Karácsony előtt egy nappal Booth beállít az intézetbe egy csontvázzal, amelyet egy ház alá épített óvóhelyen találtak. A csontok vizsgálata közben elszabadul egy fertőző anyag, ami után az egész laboratórium hermetikus karantén alá kerül, és a csapatnak nincs más választása, mint együtt tölteni a karácsonyt. Ez mindenkiben másfajta reakciókat vált ki.

Egy évvel korábban eltűnt fiatal nő hulláját találják meg egy tengeröbölben, és Booth azonnal nyomozni kezd, mivel a nő férjét korábban is gyanúba fogták, de nem találtak ellene bizonyítékot. A vizsgálatok során kiderül, hogy a nővel együtt ölték meg magzatát is, de hiába tűnik minden egyértelműnek, nem sikerül bizonyítékokat találni a feltételezett tettes ellen. Booth-nak eközben saját kisfiával, és annak édesanyjával kapcsolatban is döntésre kell jutnia.

Howard Epps, a halálos ítélete végrehajtását váró sorozatgyilkos, akit Brennan segítségével juttattak rács mögé, tüzet okoz a börtönben, és a felfordulásban megszökik. Hamarosan újabb hullák jelzik az útját, ráadásul halálos játékba kezd: immár nem csak Brennant, hanem munkatársait is célba veszi. Cam súlyos sérülést szenved, és Zack csak kis híján marad életben Epps egyik csapdájába sétálva. A gyilkos még Booth kisfiát is megkeresi.

Karácsony előtt néhány nappal egy mikulás-ruhába öltözött, halott férfi tetemét találják meg a csatornában. Booth és Brennan cinikusak az ügyben, mindkettejük hangulatára árnyékot vet, hogy nem úgy és nem azzal ünnepelhetik a karácsonyt, akivel és ahogy szeretnék. A mikulás-gyilkosságot azonban sikerül hamar lezárni és a karácsony közeledtével Booth és Brennan érdekes helyzetbe keveredik egy fagyöngy-koszorú alatt.

Booth kisfia, Parker egy fán levő madárfészekben emberi ujjra bukkan. A rejtélyes halott ügyében azonnal nyomozás indul, Booth viszont még ennél is jobban aggódik a fiát ért esetleges trauma miatt. Hodgins még mindig le van sújtva az Angelával való szakítás miatt, és mindenkibe belemar, de kiváló képességei révén segít a csapatnak.

Booth és Brennan Kínába utaznak, ám a repülőgép konyhájában az egyik stewardess egy holttestet talál. Mivel a felszálláskor még teljes volt a létszám, egyértelművé válik, hogy a gyilkosság az elindulás után történt, és a gyilkos még most is a gépen tartózkodik. Booth dolgát azonban megnehezíti, hogy csak a leszállásig van ideje elkapni a gyilkost.

Egy volt tengerészgyalogos feketére égett csontmaradványai kerülnek elő az erdőből, és minden jel arra vall, hogy halálának köze lehet ahhoz a gazdag családhoz, akinél dolgozott. Cal Warren az elit iskolába járó gyerekek testőre volt, de nem csak a családtagoknak, hanem egy doktornőnek is lehetett oka megölni. Idővel azonban kiderül, hogy a valódi tettest egész más körben kell keresni.

Egy kertvárosi összejövetelkor, az éppen készülő malacpecsenye alatt egy elégett holttestre bukkannak. A közösség tagjai rendre egymásra mutogatnak, de mint kiderül, majd mindenkinek volt indítéka eltenni láb alól egyik szomszédjukat. Bones és a csapat a maradványok rekonstruálása során egyre komolyabb kételyekbe ütközik, különösen a gyilkos fegyver, vagy fegyverek megléte kapcsán. Elsődleges feladatuk tehát azoknak felkutatása, és az indítékok számba vétele. Ezen a vonalon haladva el is jutnak ahhoz a három emberhez, akiket már gyanúsíthatnak is a gyilkosság elkövetésével.

Egy bérházban levő lakás plafonja beszakad, és a résen át lezuhan a fönti lakó holtteste. Közben Booth-t felkéri a hadsereg, hogy egy évre menjen Afganisztánba kiképzőtisztnek. Daisy egy indonéziai kutatásban kap ösztöndíjat, és Brennan is úgy dönt, hogy vele tart.

Cam állása a törvényszéki kórboncnoki intézetben veszélybe kerül, amiért nem képes egyértelműen azonosítani egy nagy port felvert gyermekhalál áldozatát. Caroline úgy dönt, hogy azonnal összetrombitálja a csapatot, hogy siessenek Washingtonba, és mentsék meg Camet. Booth Afganisztánból, Brennan és Daisy Indonéziából, Hodgins és Angela Párizsból érkezik, Sweets pedig hosszabb szabadságát szakítja meg.

Washington környékén egy nagyon különös halálesetre bukkan az FBI: egy kiégett kocsiban az áldozat csontjai olvadtnak tűnnek. Brennan eleve kizárja ezt a lehetőséget, de Daisy segítségével hamarosan kideríti, hogy vagy egy golyó, vagy egy tőr végzett a férfival. A szálak egy gimnáziumba vezetnek.

A harcias szerszámkereskedőt a labor számára is megdöbbentő módon döfték le. A szálak egy karateedzőhöz vezetnek. Booth-t azonban jobban leköti a kisfia, Parker, aki végre hazaérkezik Angliából. Aggódik Parker miatt, vajon hogyan fogadja majd a kishúgát. Dr. Hodgins minden tudományát és titokban rendelt gépét beveti a gyilkosság felderítése és a felszerelés megtartása érdekében.

Booth és Brennan lázasan készülődnek az esküvőjükre, amikor váratlanul befut egy eset. Egy több mint harminc évvel ezelőtt meggyilkolt nő maradványaira bukkantak az egyetem egykori területén. Az intézet tagjai mindannyian azon vannak, hogy megkíméljék a házasulandókat a munkától, hogy csak az előkészületekre összpontosíthassanak. Közben megérkezik Max, Marianne és a család többi tagja is, azonban úgy tűnik, a szertartás egy tűzeset miatt meghiúsul.