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私立聖祥大付属小学校に通う高町なのはは、喫茶店経営の両親と兄と姉、仲良しの友達と共に平凡に暮らす小学三年生。ある日のこと、いつものように友達のアリサ、すずかの2人と下校中に公園の中で傷ついたフェレットを発見する。このフェレットは、異世界から来た魔法使いの少年・ユーノがこの世界で変身した姿なのだった。謎の黒い影に追われるユーノを助けるため、なのははユーノから魔法の杖「レイジングハート」を受け取る…！

ユーノと出会ったことで魔法の力を渡されたなのはは、襲ってきた謎の黒い影を撃退することに成功する。その後、ユーノの世界の事や魔法の事などをなのははユーノから聞く。そして、なのははユーノの捜し物『ジュエルシード』を集める手伝いをする事を決心する。そんな時、神社で新たなジュエルシードの反応が！？

昼間は普通の小学生、夕方からは魔法少女という二重生活に、ちょっぴり疲れ気味ななのは。ジュエルシード捜しは「一日休憩」…。そして、父・士郎がオーナー兼コーチをしているサッカーチームの応援に皆で出かけるのだが、またも新たなジュエルシードの反応。そして、街をも巻き込む危険を前になのはとレイジングハートの新たな魔法が発動する！

月村家のお茶会に呼ばれたなのはと恭也。穏やかな休日を過ごすなのはだったが、子猫が庭に落ちていたジュエルシードを発動させてしまう。封印に向かったなのは達の眼前に現れた、黒衣の魔法少女の目的とは…？

高町家と月村家合同での温泉旅行。温泉でくつろぐなのは達だったが、なのはが気にかけているのは、先日出会った黒衣の魔法少女…フェイトのこと。フェイトの使い魔アルフも登場して、再びぶつかりあう二人の魔法少女の運命は！？

フェイトのことで思い悩むなのは。そんななのはを心配するアリサとすずか。なのはは三人の出会いを回想しつつ、フェイトのことを思う。ジュエルシードを求め、三度なのはの前に立つフェイトに、なのはは自分の名を伝えるのだが…。

集めたジュエルシードを手に、母のもとへと向うフェイト。フェイトとの戦いに、自分のなすべきことを見つけ始めるなのは。ジュエルシードを巡って再び衝突する二人の前に現れたのは時空管理局の魔道師、クロノだった。

クロノの案内で管理局艦船・アースラへと案内されるなのはとユーノ。管理局提督リンディから明かされるジュエルシードの正体とその性能。ジュエルシード問題は管理局が引き受ける、という申し出に対して、ユーノとなのはは…？

アースラ艦内からジュエルシード捜索を続けるなのはとユーノ。管理局から逃走しながらジュエルシードを探索するフェイトとアルフ。発見されないままの残り6つを得るため、フェイトはある賭けに出るのだが…。

アーラスからの一時帰宅を許可され、家族やアリサ・すずかとの再会に笑顔のなのは。フェイトはジュエルシード回収の不手際を母プレシアに責められ、その非道についにアルフが怒る。そしてなのはは今回の事件について、ある決意をする･･･。

自らの魔法に思いをこめ、フェイトとの最終決戦に望むなのは。戸惑いつつも全力でなのはを迎え撃つフェイト。それ見守るユーノとアルフ、クロノをエイミィ。そして、二人の戦いについに決着が･･･！

ジュエルシードを発動させ、忘れられた都アルハザードへの扉を開こうとするプレシア。世界を道連れにするその旅立ちを止めようとするリンディとクロノ、なのは、ユーノ。そんな中、医療室で崩折れたままのフェイトは･･･。

「プレシア・テスタロッサ事件」は終焉を迎え、平和な暮しへと戻るなのはたち。静かに過ぎてゆく日々の中、なのははフェイトのことを思う。そんなある朝、なのはの携帯電話が鳴る…。

前回の事件から半年あまり。魔法の練習を続けつつも平穏に暮らし、フェイトとの再会を待つなのは。だが、そんななのはの前に、突如謎の襲撃者が現れる。｢闇の書｣を手に魔導師の魔力を集める少女の正体は…？

救援に訪れたフェイトは、襲撃者ヴィータをなんとか退けるが、その仲間・闇の書の守護騎士シグナムとザフィーラの衝撃を受ける。圧倒的な戦力差にピンチの一同。バルディッシュは破壊され、そしてなのはも…。

魔力を奪われてしまったなのは。闇の書事件の解決のため、アースラクルー一同は、海鳴市に駐屯所を設置し、対策本部を設立。フェイトはなのはと同じクラスに編入する。そして、傷ついたレイジングハート達は…。

優しいはやてのもとで日々を過ごす守護騎士たち。なのはたちは事件の真相を確かめるため、騎士たちとの再戦を決意する。そして、二人の元に戻ってくるレイジングハートとバルディッシュの新たな力とは…？

カートリッジシステムを搭載し、生まれ変わったレイジングハートとバルディッシュ。その力で騎士たちと戦うなのはたちだったが、新たな勢力、仮面をつけた謎の戦士が現れて…。

守護騎士たちとはやての出会いと、これまでの日々。ただ純粋にはやてのために戦う守護騎士たち。一方、ユーノは本局に派遣され、クロノの師匠リーゼたちの元で、ある調査を開始する…。

ユーノの調査で判明してゆく、闇の書の正体。そして蒐集を続ける守護騎士たちのもとへ、なのはたちが向かう。だが戦いの最中にまたも仮面の戦士が現れる。その時、フェイトは…。

はやての容態が急変し､さらに闇の書の完成を急ぐ守護騎士たち。すずかの友達として病院に見舞いに行ったことがきっかけで､はやてと出会うなのはとフェイトだったが…。

クリスマス・イブ。闇の書の完成直前に､なのはとフェイトははやてが闇の書の主であるということを知ってしまう。そして激戦と波乱の末､ついに闇の書の封印が解かれる。だが､その時目覚めたものは…。

はやての願いを叶えるため、なのはたちを倒し、世界を壊そうとする「闇の書の意志」。仮面の戦士の正体も明らかになり、事件は加速をつけて最終局面へと向かってゆくのだった。

闇の書の内部に閉じ込められたフェイト。「安らかな眠り」へと誘う闇の書の意志。そんな闇の書の意志に答えるはやて。そしてなのはは思いを込めて、レイジングハートのフルドライブモードを起動する！

夜天の魔導書「リインフォース」の真の主となるはやて。だが､切り離された防御プログラムが暴走を開始し､守護騎士･管理局一同がそれに対抗すべく集結する。その時､なのはたちが切り出した対抗策とは…？

そして､「闇の書事件」は終わりを告げた。そして戻ってくる日常の中､なのははある決心をする。小さな別れと新たな旅立ち､それぞれの未来を描いた､シリーズ完結編。

空港火災に巻き込まれた少女、スバル・ナカジマ。災害救助に訪れた魔導師、『高町なのは』の姿に憧れたスバルは、自身も人を救える魔導師を目指し、試験に挑戦する。コンビパートナーのティアナと立ち向かう、試験会場での出会いとは…。

ある思いから、八神はやてが立ち上げた新設部隊『機動六課』。なのはとフェイトも出向するその部隊に、はやてからのスカウトを受けるスバルとティアナ。一方、ミッドチルダ市街地では、不穏な機械兵器が活動を行っていた…。

機動六課に集結するメンバー一同。前線フォワードメンバー４人は、早速、機動六課の戦技教導官であるなのはの戦闘訓練に挑戦する。機動六課の目的は、危険な古代遺物『レリック』の保守管理。立ち向かうスバル・ティアナ・エリオ・キャロの4人は…。

機動六課フォワード陣となのはの訓練の日々は続く。はやては機動六課設立の協力者でもある聖王教会・カリムの元に赴き今後の事件について相談する。その時、突然の警報が鳴り響く。山岳地帯にガジェットが出現、列車が襲われる緊急事態が発生する。

4人に合わせて生み出されたそれぞれの専用デバイスを手に、スバル・ティアナ・エリオ・キャロの4人は暴走列車へと突入する。なのはとフェイトが守る空の下、4人はそれぞれの戦いに挑む。そして、自身の「竜召喚」の力にかすかな恐れを持っていたキャロは…。

初出動を終え、ますます訓練に熱が入るフォワード陣。陸士108部隊では、はやてがスバルの父・ゲンヤに捜査協力を依頼していた。一方フェイトは、今回の事件の犯人が、自身が追い続けていた広域次元犯罪者である事を知り…。

ホテルオークションの警備を担当する機動六課。ティアナは六課の優秀すぎる隊員達と平凡な自分を比較し、思い悩んでいた。「自分は何故、六課に呼ばれたのか」そんな中、暗躍するスカリエッティと召喚士ルーテシア、騎士ゼスト。ホテル防衛戦の最中、ティアナは懸命に戦うが……。

痛恨のミスショットをしてしまったティアナ。失敗を必死の努力で乗り越えようとするティアナに、パートナーのスバルは協力し、２人で「強くなるため」の努力をする。そして迎える、なのはとスターズコンビの模擬戦の日。２人の新たなコンビネーションに対して、教官であるなのはは……。

苛烈な撃墜が行われた模擬戦。想いがすれ違うスターズ隊のメンバー。それを取り戻す時間もないまま、海上に改良型のⅡ型が現れる。心の整理がつかないスバルとティアナに、シャリオはある出来事を伝える。それはなのはの過去に起こった、ある悲しい事故についてだった……。

好調に進んでゆく訓練の日々。そんな中、第二段階終了のご褒美に「丸一日の休暇」を貰うこととなったフォワード4名。街へと遊びに出かけるスターズ＆ライトニングコンビ。4人の｢平和な休日｣の過ごし方は？

レリックと繋がれた謎の少女を保護した機動六課メンバー。市街地の空と地下水路にガジェットが現れ、対応を急ぐ機動六課。異常事態に、はやては自身の限定解除を申請。そして、一同の前に、新たな敵が姿を現す。

地下と空で続いてゆく戦いと、それを見守る地上本部のレジアス。ルーテシア一行と戦闘するフォワードメンバーと防衛線を続ける隊長陣。機動六課一同を翻弄するかのように行動する敵「ナンバーズ」に対して一同が取った対抗策とは……。

機動六課によって保護された少女、ヴィヴィオ。先の事件とヴィヴィオの素性について思案を巡らせる一同。ナンバーズらについて思い当たる節のあるスバル。そして、はやてはなのは達に「六課設立の本当の理由」を告げる。

聖王教会・カリムの「預言」という名の危険予測。起こりうる戦いに備えて準備を続ける前線メンバー一同。一方、行き場のないヴィヴィオに対して、なのははある事を心に決める。動き出す事態の中、過去と現在を結ぶ「戦闘機人事件」の真相とは……。

事件捜査のため、機動六課に出向となったギンガ。一方、スカリエッティのアジトでは遂に「ナンバーズ」が全機完成。地上本部襲撃に向けて、着々と準備を進める。そんな中、戦闘機人事件と深い関わりを持つスバルとギンガは……。

公開意見陳述会の当日。警備につく機動六課一同。静かに進んでゆく会の最中、スカリエッティは着々と準備を進める。姿を見せない襲撃者たちの意図を計りかねるなのはたち。そんな中、遂に襲撃は開始される……！

襲われ、破壊されてゆく地上本部と機動六課。壊滅的な敗戦の最中、懸命に戦うフォワード一同。そして、スバルとギンガに待ち受ける運命とは……。達成されてゆく預言の中、機動六課は……。

敗戦の翌日。混乱を隠せないミッド地上と管理局。壊された隊舎と負傷・入院した機動六課メンバー。事件の真相に迫りながら、再起を誓う一同。そして、スカリエッティの真の目的とは……。

艦船アースラを本拠地とした機動六課。戦いに備える一同の元に飛び込んでくる、ナンバーズによるアインヘリアル襲撃事件。そこにいた「１３番目」の戦闘機人。そして、スカリエッティが蘇らせた悪夢の叡智とは……。

地上制圧のため、地上本部へと向かうナンバーズ。明かされるヴィヴィオの出自と誕生の理由。そして、事態を見守る最高評議会の思惑と真意。それぞれの場所で巻き起こる戦いに、六課メンバーは三手に分かれる。

スカリエッティのアジトに突入するフェイトとシャッハ。地上防衛ラインで始まるフォワード陣とナンバーズ・ルーテシアらの戦闘。「再会」を果たすスバルとギンガ。そして、「ゆりかご」に突入したなのはとヴィータは……。

ルーテシアへの説得を続けるキャロとエリオ。アジト内でスカリエッティと対峙するフェイト。ゆりかご内部を進むなのは。危険な戦いは、さらなる激化を続ける。

なのはの眼前で、遂に｢聖王｣としての覚醒を迎えてしまうヴィヴィオ。スバルとティアナ、それぞれに訪れる決着の時。未来を賭け、勇気を込めたその一撃は……。

明かされるゼストとレジアスの過去。エリオとキャロ、そしてフェイト。ライトニング隊の｢戦い｣に訪れる決着と、フェイトの決意とは……。

負傷を負いながらも、ゆりかご駆動炉の破壊に命を賭けるヴィータ。聖王化したヴィヴィオと戦うなのは。残りわずかの時間の中、それぞれの場所に訪れる結末とは…？

ゆりかご内部に取り残されたなのは達の救出に向かうスバルとティアナ。フェイト救出に向かうエリオとキャロ。そして終結を迎えるJS事件と、その役目を終える機動六課。第三期シリーズ、堂々完結の最終話。

Takamachi Nanoha is a normal fourth-grader who feels a little useless and out-of-place with no purpose. Then one day, she saves a ferret, who turns out to be a mage from another planet who came to this planet to search for the jewl seeds. Nanoha agrees to help, but this task gets complicated when another girl arrives to steal them.

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A pair of researchers remain on their dying planet of Eltria with their two daughters, Amitie and Kirie, in hopes of finding a way to revive the planet, but it was no use. Against her older sister's wishes, Kirie sets off with her childhood friend Iris to seek help from a distant alternate world. They arrive in Japan on Earth to search for the key to their planet's regeneration.

The film will delve into the history between Iris and Yuri, and the tragedy of Eltoria's "Planet Reclamation Committee."