De dunne scheidingslijn tussen mensen en de Cylons verandert wanneer Starbuck uit de dood herrijst en zegt dat ze Aarde heeft gevonden.

Terwijl Kara wanhopig Aarde zoekt, spelen politieke intriges en echtelijke ruzies aan boord van de Galactica. Ook de solidariteit van de Cylons staat onder druk.

Door de zoektocht naar Aarde ontstaat spanning onder Kara en haar bemanningsleden aan boord van de Demetrius.

Er worden onwaarschijnlijke verbonden gesloten nadat de zoektocht naar Aarde een onverwachte wending heeft genomen.

President Roslin wordt op de proef gesteld als de bemanning van de Galactica samen met Cylon-opstandelingen het verrijzeniscentrum van de vijand wil vernietigen.

Een bende opstandige Cylons gijzelt president Roslin en probeert de Laatste Vijf uit hun schuilplaats op de Galactica te lokken.

Na de cliffhanger halverwege het seizoen gaan de vloot en de Cylon-bondgenoten samen op zoek naar Aarde, maar treffen een verwoeste wereld aan.

Adama is van mening dat Cylon-technologie de enige manier is om zijn vloot te redden. Zijn voorstel voor een verdrag stuit op felle weerstand onder leiding van Zarek.

De weerstand tegen het verdrag met de Cylons wordt steeds grimmiger en voorstanders van het verdrag worden aangevallen.

Rebellen nemen de Galactica over en ondernemen stappen om Roslin en Adama te elimineren.