空港火災に巻き込まれた少女、スバル・ナカジマ。災害救助に訪れた魔導師、『高町なのは』の姿に憧れたスバルは、自身も人を救える魔導師を目指し、試験に挑戦する。コンビパートナーのティアナと立ち向かう、試験会場での出会いとは…。

ある思いから、八神はやてが立ち上げた新設部隊『機動六課』。なのはとフェイトも出向するその部隊に、はやてからのスカウトを受けるスバルとティアナ。一方、ミッドチルダ市街地では、不穏な機械兵器が活動を行っていた…。

機動六課に集結するメンバー一同。前線フォワードメンバー４人は、早速、機動六課の戦技教導官であるなのはの戦闘訓練に挑戦する。機動六課の目的は、危険な古代遺物『レリック』の保守管理。立ち向かうスバル・ティアナ・エリオ・キャロの4人は…。

機動六課フォワード陣となのはの訓練の日々は続く。はやては機動六課設立の協力者でもある聖王教会・カリムの元に赴き今後の事件について相談する。その時、突然の警報が鳴り響く。山岳地帯にガジェットが出現、列車が襲われる緊急事態が発生する。

初出動を終え、ますます訓練に熱が入るフォワード陣。陸士108部隊では、はやてがスバルの父・ゲンヤに捜査協力を依頼していた。一方フェイトは、今回の事件の犯人が、自身が追い続けていた広域次元犯罪者である事を知り…。

ホテルオークションの警備を担当する機動六課。ティアナは六課の優秀すぎる隊員達と平凡な自分を比較し、思い悩んでいた。「自分は何故、六課に呼ばれたのか」そんな中、暗躍するスカリエッティと召喚士ルーテシア、騎士ゼスト。ホテル防衛戦の最中、ティアナは懸命に戦うが……。

痛恨のミスショットをしてしまったティアナ。失敗を必死の努力で乗り越えようとするティアナに、パートナーのスバルは協力し、２人で「強くなるため」の努力をする。そして迎える、なのはとスターズコンビの模擬戦の日。２人の新たなコンビネーションに対して、教官であるなのはは……。

苛烈な撃墜が行われた模擬戦。想いがすれ違うスターズ隊のメンバー。それを取り戻す時間もないまま、海上に改良型のⅡ型が現れる。心の整理がつかないスバルとティアナに、シャリオはある出来事を伝える。それはなのはの過去に起こった、ある悲しい事故についてだった……。

好調に進んでゆく訓練の日々。そんな中、第二段階終了のご褒美に「丸一日の休暇」を貰うこととなったフォワード4名。街へと遊びに出かけるスターズ＆ライトニングコンビ。4人の｢平和な休日｣の過ごし方は？

レリックと繋がれた謎の少女を保護した機動六課メンバー。市街地の空と地下水路にガジェットが現れ、対応を急ぐ機動六課。異常事態に、はやては自身の限定解除を申請。そして、一同の前に、新たな敵が姿を現す。

地下と空で続いてゆく戦いと、それを見守る地上本部のレジアス。ルーテシア一行と戦闘するフォワードメンバーと防衛線を続ける隊長陣。機動六課一同を翻弄するかのように行動する敵「ナンバーズ」に対して一同が取った対抗策とは……。

機動六課によって保護された少女、ヴィヴィオ。先の事件とヴィヴィオの素性について思案を巡らせる一同。ナンバーズらについて思い当たる節のあるスバル。そして、はやてはなのは達に「六課設立の本当の理由」を告げる。

聖王教会・カリムの「預言」という名の危険予測。起こりうる戦いに備えて準備を続ける前線メンバー一同。一方、行き場のないヴィヴィオに対して、なのははある事を心に決める。動き出す事態の中、過去と現在を結ぶ「戦闘機人事件」の真相とは……。

事件捜査のため、機動六課に出向となったギンガ。一方、スカリエッティのアジトでは遂に「ナンバーズ」が全機完成。地上本部襲撃に向けて、着々と準備を進める。そんな中、戦闘機人事件と深い関わりを持つスバルとギンガは……。

公開意見陳述会の当日。警備につく機動六課一同。静かに進んでゆく会の最中、スカリエッティは着々と準備を進める。姿を見せない襲撃者たちの意図を計りかねるなのはたち。そんな中、遂に襲撃は開始される……！

襲われ、破壊されてゆく地上本部と機動六課。壊滅的な敗戦の最中、懸命に戦うフォワード一同。そして、スバルとギンガに待ち受ける運命とは……。達成されてゆく預言の中、機動六課は……。

敗戦の翌日。混乱を隠せないミッド地上と管理局。壊された隊舎と負傷・入院した機動六課メンバー。事件の真相に迫りながら、再起を誓う一同。そして、スカリエッティの真の目的とは……。

艦船アースラを本拠地とした機動六課。戦いに備える一同の元に飛び込んでくる、ナンバーズによるアインヘリアル襲撃事件。そこにいた「１３番目」の戦闘機人。そして、スカリエッティが蘇らせた悪夢の叡智とは……。

地上制圧のため、地上本部へと向かうナンバーズ。明かされるヴィヴィオの出自と誕生の理由。そして、事態を見守る最高評議会の思惑と真意。それぞれの場所で巻き起こる戦いに、六課メンバーは三手に分かれる。

スカリエッティのアジトに突入するフェイトとシャッハ。地上防衛ラインで始まるフォワード陣とナンバーズ・ルーテシアらの戦闘。「再会」を果たすスバルとギンガ。そして、「ゆりかご」に突入したなのはとヴィータは……。

ルーテシアへの説得を続けるキャロとエリオ。アジト内でスカリエッティと対峙するフェイト。ゆりかご内部を進むなのは。危険な戦いは、さらなる激化を続ける。

なのはの眼前で、遂に｢聖王｣としての覚醒を迎えてしまうヴィヴィオ。スバルとティアナ、それぞれに訪れる決着の時。未来を賭け、勇気を込めたその一撃は……。

明かされるゼストとレジアスの過去。エリオとキャロ、そしてフェイト。ライトニング隊の｢戦い｣に訪れる決着と、フェイトの決意とは……。

負傷を負いながらも、ゆりかご駆動炉の破壊に命を賭けるヴィータ。聖王化したヴィヴィオと戦うなのは。残りわずかの時間の中、それぞれの場所に訪れる結末とは…？

ゆりかご内部に取り残されたなのは達の救出に向かうスバルとティアナ。フェイト救出に向かうエリオとキャロ。そして終結を迎えるJS事件と、その役目を終える機動六課。第三期シリーズ、堂々完結の最終話。