Sono passati tre anni dagli eventi del 2º Giorno. Un camioncino deposita un cadavere fuori dall’Unità Sanitaria di Los Angeles. Il corpo è infetto a causa di un virus mortale. Tony, ora in carica al CTU, viene a conoscenza del fatto che si tratta di una tattica di ricatto per riuscire ad ottenere il rilascio da parte del governo degli Stati Uniti di un signore della droga, Ramon Salazar, che Jack ha appena arrestato, prima che il fratello di Salazar diffonda il virus a Los Angeles. Jack e il suo nuovo partner, Chase Edmund, si preparano a firmare un accordo con Salazar in prigione. Salazar da un messaggio di avvertimento a Jack prima di uccidere il suo avvocato. Palmer è vivo e sta bene, ed è appena tornato a Los Angeles per la prima volta dopo l’attacco avvenuto tre anni prima. Sta partecipando alla campagna per la sua rielezione e si deve preparare per un dibattito importante con un senatore rivale. È accompagnato da suo fratello, che è anche il capo del suo staff, e il suo dottore, che è anche la sua fidanzata. Un giovane, Kyle Singer, viene visto esaminare una grande, misteriosa borsa contenente polvere bianca. Ha pianificato di portarla ad alcuni spacciatori più tardi in giornata, ma è stato osservato dagli uomini di Salazar. Kim adesso lavora al CTU e sta frequentando Chase da tre mesi. Kim vuole dirlo al padre, ma Jack è affetto da un misterioso problema di salute che potrebbe rendere le cose ancora più complicate.

Jack e Chase litigano a causa della relazione di Chase con Kim. Nel frattempo, trovano un indizio su dove si possa trovare il virus dopo aver fatto irruzione in una crackhouse. Linda rompe con Kyle quando scopre che sta progettando di fare una consegna di droga. Wayne si avvicina a Palmer con delle informazioni sulla sua fidanzata che potrebbero danneggiare le sue possibilità di essere rieletto, mentre un impiegato del CTU non è quello che sembra.

Sia Jack che Hector cercano Kyle, mentre Chase si scopre estromesso dalle missioni del CTU. Wayne e Palmer discutono a proposito delle implicazioni causate dal passato di Anne, mentre Ramon elimina uno dei suoi avversari con una mossa a sorpresa. Tony conduce un'operazione per prendere Kyle, ma scoppia la tragedia quando l’uomo di Salazar arriva per primo.