En examinant un crâne marqué par des dents humaines, l'équipe de l'Institut Jefferson met à jour une organisation secrète suspectée de cannibalisme. L'enquête nébuleuse mène Booth et Brennan sur les traces des illuminati. Pour épouser Hodgins, Angela engage un détective pour retrouver son premier mari...

Un mini-van explose à proximité d'une aire de repos, tuant la mère de famille qui était au volant. Booth et Brennan arrivent sur les lieux du drame et discutent de Caroline Julian, qui a eu beaucoup de mal à obtenir un droit de visite pour Brennan, à la prison où son père purge sa peine... Des résidus explosifs retrouvés sur le van et des fragments métalliques dans les buissons suggèrent qu'une bombe a causé l'explosion. Brennan examine les restes humains et trouve un pendentif avec la photo d'une petite fille dans son uniforme d'école. Booth et Brennan se demandent pourquoi quelqu'un voudrait tuer une mère de famille...

Dans les bois, un jeune campeur de 11 ans trouve le corps décomposé d'un homme, auquel il manque les pieds et dont les bras sont attachés ; l'équipe va mener son enquête. L'autopsie mène Brennan et Booth à diriger leur enquête vers un pavillon en Virginie, utilisé pour des pratiques sado-maso... C'est au cours de ces soirées que des femmes jouent au jockey avec des hommes qui se prennent pour leurs chevaux...

Le corps d'un fermier est retrouvé : les premiers soupçons se portent aussitôt sur les autres fermiers qu'il tentait d'expulser de leurs terres. Mais c'est sans prendre en compte la vie adultère qu'il menait parallèlement.

Une momie est découverte par un enfant dans un labyrinthe le jour d'Halloween. Booth et Brennan se rendent compte au fil de leurs recherches qu'il s'agit du cadavre d'un serial killer.

Des employés du Jefferson retrouvent un cadavre calciné dans l'incinérateur de l'institut. Booth et Brennan doivent découvrir l'identité du tueur au plus vite car il s'agit visiblement de l'un des leurs.

Une capsule "témoin", devant servir de document historique, enterrée par la promotion 1987 d'un lycée est déterrée par un groupe d'anciens élèves. Ceux-ci sont très choqués lorsqu'ils trouvent à l'intérieur le corps d'un ancien camarade ! Booth et Brennan découvrent que la victime était un élève isolé, aussi décident-ils de fouiller dans le passé de la victime pour tenter de trouver son assassin.

Le corps d'un archevêque est retrouvé sur un chantier par des ouvriers. Ses rotules ont été enlevées de façon chirurgicale, ce qui incite l'équipe à revenir à l'affaire du Fils de la Veuve.

C'est la période de Noël et deux "Elfes" découvrent le corps décomposé d'un homme dans les égouts. La victime s'appelait Kristopher Kringle, un homme estimé dans sa profession... Parallèlement, l'équipe s'apprête à fêter Noël et Temperance Brennan souhaiterait se retrouver en famille avec son père... Booth, quant à lui, est de très mauvaise humeur car pour la première fois, il ne passera pas les fêtes de fin d'année avec son fils.

Un jeune couple découvre les restes d'un squelette dans une mare de boue chaude située en pleine forêt. Après étude, il s'avère que la victime présente de nombreuses fractures... Tandis que leur enquête les mène à s'intéresser de près à un rallye de motos, Brennan et Booth sont invités par le docteur Sweets à passer une soirée dans un cours de sculpture, où il sera également présent en compagnie de sa petite amie April.

Un joueur de basketball universitaire est retrouvé mort sous les gradins du terrain. Le malheureux a été écrasé. Brennan et Booth procèdent à l'interrogatoire d'un grand nombre de suspects allant de sa sœur à son entraîneur, en passant par sa petite amie et un joueur moins talentueux, ayant tiré profit de sa disparition. C'est également l'occasion pour Booth de rencontrer un ancien joueur qu'il admire, reconverti en flic chargé de la sécurité du campus.

Une femme est retrouvée morte dans sa voiture, son corps partiellement brûlé. Bien que le véhicule ait quitté la route, le bébé de la victime est retrouvé miraculeusement vivant, non loin de là. Brennan et Booth, chargés de l'enquête, deviennent donc responsables du nourrisson temporairement, tout en recherchant l'assassin dans la petite ville, où vivait la mère.

Toute l'équipe du Jeffersonian est convoquée à la barre lors du procès de Max Keenan pour le meurtre de Kirby, un agent du FBI. Seule Angela refuse de s'y rendre, par amitié pour Brennan et risque de devoir faire face à de lourdes conséquences... Brennan est nommée conseillère scientifique à la défense et s'efforce de prouver l'innocence de son père, ou du moins semer suffisamment le doute dans l'esprit des jurés.

Le cadavre du jeune chanteur Tommy Sour est retrouvé : il a été décapité et tous ses os sont fracturés. Brennan et Booth enquêtent auprès de son voisin et dans le restaurant où il se produisait souvent. Le nombre des suspects est particulièrement important, vu le nombre de candidats à un concours de chant, où ils espéraient tous se faire remarquer par un agent. L'une des fans de Tommy, bouleversée par sa mort, reporte son affection sur l'agent Booth. Celui-ci y prête peu d'attention malgré les avertissements de Sweets.

Le serial killer Gormogon fait de nouveau parler de lui. Le squelette en argent disparaît du coffre du Jeffersonian Institute. Suite à une explosion, Zack se retrouve à l'hôpital. La possibilité que le tueur en série ait un complice commence à voir le jour, tous les employés du Jeffersonian deviennent des suspects potentiels...

Booth accompagne Brennan en Angleterre, où elle doit donner une conférence dans la prestigieuse université d'Oxford. Mais le meurtre d'une héritière américaine va les amener à collaborer avec les autorités locales...

Leurs conférences passées, et l'affaire de l'homicide de l'héritière américaine résolue, Booth et Brennan s'apprêtent à repartir. Mais, Cate Pritchard, l'une de leur homologue leur fait part de la disparition mystérieuse de son équipier, Ian Wexler...

Le corps du présentateur d'un reality-show est retrouvé dans les toilettes préfabriquées d'un chantier. Le premier suspect est un des maris infidèle...

Lorsque Parker découvre un doigt dans un nid, Booth et Brennan enquêtent sur la mort de la victime à laquelle il appartenait. Cela les conduit dans l'univers souterrain des combats de chien.

Des morceaux de corps sont découverts dans une bassin d'évaporation, seule la tête manque à l'appel. Booth et Brennan commencent leur enquête mais cet élément clé leur fait cruellement défaut.

Lorsque l'ascenseur d'un immeuble s'arrête brusquement, une jambe décomposée tombe par un panneau du plafond. Booth et Brennan doivent trouver le coupable d'autant plus que celui-ci semble fumer des joints...

Deux hippies trouvent une moitié de corps dans la mer. Booth et Brennan enquêtent sur le meurtre mais l'affaire devient très étrange lorsqu'ils découvrent que la victime possède à la fois les caractéristiques d'un homme et d'une femme.

Booth et Brennan suspectent l'assistante d'un artiste dépressif d'être l'auteure du meurtre de son mentor, maquillé en suicide. Durant l'interrogatoire, celle-ci révèle être lesbienne et heureuse de revoir Angela, son premier amour...

Alors qu'un ranger fait une démonstration à des cadets leur apprenant pourquoi il ne faut pas lancement de grenade lacrymogène dans un laboratoire de meth, l'explosion qui en résulte propulse un corps qui n'aurait pas dû s'y trouver...

Booth et Brennan s'envolent pour la Chine aider le gouvernement à identifier des ossements anciens. Mais en cours de vol, un homicide a été commis. Une fois la liaison établie avec l'Institut Jefferson, les coéquipiers enquêtent avec les moyens du bord et doivent résoudre ce crime avant l'atterrissage de l'avion et la perte de leur juridiction...

Max, le père de Brenna, obtient un poste de professeur au Jeffersonian. Quand il se retrouve à aider à la résolution d'une enquête sur un meurtre, Brennan est gênée de la soudaine présence de son père dans sa vie professionnelle.

Booth et Brennan enquêtent dans le monde du cirque, sur la mort de deux sœurs siamoises. Pour les besoins de l'enquête, Seeley montre ses talents de lanceur de couteaux...

Quand un pompier bénévole est retrouvé mort, Booth fait partie des suspects car quelques jours auparavant, il s'est disputé avec lui à la patinoire lors d'un match de hockey sur glace. L'agent Payton Perotta est alors envoyée par le FBI pour superviser l'enquête.

Booth est kidnappé par le Fossoyeur et l'équipe du Jeffersonian doit le trouver et le sauver avant qu'il ne soit trop tard. En attendant, quand une preuve vient à manquer dans l'affaire du Fossoyeur, Brennan et Hodgins sont suspectés de l'avoir prise.

Alors que Booth est hors course à cause de ses problèmes de dos, Brennan fait de nouveau équipe avec l'agent Perotta. L'enquête les mène à une convention de science fiction pour élucider le meurtre d'une jeune femme.

Lors de leur cérémonie de mariage en saut en élastique, un couple découvre un corps. L'enquête mène Brennan et Booth dans un magasin de voitures. Pendant ce temps, l'équipe du Dr Brennan doit se dépêcher de trouver les preuves car le corps se décompose très rapidement en mousse verte.

Une équipe d'entretien des routes a découvert le corps d'une lycéenne dans leur camion. Pendant l'enquête, Brennan et Booth découvre que plusieurs lycéennes enceintes ont créé un groupe pour élever leurs enfants ensemble. Pendant ce temps, l'équipe du Dr Brennan est surprise par l'arrivée d'un nouveau stagiaire et Roxie rompt avec Angela.

Le corps à moitié mangé de l'ex fiancé de Cam est trouvé dans la cage du tigre d'un zoo. Booth et Brennan déterminent que sa mort n'est pas accidentelle. L'équipe reconstitue la dernière soirée de la victime et interroge les suspects.

Booth et Brennan sont sur une affaire d'os humains pulvérisés retrouvés dans un sac poubelle sur les lieux d'une séance photos. Quand l'équipe découvre un morceau de météorite logé dans l'oreille de la victime, cela les mène au Collar Institute of Science, un prestigieux centre de recherche à Washington. Après avoir interrogé les scientifiques de l'institut, ils découvrent que les restes appartiennent au Dr. Diane Sidman, une grande scientifique aussi rédactrice en ched du Journal du Collar Institute, également fiancée au fondateur du Collar Institute. Quand ils découvrent que le Dr. Sidman travaillait sur un projet extrêmement controversé, Brennan et Booth enquêtent sur de multiples menaces de mort dirigées contre elle.

Booth et Brennan enquêtent sur le meurtre d'une future mariée dont le corps a été retrouvé compacté dans une usine de recyclage. Au cours de l'investigation, ils croisent la fiancée du docteur Sweets, en plein essayage de robe de mariée et en compagnie d'un autre homme...

Un squelette humain est utilisé comme accessoire de scène par un groupe de death métal norvégien, que les autorités identifient comme un citoyen américain. L'équipe traque les restes jusqu'à un groupe de death métal underground américain et identifie la victime comme le bassiste nommé Mayhem d'un groupe appelé Spew.

Toute l'équipe se rend à l'enterrement d'un employé du Jeffersonian de la section Égyptologie. Mais en observant le corps, Brennan est persuadé que la mort n'est pas accidentelle et arrive à convaincre Booth de l'aider à voler le corps pour qu'elle et Cam puissent l'étudier.

Un ami détective de Booth, Ken Nakamura, l'appelle de Tokyo paniqué quand sa sœur Sachi disparaît à Washington. Booth et Brennan sont sur le coup, et leur enquête les mène à un canal où ils trouvent la tête de Sachi. Leur enquête va les conduire dans le milieux de la prostitution.

Quand le corps d'un jeune appartenant à une fraternité, surnommé Beaver, est trouvé à l'intérieur de l'uniforme de le mascotte d'une école rivale, Brennan et Booth découvrent qu'il préparait une tuerie.

Booth et toute l'équipe s'immergent dans le monde subtil de l’œnologie pour tenter de résoudre le meurtre d'un éminent critique. Parallèlement à cette enquête, Brennan prend la décision de concevoir un enfant ; elle ne cache pas à Booth qu'elle a pensé à lui pour en assurer la paternité biologique...

Toujours plongé dans le coma, le subconscient de Booth lui fait entrevoir la vie dont il rêvait dans les bras de Brennan.