Nachdem Booth drei FBI-Agenten einer Spezialeinheit erschossen hat, die sich gewaltsam Zugriff zu seinem Haus verschafft hatten, wird er verurteilt und muss ins Gefängnis. Das Leben dort ist kein Zuckerschlecken für ihn. Mit Polizistenmördern geht man nicht gerade pfleglich um. Mit Hilfe eines kleinen, illegalen Tricks schafft es Brennan, Booth vorzeitig aus dem Gefängnis zu holen, der sich sofort in die Arbeit stürzt und herausfinden will, wer hinter dieser groß angelegten Verschwörung steckt. Um weitere Anhaltspunkte zu finden, werden die Überreste eines Mannes, der seit 13 Jahren tot ist, exhumiert. Laut Totenschein ist er an Leukämie gestorben, doch Brennan und ihr Team vermuten einen Mord. Ein Besuch beim damaligen diensthabenden Notarzt soll Aufschluss geben. Obgleich so viele Jahre ins Land gegangen sind, wirkt er ziemlich nervös und versucht sich zu verteidigen. Brennan und Booth besuchen derweil einen ehemaligen Sicherheitsbediensteten des Krankenhauses, in dem Cooper unter mysteriösen Umständen verstarb. Der Mann ist stark dement, doch an die frühere Zeit kann er sich gut erinnern. Gerade als er wichtige Informationen verraten will, erhält Booth einen Anruf …

Booth investiert seine ganze Zeit und Kraft, um den Mörder von Sweets zu finden. Offensichtlich hat der Chemieunternehmer Sanderson seine Finger im Spiel, doch der scheint Richter, Regierungsangestellte und FBI-Mitarbeiter auf seiner Gehaltsliste zu haben, sodass an ihn kein Rankommen ist. Der alte Wachmann Norsky erwähnt Booth gegenüber, dass der frühere FBI-Chef J. Edgar Hoover Teil dieser großen Verschwörung sei. Hoover soll damals Informationen, nicht nur über den Präsidenten John F. Kennedy, sondern auch über viele andere Regierungsangehörige gesammelt haben. Die Unterlagen wurden allerdings nach seinem Tod vernichtet. Offensichtlich ist das nicht richtig, doch die Nachforschungen gleichen einer Suche nach der Stecknadel im Heuhaufen. Zu allem Überfluss stehen FBI-Agenten im Jeffersonian, die per Beschluss die sterblichen Überreste des exhumierten Cooper abholen sollen. Eine nachträgliche Obduktion soll klären, ob er wirklich an einem Tumor gestorben ist, oder ob jemand aus dem Netzwerk von Sanderson nachgeholfen hat. Da Hodgins der größte Verschwörungstheoretiker ist, hat er vorsorglich die Knochen ausgetauscht. Cam findet heraus, dass sich im Knochenmark von Cooper fremde DNS befindet. Wenn die einer Person zugeordnet werden kann, würden sie den Täter finden. Doch wie schon vermutet, findet sich diese DNS in keiner der Datenbanken. Mit Hilfe von Sweets Notizen gelingt es dem Team, nicht nur Sweets und Coopers Mörder zu finden, sondern auch noch die verschwundenen Dokumente von J. Edgar Hoover.