Die neutrale Kolonie Heliopolis wird von den ZAFT-Kräften angegriffen, was einen noch viel größeren Konflikt ausartet, in den der Junge Kira und seine Freunde ungewollt hineingezogen werden.

Die Jugendlichen haben ein streng gehütetes Militärgeheimnis gesehen, weshalb sie nun nicht mehr so leicht davonkommen.

Die Kinder sind gezwungen, auf der Archangel zu verweilen. Und Kira wird erneut auf die Probe gestellt.

Kira entdeckt ein defektes Rettungsboot und bringt es an Bord der Archangel. Alle sind überrascht, Flay Allster als einen der geretteten Zivilisten vorzufinden. Die Archangel beschließt, den Militärsatelliten Artemis der Eurasischen Föderation anzusteuern, um Hilfe zu holen. Rau Le Creuset folgt ihr und plant einen Angriff auf die Archangel. Kira beschließt, die Strike weiter zu fliegen, und seine Freunde melden sich freiwillig, um Mitglieder der Crew der Archangel zu werden.

Mu La Flaga und Kira starten einen Gegenangriff auf das ZAFT-Schiff Vesalius. Mitten im Kampf geht der Phasenverschiebungspanzerung des Strike die Energie aus, und Athrun nutzt diesen Moment, um sich den Strike zu schnappen, damit er Kira mitnehmen kann, aber Kira kann sich mit Mu's Hilfe befreien.

Die Archangel und ihre Besatzung werden von den Streitkräften von Artemis gefangen gehalten. Nicol Amalfi greift Artemis in seinem GAT-X207 Blitz an, der mit seiner Mirage-Kolloid-Panzerung praktisch unsichtbar bleibt und den Schirm von Artemis zerstört, der die Asteroidenfestung schützt. Während des Angriffs gelingt es dem Erzengel zu entkommen.

Die Archangel ist im Trümmergürtel auf der Suche nach Wasser. Sie sind schockiert, als sie sich in den Ruinen von Junius Sieben wiederfinden, also beschließt die Crew, eine Gedenkfeier abzuhalten. Als sie das Eis ausgraben, das sie um die Ruine herum gefunden haben, greift ein Mobile Suit der ZAFT an, aber Kira schaltet ihn aus. Kira findet eine schwimmende Rettungskapsel und nimmt sie an Bord.

Lacus Clyne, die Tochter des Vorsitzenden des Obersten Rates der PLANT, Siegel Clyne, wird in der Rettungskapsel gefunden. Ihre Anwesenheit führt zu Spannungen innerhalb der Besatzung, aber als die Besatzung eine Nachricht von der 8. Flotte erhält, dass sie gesucht und gerettet wird, ist sie überglücklich.

Die Eskorte der Archangel, die sich mit der 8. Flotte treffen soll, wird vom Le Creuset Team angegriffen. Flay wird Zeuge des Todes ihres Vaters, als Kira es nicht schafft, die Begleitschiffe zu schützen. In seiner Verzweiflung verrät die Archangel, dass Lacus an Bord des Schiffes ist, woraufhin sich die Angreifer zurückziehen.

Le Creuset startet einen Angriff auf die Archangel. Kiras Wunsch, seine Freunde zu beschützen, erweckt eine unbekannte, fast berserkerhafte Fähigkeit. Er besiegt im Alleingang die angreifenden Blitz, GAT-X103 Buster und GAT-X102 Duel.

Kira und seine Freunde erhalten die Erlaubnis, die Archangel zu verlassen, aber nachdem sie den ersten Schock über den Tod ihres Vaters überwunden hat, beschließt Flay, sich den Streitkräften der Erdallianz anzuschließen, was Sai Argyle, Kuzzey Buskirk, Miriallia Haw und Tolle Koenig dazu veranlasst, dasselbe zu tun. Kira bleibt ebenfalls an Bord der Archangel, um seine Freunde weiterhin zu beschützen. Der Duel Gundam wird mit einem Assault Shroud aufgerüstet.

Le Creuset greift erneut an, als die Archangel und die 8. Flotte sich der Erde nähern. Der Archangel gelingt es, zur Erde hinabzusteigen, aber nicht ohne den Verlust der gesamten 8 Flotte. Yzak Joule, der Pilot der Duel, lässt seiner Frustration freien Lauf, indem er ein Raumschiff mit Heliopolis-Flüchtlingen zerstört, das Kira zuvor gerettet hatte.

Rau Le Creuset denkt über die Ereignisse in den Episoden eins bis dreizehn und die Geschichte des Koordinators seit der Geburt des ersten Koordinators, George Glenn, nach.

Die Archangel rettet Kira, als sie in die Erdatmosphäre eintreten. Infolgedessen landen sie in einem von der ZAFT kontrollierten Gebiet in der Sahara in Nordafrika, weit entfernt von ihrem eigentlichen Ziel, Alaska. Flay beginnt, sich um Kira zu kümmern und tröstet ihn, als er von den Erinnerungen an das Raumschiff gequält wird, das in der letzten Schlacht zerstört wurde.

Die Archangel wird von mehreren TMF/A-802 BuCUE-Einheiten angegriffen. Kira hebt eilig ab und kämpft gegen die ZAFT-Truppen, aber er ist mit der Wüstenumgebung nicht vertraut. Seine Anpassungsfähigkeit verblüfft den ZAFT-Kommandanten Andrew Waltfeld. Als dem Strike die Kraft auszugehen droht, kommt ihm eine Widerstandsgruppe zu Hilfe und lockt die verbliebenen BuCUE-Einheiten in eine Sprengfalle.

Murrue Ramius dankt der Widerstandsgruppe für ihre Hilfe und erklärt sich bereit, sich mit ihr zu verbünden. Die Widerstandsgruppe stellt sich als die Wüstendämmerung vor, die gegen Andrew und die Lesseps kämpft. Kira trifft sich erneut mit Cagalli Yula Athha, der geheimnisvollen jungen Frau, der er zum ersten Mal in der Morgenroete-Fabrik in Heliopolis begegnet ist und die jetzt zur Wüstendämmerung gehört. In der Zwischenzeit greift Andrew die Heimatstadt der Wüstendämmerung an, evakuiert die Stadt aber vorher.

Obwohl der Wüstentiger das Leben der Zivilisten verschont hat, fordern die Mitglieder der Wüstendämmerung die ZAFT-Truppen wegen der von ihnen verursachten Verwüstung dreist heraus. Der Angriff scheitert, aber die meisten werden von Kira im Strike gerettet.

Kira und Cagalli werden in eine nahe gelegene, von der ZAFT kontrollierte Stadt geschickt, um mit Natarle und der Wüstendämmerung Vorräte zu sammeln. Die beiden Teenager geraten in einen Angriff der Blue Cosmos, und als Kira einen Mann rettet, der zufällig Andrew Waltfeld ist, werden sie in die ZAFT-Basis eingeladen. Dort verrät Andrew, dass er weiß, dass Kira der Pilot der Strike und ein Koordinator ist, aber er lässt sie beide sicher gehen.

Athrun und Nicol bekommen den Tag frei; Athrun verbringt den Tag mit Lacus und sie sprechen über Kira. Der Oberste Rat der PLANT debattiert drüber, ob der Angriff mit dem Codenamen "Operation Spitbreak" durchgeführt werden soll.

Ein Kampf zwischen den Lesseps und der Wüstendämmerung beginnt. Kira und der Wüstentiger liefern sich eine Schlacht, in der sie erkennen, wie schmerzhaft es ist, einen Feind zu haben, der keine Abstraktion ist. Da die Energie des Strike fast aufgebraucht ist, hat Kira keine andere Wahl, als Andrews TMF/A-803 LaGOWE zu zerstören oder selbst zu sterben.

Die Besatzung der Archangel überquert das Rote Meer, um mit Cagalli und Ledonir Kisaka an Bord die neutrale Orb-Union anzusteuern. Da ihn die letzte Schlacht schwer belastet, spricht Kira mit Cagalli über seine Gründe für den Kampf, was Flay eifersüchtig macht. Sie werden von Mobile Luft- und Unterwasser Suites der ZAFT angegriffen, aber Kira und Mu schalten sie aus.

Ein Kampf mit den U-Boot-Truppen der ZAFT unter der Führung von Kommandant Marco Morassim hindert Kira daran, an der Seite von Mu und Cagalli in ihren FX-550 Skygraspers zu kämpfen. Cagallis Skygrasper wird beschädigt und muss umkehren, aber sie stößt auf Athruns Transportflugzeug; ihr Skygrasper wird abgeschossen, aber nicht bevor sie sein Transportflugzeug abgeschossen hat, was Athrun in seiner Aegis dazu zwingt, sich aus dem Transportflugzeug zu stürzen. Zufälligerweise stranden beide auf der gleichen einsamen Insel.

Cagalli ist überrascht, Athrun auf der gleichen einsamen Insel zu finden. Sie greift ihn an, aber sie wird überwältigt und gefangen genommen. Als sich alles wieder beruhigt hat, diskutieren die beiden über den Krieg und den Grund, warum sie kämpfen. Bei Sonnenaufgang werden sie von ihren jeweiligen Kameraden gerettet.

Die Archangel wird vom Zala-Team angegriffen, das aus den Mitgliedern des Le Creuset-Teams besteht. Sie erleiden schweren Schaden, aber als sie in die Gewässer der neutralen Nation Orb eindringen, wird die ZAFT verjagt und erfährt, dass die Archangel verjagt wurde. Das Zala-Team schleicht sich nach Orb, in dem Glauben, dass die offizielle Erklärung von Orb falsch ist.

Eine Zusammenfassung der ersten 25 Episoden

Die leitende Ingenieurin Erica Simmons von Morgenroete prüft die Kampfprotokolle des Strike und stellt die Theorie auf, dass Kira allen anderen Koordinatoren überlegen sein könnte, und spekuliert über die Theorie des "SEED-Faktors". Sie zeigt Kira die mobilen Anzüge, die Orb entwickelt, und bittet ihn, ein Betriebssystem für mobile Anzüge zu entwickeln, das von Naturals verwendet werden kann.

Kira und seine Freunde erhalten die Möglichkeit, sich mit ihren Eltern zu treffen, die in Orb Zuflucht gefunden haben. Kira weigert sich, zu gehen, aber seine Eltern treffen sich mit Uzumi Nara Athha, die andeutet, dass es eine tiefere Verbindung zwischen Kira und Cagalli gibt. Kira stellt stattdessen das Betriebssystem für die MBF-M1 Astrays der Orb Union fertig. Als Kiras mechanischer Vogel davonfliegt, steht Kira Athrun Auge in Auge gegenüber. Sie geben vor, sich nicht zu kennen, aber nicht, ohne sich gegenseitig etwas Gutes zu sagen.

Die Archangel, ohne Cagalli und Ledonir an Bord, verlässt das Gebiet der Orbs in Richtung Alaska. Das Zala-Team, das geduldig wartet, verwickelt sie in einen Kampf. Kira macht den Duel, den Buster und den Blitz mit Hilfe von Mu und Tolle, der jetzt der zweite Skygrasper-Pilot ist, unschädlich. Als Kira und Athrun kämpfen, greift Nicol ein, aber er gerät in Kiras tödlichen Angriff.

Das Zala-Team unternimmt einen weiteren Versuch, die Archangel und den Strike zu zerstören. Dearka im Buster wird von Mu abgeschossen und ergibt sich. Tolle versucht, Kira zu helfen, aber er wird von Athrun getötet. Die Trauer, die Kira und Athrun über den Tod ihrer Freunde empfinden, reicht aus, dass sie versuchen, sich gegenseitig zu töten.

Die Besatzung der Archangel trauert um den vermeintlichen Tod von Kira und Tolle. Cagalli sucht im Wrack nach Kira, findet aber stattdessen Athrun und konfrontiert ihn mit dem Mord an Kira. Kira erwacht und findet sich in der Obhut von Lacus wieder.

Die Archangel kommt endlich in Alaska an. Eine von Trauer geplagte Miriallia greift Dearka an, der nun als Gefangener an Bord der Archangel ist, rettet ihm aber das Leben, als Flay versucht, ihn zu erschießen.

Die Besatzung der Archangel wird wegen ihrer Flucht aus Heliopolis, dem Fall der 8. Flotte und der Übergabe des Strike an Kira Yamato in Frage gestellt. Währenddessen tröstet Lacus Kira, der sein Recht zu leben in Frage stellt, insbesondere nachdem er versucht hat, Athrun zu töten.

Flay, Mu und Natarle sollen von der Archangel verlegt werden. Mu hat den Verdacht, dass etwas nicht stimmt, als die JOSH-A-Basis in Alaska evakuiert wird. Flay wird von Rau Le Creuset gefangen genommen. Lacus und ihr Vater vertrauen Kira die ZGMF-X10A Freedom an, die mit der Neutron Jammer Canceller-Technologie ausgestattet ist.

Die Operation Spitbreak wird eingeleitet, und sowohl die ZAFT als auch die Erdallianz glauben, dass sie die jeweils andere Seite überlistet haben. Die Archangel wird zurückgelassen, um in einem kalkulierten Plan zerstört zu werden, der jeden auf dem Schlachtfeld dezimieren würde, bis Kira kommt, um sie zu retten.

Lacus, die nun als Verräter an den PLANTs gebrandmarkt ist, weil sie die Freedom an einen unbekannten Piloten übergeben hat, konfrontiert Athrun und fordert ihn auf, sich zu entscheiden, wofür er wirklich kämpft. Athrun erhält den Befehl, die ZGMF-X09A Justice zu fliegen, um die Freedom zu suchen und zurückzuerobern oder zu zerstören.

Kira und die Archangel machen sich auf den Weg nach Orb, wo Lord Uzumi sie willkommen heißt und sie auffordert, selbst zu entscheiden, warum sie kämpfen. Der Panama Mass Driver wird von der ZAFT als Vergeltung für den Schlag, den sie in Alaska erlitten haben, zerstört. In der Zwischenzeit präsentiert Erica Simmons einen rekonstruierten Strike für die Archangel-Besatzung.

Um Orbs Mass Driver in die Hände zu bekommen, fordert die Erdallianz Orb auf, sich ihnen anzuschließen oder angegriffen zu werden, weil sie sich auf die Seite der ZAFT gestellt hat. Murrue beschließt, dass die Archangel Orb unterstützen wird, und die Besatzungsmitglieder werden entlassen, wenn sie nicht mehr kämpfen wollen. Muruta Azrael, der Anführer von Blue Cosmos, greift Orb mit drei neuen Mobile Suites an: dem Forbidden, dem Raider und dem Calamity. Als Kira anfängt, Probleme mit ihnen zu haben, kommt Athrun in der Justice zu Hilfe.

Athrun in der Justice hilft Kira im Kampf gegen den Forbidden, Raider und Calamity. Während der Kampf weitergeht, streiten sich die drei Erdallianz-Piloten, doch sie werden unterbrochen, als sie von starken Schmerzen geplagt werden. Die Erdallianz ist gezwungen, sich zurückzuziehen und neu zu formieren. Die beiden Freunde treffen sich wieder und Athrun muss sich entscheiden, ob er weiterhin den Befehlen seines Vaters gehorchen oder für das kämpfen soll, woran er glaubt.

Die Erdallianz greift erneut an, aber das Ergebnis ist dasselbe wie bei der letzten Schlacht. Die Archangel und das Orb-Schiff Kusanagi starten ins All, während die Anführer von Orb zurückbleiben. Sie sprengen den Mass Driver und die Rüstungsfabriken von Orb und opfern dabei ihr eigenes Leben.

Cagalli, die über den Tod ihres Vaters trauert, konfrontiert Kira mit einem mysteriösen Foto, das ihr von Lord Uzumi gegeben wurde und eine Frau mit zwei Kleinkindern zeigt, auf deren Rückseite die Namen von Kira und Cagalli stehen. Auf einer PLANT ist Lacus immer noch wegen Verrats auf der Flucht, sendet aber Botschaften, um der Propaganda des Vorsitzenden des Obersten Rates der PLANT, Patrick Zala, entgegenzuwirken. Bald findet sie heraus, dass ihr Vater von Patrick Zala ermordet wurde. In der Zwischenzeit trifft Muruta Azrael Vorbereitungen, um in den Weltraum zu fliegen und die Freedom or Justice zu kapern, da er vermutet, dass sie ein wertvolles Geheimnis hüten, während der ehemalige CCO der Archangel Natarle Badgiruel einen neuen Auftrag erhält.

Athrun kehrt mit einem Shuttle zu den PLANTs zurück, um mit seinem Vater zu sprechen, aber er wird angeschossen und verhaftet. Lacus und (der angeblich im Kampf gefallene) Andrew Waltfeld tun sich zusammen, stehlen das ZAFT-Unterstützungsschiff Eternal und retten Athrun. Sie schließen sich mit der Archangel und der Kusanagi zusammen und bilden die Drei-Schiffe-Allianz.

Die neu gegründete Three Ships Alliance sucht Schutz in der verlassenen Mendel-Kolonie. Leider werden sie sowohl von den Streitkräften der ZAFT als auch der Erdallianz aufgespürt. Rau Le Creuset befehligt die ZAFT-Flotte und Captain Natarle Badgiruel das Angriffsschiff Dominion der Erdallianz. Die Dominion ergreift die Initiative und greift mit dem Auftrag an, entweder die Freedom oder die Justice zu kapern.

Die Dominion zieht sich zurück, damit seine Piloten ihre Medizin bekommen können. Mu und Dearka betreten die Mendel-Kolonie, um Rau und Yzak zu konfrontieren. Kira kommt ihnen zu Hilfe und er und Mu sind schockiert, als sie feststellen, dass Rau einige Geheimnisse zu enthüllen hat.

Kira und Mu müssen bei einer Begegnung mit Rau erschreckende Enthüllungen machen. Dearka und Yzak haben ihr eigenes Treffen, bei dem sie sich fragen, gegen was sie wirklich kämpfen. Währenddessen greifen die Dominion und die Erdallianz erneut an. Rau kehrt zu seinem Schiff zurück und schickt Flay zurück zu den Erdstreitkräften.

Flay, die von Rau gefangen gehalten wurde, wird in eine Rettungskapsel gesteckt und erhält eine Diskette, die die Daten des Neutron Jammer Canceller enthält. Flay gelingt es, zur Dominion und zur Archangel durchzudringen. Kira hört dies ebenfalls und eilt zu ihrer Rettung, lässt sich aber unbewacht zurück, und den Freedom wird in den Kopf geschossen. Athrun rettet den Freedom und bringt sie zurück zur Archangel. In der Zwischenzeit rettet die Dominion Flay und ermöglicht es Muruta Azreal, sein ursprüngliches Ziel zu erreichen. Zurück im Eternal wird Kira bewusstlos. Als er erwacht, trösten ihn seine Freunde und Lacus, während er seinen ganzen mentalen Stress abbaut.

Ausgerüstet mit Neutronen-Jammer-Cancellern starten die Streitkräfte der Erdallianz einen Großangriff auf die PLANTs. Der militärische Asteroid Boaz wird durch Nuklearwaffen zerstört, und das nächste Ziel der Erdallianz sind die PLANTs. Die Freedom und Justice treffen rechtzeitig auf dem Schlachtfeld ein, um alle Atomsprengköpfe zu zerstören. Als Vergeltungsmaßnahme befiehlt Patrick Zala, die GENESIS abzufeuern.

Die GENESIS, ein riesiger Gammastrahlenlaser, vernichtet einen großen Teil der Streitkräfte der Erdallianz. Die Streitkräfte der Erdallianz sind gezwungen, sich vorübergehend zurückzuziehen, um sich neu zu formieren. Während der Pause betet jedes der Paare an Bord der Archangel, Kusanagi und Eternal für die Sicherheit der anderen in der bevorstehenden Schlacht.

Der zweite Angriff von GENESIS legt die Verstärkung der Erdallianz lahm und zerstört ihre Mondbasis Ptolemaeus. Die Three Ship Alliance rettet die PLANTs vor der zweiten Welle von Atombomben. Mu kämpft gegen Rau in der ZGMF-X13A Providence, während Kira und Athrun die Forbidden, Raider und Calamity bekämpfen. Auf der Dominion befiehlt Muruta der Besatzung, auf die Archangel zu feuern, die angehalten hat, um einen verwundeten Mu zu bergen. Flay versucht, den Erzengel zu warnen, woraufhin Muruta sie körperlich angreift und versucht, sie zu erschießen.

Die Archangel, die Eternal und die Kusanagi stürzen sich in die Schlacht und versuchen, beide Seiten vom Einsatz ihrer Massenvernichtungswaffen abzuhalten.