前回の事件から半年あまり。魔法の練習を続けつつも平穏に暮らし、フェイトとの再会を待つなのは。だが、そんななのはの前に、突如謎の襲撃者が現れる。｢闇の書｣を手に魔導師の魔力を集める少女の正体は…？

救援に訪れたフェイトは、襲撃者ヴィータをなんとか退けるが、その仲間・闇の書の守護騎士シグナムとザフィーラの衝撃を受ける。圧倒的な戦力差にピンチの一同。バルディッシュは破壊され、そしてなのはも…。

魔力を奪われてしまったなのは。闇の書事件の解決のため、アースラクルー一同は、海鳴市に駐屯所を設置し、対策本部を設立。フェイトはなのはと同じクラスに編入する。そして、傷ついたレイジングハート達は…。

優しいはやてのもとで日々を過ごす守護騎士たち。なのはたちは事件の真相を確かめるため、騎士たちとの再戦を決意する。そして、二人の元に戻ってくるレイジングハートとバルディッシュの新たな力とは…？

カートリッジシステムを搭載し、生まれ変わったレイジングハートとバルディッシュ。その力で騎士たちと戦うなのはたちだったが、新たな勢力、仮面をつけた謎の戦士が現れて…。

守護騎士たちとはやての出会いと、これまでの日々。ただ純粋にはやてのために戦う守護騎士たち。一方、ユーノは本局に派遣され、クロノの師匠リーゼたちの元で、ある調査を開始する…。

ユーノの調査で判明してゆく、闇の書の正体。そして蒐集を続ける守護騎士たちのもとへ、なのはたちが向かう。だが戦いの最中にまたも仮面の戦士が現れる。その時、フェイトは…。

はやての容態が急変し､さらに闇の書の完成を急ぐ守護騎士たち。すずかの友達として病院に見舞いに行ったことがきっかけで､はやてと出会うなのはとフェイトだったが…。

クリスマス・イブ。闇の書の完成直前に､なのはとフェイトははやてが闇の書の主であるということを知ってしまう。そして激戦と波乱の末､ついに闇の書の封印が解かれる。だが､その時目覚めたものは…。

はやての願いを叶えるため、なのはたちを倒し、世界を壊そうとする「闇の書の意志」。仮面の戦士の正体も明らかになり、事件は加速をつけて最終局面へと向かってゆくのだった。

闇の書の内部に閉じ込められたフェイト。「安らかな眠り」へと誘う闇の書の意志。そんな闇の書の意志に答えるはやて。そしてなのはは思いを込めて、レイジングハートのフルドライブモードを起動する！

そして､「闇の書事件」は終わりを告げた。そして戻ってくる日常の中､なのははある決心をする。小さな別れと新たな旅立ち､それぞれの未来を描いた､シリーズ完結編。