor tiene su primera misión a bordo de la Voyager que consiste en viajar a un mundo holográfico que reproduce una antigua narración.

A bordo de la Voyager ha llegado un científico llamado Jetrel. Todos se alarman cuando descubren que este científico fue el creador de un arma que mató 400000 talaxianos, incluida la familia de Neelix.

Un joven Kazon fracasa en su intento de ganarse un nombre como guerrero matando a Chakotay, a quien le ofrecen la libertad a cambio de matar al joven.

Unos alienígenas interfieren en el desarrollo de Kes provocando el elogio, el único momento fértil de la vida de un Ocampa. Si desea tener un hijo, este será el momento.

Janeway tiene visiones de su holoprograma después de haber abandonado la sala de hologramas. La preocupación aumenta cuando se descubre que a otros miembros de la tripulación les está ocurriendo lo mismo.

La Voyager es atraída a una trampa al seguir una señal que en teoría procede de la Federación. Pronto descubren que la malvada Seska se ha unido a los Kazon y que tiene una sorpresa reservada a Chakotay.

Un asesinato sin sentido se produce a bordo de la Voyager. Tuvok intenta comprender, mediante una fusión mental, que movió al asesino a cometer este acto. La experiencia provoca que el pacífico vulcaniano se vuelva inexplicablemente violento.

La tripulación descubre un miembro del Continuum Q a bordo que quiere suicidarse y que acaba implicando a Janeway en un extraño proceso judicial.

El Doctor se siente atraído por una mujer Vidiiana durante un tratamiento. Sin embargo, sabe que la mejoría experimentada durante el tratamiento puede ser temporal.

Intentando reanimar a unos colonos que se encuentran en estado de hibernación, Harry Kim y B'Elanna Torres se conectarán a la máquina que los mantiene en vida y se verán inmersos en una especie de realidad mental que podría acabar con sus vidas.

Seska y los Kazon Nistrim toman el control de la Voyager y abandona la tripulación en un planeta primitivo.

Tuvok funde su mente con Janeway y retrocede 80 años en el tiempo cuando tuvo su primera misión a bordo del USS Excelsior bajo el mando del capitán Hikaru Sulu porque tiene unos recuerdos procedentes de esa época.

B'Elanna está teniendo unos recuerdos que le han sido implantados por una raza telépata, los Enaranos. Pronto descubrirá un horrible secreto tras analizar esos recuerdos.

Henry Starling quiere utilizar una nave con la capacidad de viajar en el tiempo para poder robar tecnología del siglo XXIX. Janeway está dispuesta incluso a destruir la Voyager, y quedar atrapados en el 1996, con tal de evitar el robo.

Janeway y Neelix regresan de una misión y se encuentran la Voyager desierta. Pronto son atacados por unas forma de vidas agresivas y mortales.

Un joven oficial vulcaniano que sufre el Pon Farr, Vorik, obliga a B'Elanna Torres a tener una fusión mental. B'Elanna pronto descubre que ella también sufre lo que los Klingon denominan fiebre en la sangre, que es una urgente necesidad de aparearse.

Por culpa de una extraña radiación, Kes comienza a viajar en el tiempo hacia el pasado a partir de su muerte en el futuro. El Doctor tendrá que encontrar la forma de eliminar la radiación antes de que Kes supere el momento de su propia concepción y desaparezca para siempre.

Toda la tripulación de la Voyager está sufriendo unas extrañas molestias. El Doctor se pone a investigar y descubre que la nave está siendo invadida por unos alienígenas invisibles.

B'Elanna es arrestada puesto que teóricamente sus pensamientos violentos provocaron que un telépata atacara a otro hombre. Posteriormente, el incidente provocará la muerte de una joven y Tuvok descubrirá un inquietante tráfico de pensamientos violentos.

La Voyager detecta la señal de una nave de la Federación en el cuadrante Delta y consigue enviar al Doctor, que descubre que la nave está siendo comandada por romulanos. La única forma de liberar la nave será pedir ayuda a su imperfecto holograma médico de emergencia.

Un cazador hirógeno persigue a un miembro de la especie 8472 que se refugia en la Voyager. Janeway se enfrentará al dilema de entregar la presa y evitar problemas con los hirógenos, o por el contrario, protegerla y evitar su captura.

La Voyager rescata a una mujer herida que afirma que ya ha estado en la nave antes y que mantuvo un romance con Chakotay. Sin embargo, nadie de la tripulación recuerda haberla visto alguna vez ni el ordenador tiene la presencia de ella en la Voyager.

Siete de Nueve se queda completamente sola en la Voyager al estar toda la tripulación en estado de hibernación. Pronto esa soledad le empieza a afectar de una forma muy intensa.

Un fallo en el transportador provoca que el holoemisor del Doctor interfiera con algunas nanosondas de Siete de Nueve. El resultado es una entidad que acaba convirtiéndose en el Borg más desarrollado visto hasta ese momento.

La alférez Samantha Wildman, la madre de Naomi Wildman (ahijada de Neelix), resulta gravemente herida en un accidente. Para evitar un trauma a la niña, Neelix utiliza la holocubierta para presentarle las aventuras de Flotter.

Tom Paris es rebajado a alférez y recluido 30 días en el calabozo después de haber incumplido órdenes directas de Janeway y haber violado la primera directriz, lanzando un ataque contra una instalación minera alienígena.

Tuvok y Paris quedan atrapados en un planeta del que muy pronto va a ser imposible escapar. Mientras Janeway prepara un rescate, Tuvok se encuentra en una incómoda situación al enamorarse de él una mujer nativa del planeta llamada Noss.

Janeway cree haber encontrado una forma de destruir a los Borg y está decidida a robarles la tecnología transwarp que llevaría rápidamente a la Voyager a la Tierra. Para llevar a cabo el plan, decide infiltrar a Siete de Nueve en el enemigo.

Siete de Nueve es descubierta por la reina Borg y le encarga la misión de conseguir que los Borg asimilen a la humanidad. Mientras tanto, Janeway está decidida a recuperar a Siete de Nueve y prepara un plan de rescate.

La Voyager se encuentra al borde de la destrucción y sólo puede ser ayudada por unos alienígenas invisibles. Chakotay tiliza una alucinación sobre un combate de boxeo para intentar comunicarse con los alienígenas.

Janeway es perseguida por un grupo de caza recompensas Hazari. Durante su huida, se encuentra con unos alienígenas dispuestos a ayudarla a cambio de que Siete de Nueve se quede para siempre con ellos.

Janeway cuenta a la tripulación una historia sobre una antepasada suya llamada Shannon O´Donell y su lucha para evitar la construcción de la Puerta del milenio, junto a un librero llamado Henry Janeway.

La Voyager atiende una llamada de socorro de la USS Equinox, encontrándola gravemente dañada por los ataques de unos alienígenas que han matado a la mayor parte de la tripulación. Los supervivientes no quieren dar explicaciones sobre los posibles motivos del ataque.

Inexplicablemente aparece un grupo de Klingons que mata a la tripulación de la Voyager. La única superviviente, B'Elanna, aparece en la barcaza que lleva al infierno Klingon, según las creencias religiosas de esta especie.

Tom Paris repara una antigua lanzadera y consigue un dispositivo que hace que la máquina responda directamente a sus pensamientos. El vínculo emocional con la lanzadera irá aumentando progresivamente hasta llegar a una fase peligrosa.

Habiendo descargado más información de la que puede procesar, Siete de Nueve comienza a ver conspiraciones por todas partes. Tras informar en secreto tanto a Janeway como a Chakotay, se las arregla para reavivar los destructivos recelos que existen entre los miembros de la Flota Estelar y los Maquis.

Secuestrada y obligada a participar en el combate mortal llamado Tsunkatse, Siete de Nueve tiene que aprender a luchar por su vida mientras intenta liberarse a si misma y a su compañero Tuvok, que está herido.

Chakotay, Paris y Neelix son capturados por un cubo Borg que se comporta de una manera errática, y Janeway descubre que el cubo está pilotado por niños Borg. Sin embargo, los niños no vacilan en amenazar las vidas de sus cautivos.

Una nave que huye entra en contacto con la Voyager, y su piloto aifrma ser Lindsay Ballard, una mujer miembro de la tripulación de la Voyager que fue asesinada tres años antes. Aunque la recién llegada no se parece nada a Ballard, Harry Kim cree su historia.

Varada tras un accidente con una lanzadera, B'Elanna descubre que, pese a las amenazas de su celosa novia, un poeta local la ha adoptado como su musa, para que le ayude con una obra concebida para traer la paz a sus congéneres.

Una Kes mayor y deforme regresa a la Voyager, desactivando los sistemas de la nave y utilizando el núcleo Warp para vengarse de Janeway y la tripulación, a quienes acusa de su actual y extraño estado, y retrocede en el tiempo.

Luchando contra los efectos de la asimilación, Janeway, B'Elanna y Tuvok se esfuerzan por introducir un nanovirus en el plexo central de los Borgs. Mientras, la reina Borg comienza a destruir desesperadamente a miles de sus soldados Borgs.

Secuestrado y obligado a trabajar en unas instalaciones médicas alienígenas, el Doctor descubre que el nivel de atención al paciente depende de la valía del mismo. Mientras sus amigos le buscan, el Doctor lucha contra el sistema.

Al intervenir en una batalla entre dos razas, Harry Kim descubre que el capitán de una de las naves ha sido asesinado. Tras obligar a sus oponentes a retirarse, a Kim le ofrecen ser capitán de la nave hasta que su misión haya sido cumplida.

Respondiendo a una llamada de socorro, Janeway encuentra unas instalaciones hirógenas de entrenamiento holográfico cuyos combativos personajes han escapado con unos holoemisores móviles. La Voyager se une a la persecución de unos inteligentes y peligrosos oficiales holográficos de la Flota Estelar.

Al rescatar a unos guardias Nygeanos y a sus prisioneros de una nave destrozada, Janeway descubre que los prisioneros van de camino a su ejecución. Cuando las nanosondas de Siete de Nueve curan a uno de los asesinos, la capitana argumenta que ya no es el mismo hombre al que se iba a ejecutar.

En el planeta Quarra, la tripulación de la Voyager ha encontrado una nueva forma de vivir, desempeñando distintos papeles en una sociedad industrial. Sin embargo, ninguno de ellos recuerda nada de sus estancia en la Voyager.

Q aparece en la Voyager con Q2, su todopoderoso hijo adolescente, quien ha sido amenazado con ser expulsado del Continuum Q a menos que aprenda a comportarse. Dejándole el muchacho a Janeway, Q le pide que le ayude a cambiar el comportamiento del chico.

Tras estrellar su lanzadera contra un planeta protegido por una misteriosa barrera de energía, Chakotay y Siete de Nueve son atendidos por una tribu de humanoides primitivos. Para rescatar a la pareja, Janeway debe decidirse a desactivar la barrera que impide que los primitivos evolucionen.

Diez años después del regreso triunfal de la nave Voyager, tras veintitrés años de estancia en el Cuadrante Delta, la almirante Kathryn Janeway trama un plan para viajar al pasado y cambiar el curso de la historia.

Después de un viaje de décadas para llegar al Cuadrante Alfa, la Almirante Kathryn Janeway toma una decisión audaz de cambiar el pasado en un intento de deshacer el costo que sufrió la tripulación durante su arduo viaje a casa. Este es el episodio final de la serie.