Tres Gundams de ZAFT son robados. Cagalli y Athrun se reúnen con el nuevo líder de ZAFT.

Shinn combate los Gundams robados que intentan reunirse con su nave, la Girty Lue.

La batalla contra la Girty Lue continúa tras el lanzamiento de la Minerva desde Armory-1.

Athrun ayuda a la Minerva con su estrategia durante la batalla contra la Girty Lue.

La Minerva se une al equipo Joule para destruir Junius-7 mientras se dirige hacia la Tierra.

La batalla en Junius-7 se intensifica con la intervención de los Gundams Gaia, Chaos y Abyss.

La Minerva usa su Tanhäuser para fragmentar Junius-7, pero algunos fragmentos caen a la Tierra.

La Minerva llega a Orb, donde Cagalli recibe noticias preocupantes sobre el futuro de Orb.

La Federación Atlántica declara la guerra a ZAFT y ZAFT responde con el Neutron Stampeder.

Dullindal promueve a Meer Campbell para promover la paz y ofrece a Athrun el Gundam Saviour.

Orb se alía con la Federación Atlántica, y Athrun recibe ayuda de viejos camaradas para decidir su futuro.

Shinn es felicitado por su desempeño, mientras Kira sale a enfrentar a los asesinos de Lacus.

Kira, Lacus y la tripulación del Archangel se embarcan en su nave y Kira rescata a Cagalli.

Athrun se une a la Minerva como parte de la unidad FAITH y entrega la nueva misión a Talia.

La Minerva combate contra Neo y los Gundams robados en el Océano Índico.

La Minerva llega a la base Muhamal de ZAFT y Athrun tiene una conversación sincera con Shinn.

La Minerva debe destruir un cañón de positrones para avanzar hacia Gibraltar, con la ayuda de un joven resistente.

Shinn narra recuerdos de los eventos de Gundam SEED y SEED Destiny y cómo llegó a los PLANTs.

Shinn explora el campo durante un permiso y salva a Stellar de caer al mar, compartiendo un momento con ella.

Una flota de la EF liderada por Orb se dirige al Mar Negro para atacar a ZAFT, mientras una tercera parte espera.

Cagalli intenta detener la flota de Orb, pero estalla una batalla entre la Minerva, la flota de Orb/EA y el Archangel.

Athrun, con la ayuda de Milliaria, se encuentra con Kira y Cagalli para discutir los eventos recientes.

Athrun y Milliaria se encuentran con Kira y Cagalli para discutir los acontecimientos recientes.

Shinn lleva a Stellar herida a la Minerva y descubre información sorprendente sobre ella.

Lacus y Andy se reencuentran con la tripulación del Eternal, mientras la condición de Stellar empeora.

Se desata una batalla entre la Minerva, las flotas de Orb/Tierra y el Archangel.

Dullindal reflexiona sobre el pasado y la filosofía de su amigo Rau Le Crueset mientras juega al ajedrez.

Shinn lleva a Stellar a Neo para intentar salvar su vida.

Shinn y Rey reciben indultos por liberar a Stella, quien luego destruye varios pueblos con el GFAS-X1 Destroy.

La Minerva y el Archangel se enfrentan al Destroy mientras Shinn descubre que Stella es su piloto.

Shinn busca venganza contra el Freedom que mató a Stella y el caos se desata cuando Durandal revela a Logos como el culpable de la guerra.

El Archangel es atacado por la Minerva mientras Shinn se prepara para destruir el Freedom.

El Archangel intenta estabilizarse mientras Cagalli rescata a Kira. Shinn se jacta de su victoria mientras Dullindal presenta dos nuevos Gundams.

Dullindal decide que Athrun solo entorpece sus planes y decide huir con soldados de operaciones especiales persiguiéndolo.

Shinn, convencido por Rey, decide derribar a Athrun y Meyrin, aunque dudaba antes.

ZAFT lanza una ofensiva contra la base Heaven's Base de la EAF para derrotar a Logos.

Lacus y el Eternal son encontrados por ZAFT después de su visita a la colonia Mendel, y Kira viene al rescate.

ZAFT invade Orb tras el anuncio falso de Yuuna sobre la ubicación de Djibril, y Cagalli recibe el mobile suit Orb-01 Akatsuki para defender Orb.

Athrun y Kira reflexionan sobre los acontecimientos de la guerra.

Athrun y Kira recuerdan los eventos pasados y explican por qué siguen los caminos que han elegido.

Cagalli enfrenta a Shinn durante el ataque a Orb, y Kira llega para salvarla, lo que obliga a Shinn a retirarse.

Athrun interviene en la batalla, Yuna muere, y Djibril escapa a la Luna mientras Cagalli hace un anuncio global.

Lacus revela en televisión a su doble en los PLANTs y advierte sobre las mentiras de Durandal mientras Djibril ataca con el Requiem.

Orb se prepara para abandonar la Tierra y ZAFT ataca el Requiem, con la Minerva en la línea del frente.

Lacus, bajo el disfraz de compras, recibe un mensaje de Meer y decide ayudarla a pesar de los riesgos.

Se realiza un funeral por Meer en el Archangel, y sus amigos descubren las razones detrás de su colaboración con Durandal.

Durandal implementa el "Plan Destiny" para determinar el destino de cada individuo, mientras las fuerzas de ZAFT atacan la base lunar Arzachel.

Shinn y Rey se trasladan al Messiah y Shinn decide seguir el curso propuesto por Durandal, mientras la Minerva ataca el Archangel.

Kira y Athrun luchan en una batalla final contra Durandal y su ejército, mientras el Requiem y la Minerva son destruidos. La Segunda Guerra de Bloody Valentine termina.