La CAT n'a pas pu empêcher un attentat visant Air Force One. Le moment est grave ! L'avion a-t-il explosé ? S'est-il écrasé ? Le Président est-il toujours en vie ? Des équipes de sauvetage sont envoyés pour constater l'étendue des dégâts, venir en aide aux survivants, si survivants il y a, et récupérer la mallette qui contient les codes et endroits de tout l'arsenal nucléaire du pays. Entretemps, à la Maison Blanche, le vice-Président est prévenu qu'il va devoir prendre les choses en main et rassurer le peuple américain...

Le Vice-Président Logan a prêté serment pour remplir les fonctions de Président des Etats- Unis. Jack a retrouvé la mallette nucléaire, mais des pages manquent dans le livre qui s'y trouve à l'intérieur. Ces pages contiennent le positionnement de l'arsenal nucléaire américain sur le territoire. Mais la plupart de ces armes sont en transit, et la CAT doit les localiser avant que Marwan parvienne à s'emparer de l'une d'elles...

La CAT a arrêté un témoin clé sur la disparition de la tête nucléaire. Mais à cause d'un avocat envoyé par Amnesty Global et du refus du Président Logan d'employer la méthode forte, ils ne peuvent rien tirer de lui. Jack décide d'outrepasser ses droits pour faire parler Prado. Alors que le Président hésite toujours sur la décision à prendre, Jack parvient à soutirer les informations à son prisonnier. Il se lance alors sur la piste de Marwan, mais le Président, furieux qu'on lui ait désobéit, donne l'ordre d'arrêter Jack Bauer...

Les Chinois continuent leur enquête pour découvrir le responsable de l'attaque qui a causé la mort du consul. Malgré, les efforts de la CAT pour brouiller les pistes, ils ont retrouvé l'agent identifié par leurs caméras de surveillance qui leur permettra de remonter jusqu'au coupable... Jack parvient à arrêter Mandy. Mais celle-ci refuse de coopérer tant qu'elle n'a pas un document signé par le Président qui lui assure l'immunité. Cependant, Palmer apprend qu'elle est celle qui lui avait tiré dessus 4 ans plus tôt...

Depuis les événements survenus 18 mois plus tôt, Jack Bauer, mort aux yeux de tous, se cache sous un faux nom. Seules quatre personnes connaissent la vérité ! Il est dans un petit bled en Californie lorsqu'il apprend par la télévision la terrible nouvelle... Michelle, également informée par les médias, décide de se rendre à la CAT pour apporter son aide. Elle se heurte au refus de Tony, qui préfère laisser le passé derrière eux et se consacrer à leur nouvelle vie. Le couple a en effet coupé tout lien avec la CAT depuis plus d'un an... Le Président Logan, de son côté, se prépare à recevoir le Président Russe Yuri Suvarov...

Sachant que son épouse a arrêté son traitement, le Président Logan pense qu'elle est à nouveau en proie à des délires et qu'elle a inventé la conversation téléphonique avec Palmer qui l'avertissait d'un problème de sécurité nationale. Pour s'en assurer, Walt décide de vérifier les enregistrements des appels... Une image de la vidéo de surveillance prouve que Jack Bauer était dans le bâtiment situé en face de celui où Palmer a été tué, une heure avant que le coup de feu n'ait été tiré. Buchanan informe le Président Logan que Bauer est leur principal suspect... Jack décide de se rendre sur le lieu du crime pour tenter de trouver des indices susceptibles de lui indiquer qui veut lui faire porter la responsabilité de la mort de l'ex-Président...

A l'aéroport Ontario, Jack trouve Chevensky, dont le nom figurait caché dans le manuscrit de Palmer. Alors que l'ex-agent de la CAT s'apprête à l'interroger, ils sont interrompus par plusieurs hommes équipés d'armes automatiques et de gilets explosifs qui pénètrent dans le terminal, tuant les agents de la sécurité et prenant les civils en otage. A l'extérieur, les autorités établissent immédiatement un périmètre de sécurité, empêchant Diane de rejoindre son fils qui est à l'intérieur au coeur du conflit...

Dénoncé et mis au pied du mur, Jack est contraint de se laisser capturer par les terroristes afin de sauver la vie de Derek. La CAT ayant perdu le contact avec Bauer, leur assaut est compromis. Le Président Logan refuse d'accéder à la demande des terroristes. La signature de traité est maintenue et un nouvel otage est exécuté... Martha attend le bon moment pour montrer la retranscription de sa conversation téléphonique avec David Palmer, pour lui prouver ainsi qu'elle n'a rien inventé... Un nouveau représentant du District débarque à la CAT et interfère dans le travail de toute l'équipe...

Alors qu'il aurait bien été utile sur le terrain pour aider à retrouver le suspect caché parmi les otages, Jack est convoqué à la CAT. L'agent Manning et ses hommes prennent le relais et tentent de localiser le complice... Informé de l'état de son épouse, le Président Logan se laisse convaincre par Walt de la nécessité de faire interner Martha... McGill demande à Audrey d'interroger Diane Huxley...

Jack Bauer propose à la CAT de révéler en secret à Mike Novick la trahison de Walt Cummings. Alors que les deux hommes conviennent d'une rencontre, l'appel est intercepté par Cummings... Traquée par le service de sécurité du Président, la Première Dame refuse de se laisser interner. Parviendra-t-elle à trouver de l'aide ?... Pendant ce temps, les tubes de gaz sont placés dans un container, prêts à quitter le pays...

Cummings voit son plan partir en fumée. Impuissant, il ne peut aider Jack à retrouver les neurotoxiques... Le Président demande personnellement à Bauer de les aider à sortir de cette crise... La CAT intercepte un appel entre Erwich et un inconnu qui va l'aider à dévérouiller les tubes de gaz. Il leur faut localiser l'appel et identifier l'interlocuteur. Chloé propose de réintégrer Spencer temporairement pour accélérer les choses...