La Battlestar Galactica si ricongiunge alla Battlestar Pegasus dell'ammiraglio Cain, cui spetta di diritto il comando sul comandante Adamo. I rapporti tra i due equipaggi, all'inizio cordiali, si deteriorano con il passare del tempo. L'impostazione e l'etica "impartite" dall'Ammiraglio Cain si rivelano profondamente diverse dal modo più "fondato sul buonsenso" del Comandante. Il capitano Apollo e il tenente Kara Thrace sono trasferiti nella Pegasus a causa del loro comportamento.

Sulla Pegasus è presente una copia di Godfray che è stata violentata e picchiata, stesso trattamento che alcuni uomini della Pegasus vogliono riservare alla Cylone Sharon. Il capo Tyrol ed Helo intervengono e durante una colluttazione un ufficiale della Pegasus rimane ucciso. Sono quindi condannati a morte dall'ammiraglio secondo una stretta osservanza del codice militare sulle situazioni in zone di guerra. Adamo manda dei raptor contro la Pegasus che risponde con la stessa moneta. Kara Thrace intanto effettua una missione non autorizzata con il black bird per riprendere una nave Cylone in modo da dimostrare la superiorità della tattica del Galactica rispetto a quella della Pegasus.

I viper delle due battlestar si fronteggiano, Thrace torna dalla sua missione non autorizzata con le foto della flotta Cylone. L'ammiraglio Cain della Pegasus apprezza il lavoro ed il tenente viene promosso Capitano, capo dei viper della Pegasus. Roslin consiglia ad Adamo di uccidere l'ammiraglio. Intanto Tigh scopre una terribile verità circa la Pegasus: anche lei aveva una flotta civile. Il dottor Baltar scopre che i Cyloni non possono morire perché la loro conoscenza si trasferirebbe in un altro corpo e scopre anche che una nave della flotta Cylone è adibita a questo scopo, la Resurrection. L'ammiraglio Cain decide di avviare una missione congiunta Galactica-Pegasus per distruggere questa nave. Il comandante Adamo affida al capitano Thrace il compito di uccidere l'ammiraglio Cain, lo stesso comando è affidato dall'ammiraglio ai propri uomini.

Galactica e Pegasus attaccano congiuntamente la flotta Cylone con obbiettivo primario di distruggere la Resurrection, la nave che porta i corpi dei cyloni biologici. Il Blackbird pilotato da Apollo è colpito durante l'attacco, il pilota si espelle ma la sua tuta è lacerata e perde aria nello spazio. L'attacco ha esito positivo ed i Cyloni si ritirano. Nella partita tra l'Ammiraglio Cain ed Adamo si intromette la Cylone Six che, evasa grazie all'aiuto di Baltar, vuole giustizia ed uccide l'Ammiraglio Cain.

La nave base cylone che ha distrutto la Resurrection e portato via D'Anna si ricongiunge alla Flotta coloniale. D'Anna, che la controlla, tiene in ostaggio la squadra di recupero umana fino a quando gli ultimi 4 cyloni presenti nella flotta andranno sulla nave base. Tory va subito sulla nave base e si fa riconoscere dai cyloni, gli altri 3 sul Galctica sentono una musica che li porta al viper con cui è tornata Kara e che capta un segnale coloniale che indica la rotta per la Terra. Anche gli altri 3 cyloni nella flotta si rivelano. Tutta la flotta coloniale e la nave base arrivano sulla Terra e la trovano in condizioni invivibili.

Negli alloggi dell'ammiraglio, Saul Tigh comunica ad Adama che molte navi si rifiutano di far salire a bordo il personale Cylone (che deve procedere all'upgrade dei motori FTL) e che si registra un'ostilità crescente nella flotta verso i nuovi alleati. Adama, tramite Lee, fa sapere al consiglio dei 12 di essere pronto di imprigionare, al pari di Zarek, chiunque si rifiuti di collaborare.

Nel frattempo Felix Gaeta fa fuggire Zarek, e lo fa tornare sul Colonial One, dove Zarek comunica di essere stato liberato da Adama. Lee alla vista di Zarek resta contrariato e decide di rientrare sul Galactica per chiarire col proprio padre il perché di tali ordini contrastanti.

Sul Galactica intanto i rivoltosi alleati di Gaeta, tra cui anche diversi civili, iniziano ad armarsi. Gaeta ha una posizione privilegiata nel CIC per sabotare le comunicazioni e tirare le fila dell'ammutinamento.

Lee al rientro sul Galactica viene aggredito dai rivoltosi, e solo il pronto intervento di Kara, che nel frattempo di è accorta dell'ammutinamento in corso, gli salva la vita.

I rivoltosi imprigionano nella cella che già ospita Caprica 6, Sam, Helo, Athena e la figlia.

Nel CIC anche Adama e Saul vengono fatti prigionieri: Adama prova ad usare la propria autorità per intimorire i rivoltosi ma senza risultato. Prima di lasciare il CIC verso la cella dove dovranno venire rinchiusi in attesa di processo, Adama minaccia Gaeta: la rivolta non avrà successo, e Gaeta sarebbe morto per nulla. Lungo la strada per la cella Adama e Saul sopraffanno i marines e riescono a liberarsi.

Nel frattempo Lee e Kara recuperano il presidente Roslin e la portano nel rifugio di Baltar, dove Galen Tyrol sta organizzando la resistenza. Il presidente finalmente ritorna in sé, ed utilizzando l'impianto wi-fi di Baltar lancia un appassionato messaggio alla flotta, di non appoggiare i rivoltosi guidati da Gaeta.

In una stiva di carico Tyrol riesce a far arrivare un Raptor dalla nave base, di modo di permettere al presidente e a Baltar di lasciare il Galactica: anche Adama e Tyrol riescono a raggiungere la stiva di carico. Adama saluta la Roslin che sale sul Raptor; lui e il colonnello Tigh restano nella stiva di carico assediata dai marines a copertura della partenza del Raptor, mentre Lee, Kara e Tyrol rientrano nel condotto da cui sono venuti per continuare la resistenza.

Appena decollato, Gaeta vede il Raptor sul dradis ed ordina di abbatterlo.