Saya Otonashi es una joven común y corriente que vive en Japón con sus medios hermanos Kai y Riku Miyagusuku, al cuidado de su "padre" George Miyagusuku, ella padece de amnesia y no puede recordar bien su pasado (aunque tiene visiones relacionadas a ello) todo esto cambia cuando Saya es atacada en su escuela por una especie de Monstruo, en su rescate aparece un extraño personaje llamado Haji el cual parece conocer muy bien a Saya y su misterioso pasado.

Kai y Riku, que habían sido dejados por David en un puerto, buscan a Saya en Hanói, donde conocen a una chica llamada Mui, lesionada por una bomba. La siguen hasta su casa, donde ayuda a sus padres, negándose a ir a un conservatorio de Francia por ellos. Por la noche, Riku, Kai y Mui son secuestrados por Van Argiano y sus hombres, que planean usarlos de material de experimentación para el Delta 67.

Kai y Haji convencen a Saya de que no mate a las niñas y no se mate. Amshel aparece e intenta llevarse a las niñas con él, pero Haji lo impide. David (que ha salvado a Van Argiano de morir) aparece y cuenta que los Estados Unidos van a bombardear el edificio para eliminar a los quirópteros en él. Haji ensarta a Amshel con la katana de Saya y se sacrifica para que el Escudo Rojo pueda huir.