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根據2004年魔法少女奈葉系列的第一期電視動畫《魔法少女奈葉》（全13話）改編，以原有的故事情節，構築新的腳本，添加新的設定而成的新製作。

大體與動畫版劇情相應，但更重點表現闇之書和守護騎士的故事細節，而且假面的戰士也沒有登場。

A pair of researchers remain on their dying planet of Eltria with their two daughters, Amitie and Kirie, in hopes of finding a way to revive the planet, but it was no use. Against her older sister's wishes, Kirie sets off with her childhood friend Iris to seek help from a distant alternate world. They arrive in Japan on Earth to search for the key to their planet's regeneration.

隨着荒廢而逐漸滅亡的行星・厄立特里亞。 而唯一殘留這片荒蕪的大地上的，就是由以「惑星再生」為夢想而埋首於研究中的科學家夫婦，以及二位女兒・阿米蒂埃和琦莉耶四人組成的弗洛利安家。 但是隨着父親葛蘭茲・弗洛利安因病倒下，惑星再生的夢想亦就此崩潰了。 在這樣的時刻，琦莉耶決定往「遙遠的異世界」尋求醫治父親和惑星再生的希望。然而即使面對姐姐，阿米蒂埃的阻撓下琦莉耶還是執意和青梅竹馬的好友・伊莉絲共同前往遙遠的異世界。 而兩人的目的地，就是那個被稱為「地球」的星球的極東地區上的小國・日本。 為了找到實現惑星再生夢想「關鍵」的琦莉耶和伊莉絲，把目標指向了住在日本三名少女上。 她們的名稱是「高町奈葉」、「菲特・T・哈洛溫」和「八神疾風」。 而她們的相遇，引起了以兩個世界和兩顆惑星的命運為賭注的戰鬥開始了——

故事緊接在《魔法少女奈葉Reflection》之後，以壞滅的星球（埃爾特利亞）為故事起點，描述居住在該星球上面的科學家女兒琦莉耶，為了拯救病危的父親以及星球再生的契機，逐奔向遙遠的異世界——地球，去尋求「永遠結晶」的存在，雖然姊姊阿米蒂埃曾試圖阻止她，但琦莉耶仍與好友伊莉絲堅持前往，進而與奈葉等人相遇，這份相遇、將關連到兩個世界以及星球的命運之戰緊緊聯繫再一起……？

究竟與琦莉耶有著怎樣的因緣？埃爾特里亞星球與地球未來的命運又將如何？

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