宇宙産業の大手ベネリットグループが経営する、アスティカシア高等専門学園。水星からの編入生スレッタ・マーキュリーは、学園での新生活に胸を躍らせていた。だが到着間近、彼女は宇宙を漂う一つの影を発見する。

グエルとの決闘に勝利したスレッタ。しかし彼女のモビルスーツ・エアリアルには、禁止された魔女の技術、GUNDフォーマットを使用している嫌疑がかけられる。一方ミオリネは、父デリングにより退学の危機に直面していた。

決闘の再試合を強いられるスレッタ。エアリアルの廃棄処分を取り消すため、ミオリネの退学を回避するため、二人は協力関係を結ぶ。一方、対戦相手のグエルにとっても、この決闘は、絶対に負けられない戦いだった。

グエルからスレッタへの、突然のプロポーズ。困惑したスレッタはパニックになり、その場から逃げ出してしまう。皆がグエルの行動に驚く中、地球寮の生徒の一人チュチュは冷ややかな視線を送っていた。

ペイル・テクノロジーズがエランを利用して、エアリアルの秘密に迫ろうと画策する。何故か自分に優しく接するエランのことが、スレッタは気になっていた。そんな中スレッタはある日、エランから外出の誘いを受ける。

エランとの決闘を承諾したスレッタ。エランの豹変した態度に、彼女は戸惑いを隠せない。決闘の場所はフロント外宙域。推進ユニットを持たないエアリアルは、機体の増強を余儀なくされる。

エランと連絡が取れないまま茫然と日々を過ごすスレッタのもとに、ベネリットグループからインキュベーションパーティーの招待状が届く。ミオリネは行く必要なしと冷たくあしらうが、スレッタはエランとの再会を期待して……。

急遽始動した、株式会社ガンダム。社長となったミオリネは、地球寮のメンバーを社員として巻き込んでいく。だが、突貫で作られたため、事業内容は決まっていなかった。ミオリネはガンダムの呪いを解くきっかけを求めて、プロスぺラを訪ねる。

シャディクの策略により、株式会社ガンダムの起業は暗礁に乗り上げた。ミオリネは会社の命運を懸けて、彼に決闘を申し込む。決闘の条件は6対6の集団戦。しかし、地球寮にはモビルスーツもパイロットも足りず……。

シャディクとの決闘から二ヶ月。少しずつ軌道に乗り出した株式会社ガンダム。事業と学業を両立しながら、スレッタは充実した日々を送っていた。一方ミオリネは、多忙な社長業に邁進する中、フェンと思いがけない再開を果たす。

改修中のエアリアルを引き取るため、学園を出航する地球寮の一同。目的地は、ベネリットグループの巨大開発施設プラント・クエタ。だがスレッタは、ミオリネとのすれ違いにまだ思い悩んだままで……。

プラント・クエタを襲う、二機のガンダム。スレッタと分断されてしまったミオリネは、合流を目指し施設内を駆ける。一方、スレッタはミオリネを救うため、前へと歩みを進める。

プラント・クエタ襲撃事件から二週間。学園では一見平穏な日常が保たれていたが、事件について箝口令が敷かれており、地球寮のメンバーは息を詰まらせていた。翌日から開かれるオープンキャンパスの準備が進む中、スレッタの前には二人の編入生が現れる。

華やかなオープンキャンパスの裏で、スレッタはソフィが決闘を通して手に入れたいものを知る。一方、事態に責任を感じるニカは……。それぞれの想いや策謀が巡る中、バトルロイヤル方式の決闘イベント、ランブルリングの火蓋が切って落とされる。

プラント・クエタ襲撃事件の実行犯であるフォルドの夜明けは、ベネリットグループの駐留部隊から追われ、アジトからの撤退を余儀なくされる。アジトには、オルコットに捕虜として囚われたグエルの姿があった。父を殺し、深い絶望の中に沈んだままのグエルは……。

オープンキャンパスでの事件によって、学園は混沌の渦中にあった。事件の隠蔽と、地球での強引な治安活動を外部に報じられたベネリットグループは、状況を打開すべく、総裁選を開くことを決定する。そんな中、聴取を終えたミオリネは久々に学園へと戻る。

プロスぺラとデリングの因縁を打ち明けられたミオリネは、スレッタの解放を交換条件に、クワイエット・ゼロ計画を引き継ぐことを決める。ミオリネの17歳の誕生日は間もなく。花婿を決める最後の決闘が、ついに幕引きを迎える。

決闘に敗北し、ミオリネとエアリアルを一度に失ったスレッタ。悲しさを振り切るように、気丈に学園生活を送る。プロスペラとの約束どおり、総裁選に向けた準備を進めるミオリネだったが、シャディクの台頭に焦りを見せていた。

エアリアルと共に地球へ降り立ったミオリネは、デモを先導するアーシアンとの対話に臨む。苛烈な現地の様相は、平和的な交渉が至難であることを物語る。一方、地球寮の皆は、失意のスレッタを励ますことが出来ず……。

サリウス拉致の首謀者がシャディクであることを知ったグエル。父ヴィムを謀ったことへの怒りに燃えるグエルは、証拠を押さえるため学園へ急ぎ戻る。一方、シャディクはサリウスの移送を進めつつ、グエルを迎え撃つ準備を整えていた。

ノレアの暴走によって崩壊したアスティカシカ高等専門学園。生き残った学生たちは、救護を待ちつつ避難生活を強いられる日々を送っていた。そんな中、スレッタは学園の復旧作業に積極的に従事する。一方、地球から帰還したミオリネは、重い罪悪感に囚われていた。

クワイエット・ゼロを起動したプロスぺラとエリクト。2人を止めると決意したスレッタは新たなガンダム、キャリバーンに搭乗するため、ベネリットの本社フロントに向かう。一方ミオリネは、自らの選択が起こした凄惨な結果に打ちのめされていた。

キャリバーンを駆り、エリクトと真っ向から想いをぶつけ合うスレッタ。グエルもまた、ミオリネへの激しい憎悪を燃やすラウダと対峙する。乱戦の中、ミオリネたちを乗せたロケットは、クワイエット・ゼロへと向かう。

宇宙議会連合の放ったレーザー送電システムによって、激しく損壊したエアリアル。救出に駆け付けたスレッタの身体を、キャリバーン搭乗によるデータストームの負荷が襲う。一方、停止したクワイエット・ゼロでゴドイに捕らえられたミオリネたちは、エアリアルとユニットの譲渡を迫られる。