Durante la búsqueda de un asesino, el equipo de Jeffersonian encuentra pistas claves al ahondar en la vida pasada de la víctima. Por otro lado, un antropólogo forense cubano se incorpora al equipo para realizar prácticas y así poder completar su título académico.

Con la ayuda de Rodolfo Fuentes, el equipo del Jeffersonian investiga el asesinato de un controvertido y obeso locutor de radio cuyos restos han sido encontrados en un colector de aguas. Cuando el equipo descubre alguna de sus actividades extralaborales consiguen cerrar el círculo de sospechosos. Mientras, el agente especial Aubrey trata desesperadamente de ganarse la confianza de Booth, y Brennan está preocupada por el cambio psicológico en Booth tras la muerte de Sweets.

Bones homenajea a Alfred Hitchcock en un episodio que recrea el Jeffersonian y al equipo del FBI en los años 50. Brennan interpreta a una detective de la policía de Los Ángeles que lucha contra el sexismo en el cuerpo. Booth es un famoso ladrón de joyas. Cuando es acusado del asesinato de una celebridad, él y Brennan formarán equipo para limpiar su nombre y encontrar al verdadero asesino.

Avalon Harmonia presta su experiencia cuando encuentran los restos de un psíquico dentro de un árbol. Pero otra de sus visiones no le sientan demasiado bien a partes del equipo. Christine tiene un amigo invisible que preocupa a sus padres.

Con tan solo 48 horas antes de la ejecucción del asesino en serie Alex Rockwell (quien se encuentra en la cárcel en parte gracias a Brennan y a Booth), el equipo del Jeffersonian debe correr a contrarreloj para confirmar la nueva sospecha de Brennan de que Rockwell puede no ser el autor de los crímenes.

El equipo investiga el asesinato de un periodista político que fue encontrado muerto después de publicar un artículo en el que hablaba sobre corrupción en la NSA. Debido a la naturaleza de la investigación, la paranoia de Hodgins crece, mientras el equipo se da cuenta de que todos sus movimientos está siendo observados.

El equipo investiga un cuerpo encontrado en un accidente automovilístico, y los restos pertenecen a uno de los fundadores de la organización de derechos de los hombres, quién pudo haber sido víctima de abuso doméstico. 

El cuerpo desmembrado del exitoso golfista convertido en leñador, Phyllis Paul, lleva el rumbo de la investigación al Campeonato Regional de Deportes de Madera. En esta competición, Booth y Brennan descubren numerosos secretos que podrían ser el móvil del asesinato de Phyllis, incluyendo un romance con un rival casado. Mientras tanto, Hodgins secretamente analiza la bacteria en el hueso de una víctima anterior que cree que absolverá al asesino, Zack Addy.

Cuando un joven muere en un horrible accidente en una embaladora de heno, Booth, Brennan y Aubrey se enfundan unos disfraces peculiares y van encubiertos a una competición de camiones de demolición para investigar el caso. Mientras tanto, el Dr. Gordon Wyatt regresa y ayuda a Hodgins y Cam cuando el caso abierto "Gormogon" llega a un callejón sin salida.