通往私立聖祥大附屬小學的高町奈葉是一位普通的小學三年級生，與經營咖啡店的父母、哥哥和姐姐以及親近的朋友一起過著平凡的生活。

某一天，她和朋友愛麗莎、鈴香一如既往地在放學路上，在公園中發現了一只受傷的貂。

這只貂原來是來自異世界的魔法師少年尤諾，在這個世界化身的模樣。

為了幫助被神秘黑影追逐的尤諾，奈葉接受了尤諾的魔法杖「烈日之心」！

在與尤諾相遇後，奈葉得到了魔法的力量，成功擊退了那些襲來的神秘黑影。

之後，她從尤諾那裡了解到有關尤諾的世界和魔法的種種事情。

於是，奈葉決心幫助尋找尤諾失落的「聖石之種」。

就在這時，在神社裡出現了新的聖石之種的反應！？

白天是普通的小學生，傍晚卻過著魔法少女的雙重生活，略感疲憊的奈葉。

尋找聖石之種的工作休息了一天。

接著，當大家一同前往父親士郎兼教練所在的足球隊進行支援時，再次感應到了新的聖石之種的反應。

在面臨危險，並將整個城市捲入其中時，奈葉和烈日之心的新魔法得以發動！

被月村家邀請參加茶會的奈葉和恭也。

度過了一個寧靜的假日，但當一隻小貓將庭院中的聖石之種啟動時，情況變得複雜。

在奈葉等人前往封印時，出現在他們面前的黑衣魔法少女的目的是……？

高町家和月村家共同參加的溫泉之旅。

在溫泉中放鬆的奈葉等人，但奈葉心中牽掛的是不久前遇到的黑衣魔法少女...菲特。

隨著菲特的使魔艾爾芙也登場，這兩位魔法少女再次交鋒，她們的命運將會如何交織！？

奈葉因為菲特的事而感到困擾。

愛麗莎和鈴香對奈葉的擔憂。

奈葉在回想三人相遇的經過時，心中充滿對菲特的思念。

當菲特第三次出現在奈葉面前尋找聖石之種時，奈葉向她透露了自己的名字……。

手持著收集到的聖石之種，菲特朝向母親的所在地前進。

在與菲特的戰鬥中，奈葉開始找到自己應該做的事情。

圍繞聖石之種再次發生衝突的兩人面前，出現了時空管理局的魔法師克羅諾。

在克羅諾的引導下，奈葉和尤諾被帶到了時空管理局的艦船阿斯拉。

在管理局提督琳蒂的指導下，揭示了聖石之種的真實身份和性能。

對於管理局提出的願意承擔聖石之種問題的提議，尤諾和奈葉將做出何種回應呢？

被允許從阿拉斯暫時回家，奈葉與家人、愛麗莎和鈴香重逢，笑容滿面。

菲特由於聖石之種回收的差錯受到母親普蕾希亞的責備，艾爾芙終於對這不公正發火。

而奈葉對於這次事件做出了某種決心…。

奈葉將自己的思念注入魔法，期待著與菲特的最終決戰。

菲特戰戰兢兢，全力以赴迎擊奈葉。尤諾、艾爾芙、克羅諾與艾蜜等人注視著這場戰鬥。

而最終，兩人的戰鬥終於迎來了結局……！

普蕾希亞試圖啟動聖石之種，打開通往被遺忘之都阿爾哈扎德的大門。

琳蒂、克羅諾、奈葉和尤諾試圖阻止她以這種方式出發，將世界牽連其中。

與此同時，在醫療室中崩潰的菲特……。

「普蕾希亞·泰斯塔羅莎事件」迎來終結，奈葉等人回歸平靜的生活。

在平靜的日子裡，奈葉一直思念著菲特。

某個早晨，奈葉的手機響起……。