夢の中の丘で出会った王子様に恋する少女、花小金井ひばり。そんなある日、ひばりは王子様に出会ったその丘の上でパタPiを手に入れて…。

ひばりのパタPiであるデンスケが謎の敵に狙われた。その時、彼女の幼なじみである少女、桜上水すずめは…。

車に跳ねられそうになったデンスケを間一髪で助けたのは、東十条つぐみという少女だった。そんなつぐみと友だちになるひばりだったが、すずめはそれが面白くなくて…。

つぐみはひばりとすずめに、グループを組んで自分がリーダーになることを提案した。案の定ひと騒動が起きてしまうが、ついにグループ名が決定して…。

アキハバラでは毎年恒例「春のビリビリ祭り」が開催されていた。当然参加したひばり、すずめ、つぐみだが、そこにはまた敵の罠が…。

夢の中で王子様にカレーを手渡したひばりは、早速、現実の世界でもカレーを作ることにした。そして、すずめやつぐみも巻き込んでカレーを巡る壮絶なバトルが繰り広げられるのだが…。

「うちもすぐに電脳組の一員になるさかい。」と言って、突然現れた大阪娘、泉岳寺かもめ。彼女の登場で騒然となるひばりたち。果たして、かもめの目的は何なのだろうか？

いつもと変わらない朝。そんな穏やかな日常に突然の出来事が起こった。ひばりの靴箱の中になんとラブレターが入っていたのだ。だが、その差し出し人は、ちょっと普通じゃない女の子で…。

アキハバラの中心部地下に広がるアンダーアミューズメントパーク。無人のその場所で今、敵の総攻撃が始まった。果たして、ディーヴァを召還できないひばりたちに勝算はあるのか？

夢の中の王子様に会いたくてしょうがないひばりは、下校途中、雨の中走る車に水をかけられてしまった。だが、なんとその車から降りて出てきたのは、ひばりの王子様で…。

パワーアップしたブラッドファルコンらの攻撃に成す術もないすずめ、つぐみ、かもめ。彼女たちが絶体絶命の中、炎の中から現れたのは黒いディーヴァだった。果たして、その黒いディーヴァは敵か味方か？

ひばりたちのクラスに、大鳥居つばめというフランスからの転校生がやってきた。つばめの冷静で危険な行動に彼女を敬遠するクラスメイトたちだったが、ひばりはつばめと友だちになりたいと思って…。

時はさかのぼって、19世紀末のヨーロッパ。そこには、鷲羽ことクリスチャン・ローゼンクロイツとシゴーニュ、そしてひばりの王子様であるクレイン・バーシュタイクの姿があって…。

わ〜い夏だということで、ひばりたちはパタPiたちを連れて夏の海へとやってきた。初めて見る海に驚きを隠せないデンスケたち。今、パタPiたちの大冒険が始まる!!

普段は明るい彼女たちだが、それぞれに哀しみを胸に秘めて生きてきた。幼い頃、弟の名前にデンスケをつけようと考えていたひばりなど、アニマ・ムンディの過去が明らかになる。

エリヌースの作り出すタキオンフィールドに誘われたひばり。そこには、ひばり、つばめ、黒の王子だけがいた。絶体絶命の状態の中、ひばりはアフロディーテと霊機融合を果たして…。

受け入れられぬ愛ゆえに生み出された存在、鷹士。そんな自らの生い立ちに、絶望し存在意義を見い出そうと必死になる鷹士を受け止めるのは、じゅん、みやま、はとこたちだった…。

ひばりが合体し、すずめたちはそれぞれに驚きを隠せなかった。そんな中、愛を失った者と愛する者を守ろうとする者とのそれぞれの思いが交錯し、戦いを生み出して…。

ある日、街でつばめと出会ったひばりは、彼女を自分の家へと誘った。そこで生まれて初めて人の温かさに触れるつばめ。それはまた彼女にとって経験したことのない感情で…。

もう誰も傷つけたくない。そして自分を守る強さではなく、誰かを、友達を守る強さを手に入れたいと他人に対して心を開き始めたつばめ。彼女は、襲いかかる敵を前に自ら楯となり…。

すべてはプリムムモビーレを降下させること、そしてその中で眠るメタトロンの覚醒の為であり、肉体という頸城から精神を解放する為…。そんなローゼンクロイツの目的が明らかになる。

突如衛星軌道上に出現し、アキハバラへ降下し始めたプリムムモビーレ。ひばりたちは、校長の企みを阻止する為、そして白の王子を救う為にプリムムモビーレに向かい…。

ローゼンクロイツはクレインとの再会を果たした。そして、いよいよローゼンクロイツの野望が成就するかに思われたその時、突きつけられる現実はあまりに過酷であった…。

ひばりに「あと165日たったら迎えにくる…」と言い残して、白の王子は再び宇宙へと旅立った。アニマ・ムンディとしての使命を前に、ひばりは思い悩み…。

「僕の百年は一体何だったんだ!!」と言うクレイン。「デンスケと過ごした一年は、どんな百年にも絶対に負けてない!!」と言うひばり。そんなひばりとデンスケ、そしてすずめたちとそのパタPiたちとの絆は奇跡を起こす！