La colonia espacial Heliopolis es atacada por ZAFT, y Kira Yamato descubre secretos de la Alianza de la Tierra.

ZAFT roba prototipos de trajes móviles, dejando solo al GAT-X105 Strike, que Kira debe pilotar para defender Heliopolis.

La Archangel es atacada por ZAFT, y Heliopolis queda en ruinas mientras Kira y sus amigos enfrentan nuevas amenazas.

Kira encuentra un bote salvavidas con Flay Allster y la Archangel busca ayuda en el satélite militar Artemis.

Durante una batalla, el Strike queda sin energía, y Athrun intenta capturar a Kira, pero Mu La Flaga lo ayuda a escapar.

Nicol Amalfi ataca el satélite Artemis, permitiendo que la Archangel escape mientras destruye la defensa del satélite.

La Archangel encuentra los restos de Junius Seven y es atacada por ZAFT mientras buscan agua.

Lacus Clyne es rescatada y su presencia genera tensión a bordo, pero el Archangel recibe noticias de que están siendo buscados y rescatados.

La Archangel es atacada y Flay ve morir a su padre, lo que lleva a revelar la presencia de Lacus a los atacantes.

Kira se siente deprimido y Lacus lo consuela, pero él se niega a cambiar de bando.

Flay decide unirse a las Fuerzas de la Alianza de la Tierra tras la muerte de su padre, y Kira permanece en la Archangel para proteger a sus amigos.

La Archangel llega a la Tierra, pero pierde la flota 8, mientras Yzak Joule destruye una nave de refugiados.

Rau Le Creuset reflexiona sobre los eventos recientes y la historia de los Coordinadores.

La Archangel aterriza en territorio controlado por ZAFT en África, y Flay cuida de Kira mientras él recuerda el pasado.

Kira lucha contra las fuerzas ZAFT en el desierto con la ayuda de un grupo de resistencia.

La resistencia Desert Dawn se convierte en aliada de la Archangel, y Kira se reencuentra con Cagalli.

Desert Dawn desafía a las fuerzas ZAFT, pero el ataque fracasa y Kira salva a muchos de los miembros del grupo.

Kira y Cagalli recogen suministros y se encuentran con Andrew Waltfeld, quien revela conocer la identidad de Kira.

Athrun y Nicol disfrutan de un día libre y discuten sobre Kira mientras el Consejo Supremo PLANT debate una operación militar.

Comienza una batalla entre Lesseps y Desert Dawn. Kira enfrenta a Andrew con el Strike casi sin energía y debe destruir el TMF/A-803 LaGOWE o morir.

La Archangel cruza el Mar Rojo y enfrenta un ataque de ZAFT, mientras Kira y Mu defienden la nave.

Cagalli y Athrun quedan atrapados en una isla desierta tras un enfrentamiento, y discuten sobre la guerra antes de ser rescatados.

Cagalli y Athrun discuten sobre la guerra en una isla desierta, y son rescatados por sus compañeros al amanecer.

El equipo Zala ataca al Archangel, pero al entrar en las aguas de Orb, ZAFT se retira. Ellos se infiltran en Orb sospechando que la declaración oficial es falsa.

Resumen de los primeros 25 episodios narrado por Miguel Aiman.

Erica Simmons analiza los registros del Strike y teoriza sobre el "factor SEED". Muestra a Kira los nuevos mobile suits de Orb y le pide que desarrolle un sistema operativo para Naturals.

Kira rechaza ver a sus padres refugiados en Orb y completa un sistema operativo para los MBF-M1 Astrays. Se encuentra con Athrun, pero fingen no conocerse.

El Archangel sale de Orb hacia Alaska. El equipo Zala los ataca, pero Kira, Mu y Tolle logran hacer frente a los enemigos, mientras Nicol muere en el proceso.

El equipo Zala intenta destruir el Archangel y el Strike. Tolle muere en el combate, causando duelo en Kira y Athrun.

La tripulación del Archangel llora la muerte de Kira y Tolle. Cagalli encuentra a Athrun y lo confronta por la muerte de Kira.

El Archangel llega a Alaska. Miriallia salva a Dearka cuando Flay intenta matarlo. Kira despierta bajo el cuidado de Lacus.

La tripulación del Archangel enfrenta interrogatorios por sus acciones. Lacus consuela a Kira, quien cuestiona su derecho a vivir.

Flay, Mu y Natarle serán transferidos del Archangel. Flay es capturada por Rau Le Creuset. Lacus le da a Kira el Freedom con tecnología Neutron Jammer Canceller.

Se inicia la Operación Spitbreak, con el Archangel en peligro de destrucción. Kira llega a salvarlos a tiempo.

Lacus, acusada de traición, desafía a Athrun a decidir su verdadera causa. Athrun recibe la orden de destruir el Freedom.

El Archangel llega a Orb. El mass driver de Panamá es destruido por ZAFT. Erica Simmons presenta un Strike reconstruido.

La Alianza Terrestre amenaza con atacar Orb. Murrue decide apoyar a Orb y Azrael ataca con nuevos mobile suits. Athrun llega para ayudar a Kira.

Athrun ayuda a Kira contra los nuevos mobile suits. La Alianza Terrestre se retira, y Athrun debe decidir si seguir las órdenes de su padre o luchar por sus creencias.

La Alianza Terrestre ataca nuevamente sin éxito. El Archangel y el Kusanagi se lanzan al espacio mientras los líderes de Orb sacrifican sus vidas.

Cagalli, afligida por la muerte de su padre, muestra una fotografía misteriosa a Kira. Lacus, en fuga, descubre que su padre fue asesinado.

Athrun regresa a los PLANTs, pero es arrestado. Lacus y Andrew Waltfeld rescatan a Athrun y se unen al Archangel y al Kusanagi.

La Alianza de Tres Naves se refugia en la colonia Mendel, pero es rastreada por ZAFT y la Alianza Terrestre. Se desencadena un nuevo ataque.

La Dominion se retira para reparaciones. Mu y Dearka confrontan a Rau y Yzak, mientras Kira y Mu descubren secretos sobre Rau.

Kira y Mu enfrentan revelaciones aterradoras con Rau. Dearka y Yzak cuestionan su lucha. La Dominion y la Alianza Terrestre atacan nuevamente.

Flay es rescatada por la Dominion y entrega a Azrael un disco con especificaciones del Freedom y Justice, y la tecnología Neutron Jammer Canceller.

Con la tecnología Neutron Jammer Canceller, la Alianza Terrestre ataca a los PLANTs. El Freedom y el Justice destruyen los misiles nucleares. Patrick Zala ordena disparar el GENESIS.

El GENESIS destruye gran parte de las fuerzas de la Alianza Terrestre, que se reagrupan. Las tripulaciones del Archangel, Kusanagi y Eternal oran por su seguridad.

El segundo ataque del GENESIS destruye las reservas de la Alianza Terrestre. Mu muere protegiendo al Archangel. Kira y Athrun luchan contra los mobile suits enemigos.

Las naves Archangel, Eternal y Kusanagi se enfrentan para evitar el uso de armas de destrucción masiva. Flay muere, pero su espíritu agradece a Kira. El conflicto termina con un cese al fuego.