デヴィッドたちは赤い盾本部に到着した。翼手化の反応がないかメディカルチェックを受ける一方、そこでカイは、赤い盾が有する謎の資料“ジョエルの日記”を読み、そこに記された内容に衝撃を受ける。その頃フランスでは、アンシェル、ソロモン、ジェイムズ、ネイサンのシュヴァリエの兄弟たちが介し、自分たちの計画の妨げとなる小夜の処遇について会合を行っていた。

フランス・マルセイユ新港に隣岸する赤い盾本部船。昏睡状態にあったリクは目を覚まし一同は喜ぶが、以前とは違う自分の体にリクは不安を感じていた。そんな弟の姿を見ても、カイはどうすることもできない。そんな中、小夜を付け狙うシフの一団が赤い盾本部に迫り来る。

ソーンが進行し、倒れてしまったイレーヌ救うため、彼女に血を与えてくれ、とカイは小夜に懇願する。小夜は困惑するが、血を与えようとする。一方、赤い盾本部に残り研究を続けるジュリアは、師であるコリンズがある人物と接触している事に気づき始める……。

天気の良いある日。小夜はハジ・リク、そしてカイを誘いパリの街へ散歩に出る。久しぶりに訪れた穏やかな時間。しかしカイは、未だわだかまりを解くことができず、小夜にそっけない態度をとってしまう。リクはそんな二人の間にたち、橋渡しになろうとする。かつての3人に戻れるように。そのころ、デヴィッドのもとに思いもよらない訪問者が現れていた…。

ディーヴァの赤い盾本部襲撃後、カイたちはイギリス・ロンドン郊外にあるデヴィッドのかつての戦友が暮らす家に身を寄せていた。あれから1年。時の経過は皆を様々に変化させる。そしてまた、ロンドンの街には翼手の影が蠢き、日常に迫りつつあって…。

一年の歳月は、シフたちにも確実に影を落としていた。グドリフとダーズにソーンがあわられ、少なくなった仲間どうし、日の光を避け、廃教会でひっそりと肩をよせあう日々。そんな彼らに、さらなる絶望が襲い掛かろうとしていた。コープスコーズが突如としてシフたちに攻撃をしかけてきて……。

岡村と真央、二人の協力により、ゴールドスミスとサンクフレシュの共同出資でロンドン郊外に建てられた研究施設ををつきとめたデヴィッドは、施設への潜入を図る。その頃、ロンドン市内のロイヤルオペラハウスでディーヴァが歌うことを知った小夜とハジ。オペラハウスに潜入した二人だが、その前にジェイムズが立ち塞がる。

小さな集落の廃墟が海側にひとつあるきりの無人島でディーヴァのプロモーション制作が企画されている、との岡村と真央の情報を元に、デヴィッドたちはクリスチーナ島へ向う。しかし、そこで待ち受けていたのはジェイムズと量産型シフ:コープスコーズだった。

ディーヴァの腹に双子の子供がいると知った小夜は双子が生まれ、倒すべき敵が増える前にディーヴァを斬ることを決意する。一方、生き残った3人のシフたち。モーゼスとルルゥは、カルマンの首元から覗く死の印“ソーン”を見て、愕然とする……。

印(ソーン)が現れ、死を覚悟したカルマンを抱きしめ、｢死なせはしない!｣と誓うモーゼス。生き残るためにディーヴァの血が必要だと、ジェイムズから聞かされたモーゼスは、その血を得る代償として要求されたものを奪いにゆく。それは、カイの命だった……。ジェイムズの真意になど気づくわけもなく、モーゼスは一人、刃を手にする。

ディーヴァに瀕死の重傷を負わされ、囚われの身となったソロモンの前に、ジェイムズが現れる。全ての者に絶望をもたらそうとするジェイムズは、小夜を抹殺する事をソロモンに宣言する。一方デヴィッド、カイ達は、ディーヴァのオペラの世界同時生中継を阻止すべく、作戦行動に出ていた。ハジ・ルルゥのみのアパートで眠る小夜に、ジェイムズの凶刃が近づく……