故事緊接在《魔法少女奈葉Reflection》之後，以壞滅的星球（埃爾特利亞）為故事起點，描述居住在該星球上面的科學家女兒琦莉耶，為了拯救病危的父親以及星球再生的契機，逐奔向遙遠的異世界——地球，去尋求「永遠結晶」的存在，雖然姊姊阿米蒂埃曾試圖阻止她，但琦莉耶仍與好友伊莉絲堅持前往，進而與奈葉等人相遇，這份相遇、將關連到兩個世界以及星球的命運之戰緊緊聯繫再一起……？

究竟與琦莉耶有著怎樣的因緣？埃爾特里亞星球與地球未來的命運又將如何？

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通往私立聖祥大附屬小學的高町奈葉是一位普通的小學三年級生，與經營咖啡店的父母、哥哥和姐姐以及親近的朋友一起過著平凡的生活。

某一天，她和朋友愛麗莎、鈴香一如既往地在放學路上，在公園中發現了一只受傷的貂。

這只貂原來是來自異世界的魔法師少年尤諾，在這個世界化身的模樣。

為了幫助被神秘黑影追逐的尤諾，奈葉接受了尤諾的魔法杖「烈日之心」！

在與尤諾相遇後，奈葉得到了魔法的力量，成功擊退了那些襲來的神秘黑影。

之後，她從尤諾那裡了解到有關尤諾的世界和魔法的種種事情。

於是，奈葉決心幫助尋找尤諾失落的「聖石之種」。

就在這時，在神社裡出現了新的聖石之種的反應！？

白天是普通的小學生，傍晚卻過著魔法少女的雙重生活，略感疲憊的奈葉。

尋找聖石之種的工作休息了一天。

接著，當大家一同前往父親士郎兼教練所在的足球隊進行支援時，再次感應到了新的聖石之種的反應。

在面臨危險，並將整個城市捲入其中時，奈葉和烈日之心的新魔法得以發動！

被月村家邀請參加茶會的奈葉和恭也。

度過了一個寧靜的假日，但當一隻小貓將庭院中的聖石之種啟動時，情況變得複雜。

在奈葉等人前往封印時，出現在他們面前的黑衣魔法少女的目的是……？

高町家和月村家共同參加的溫泉之旅。

在溫泉中放鬆的奈葉等人，但奈葉心中牽掛的是不久前遇到的黑衣魔法少女...菲特。

隨著菲特的使魔艾爾芙也登場，這兩位魔法少女再次交鋒，她們的命運將會如何交織！？

奈葉因為菲特的事而感到困擾。

愛麗莎和鈴香對奈葉的擔憂。

奈葉在回想三人相遇的經過時，心中充滿對菲特的思念。

當菲特第三次出現在奈葉面前尋找聖石之種時，奈葉向她透露了自己的名字……。

手持著收集到的聖石之種，菲特朝向母親的所在地前進。

在與菲特的戰鬥中，奈葉開始找到自己應該做的事情。

圍繞聖石之種再次發生衝突的兩人面前，出現了時空管理局的魔法師克羅諾。

在克羅諾的引導下，奈葉和尤諾被帶到了時空管理局的艦船阿斯拉。

在管理局提督琳蒂的指導下，揭示了聖石之種的真實身份和性能。

對於管理局提出的願意承擔聖石之種問題的提議，尤諾和奈葉將做出何種回應呢？

在阿斯拉艦內繼續尋找聖石之種的奈葉和尤諾。

同時，菲特和艾爾芙在逃離管理局的過程中仍在尋找聖石之種。

為了獲得剩下的六顆聖石之種而不被發現，菲特進行了一場賭局……。

被允許從阿拉斯暫時回家，奈葉與家人、愛麗莎和鈴香重逢，笑容滿面。

菲特由於聖石之種回收的差錯受到母親普蕾希亞的責備，艾爾芙終於對這不公正發火。

而奈葉對於這次事件做出了某種決心…。

奈葉將自己的思念注入魔法，期待著與菲特的最終決戰。

菲特戰戰兢兢，全力以赴迎擊奈葉。尤諾、艾爾芙、克羅諾與艾蜜等人注視著這場戰鬥。

而最終，兩人的戰鬥終於迎來了結局……！

普蕾希亞試圖啟動聖石之種，打開通往被遺忘之都阿爾哈扎德的大門。

琳蒂、克羅諾、奈葉和尤諾試圖阻止她以這種方式出發，將世界牽連其中。

與此同時，在醫療室中崩潰的菲特……。

「普蕾希亞·泰斯塔羅莎事件」迎來終結，奈葉等人回歸平靜的生活。

在平靜的日子裡，奈葉一直思念著菲特。

某個早晨，奈葉的手機響起……。

前次的事件後過了半年左右，奈葉在平穩的生活中持續著魔法練習，並等待著與非特再次相見。

然而，在這樣的日子裡，突然出現了一名神秘的襲擊者。這位手持「闇之書」，收集魔導師魔力的少究竟是…？

前來救援的非特，總算是擊退了襲擊者薇塔。

但也受到了她的同伴，闇之書的守護騎士希格諾與札斐拉的攻擊。

在壓倒性的戰力差下，雷光戰斧被摧毀，而奈葉也……。

奈葉的魔力被奪走了，為了解決闇之書事件，阿斯拉上的成員們決定在海鳴市設置了駐留所，並成立了對策本部。

菲特被編入和奈葉同一個班級。而受傷的烈日之心們又……。

在溫柔的疾風身邊過著每一天的守護騎士們。

奈葉她們為了查明事件的真相，決定與守護騎士們再度交戰。

而回歸到她們身邊的烈日之心和雷光戰斧，帶著新的力量……？

搭載了魔力彈填裝系統而重生的烈日之心與雷神戰斧。

奈葉等人以新的力量對抗騎士們，然而，新的勢力，戴著面具的神秘戰士現身了……。

守護騎士們與疾風相遇之後的每一天，只是單純地為了保護疾風而戰。

另一方面，尤諾被調派到本局，在克羅諾的師傅莉澤的指導下，展開了一項調查……。

在尤諾的調查中，闇之書的真相已逐漸明朗。

於是奈葉等人前往持續收集的守護騎士們身邊。

然而，在戰鬥中，戴著面具的戰士又再次現身。

而在這時，菲特……。

疾風的身體狀況突然惡化，更加快了著急想完成闇之書的守護騎士們。

以作為鈴香的朋友前往醫院探病為契機，奈葉和菲特與疾風相遇了但……。

聖誕夜前夕。就在闇之書即將完成的時候，奈葉和菲特得知疾風竟然是闇之書的主人。

在激戰和波瀾之後，終於闇之書的封印被解除了。

然而，那時覺醒的是……。

為了實現疾風的願望，「闇之書的意志」試圖打倒奈葉等人，並摧毀世界。

在得知了假面戦士的身份也逐漸浮現，事件正加速地迎向最終結局。

被困在闇之書內部的菲特，被闇之書的意志引誘進入「安詳的沉睡」。

疾風回應了闇之書的意志的作為。而奈葉傾注了堅定的信念，啟動了烈日之心的全力驅動模式！

疾風成為了夜天的魔導書「天使之翼」的真正主人。

然而，被分離的防禦程式開始失控暴走，守護騎士和管理局成員齊聚一堂對抗它。

在這個時候，奈葉等人提出了應對策略是……？

「闇之書事件」宣告了結束。

而在回歸平凡的日常中，奈葉下了一個決心。

在小小的別離和全新的旅程中，描繪著各自的未來，系列的完結篇。

名為昂·中島的少女被捲入機場火災之中。

由於對前來救災的魔導師「高町奈葉」心生嚮往, 昂也立志成為幫助人們的魔導師,並且向測驗挑戰。

她與搭檔緹亞娜一同迎向挑戰,而他們在測驗會場所遇見的竟是……

基於一些想法,八神疾風設立了新部隊「機動六課」。

除了奈葉與菲特調職至此, 由疾風所挖角的昂和緹亞娜也加入了部隊。

而另一方面,機械兵器正在米德其路達的市街上大肆鬧事……

機動六課的成員們齊聚一堂。

擔任前線前鋒的4位成員,馬上就向擔 任機動六課戰技教官的奈葉所設計的戰鬥訓練進行挑戰。

而機動六課 的成立目的,就是保護與管理危險的古代遺物「聖遺晶石」。

昂、緹亞娜、艾利歐、凱洛4人將迎接這個挑戰…

機動六課的前鋒們與奈葉每天持續進行著訓練。

疾風前往機動六課設立的協助者,也就是聖王教會的卡莉姆那兒討論今後的事件。

這時警報突然響起,共鳴拓發者出現在山岳地帶,並且發生 了列車遭受襲擊的緊急狀況。

手上拿著配合4位隊員所製作的專用魔導儀、 昂、緹亞娜、艾利歐、凱洛4人闖入了失控的列車。

在奈葉與菲特所守護的天空下,4位成員展開了各自的戰鬥。

而對自己「龍召喚」能力抱有一絲恐懼的凱洛……

隨著首次出動結束,前鋒隊員們也對訓練更加投入。

疾風前往陸士108部隊,向昂的父親・原野請求協助搜查。

另一方面,菲特得知這次事件的主使者, 竟然是自己一直在追查的廣域次元罪犯……………

機動六課負責擔任飯店拍賣會的警備任務。

緹亞娜一直很煩惱，因為和六課其他優秀至極的隊員相較之下，自己實在是太過平凡。

正當她煩惱自己為什麼會被找來六課的時候，在暗地裡行動的斯卡利艾迪、召喚士璐緹希雅以及騎士傑斯特出現了。

在飯店的攻防戰之中，蒂雅娜雖然奮力迎敵…。

緹亞娜犯下了令她悔恨不已的誤射。

她拼命努力，試圖藉此超越自我，身為搭檔的昴也助她一臂之力，「為了讓自己變強」，兩人為此努力不懈。

時間到了奈葉與繁星搭檔進行模擬戰的當天，身為教官的奈葉隊兩人全新的搭檔方式……

在模擬戰裡，緹亞娜被嚴厲的奈葉擊墜，繁星分隊成員的想法之間也毫無交集。

大家還沒能彌補這個缺口，改良型的II型就現身於海上。

莎莉歐告知了還沒整理好情緒的昴與緹亞娜一件往事，那件發生在奈葉的過去，令人不禁鼻酸的意外……

每天的訓練都進展得很順利。

這時,為了獎勵大家順利結束了第二階段,4位前鋒得到了「整整一天的休假」。

繁星&雷光搭檔便上街遊玩,這4個人度過「和平假日」的方式是?

機動六課的成員保護著一名與聖遺晶石有關的神秘少女。

共鳴拓發者在市街的天空以及下水道現身,機動六課趕緊採取了應對行動。

面對緊急事件,疾風提出了限定解除的申請。 此時,新的敵人出現在一行人的面前。

戰鬥在地底與空中持續進行,地面總部的雷吉亞斯則觀看著這場戰爭。

前鋒成員與璐緹希雅一行人展開激戰,隊長們則是持續進行著防衛戰。

相對於敵人「序印者」玩弄機動六課於股掌間的行動, 六課成員所採取的對策是………..

少女薇薇鷗接受了機動六課的保護。

隊員們思考著先前的事件以及薇薇鷗的身分。

關於序印者,品想出了一些頭緒。

這時,疾風向奈葉他們透露了「六課設立的真正理由」。

聖王教會·卡莉姆提出了名為「預言」的危機預測。

為了應對可能發生的戰鬥,前線隊員們持續進行著準備。

另一方面,對於無處可去的薇薇鷗,奈葉暗自下定了決心。

在局勢進展之中,連接了過去與現在的「戰鬥機人事件」,其真相究竟是……………

為了偵察事件真相,銀河被外派到機動六課。

另一方面,在斯卡利艾迪的秘密基地裡,「序印者」終於全部完工, 為了襲擊地面總部而一步步進行準備。

這時,與戰鬥機人事件牽扯頗深的昂與銀河………..

時間是公開意見陳述會當天。機動六課一行人負責擔任戒備的任務。

就在會議平靜地進行的途中,斯卡利艾迪正逐步進行著準備。

對於並未現身的襲擊者,奈葉他們根本難以推斷出對方的意圖。

就在此時,襲擊行動終於展開了……………

地上總部與機動六課遭受襲擊,並且逐步受到破壞。

在這一面倒的敗戰之中,前鋒隊員們拼命進行抵抗。

等待著昂以及銀河的命運是……………。

在逐一成真的預言之中,機動六課將會……………。

戰敗的隔天,米德地面以及管理局陷入一片混亂。

隊舍慘遭破壞,機動六課的成員也都受傷或是住院。

一行人一邊逼近事件的真相,一邊立誓要東山再起。

而斯卡利艾迪真正的目的究竟是……………。

機動六課以船艦阿斯拉為根據地。

序印者前往攻擊備戰中的六課,這便是英靈戰士襲擊事件。

此時現身的「13號」戰鬥機人, 以及斯卡利艾迪喚醒的那惡夢般的科技………………。

為了對地面進行壓制,序印者朝地上總部前進。

薇薇鷗被揭露的身世與誕生的原因, 以及觀看事情進展的最高評議會的想法與本意。

為了應付在各地展開的戰鬥,六課成員兵分三路。

菲特與莎赫潛入斯卡利艾迪的秘密基地。

在地上防衛線方面,前鋒隊員和序印者、璐緹希雅展開激鬥。

昂與銀河終於「重逢」。

至於潛入「搖籃」的奈葉與薇塔……………。

凱洛與艾利歐持續說服璐緹希雅。

秘密基地裡,菲特和斯卡利艾迪僵持不下。

奈葉則是朝搖籃內部前進。危機四伏的戰鬥愈演愈烈。

覺醒為「聖王」的薇薇鷗終於出現在奈葉眼前。

昂與緹亞娜分別面臨一決勝負的時刻。

賭上未來、傾注勇氣的一擊將會……………。

傑斯特與雷吉亞斯的過去揭曉。

艾利歐、凱洛,再加上菲特, 雷光分隊的「戰鬥」將以何種形式結束,而菲特的決心又是……………

儘管負傷,薇塔仍舊賭上性命要破壞搖籃的驅動爐。

另一方面,奈葉則與化身為聖王的薇薇鷗交戰。

所剩時間不多,每個人迎向的結局將會是……………?

命運的最終決戰終於要做出了結。

昂與緹亞娜前往救援被留在搖籃內部的奈葉一行人。

艾利歐與凱洛則是前去搭救菲特。

JS事件即將結束,機動六課也將完成他們的使命。

第三季即將在此劃下句點。(END)

根據2004年魔法少女奈葉系列的第一期電視動畫《魔法少女奈葉》（全13話）改編，以原有的故事情節，構築新的腳本，添加新的設定而成的新製作。

大體與動畫版劇情相應，但更重點表現闇之書和守護騎士的故事細節，而且假面的戰士也沒有登場。

A pair of researchers remain on their dying planet of Eltria with their two daughters, Amitie and Kirie, in hopes of finding a way to revive the planet, but it was no use. Against her older sister's wishes, Kirie sets off with her childhood friend Iris to seek help from a distant alternate world. They arrive in Japan on Earth to search for the key to their planet's regeneration.

隨着荒廢而逐漸滅亡的行星・厄立特里亞。 而唯一殘留這片荒蕪的大地上的，就是由以「惑星再生」為夢想而埋首於研究中的科學家夫婦，以及二位女兒・阿米蒂埃和琦莉耶四人組成的弗洛利安家。 但是隨着父親葛蘭茲・弗洛利安因病倒下，惑星再生的夢想亦就此崩潰了。 在這樣的時刻，琦莉耶決定往「遙遠的異世界」尋求醫治父親和惑星再生的希望。然而即使面對姐姐，阿米蒂埃的阻撓下琦莉耶還是執意和青梅竹馬的好友・伊莉絲共同前往遙遠的異世界。 而兩人的目的地，就是那個被稱為「地球」的星球的極東地區上的小國・日本。 為了找到實現惑星再生夢想「關鍵」的琦莉耶和伊莉絲，把目標指向了住在日本三名少女上。 她們的名稱是「高町奈葉」、「菲特・T・哈洛溫」和「八神疾風」。 而她們的相遇，引起了以兩個世界和兩顆惑星的命運為賭注的戰鬥開始了——