私立聖祥大付属小学校に通う高町なのはは、喫茶店経営の両親と兄と姉、仲良しの友達と共に平凡に暮らす小学三年生。ある日のこと、いつものように友達のアリサ、すずかの2人と下校中に公園の中で傷ついたフェレットを発見する。このフェレットは、異世界から来た魔法使いの少年・ユーノがこの世界で変身した姿なのだった。謎の黒い影に追われるユーノを助けるため、なのははユーノから魔法の杖「レイジングハート」を受け取る…！

ユーノと出会ったことで魔法の力を渡されたなのはは、襲ってきた謎の黒い影を撃退することに成功する。その後、ユーノの世界の事や魔法の事などをなのははユーノから聞く。そして、なのははユーノの捜し物『ジュエルシード』を集める手伝いをする事を決心する。そんな時、神社で新たなジュエルシードの反応が！？

昼間は普通の小学生、夕方からは魔法少女という二重生活に、ちょっぴり疲れ気味ななのは。ジュエルシード捜しは「一日休憩」…。そして、父・士郎がオーナー兼コーチをしているサッカーチームの応援に皆で出かけるのだが、またも新たなジュエルシードの反応。そして、街をも巻き込む危険を前になのはとレイジングハートの新たな魔法が発動する！

月村家のお茶会に呼ばれたなのはと恭也。穏やかな休日を過ごすなのはだったが、子猫が庭に落ちていたジュエルシードを発動させてしまう。封印に向かったなのは達の眼前に現れた、黒衣の魔法少女の目的とは…？

高町家と月村家合同での温泉旅行。温泉でくつろぐなのは達だったが、なのはが気にかけているのは、先日出会った黒衣の魔法少女…フェイトのこと。フェイトの使い魔アルフも登場して、再びぶつかりあう二人の魔法少女の運命は！？

集めたジュエルシードを手に、母のもとへと向うフェイト。フェイトとの戦いに、自分のなすべきことを見つけ始めるなのは。ジュエルシードを巡って再び衝突する二人の前に現れたのは時空管理局の魔道師、クロノだった。

クロノの案内で管理局艦船・アースラへと案内されるなのはとユーノ。管理局提督リンディから明かされるジュエルシードの正体とその性能。ジュエルシード問題は管理局が引き受ける、という申し出に対して、ユーノとなのはは…？

アースラ艦内からジュエルシード捜索を続けるなのはとユーノ。管理局から逃走しながらジュエルシードを探索するフェイトとアルフ。発見されないままの残り6つを得るため、フェイトはある賭けに出るのだが…。

アーラスからの一時帰宅を許可され、家族やアリサ・すずかとの再会に笑顔のなのは。フェイトはジュエルシード回収の不手際を母プレシアに責められ、その非道についにアルフが怒る。そしてなのはは今回の事件について、ある決意をする･･･。

自らの魔法に思いをこめ、フェイトとの最終決戦に望むなのは。戸惑いつつも全力でなのはを迎え撃つフェイト。それ見守るユーノとアルフ、クロノをエイミィ。そして、二人の戦いについに決着が･･･！

ジュエルシードを発動させ、忘れられた都アルハザードへの扉を開こうとするプレシア。世界を道連れにするその旅立ちを止めようとするリンディとクロノ、なのは、ユーノ。そんな中、医療室で崩折れたままのフェイトは･･･。

「プレシア・テスタロッサ事件」は終焉を迎え、平和な暮しへと戻るなのはたち。静かに過ぎてゆく日々の中、なのははフェイトのことを思う。そんなある朝、なのはの携帯電話が鳴る…。