名為昂·中島的少女被捲入機場火災之中。

由於對前來救災的魔導師「高町奈葉」心生嚮往, 昂也立志成為幫助人們的魔導師,並且向測驗挑戰。

她與搭檔緹亞娜一同迎向挑戰,而他們在測驗會場所遇見的竟是……

基於一些想法,八神疾風設立了新部隊「機動六課」。

除了奈葉與菲特調職至此, 由疾風所挖角的昂和緹亞娜也加入了部隊。

而另一方面,機械兵器正在米德其路達的市街上大肆鬧事……

機動六課的成員們齊聚一堂。

擔任前線前鋒的4位成員,馬上就向擔 任機動六課戰技教官的奈葉所設計的戰鬥訓練進行挑戰。

而機動六課 的成立目的,就是保護與管理危險的古代遺物「聖遺晶石」。

昂、緹亞娜、艾利歐、凱洛4人將迎接這個挑戰…

機動六課的前鋒們與奈葉每天持續進行著訓練。

疾風前往機動六課設立的協助者,也就是聖王教會的卡莉姆那兒討論今後的事件。

這時警報突然響起,共鳴拓發者出現在山岳地帶,並且發生 了列車遭受襲擊的緊急狀況。

手上拿著配合4位隊員所製作的專用魔導儀、 昂、緹亞娜、艾利歐、凱洛4人闖入了失控的列車。

在奈葉與菲特所守護的天空下,4位成員展開了各自的戰鬥。

而對自己「龍召喚」能力抱有一絲恐懼的凱洛……

隨著首次出動結束,前鋒隊員們也對訓練更加投入。

疾風前往陸士108部隊,向昂的父親・原野請求協助搜查。

另一方面,菲特得知這次事件的主使者, 竟然是自己一直在追查的廣域次元罪犯……………

機動六課負責擔任飯店拍賣會的警備任務。

緹亞娜一直很煩惱，因為和六課其他優秀至極的隊員相較之下，自己實在是太過平凡。

正當她煩惱自己為什麼會被找來六課的時候，在暗地裡行動的斯卡利艾迪、召喚士璐緹希雅以及騎士傑斯特出現了。

在飯店的攻防戰之中，蒂雅娜雖然奮力迎敵…。

緹亞娜犯下了令她悔恨不已的誤射。

她拼命努力，試圖藉此超越自我，身為搭檔的昴也助她一臂之力，「為了讓自己變強」，兩人為此努力不懈。

時間到了奈葉與繁星搭檔進行模擬戰的當天，身為教官的奈葉隊兩人全新的搭檔方式……

在模擬戰裡，緹亞娜被嚴厲的奈葉擊墜，繁星分隊成員的想法之間也毫無交集。

大家還沒能彌補這個缺口，改良型的II型就現身於海上。

莎莉歐告知了還沒整理好情緒的昴與緹亞娜一件往事，那件發生在奈葉的過去，令人不禁鼻酸的意外……

每天的訓練都進展得很順利。

這時,為了獎勵大家順利結束了第二階段,4位前鋒得到了「整整一天的休假」。

繁星&雷光搭檔便上街遊玩,這4個人度過「和平假日」的方式是?

機動六課的成員保護著一名與聖遺晶石有關的神秘少女。

共鳴拓發者在市街的天空以及下水道現身,機動六課趕緊採取了應對行動。

面對緊急事件,疾風提出了限定解除的申請。 此時,新的敵人出現在一行人的面前。

戰鬥在地底與空中持續進行,地面總部的雷吉亞斯則觀看著這場戰爭。

前鋒成員與璐緹希雅一行人展開激戰,隊長們則是持續進行著防衛戰。

相對於敵人「序印者」玩弄機動六課於股掌間的行動, 六課成員所採取的對策是………..

少女薇薇鷗接受了機動六課的保護。

隊員們思考著先前的事件以及薇薇鷗的身分。

關於序印者,品想出了一些頭緒。

這時,疾風向奈葉他們透露了「六課設立的真正理由」。

聖王教會·卡莉姆提出了名為「預言」的危機預測。

為了應對可能發生的戰鬥,前線隊員們持續進行著準備。

另一方面,對於無處可去的薇薇鷗,奈葉暗自下定了決心。

在局勢進展之中,連接了過去與現在的「戰鬥機人事件」,其真相究竟是……………

為了偵察事件真相,銀河被外派到機動六課。

另一方面,在斯卡利艾迪的秘密基地裡,「序印者」終於全部完工, 為了襲擊地面總部而一步步進行準備。

這時,與戰鬥機人事件牽扯頗深的昂與銀河………..

時間是公開意見陳述會當天。機動六課一行人負責擔任戒備的任務。

就在會議平靜地進行的途中,斯卡利艾迪正逐步進行著準備。

對於並未現身的襲擊者,奈葉他們根本難以推斷出對方的意圖。

就在此時,襲擊行動終於展開了……………

地上總部與機動六課遭受襲擊,並且逐步受到破壞。

在這一面倒的敗戰之中,前鋒隊員們拼命進行抵抗。

等待著昂以及銀河的命運是……………。

在逐一成真的預言之中,機動六課將會……………。

戰敗的隔天,米德地面以及管理局陷入一片混亂。

隊舍慘遭破壞,機動六課的成員也都受傷或是住院。

一行人一邊逼近事件的真相,一邊立誓要東山再起。

而斯卡利艾迪真正的目的究竟是……………。

機動六課以船艦阿斯拉為根據地。

序印者前往攻擊備戰中的六課,這便是英靈戰士襲擊事件。

此時現身的「13號」戰鬥機人, 以及斯卡利艾迪喚醒的那惡夢般的科技………………。

為了對地面進行壓制,序印者朝地上總部前進。

薇薇鷗被揭露的身世與誕生的原因, 以及觀看事情進展的最高評議會的想法與本意。

為了應付在各地展開的戰鬥,六課成員兵分三路。

菲特與莎赫潛入斯卡利艾迪的秘密基地。

在地上防衛線方面,前鋒隊員和序印者、璐緹希雅展開激鬥。

昂與銀河終於「重逢」。

至於潛入「搖籃」的奈葉與薇塔……………。

凱洛與艾利歐持續說服璐緹希雅。

秘密基地裡,菲特和斯卡利艾迪僵持不下。

奈葉則是朝搖籃內部前進。危機四伏的戰鬥愈演愈烈。

傑斯特與雷吉亞斯的過去揭曉。

艾利歐、凱洛,再加上菲特, 雷光分隊的「戰鬥」將以何種形式結束,而菲特的決心又是……………

儘管負傷,薇塔仍舊賭上性命要破壞搖籃的驅動爐。

另一方面,奈葉則與化身為聖王的薇薇鷗交戰。

所剩時間不多,每個人迎向的結局將會是……………?

命運的最終決戰終於要做出了結。

昂與緹亞娜前往救援被留在搖籃內部的奈葉一行人。

艾利歐與凱洛則是前去搭救菲特。

JS事件即將結束,機動六課也將完成他們的使命。

第三季即將在此劃下句點。(END)