札夫特军和联合军开战至今，已过了11个月。

中立国奥布的资源卫星赫利奥波利斯，悬浮在L5区。基拉・大和是在该地的工业学院就读的学生，他与平常一样出席研讨会时，在那里碰上了入侵太空殖民地，欲夺取高达的札夫特军。

配件所发生爆炸，太空殖民地内部也被MS基恩入侵，整个赫利奥波利斯陷入一片混乱。札夫特军不仅突袭成功，就连联合军秘密地制作的五架机动战士高达，也有三架落入他们手中。

找寻避难所的基拉，为了追逐一名未能及时逃脱的少女，在工厂区域内迷了路，并无意中在那里看到幸存的两架高达。同行的少女看到它们后，不知为何惊声尖叫。基拉设法让那少女找到了地方避难，自己却无处可躲。

在现场的联合军官玛硫・拉米亚斯，原想指引他到幸存的MS强袭高达中，但却遭到札夫特士兵袭击！而那个人，正是基拉的儿时好友阿斯兰・萨拉。

熊熊大火中，阿斯兰夺走剩下的MS神盾高达后逃走。这时基拉和玛硫已坐上强袭高达，勉强从崩坍的工厂中逃出。然而札夫特军的MS基恩已经驻扎在外面，负伤加上根本不会驾驶的玛硫无法操纵高达。在这千钧一发之际，基拉代替玛硫操纵高达。他极速修改了高达的OS，解放强袭高达的潜能，以压倒性的力量击败基恩。虽然基拉和朋友逃过一劫，却因知悉军方机密，而被玛硫拘留。尽管他们曾尝试反抗，但最终被迫服从。

与此同时，由于基恩被破坏，克鲁泽也开始采取行动，察觉到这事的穆，也前往赫利奥波利斯，两机在战场相遇交战，闯进了太空殖民地的内部。

另一方面，娜塔尔等人被困在爆炸后的矿山区中，他们聚集幸存的人启动大天使号。太空殖民地传出诡异的鸣动声。期间，克鲁泽操控的MS席古，与强袭高达展开激战。被身经百战的克鲁泽耍得团团转的基拉，虽然有穆的支援，也无法改变形势。在这个节骨眼上，大天使号冲破岩壁，强势登场！

基拉等人遭克鲁泽操纵的MS席古袭击，大天使号在这个时候出现在他们面前。战况正酣之际，本来想狙击克鲁泽的强袭高达，意外射穿了太空殖民地，所有人都被这种威力吓呆了。克鲁泽眼看形势不妙，暂时撤退。

基拉等人登上了大天使号，士兵们惊奇地发现这个孩子竟能操纵高达。穆则看出基拉是调整者。

另一方面，回到战舰中的克鲁泽，由于感到高达性能所带来的威胁，决定再次出击。没有获准出击的阿斯兰，私下乘坐神盾高达，前往基拉的所在地。

被基拉修改了OS的高达，只有他一个人能操纵。虽然他拒绝再次驾驶高达，但由于敌人的接近，他已无路可退。

战斗再次展开，太空殖民地所受的破坏也愈来愈大。基拉击落了米歇尔驾驶的吉恩，再次与驾驶着神盾高达的阿斯兰相遇。双方的敌对立场，让两名少年都感到很迷惘。

另一方面，他们四周的战斗更加白热化，赫利奥波利斯受了致命伤，开始崩溃。

基拉带着救生艇从崩溃的赫利奥波利斯宙域逃脱，一同返回了大天使号。大天使号选择前往友军的军事卫星阿尔狄弥斯。克鲁泽虽然追丢了大天使号，却推测出了大天使的行动，并谋划了封住大天使号道路的作战。

基拉回到战舰后，和托尔等人一同留在难民居住区。穆叫他去维修高达，他却反驳说自己不是驾驶员。

另一方面，阿斯兰被克鲁泽质问有关上次出击的事，他说自己想说服故友基拉，并发誓若不成功，会亲手解决他。

战况就如克鲁泽料算的一样，大天使号遭前后夹击。在一片战斗部署的声响中，托尔等人体谅到基拉的苦衷，决定自愿承担战舰的工作。独自苦恼着的基拉，被穆的话语和朋友的行动所打动，决定再次驾驶高达。

大天使号启动引擎的同时用特装炮展开炮击。敌舰仿佛收到讯号一样，随即派出MS队。

基拉在弹射器上高呼：「基拉・大和，高达出击！」

出现在强袭高达面前的，是四架被抢夺的高达。札夫特军把夺取的高达全部投入了战场！基拉和阿斯兰再次在战场上相遇，决斗高达也闯入二人之间，就连暴风高达和迅雷高达都加入战团，战况一片混乱。

另一方面，穆驾驶着梅比乌斯零式先行出击，突袭梅萨琉斯号战舰。遭突袭的梅萨琉斯号被迫逃离战场，然而处于上风的伊扎克和提亚哥，漠视撤退命今，继续攻击基拉。尚未习惯作战的强袭高达耗尽了能源，导致相转移装甲消失，陷于九死一生的危机中！

就在这时，以MA形态出现的神盾高达，将基拉抓住。阿斯兰打算把基拉带去札夫特军，基拉动弹不得，无从反抗。此时穆闯入并支援基拉，替他更换能源盒，才让他好不容易地击退伊扎克等人。

大天使号终于脱离险境，安全抵达地球联合军的要塞阿尔狄弥斯，然而又一场危机却在那里等待着他们……。

大天使号好不容易才摆脱札夫特军的追击，逃进军事要塞「阿尔狄弥斯」，然而，原本的盟友方士兵们却举枪恭候，大天使号的成员被要塞司令贾西亚软禁。

虽然同为地球军，但玛硫等人所属的是「大西洋联邦」，而阿尔提密斯则是「欧亚联邦」的要塞，两者不算是同路人。贾西亚打算抢走大天使号和高达，作为返回欧亚本土的交换条件。他用基拉的朋友要挟基拉，要他为高达解锁。

与此同时，在远处包围阿尔狄弥斯的卡莫夫号战舰采取了行动。阿尔狄弥斯拥有一种名为「全方位光波防御带」的特殊防御兵器，能够完全反制敌人的攻击。

然而，迅雷高达的「幻象粒子」（即将机体隐形）模式，却能够攻破这种兵器。阿尔提密斯受到突如其来的攻击。由于士兵们一直对光波防御带充满信心，所以纪律散焕，被意料之外的情况弄的措手不及。基拉乘这空档突围而出，返回强袭高达，迎击闯进来的迅雷高达！此外，决斗高达和暴风高达也在外围向阿尔狄弥斯展开攻击。强袭高达与迅雷高达的战斗也因塞破坏而终止。基拉与脱身的大天使号，一起离开了完全崩坏的无敌要塞。

虽然大天使号利用札夫特的攻击，成功逃离阿尔狄弥斯要塞，但舰上严重缺乏物资，弥漫着的不安情绪也愈来愈浓重。穆心生一计，建议前往废弃区域，在被遗弃的舰艇上寻找物资。在「血腥情人节」中遭破坏的尤尼乌斯7也在该处。克鲁泽返回PLANT，并出席最高评议会的研讯会，说明「赫利奥波利斯崩溃」的经过。他在那里与暗中有联系的PLANT国防委员长派屈克・萨拉，将会场的气氛诱导至倾向消灭自然人的方向。

另一方面，托尔等人继续在尤尼乌斯-7的残骸中搬运物资。漂浮中的大陆残骸，生动地呈现出战争的现实。负责巡逻的基拉，遇上侦察型基恩，搬运的地方就在它的侦察路线上！基拉的希望落空，吉恩发现了托尔等人。

强袭高达击败了吉恩，基拉第一次体会到亲手夺走别人性命的那份沉重。他在那里发现了救生艇，以及里面的拉克丝•克莱因。这次命中注定的邂逅和哈罗一起翩然而至。

废弃区域中救出的救生艇内，有一名少女，以及一个小小的机器人。少女是拉克丝•克莱因，机器人是哈罗。她是PLANT最高评议会议长西盖尔・克莱因的女儿，为了出席「血腥情人节」悲剧发生一周年的追悼仪式，以慰问团团长的身份来到这里。天真烂漫的她为气氛紧张的大天使号，带来了奇妙的安心感。惟独天生讨厌调整者的芙蕾・阿斯达，拒绝接受她。

与此同时，在梅萨琉斯号维修期间先回家的阿斯兰受到召集，奉命搜寻未婚妻拉克丝•克莱因的下落。阿斯兰承担了把她救出来，以英雄身份返回PLANT的义务。

另一方面，大天使号在就如何处置拉克丝而出现争执的时候，收到期待已久的第8舰队先遣部队发出的救援信号。这个好消息让舰上的阴霾一扫而空，然而，札夫特军的梅萨琉斯号，也正逐步逼近救援舰队……。

期待已久的救援来临，大天使号终于可以放松神经了。和舰艇会合的是第八舰队的蒙哥马利号、伯纳德号和罗尔号三艘舰只。芙蕾的父亲、地球军外务次官乔治・阿斯达，也在蒙哥马利号上。舰队遭到札夫特军袭击，临危受命的大天使号马上前往支援，见到的却是瞬间击沉伯纳德号和罗尔号的神盾高达。基拉驾驶强袭高达出击，却被阿斯兰挡住去路，两雄互不相让。札夫特军舰梅萨琉斯号逼近蒙哥马利号，父亲危在旦夕！

芙蕾目睹这个情况，将被软禁的PLANT评议会议长女儿拉克丝•克莱因拉到舰桥上，打算用她的生命来确保蒙哥马利号的安全。可惜她的希望落空，蒙哥马利号在芙蕾眼前，被梅萨琉斯号的炮火击沉。芙蕾的提亚哥惨叫声响彻云霄！娜塔尔心意已决，以拉克丝为人质，迫使梅萨琉斯号停止攻击。

虽然大天使号以拉克丝・克莱因作为人质，制止了札夫特军战舰梅萨琉斯号的攻击，但看到救援舰队在眼前遭敌军全部消灭的景像，舰上的人们士气大跌。特别是父亲被杀的芙蕾，陷于半疯狂状态的她把愤怒发泄在基拉身上：「你也是调整者，所以才不愿认真作战吧！？」

基拉大受打击，沉默不语，应被软禁的札夫特军歌姬拉克丝，来到他身后和他攀谈。拉克丝认识基拉的挚友阿斯兰，同时是他的未婚妻。基拉回想起昔日的好友，如今二人却兵戎相见。她温柔的低声说道:「若你们二人能不用战斗就平息事件……那该多好。」

经过一番犹豫，基拉决定把拉克丝送回阿斯兰身边，并借着朋友的协助，在未经批准的情况下启动强袭高达。强袭高达和神盾高达、基拉和阿斯兰第四次相遇。基拉把拉克丝交到阿斯兰手中，在好友的呼唤中转身离去，二人各自走上自己的命运，正式决裂。

基拉按照约定返回舰上，玛硫衡量利弊后，对于他擅自把拉克丝放回札夫特军一事，决定不作追究。

托尔等人虽然被先遣部队在眼前遭毁灭的景像所打击，但很快就因无须再战斗而感到安心…除了芙蕾之外。雪上加霜的是，卡兹告诉芙蕾，他无意中听到夺走芙蕾父亲性命的神盾高达驾驶员，曾是基拉的好朋友。

然而芙蕾在基拉和朋友面前出现时，不知为何道了歉，意外的言语让基拉感到不解。这个时候传来警报，札夫特军的三架高达，想在基拉等人与舰队会合前，作出最后一击！一名难民少女和芙蕾对基拉说：「请保护我们」，基拉听到后，向战场出发。

札夫特军看穿了大天使号的战斗模式，攻击极为猛烈，迅雷高达摆脱强袭高达和梅比乌斯零式，逼近大天使号，使它走投无路！这个时候，基拉体内出现异变，强袭高达一下子就击退了决斗高达。由于伊扎克受伤，其余两架高达也被迫撤退。

大天使号终于成功地与地球军第八舰队合流。一片慌乱中，恋恋不舍的基拉努力整备着强袭高达，玛硫前来感激他一直以来的帮忙。旗舰墨涅拉奥斯号的舰队司令哈尔巴顿提督亲自登上大天使号，他是「Ｇ」计画的最大支持者。大天使号和他进行会议后，被告知要前往位于地球军总部所在地阿拉斯加。会议期间也因对基拉的处置方式而出现纠纷，娜塔尔主张强行让他继续驾驶强袭高达，但却被哈尔巴顿驳回。

为了方便行动而加入军队的塞等人，得到了娜塔尔发出退伍令，然而芙蕾却要求加入军队，她表示是为了继承亡父的遗志，终结战争。朋友们也受到她的感召，继续留在军队。目送进入逃脱用舰船难民的基拉，拿到了朋友们递过来的退伍令，并被告知他们都已成为了军人。这时警报突然响起，原来克鲁泽的舰队在重整战力后，发起了总决战。基拉的脑海中，浮现出玛硫，哈尔巴顿，还有难民少女的说话。他把退伍令丢弃，奔向强袭高达。

第8舰队在地球轨道上与札夫特军展开了壮烈的会战。虽然地球军在数量上占有优势，但在克鲁泽队的基恩和四架高达面前，地球军节节败退，不断被击落。

激战之中，大天使号提出紧急降落地面。这不是要在敌人前面逃跑，而是要以身为敌军目标的大天使号作诱饵，让舰队免于全灭的命运。基拉为了守护船舰，决心再度出击。然而，一心复仇的伊扎克，驾驶装上突击护甲的决斗高达，挡在基拉的面前。降落的倒数继续进行，逼近突入临界点时，札夫特军舰卡莫夫发动自杀式攻击，千钧一发之际，哈尔巴顿提督把墨涅拉奥斯号撞向卡莫夫号，在宇宙中灰飞烟灭。

然而趁双方激战启航的难民们的救生艇，被怒火中烧的伊扎克击中，基拉一路守护着的难民，竟都在他面前丧命……。虽然大天使号最后成功降落地球，但代价却是第8舰队的重大牺牲。

在与第八舰队决战的前夜，拉乌在威萨利乌斯号自己的房间里回顾了自赫利奥波利斯遇袭以来的所有事情，并且提到了乔治·格雷恩——第一个调整者。

乔治·格雷恩是在受精卵阶段接受了人为遗传因子操作而诞生的人，因此无论是智力还是身体，他都比一般人更加优秀，所取得的成就也令普通人望尘莫及。在乘坐自行设计的宇宙船执行木星探测任务的时候，乔治·格雷恩公布了自己出生的秘密。随着调整者的逐渐增多，其与自然人的冲突也愈演愈烈，乔治·格雷恩本人也死于自然人的暗杀。

为了拯救和决斗高达战斗的强袭高达，大天使号大幅偏离了原定轨道，降落在属于札夫特军势力范围中的非洲。

基拉虽然获救，但伤势严重发高烧晕倒了，芙蕾意外负起照顾基拉的责任。身为调整者的基拉，开始展现惊人的恢复速度。

然而，基拉看到芙蕾带来的小折纸，却陷入了恐慌状态。因为这是那名乘坐救生艇离开、却在基拉眼前丧生的少女送给他的东西。芙蕾像慈母一般安慰狂乱的基拉，怀抱伤痛的二人因此拉近距离。然而，芙蕾心中却打着别的主意，她心中一直默念的是：基拉要战斗，再战斗，然后死亡。藏在她心底深处的，不是对基拉的倾慕之情，而是复仇的暗火。

另一方面，一支游击队发现了在沙漠降落的大天使号。其中一名队员，是卡嘉莉•尤拉•阿斯哈……她是基拉在赫利奥波利斯的战火中，曾有过一面之缘的少女。

大天使号在北非的沙漠着陆，舰上的人还没来得及喘口气，就遭到札夫特军的夜袭。率领精锐部队来袭的猛将，是安德烈・巴尔菲鲁特，又名「沙漠之虎」。

不想再有人死了！基拉无法抑制想战斗的心情，在黑暗中出击。然而他不习惯沙漠战，连姿势也无法好好控制。这时以四脚行走的MS巴库来袭，幸亏基拉身为调整者，战斗能力十分卓越。他配合沙漠的环境调整触地压力，迅速修改数据。巴尔菲鲁特对这种速度惊讶不已。

沙漠之虎的旗舰雷塞布斯用主力炮进行炮轰，巴尔菲鲁特也终于开始认真。就在这时，基拉等人收到神秘通讯。他们听从指示，把巴库引到沙模的地洞中，用奇袭将其一举击溃。拯救基拉的，是卡嘉莉•尤拉•阿斯哈率领的游击队「光明沙漠」，是一支对抗沙漠之虎的部队。

凭借反抗组织「光明沙漠」的协助，强袭高达几经辛苦击退了由巴尔菲鲁特率领的巴库部队的强烈攻击。与等待天明的大天使号会合的「光明沙漠」队员中，基拉认出曾在赫利奥波利斯遇袭时，有过一面之缘的少女卡嘉莉•尤拉•阿斯哈，彼此都有些吃惊。

在反抗组织首领赛布带领下到达秘密基地的玛硫一行人，得知地球军在非洲的据点「维多利亚基地」已经失守。如今大天使号只能横越红海，通过太平洋进入阿拉斯加。然而「沙漠之虎」巴尔菲鲁特和地上航母雷塞布斯，却驻守在这条航线上。

与此同时，巴尔菲鲁特正准备对「光明沙漠」进行报复攻击。夜幕再次低垂，大天使号上的人稍作休息。为了与雷塞布斯作战，正在调整强袭高达的基拉，被卷入芙蕾与塞的争执中。芙蕾公开了自己与基拉的关系非比寻常，被惹恼的塞向基拉求证。一直压抑着感情的基拉，终于忍不住爆发。这个时候，夜空染成了火红色，反抗军的家人居住地塔修鲁，正在燃烧。

巴尔菲鲁特的「沙漠之虎」，袭击了抵抗组织居住的村庄塔修鲁。巴库发射的导弹把村庄变成了一片火海。幸好他们预先发出攻击警告，没人伤亡，只有村庄被焚毁。

另一方面，前往救援塔修鲁的穆和反抗组织成员，看到敌人撤退后留下一片灰烬，愤怒异常。「用这种程度的报复来了事，算是他们的仁慈吗？」穆的话语，让反抗部队成员义愤填膺。

结果，数名一心想复仇的反抗军，鲁莽地驾驶越野车追击，然而完全不是MS巴库的对手。在反抗部队被打得人仰马翻之际，强袭高达前来营救。基拉在战斗中改写热对流的参数，迎击巴库。收集了强袭高达实战数据的巴库部队，眼见形势不利，自行退却。

然而，卡嘉莉在这一仗中失去了战友亚夫门德，崩溃痛哭，更因为基拉说这种战争一点意义都没有，而向其大发雷霆。

不过下一秒，基拉扇了卡嘉莉一耳光，大声喊出「只会感情用事，又能保护什么！？」

基拉和卡嘉莉为了补充欠缺的物资，潜入札夫特军基地所在的班纳迪雅市场。二人偶然结识了正在那里吃饭的安德烈•巴尔菲鲁特，被过份热情的安德烈折腾的够呛。这时他们突然遭到反调整者的激进组织「蓝色宇宙」的游击队袭击！

巴尔菲鲁特为感谢二人的帮忙，邀请他们到家中作客。在那里，安德烈的恋人爱夏，替卡嘉莉换上裙子。两人对这种诡异的热情招待，感到困惑不已。

其实巴尔菲鲁特早已看穿二人的身份，他用枪指向基拉，质问他应该如何结束这场战争，是不是要把敌人完全消灭才能完结？然而，他又出乎意料的收起手枪，放走二人，还说很高兴能和他们交谈。

另一方面，在大天使号内，塞在机库中擅自启动强袭高达，引起骚动。塞对于自己无法随心操作，丧气不已，目睹这件事的芙蕾，也不禁眼泛泪光。

在久违的休息日中，阿斯兰驱车前往拉克丝的家。克莱因府位于PLANT的高级住宅区中，二人在里面开心地聊天。

阿斯兰从拉克丝口中，得悉基拉仍非常珍惜她送的礼物-托利，不禁惆怅起来。

与此同时，二人的父亲正在最高评议会中，就继续战争，还是与自然人共存进行激辩。稳健派的西盖尔•克莱因，一边压制企图发动「割喉作战行动」的强硬派屈克・萨拉，一边苦恼如何能走上和平之路。

另一方面，驻留在反抗组织基地中的大天使号里，也正在拟定突破「沙漠之虎」防线的策略。穆认为以地雷区为主要战场的诱敌作战，会造成大量牺牲，而忧心忡忡，但反抗部队成员的心意已决。

这个时候，基拉推开准备投入自己怀抱的芙蕾，跑出房间。准备迎接新的战斗。

身处直布罗陀基地的伊萨克和提亚哥，与雷塞布斯会和。「沙漠之虎」巴尔菲鲁特认为，要击败大天使号，兵力越多越好，于是接受二人，以增强战斗力。另一方面，大天使号和反抗组织也出发与雷塞布斯进行决战。大地立刻被巨大的爆炸火焰所包围，反抗组织事前布置的地雷阵遭到敌军突破，这让他们明白「沙漠之虎」是真心要消灭他们。

大天使号派出强袭高达和空中霸王出击，战况非常激烈。巴尔菲鲁特也亲自驾驶MS拉寇出战。大天使号动弹不得，「光明沙漠」也陷于苦战。

为了打开局面，卡嘉莉驾驶空中霸王出战，大天使号也发射戈特弗里德主炮扭转战局，场面开始对他们有利。

基拉的强袭高达与巴尔菲鲁特的拉寇展开最终决战。基拉高喊：胜负已分，投降吧……但巴尔菲鲁特拒绝答应。基拉使出杀手锏，看着眼前的拉哥在光芒中爆炸，绝望地大叫起来。

经过一番激战，强袭高达和大天使号打败巴尔菲鲁特，打开了前往阿拉斯加的通道。不知何故，连「光明沙漠」的卡嘉莉也坚持自己是必要的，强行登上大天使号。

驶入红海后，一直紧绷着神经的大天使号成员们，终于能得到片刻放松。众人一边吹着海风，一边休息。

卡嘉莉和芙蕾，在甲舨上展开了一场基拉争夺战……。

然而，平静的时光转瞬即逝。札夫特军的摩拉西姆小队，率领空战用MS迪因，以及水用MS古恩，从空路和海路两面夹击大天使号！强袭高达装备了火箭炮，潜入水中，虽然初次水战是一场苦战，但依旧成功地击退了两艘古恩。

另一方面，留在太空中隶属克鲁泽队的阿斯兰和尼科尔，为了加入大天使队追击作战，向地球进发。

阿斯兰和尼科尔与克鲁泽会合，克鲁泽小队久违地全员齐聚。因为发动「割喉作战行动」，无法自由行动的克鲁泽，命令阿斯兰代替自己，担任追击大天使号行动的队长。伊扎克和提亚哥不满决定，对阿斯兰百般挑衅。

另一方面，虽然大天使号经过水中苦战，成功逃脱，但摩拉西姆小队的潜水母舰队仍然紧追不放。卡嘉莉也驾驶空中霸王赶赴战场。摩拉西姆小队察觉到大天使号的弱点，利用水中MS佐诺由下而上攻击。玛硫为了确保火线，竟然将舰艇360度旋转，发射戈特弗里德主炮，击退进击的MS。

阿斯兰乘坐运输机，前往卡贝塔利亚基地接收MS母舰，途中遇上因战机中弹而偏离作战区的卡嘉莉并开战。运输机上的阿斯兰连人带MS，以及被击中的卡嘉莉的空中霸王，在互不相识的情况下，一同坠落到无人岛上。

卡嘉莉的空中霸王，因中弹而偏离航线，其后击落了运载神盾高达的空中运输机，两机被迫降落无人岛。她和运输机上的阿斯兰，在沙滩上相遇。

这个时候，由于卡嘉莉没有返回大天使号，基拉遂驾驶强袭高达外出搜索。娜塔尔认为，战斗期间下落不明，即「作战失踪」，形同战死，这遭到了玛硫激烈反驳，并下令继续搜索。另一方面，伊扎克等人也开始搜寻失踪队长的下落。

卡嘉莉在岛上遇到阿斯兰，短兵相接，最后却被制伏。由于无线电接收不良，无法和同伴取得联络，二人只好一同等待救援。夜幕降临，两人生硬地交谈着。随后卡嘉莉趁阿斯兰打瞌睡之际，犹豫之后还是抢过他的枪并瞄准他，纠结是否开枪之时却无意中走火。为了弥补过错，开始照顾受伤的阿斯兰。

终于等到天亮，无线电通讯也恢复，二人即将返回自己的阵营，临别之际，他们第一次报上了各自的名字。

大天使号和萨拉小队的四台高达，在奥布的近海地区激战。中立国奥布近在眼前，大天使号却被萨拉小队精妙的组合攻击渐渐逼得走投无路。

然而，当双方接近奥布的领海时，札夫特军和大天使号却收到奥布军的通讯，警告大天使号从该国的领海撤离。

卡嘉莉闻讯后，透过内线联络奥布，表明自己是奥布前代表乌兹米‧那拉‧阿斯哈的女儿。然而，奥布的司令官提林古却不为所动，终于奥布开始了炮轰……但这其实是为了救助大天使号的伪装攻击，舰艇被收容到岛中一个秘密船坞中。

事实上，奥布的目的是得到强袭高达拥有的实战数据。他们以对方的技术提供为条件，收容了大天使号。

另一方面，萨拉小队的成员，在奥布面前没办法出手，为了确认大天使号的位置，他们决定冒险潜入调查。

自从中立国奥普在太空的殖民地赫利奥波利斯遭到攻击开始，少年基拉大和驾驶的强袭高达就与大天使号一路展开逃命之旅。在扎夫特军的层层追杀中，基拉与过去的好友阿斯兰屡次在战场上相逢。两人迫于无奈，内心不知历经多少煎熬。回忆像电影一样一幕幕的翻过，来到了现在，迎向未知的将来。

在战斗中受到破坏的大天使号，停泊在奥布的船坞中进行维修。摩根雷堤公司的技术员爱莉卡．西蒙斯，是Ｍ１异端高达的责任开发员，负责分析大天使号提交的数据。她解读了强袭高达以往多场战斗的数据，对基拉・大和的能力值之高感到惊讶。

不久后，基拉受到招待参观摩根雷堤公司的工厂，该社为奥布军开发的MS，Ｍ１异端高达迟迟未有进展，爱莉卡拜托基拉协助研发支持OS。

基拉大为惊讶，同行的卡嘉莉向他表示，这就是和平国度奥布的真实面貌：不侵略他国，不容许他国侵略，不干涉他国内政…为了守护这种意志，才有了这种军事力量。但是她同时也怪责父亲乌兹米打破这规矩，协助地球联合军。

爱莉卡责备卡嘉莉有所误解，并叫来Ｍ１异端高达的机组人员，向他们展示训练情况。

爱莉卡表示，MS的动作笨拙，并不是因为驾驶员技术不足，而是因为OS也只是处于开发阶段。她希望自己的MS，也能像基拉的强袭高达一样，得到强化。

在玛硫等人的安排下，学生船员得以在奥布军总部中和双亲见面。众人久别重逢，得悉亲人无恙，都异常开心。芙蕾由于父亲已死没有人接见，而基拉则藉口受爱莉卡所托，正忙于开发Ｍ１异端高达的OS，拒绝与双亲见面。

芙蕾闻讯后，将积聚的怨愤发泄到基拉身上：「你是在同情我吗？可怜虫是你才对！」芙蕾不断地捶打基拉的胸膛，而基拉却不知如何回应她。

基拉的双亲打消与儿子见面的念头，改向乌兹米问好，并许下莫名其妙的承诺：无论发生什么事，都绝不可以向基拉说明真相。

基拉向穆吐露心声：倘若自己再见到父母，也许会忍不住问他们，为什么自己是调整者。就在这时，放在床上的托利突然从基拉身边飞走，护栏网的对面，追出去的基拉看到的，是潜入奥布的阿斯兰。隔着护栏网的重逢…但如今的两人，只能擦身而过。

大天使号完成修理和补给工作，准备离开奥布。另一方面，阿斯兰率领的小队，已在奥布领海之外，张开包围网严阵以待。

卡嘉莉原打算与大天使号同行，但被父亲乌兹米一句「要认识战争的根源」所说服，打消了这个念头。虽然大天使号伪装成奥布的军舰队出海，但却被萨拉小队轻易识破，一离开奥布领海，便遭到四部高达的攻击。大天使号除了派出基拉和穆，也派出空中霸王的新驾驶员托尔出击。

在敌我双方的激烈交战中，基拉的强袭高达卸除炮击战用的重炮，换上空战中的飞行器，与阿斯兰的神盾高达展开了激战。为了支持阿斯兰，尼科尔驾驶利用幻象粒子伪装的迅雷高达加入战圈，然后…强袭高达阿尔狄弥斯剑光一闪，直击尼科尔所在的驾驶舱！

尼科尔驾驶的迅雷高达随即爆炸，灰飞烟灭。

基拉击落了萨拉队的闪电高达，迎接他的是玛多古和其他整备兵的赞叹声。基拉紧握拳头，心痛地听着这些话。

另一方面，萨拉队失去了尼科尔这位重要伙伴，士气大为动摇。当中阿斯兰心底对自己无法认真与基拉战斗深感懊悔，认为自己太天真，自责不已，并决心下次一定要亲手打败基拉。 再次发现大天使号影踪的萨拉小队，燃烧着复仇的念头，展开最后的决战。遭镭射攻击的大天使号受到重创，被迫降落地上。在这次危机中，托尔也驾驶空中霸王出击。

提亚哥的暴风高达，由于机能停止而投降。另一方面，神盾高达单挑强袭高达。阿斯兰对于杀死尼科尔的基拉，燃烧着熊熊怒火，放声大吼，更把前来支援、由托尔驾驶的空中霸王击破，托尔丧生……。

怒吼着的基拉砍掉神盾高达一条手臂，却反被阿斯兰抓住，阿斯兰更启动自爆模式！

在一声巨响中，强袭高达和仍在驾舱中的基拉，还有神盾高达一同爆炸……。

强袭高达和空中霸王二号机的通讯一起消失，这使得大天使号内一片混乱。而且满目疮痍的大天使号，仍然受到札夫特军咄咄逼近，必须尽快离开现场……要抛弃失踪的同伴？

危急中，玛硫想出苦肉计，向奥布发出救援信号。另一方面，受到毁灭性打击的札夫特军萨拉小队，也接获中止作战和回归的命令。

奥布的救援队抵达现场时，那里只剩下强袭高达的残骸，以及惨遭摧毁的神盾高达碎片。他们也收留了在现场发现的身穿红色驾驶员服，被冲上沙滩的札夫特军人，原来是好不容易逃出神盾高达的阿斯兰。卡嘉莉向恢复意识的阿斯兰询问战斗经过。他也坦承当时有杀掉基拉之心。卡嘉莉伤心过度，一时迷失本性，猛地扑到阿斯兰身上。阿斯兰也再次自责不已，只能向卡嘉莉怒吼：他是敌人…那么，我只能打败他啊。

不久，札夫特来迎接阿斯兰的人来到，卡嘉莉向阿斯兰送上她一直珍视着的毫梅亚守护石，祈求再没有人死亡。

损失惨重的大天使号，好不容易才抵达位于阿拉斯加的地球联合军总部。可是对方却不批准舰上人等进入基地，命令他们在舰上等候。舰上人员拼着命来到总部，却受到这种不公平的待遇，心中浮现一抹不安。

这时，在札夫特军的卡贝塔利亚基地里，负伤的阿斯兰接到克鲁泽的命令，被提拔为开发中的新MS的驾驶员，为了接收机体，克鲁泽下令他返回PLANT。

另一方面，基拉在PLANT的克莱因府中苏醒过来，他以为自己在与阿斯兰的死斗中必死无疑，却被一个名叫马尔奇奥的神秘男子所救，并带往PLANT。面带温柔微笑的拉克丝，与震惊得浑身发抖的基拉交谈，基拉向拉克丝尽诉心声。

这时，成为大天使号俘虏的提亚哥，轻佻地问失去了托尔的米丽雅莉娅是否是失去了男朋友。米丽雅莉娅勃然大怒，举起刀子逼近他，质问为何这种人竟能活下来。就连介入二人之中的芙蕾，也朝提亚哥开了枪。不知为何挺身阻止了芙蕾的米丽雅莉娅，也终于恢复了冷静。

米丽雅莉娅和芙蕾对战俘提亚哥实施的暴力行为，在大天使号中引起了重大问题。娜塔尔就俘虏的处置以及枪械的管理问题追究玛硫的责任。

玛硫、穆和娜塔尔终于获得阿拉斯加基地传召，并接受沙札兰德上校的盘查。他就调整者少年驾驶强袭高达一事，严厉质问玛硫。在固执的盘问中，他终于承认，他认为调整者的存在是世界混乱的根源。这已不是一个军人该说的话，而是一个拥有根深蒂固偏见的人的台词。

这时，米丽雅莉娅再次来到提亚哥所在的单人房中。提亚哥尴尬地向她询问被杀的男友之事。米丽雅莉娅低声回答。态度骤变的提亚哥于是表示：若你来是想杀我，就动手吧。米丽雅莉娅低头不语。

经过漫长的盘查，穆、娜塔尔和芙蕾，被下达转职命令。

三人的转属命令，令一直支持大天使号的机组人员开始动摇。一波未平，一波又起，大天使号被命令离开所属的第8舰队，加入阿拉斯加总部的驻守队伍。对于宇宙母舰要驻守地球一事，舰上成员不禁心生疑虑。

另一方面，札夫特军在卫星轨道、地面基地，以及在海中航行的潜水舰，陆续完成布防。最高评议会议长萨拉表示，为了早日结束战争，最终决定发动「割喉作戰行動」。这次作战的真正目标，并不是当初预定的巴拿马，而是地球军总部所在地阿拉斯加。

然而，负责迎击的阿拉斯加总部，却设下了空城计。无视转职命令而返回总部的穆，遇上潜入了这个无人基地的克鲁泽，二人发生激烈枪战。但克鲁泽只是一味地逃走，途中更掳走了偶然遇上的芙蕾，然后逃出基地。

一直在克莱因府疗伤的基拉，为了守护阿拉斯加的同伴，以及寻找战斗的意义，决定返回地球。拉克丝交给他一样东西，那就是「新剑」，即札夫特开发的最新锐MS自由高达！

在阿拉斯加，大天使号与札夫特军展开激战。负责守护巴拿马的联合军主力部队，对上敌方气势逼人的MS部队，苦战在所难免。穆在这时获悉军方故意放弃阿拉斯加基地，坐上可开动的战斗机，往大天使号进发。札夫特军在战事中取得压倒性优势。

穆抵达大天使号后，向玛硫讲出上级放弃阿拉斯加的真相。他们计划以驻军做饵，引札夫特军前来，然后利用设置在基地深处的超级兵器「独眼巨人系统」，将己方军队和敌人同时消灭。玛硫闻言大为惊愕，苦恼之下决定离开战线，然而四周却被札夫特军包围，失去逃跑机会。大天使的去路被基恩阻挡，束手无策。这时众人眼前出现一台未曾见过的高达，它展开双翼，站在他们前面…基拉驾驶着自由高达赶来了。

基拉高叫双方军队马上撤离战斗海域，一瞬间，阿拉斯加基地发出闪光和巨响，然后被灼热的大火球吞噬，完全湮灭…。

「割喉作战行动」失败，札夫特国防委员会陷入混乱。与此同时，萨拉获悉札夫特军秘密开发的最新锐MS自由高达被抢走后，向被召回国的阿斯兰说，拉克丝将负起本次夺取作战失败的责任，并因叛国罪而被通缉，两人的婚约也取消了，阿斯兰听后大感愕然。怒气冲冲的萨拉议长，命令阿斯兰夺回自由高达，并把所有牵涉之人消灭。

另一方面，基拉在发动了独眼巨人系统的阿拉斯加，及时解救了大天使号的危机，并与舰上成员重逢，喜不自禁。不过，自再次见到拉克丝以来，基拉心中一直想要找出这场战争的意义。

与此同时，阿斯兰在哈罗的引导下，在废墟的剧场中重遇拉克丝。他得知基拉仍活着后，惊愕不已。拉克丝向他抛下「你要和什么战斗？」这一神秘的问题之后，扬长而去。

为了再次面对基拉，阿斯兰驾驶新得到的MS正义高达，重新返回地球。

满身伤痕的大天使号，好不容易逃离自爆的阿拉斯加基地。为了修理遭破坏的船身，到达可以前往奥布的淤能碁吕岛。卡嘉莉亲眼看到活生生的基拉，不禁热泪盈眶，飞扑到他身上，还说起了她和阿斯兰之间的事。

然而，危机正迫近奥布。失去阿拉斯加的地球联合军，为了准备迎接战争的最终阶段，向奥布施压，迫使它放弃中立国的立场，加入地球联合军。

另一方面，为了破坏地球联合军所留下的最后一台质量加速器，札夫特军的MS部队在破晓时分，埋伏于巴拿马的领土上。阿拉斯加一役令札夫特军非常愤怒，欲一雪前耻。地球联合军则投入大量量产型MS强袭高达刃式，以对抗札夫特军，并取得上风。但札夫特军却派出能使电子兵器失效的新兵器「奥丁之雷」，刹那间，地球军的兵器停止运作。复仇之心熊熊燃烧的札夫特军无视条约，向投降的士兵开炮。这已不是战争，而是单方面的虐杀…

由于地球联合军的巴拿马基地被攻陷，他们失去了质量加速器，前往宇宙的途径被截断。地球联盟想出各种对策，希望能夺取地球上余下的质量加速器。实际上领导着地球联盟的大西洋联邦，与蓝宇宙的盟主阿兹拉埃尔一起前往奥布，准备下一次作战。

地球联盟向奥布发出最后通谍，表示由于奥布再三拒绝联盟的合作请求，提出解散奥布的现任政权，并解除武装。若奥布不遵从，将被视为札夫特的支持国家，将遭到联合军武力制裁。这份通告令世界变为只分敌我，不许中立的局面，令奥布的首长们苦恼不己，也激怒了乌兹米。这时玛硫对舰上众人表示，要战斗或是离开战舰，由各人自己决定。

时间逐秒迫近，市民从城市地区和军事设备四周撤离，奥布进入备战防卫状态，战幕随即拉开。

基拉驾驶自由高达，同地球联合军三台最新锐高达交战。这时出现在基拉面前的，是阿斯兰驾驶的正义高达。由于未能判断新加入战场的MS是敌是友，现场气氛紧张。然而，阿斯兰不是以札夫特军人的身份而来，而是按自己的意志来支持基拉。自由和正义高达，虽然初次连手，却以令人意想不到的精妙配合，压制三台敌机。地球联合军三台高达的驾驶员药品耗光，紧急撤退。

然而就在此时，地球联合军在淤能碁吕岛邻近海域，展开大规模攻击，派出数量惊人的量产型MS强袭高达刃式，将奥布逼上绝路。虽然在基拉和阿斯兰的奋战下，好不容易击退联合军，但奥布军也受到重创，濒临毁灭。

卡嘉莉含泪迎接归来的基拉和阿斯兰。二人再次见面，终于能坦率说出心底话。阿斯兰听到基拉决心为同伴而战，不禁陷入沉思，认为自己也必须选择属于自己的道路。

奥布屡次尝试与地球联盟交涉，但都被联盟的阿兹拉埃尔拒绝。联盟几乎已一致决定要武力制裁奥布。

在敌方再次发动总攻击前，基拉和阿斯兰终于心意相通，解开心中的芥蒂。一度沦为俘虏的提亚哥，也同意和阿斯兰一起「为守护同伴」而战。

终于，由禁断高达，瘟神高达和侵略高达率领的地球军MS部队，踏上奥布大地，将淤能碁吕岛的海岸线淹没。在压倒性的战力前，乌兹米‧那拉‧阿斯哈决意放弃淤能碁吕岛，让国民和大天使号逃走，并宣言自己要留在国家，战到最后一刻。

为了让大天使号和战舰草薙号发射上太空，质量加速器在辉夜港陆续进行发射准备。乌兹米自知将与卡嘉莉死别，向她说出冲击性的真相：「你不是孤独一人，你有一个弟弟。」

大天使号和草薙号，还有自由和正义高达，摆脱联合军MS的追击，飞向宇宙。目送他们离开的乌兹米，亲自将质量加速器和摩根雷堤公司引爆，葬身其中。

草薙号和大天使号到达宇宙，前者已顺利完成对接，机组人员为了进行补给和整备，前住因战乱而变成废墟的L4殖民卫星群。

与此同时，拉克丝继续进行秘密反抗活动，向PLANT的市民进行地下广播，影响力之大，就连萨拉议长也感到棘手，并出动MP搜索她的下落，却空手而回。

另一方面，地球上，联合军虽然没能成功夺取奥布的质量加速器，但却夺回了维多利亚基地，开通前往宇宙的途径。击破札夫特军MS部队的地球军乘胜追击，开始将以新型MS部队为主的物资，通过质量加速器逐一射上太空，准备展开大规模侵略作战。阿兹拉埃尔凭着手上三台高达的作战记录，发现自由高达和正义高达拥有的非凡动力的秘密，于是计划将其夺走。

身处大天使号的阿斯兰，坚定了自己的意志，为了问出父亲的真正心意，决定只身前往PLANT。

阿斯兰的父亲派屈克．萨拉是札夫特最高评议会议长。阿斯兰为了确认父亲作战的真正用意，决定前往PLANT。基拉自告奋勇，想驾驶自由高达去保护阿斯兰驾驶的太空穿梭机。阿斯兰向基拉说出自己的决心，基拉了解后，在临别时向他说：「你和我…都还不能死。」

阿斯兰与父亲见面后，问他这场战争的真正意义，然而在他眼前的已不是从前的父亲。几近癫狂的萨拉说出战争的目的时，阿斯兰大感愕然。萨拉用枪指着阿斯兰，要他说出正义高达和自由高达的下落。阿斯兰被扣上叛国者的罪名后被带走。

由达哥斯塔坦率领的拉克丝派成员，将阿斯兰救出。拉克丝终于展开行动，抢走最新锐战舰永恒号，逃出了PLANT！舰桥上的人，还有曾被称为「沙漠之虎」的巴尔菲鲁特。永恒号在L4与大天使号和草薙号会合，众人放弃从前的敌对立场，组成独立部队。因为父亲西盖尔．克莱因的死亡而悲伤不已的拉克丝，在基拉的怀中把悲哀埋藏。

大天使号级别的二号舰主天使号，正在地球军的月面基地上，日夜进行备战训练。坐在舰长席上的是娜塔尔．巴基露露少校。主天使号搭载了侵略高达、禁断高达和瘟神高达，为了追击大天使号，将驶往L4殖民卫星群，同行的还有以观察员身份列席的阿兹拉埃尔。不得不对战昔日同伴的娜塔尔，无法掩饰内心的冲击。

这时，大天使号、草薙号和永恒号，来到了废置了的门德尔殖民卫星，三艘舰艇就今后的去向讨进行商讨。阿斯兰没有现身，担心不已的卡嘉莉前往寻找，发现独自沉思的他。阿斯兰说：「我什么都做不到，什么都不明白……」卡嘉莉努力安慰阿斯兰，被他抱住，迷惘却又安宁的时间，在二人之间流逝。

然而娜塔尔终于在门德尔港中，发现大天使号的踪影，主天使号先发制人。昔日的同伴，如今兵戎相见。

主天使号为讨伐大天使号点燃战火。三台高达被基拉和阿斯兰合作无间的攻击连番压制。娜塔尔得知草薙号也可以参战后，认为战况对己方不利，决定暂时撤退，大天使号勉强躲过危机。

另一方面，穆和提亚哥发现札夫特军入侵殖民卫星内部后出击。克鲁泽驾驶新型MS蓋茲，与穆展开宿命对决。战斗正酣之际，伊扎克发现敌机是暴风高达，感到困惑，可他不知道机上的驾驶员是提亚哥，愤怒之下不断攻击。暴风高达不断在殖民卫星轴心四周飞来飞去，努力想躲开攻击。提亚哥无法跟决斗高达对打，终于呼唤伊扎克，令伊扎克停下动作。两人离开MS对峙，气氛紧张。

这时，克鲁泽驾驶蓋茲与穆的死斗，被前来支援的自由高达终止，他逃到一幢建筑中，基拉和穆紧随其后…更在这幢建筑物中，得知惊天真相！

基拉和穆为追捕克鲁泽，进入一幢建筑物，原来这里是门德尔殖民卫星的基因研究所。三人在此展开枪战，随后仿佛是为了令紧张气氛爆破似的，克鲁泽说出了冲击性的真相。

与此同时，在地球下落不明的提亚哥，和久未聚头的伊扎克，互相用枪瞄准对方，伊扎克质问提亚哥的意图。

另一方面，在殖民卫星外，阿兹拉埃尔强硬地说服娜塔尔，决定率领主天使号，与大天使号再决高下。

克鲁泽在枪战中说出，这个研究所曾经进行以人造子宫孕育调整者的实验。基拉是研究员从他的亲生父母中拿走，唯一的成功例子，还说出自己和穆的因缘……原来克鲁泽承继了穆的父亲的基因，是一个「失败」的复制人。两人知道这个惊人的真相后，不由内心动荡。克鲁泽大叫「我有权利制裁全人类！」后离去。

克鲁泽返回旗舰梅萨琉斯号，将一枚光盘交给被他俘虏的芙蕾，并把她交还给地球军，还说这是终结战争的「最后之门」。

大天使号与主天使号再次展开激战。克鲁泽派出梅萨琉斯号，想趁机攻击永恒号。他单方面通知将归还被札夫特军拘留的俘虏，然后在战斗领空放出救生艇，里面的乘客是对现况毫无所知的芙蕾。双方舰队对克鲁泽的行为都大为不解。芙蕾察觉到有危机，拼命向操纵救生艇的大天使号求救：「我、我拿着钥匙。」沉默片刻后，大天使号决定出动。阿兹拉埃尔阻止前去救援的基拉，把救生艇回收到主天使号。

另一方面，被包围的永恒号和草薙号，决定把火线集中于札夫特军的梅萨琉斯号，打算突破封锁。最后梅萨琉斯号被击沉，地球军和札夫特军见状，一同撤退。

返回永恒号的基拉，因没有救出芙蕾而悲伤哭泣。与此同时，阿兹拉埃尔取得芙蕾手上的光盘，内容是「使核子能够使用的反中子干扰器」的数据，这令阿兹拉埃尔大喜过望。

地球联合军从芙蕾手中取得的光盘中，得到了反中子干扰器的技术。受到阿兹拉埃尔的怂恿，把核弹带上宇宙。札夫特军预测到联合军会展开大规模攻击，将战力集中于雅金・杜维和波亚兹的绝对防卫线上。

然后…决战的帷幔终于揭开。

搭载了核子的梅比乌斯零式部队「和平缔造者」，进入了札夫特的军事卫星波亚兹。接着闪光飞舞，再次投入使用的核子火焰瞬间毁灭要塞。芙蕾看着波亚兹逐渐崩溃，对自己一手造成的局面，感到无限懊悔。原来「为了终结战争」这句话，等同虐杀。

基拉和阿斯兰分别出击，以阻止拥有核导弹的「和平缔造者」部队再度攻击。高达装备了流星，成功击落所有射向PLANT的导弹。与此同时，派屈克．萨拉也发誓要向自然人报复，终于下令使用巨大的激光武器「创世纪」。创世纪的闪光，终于从雅金・杜维要塞的暗处，朝地球军舰队发射！

「创世纪」发射出的伽玛射线闪光，瞬间将联合军的前线舰队消灭。札夫特军利用幻象粒子，一直隐藏着王牌，并且可以轻易地瞄准地球。

陷于歇斯底里的阿兹拉埃尔猛烈攻击地球军，然而处于毁灭状态的联合军，也总算重新建立体制，悲壮地决定破坏「创世纪」。可是，前面有雅金・杜维要塞，而创世纪本身也装备PS装甲。

基拉等人为了阻止双方的杀戮，决定前往最后的战场。基拉和拉克丝、卡嘉莉和阿斯兰，还有玛硫和穆，各人心知这次可能是死别，均向对方吐露心声。

还有一个人，决定制裁全人类的克鲁泽驾驶神谕高达出击。最终决战的战火燃起。地球军杀到PLANT，独立军也前来阻止核子武器发动。可惜大家来迟一步。最终武器创世纪，已向地球军的月球基地发射出第二次攻击！

「创世纪」的第二次攻击，毁灭了地球联合军的月球基地，下一个目标是地球吗？联合军把已被摧毁的舰队再次编组，和平缔造者队也再次出击，目标是以核武直接攻击PLANT。基拉一行人在创世纪和核武之间奋战，Ｍ１异端高达队在战况最激烈时被毁灭，穆和克鲁泽也在战斗期间受伤。不过，伊扎克和提亚哥经过合作，最终艰辛地击破瘟神高达和禁断高达。

与此同时，在与大天使号战斗中的主天使号内，阿兹拉埃尔和娜塔尔也处于对峙中。暴走的阿兹拉埃尔，向下令全员退舰的娜塔尔开炮，更发射了罗安格林。眼见大天使号回避不及，穆挺身相护而中炮，机体爆炸。失去了穆、情绪失控的玛硫，大叫「发射罗安格林！」压制了阿兹拉埃尔的娜塔尔也同时高喊：「攻击，玛硫．拉米亚斯！」两名牺牲了心爱之人的女性，把战争的原凶之一，蓝色宇宙的盟主铲除。

尽管牺牲者众多，但战火却仍未平息。离开主天使号的芙蕾，彷佛被难以割断的思念牵引，闯入自由高达与神谕高达的战场，最终在基拉面前，被克鲁泽无情袭击而丧生。无法保护应该守护之人的基拉悔恨不已，眼前却出现芙蕾的幻象。芙蕾的灵魂终于在最后时刻，与基拉心意相通了吗？

另一方面，萨拉将创世纪的目标对准地球，可是在札夫特军当中，有人为了制止这种疯狂举动而挺身而出。阿斯兰为了阻止父亲，与卡嘉莉一起进入雅金・杜维，然而目睹的，却是萨拉被阻止他以创世纪虐杀敌人的军官射杀的场面。萨拉临死前低声咀咒自然人，之后便气绝身亡。

然而就算萨拉死亡也无法阻止失控的局面。与雅金的自爆连动的创世纪也开始启动。阿斯兰只身闯入创世纪，利用正义高达的核子引擎，将失控的创世纪破坏，计划成功。原本打算牺牲自己的阿斯兰被卡嘉莉制止，和她一起逃走。

与此同时，基拉和克鲁泽在最后一战中，互相向对方发出最后一击。札夫特中以卡纳巴为首的旧克莱因派呼吁停战，终于踏上和平之路。阿斯兰在惨烈的战场中感到绝望。

这时候，托利飞向宇宙，在他前面的是已变成残骸的自由高达，还有基拉的身影…希望，仍然存在。

An animated short featuring the characters and mecha of the Astray R manga/novel series, as well as mobile suits from the Gundam SEED MSV (Mobile Suit Variations) model kit series.

一个小短片，时间线在SEED与DESTINY之间。

An animated short featuring the characters and mecha of the Astray B manga/novel series, as well as mobile suits from the Gundam SEED MSV (Mobile Suit Variations) model kit series.

C.E.73年10月2日，奥布联合酋长国首相卡嘉莉·尤拉·阿斯哈来到L4的殖民卫星阿莫利万，决定与PLANT的杜朗达尔议长举行机密会谈，与其同行的还有隐姓埋名的阿斯兰·萨拉；而就在同一个地方，ZAFT军的新型战舰“密涅瓦号”的入水仪式也即将进行。　　一派轻松的气氛下，“密涅瓦号”所属的真也与同事尤兰等人上街闲逛，并偶遇秘密潜入阿莫利万的地球联合军特务部队所属成员——史黛拉·露歇，但双方并不知道彼此的真实身份。　　就在入水仪式即将举行的时候，阿莫利万的MS格纳库遭到了地球联合军特务部队的突然袭击，ZAFT军所开发的三架最新型高达也被夺走。ZAFT的MS部队损失惨重，而卡嘉莉和阿斯兰也陷入危险之中。就在这危急时刻，飞鸟真驾驶剑装备型脉动高达挡在三架高达的面前。

　　为了夺回三架被夺走的高达，真与史黛拉等三人展开了激战。而在阿莫利万外面，一直潜伏着准备接应强夺部队的地球联合军特殊部队母舰加迪·鲁号也开始对ZAFT军发动突袭。猝不及防下，ZAFT军伤亡惨重。　　由于数量上的差距，寡不敌众的真逐渐落于下风；前来营救的阿斯兰也由于双方机体实力悬殊过大而穷于应付，在驾驶舱内的卡嘉莉受伤后不得不退出了战斗。幸好雷和露娜玛丽亚及时赶来支援，弥补了双方的差距。　　看到无法取胜，斯汀和奥尔决定撤退；但史黛拉却执意与脉动高达分出胜负。奥尔嘲弄着说出“那你就死在这里吧”唤醒了史黛拉的恐惧，使得史黛拉立即撤退。　　为了能够及时掌握信息，杜朗达尔议长登上了密涅瓦号。阿莫利万外，特殊部队长官尼奥亲自驾驶埃格萨斯出击接应斯汀等三人，被雷所感应。　　追击战中，机体损耗严重的脉动高达成功换装了由母舰发射而来的空战型装备，但殖民卫星的护壁已被轰出一个大洞，三架高达成功逃离，不甘放弃的真和雷随后也突入宇宙空间。　　由于已经没有安全的地点可供着陆，阿斯兰和受伤的卡嘉莉不得不降落在即将起航的密涅瓦号上，并要求与杜朗达尔见面。在前往舰桥的路上，卡嘉莉无意间喊出阿斯兰的真名，引起了露娜码丽亚的注意。　　在殖民卫星外，等待着真的，是驾驶埃格萨斯的尼奥。

在埃格萨斯全方位武器突如其来的攻击下，真一时间狼狈不已；幸好熟悉这种战法的雷及时赶到，为其化解了危局。与此同时，尼奥也感应到了雷的存在，三人遂展开了激战。　　密涅瓦号出现后，察觉无法迅速取胜的尼奥当机决定撤退；雷和真在收到归舰信号后也一同返航。ZAFT及联合军双方的母舰展开了炮击战。回到母舰的尼奥下令撤退，加迪·鲁号将推进剂后备贮存箱分离后顺利逃脱。另一方面，塔丽亚得到杜朗达尔的许可，命令密涅瓦号追击加迪·鲁号。　　史黛拉等三人在维生舱中逐渐恢复过来；而在尼奥与李的交谈中，似乎透露出三个人的秘密……　　与卡嘉莉会面之后，杜朗达尔邀请卡嘉莉及阿斯兰在舰内参观。不料就在格纳库中，卡嘉莉的言辞遭到了真的严厉讥讽。　　密涅瓦号终于追上了加迪·鲁号，双方即将再度交战。真驾驶ZGMF－X56S/γ 炮战型脉动高达与露娜玛丽亚一同出击；而在密涅瓦号舰桥上，杜朗达尔直言点破了阿斯兰的真实身份……

在碎石带，密涅瓦号落入了尼奥精心策划的埋伏之中，被加迪· 鲁号牢牢地压制住；而先前出击的真和露娜玛丽亚也陷入了与驾驶三架高达的斯特拉等三人苦战的僵局，无法返回支援密涅瓦号。　　密涅瓦号舰桥上，阿斯兰提出了脱离困境的冒险方案，在杜朗达尔的支持下为塔丽亚所接受。尼奥亲自带队对密涅瓦号展开攻击，但遭到雷的拦截。两人展开激战，不分胜负。　　密涅瓦号从小行星中成功脱困，并击伤了加迪·鲁号。看到无望取胜的尼奥下令撤退；在杜朗达尔的提议下，无力追击的密涅瓦号也招回了真及露娜玛丽亚进行休整补给。　　由于被杜朗达尔点破，密涅瓦号的众人均已得知阿斯兰的真实身份。露娜玛丽亚对阿斯兰表现出相当的兴趣，而阿斯兰却矢口否认了自己的身份。　　另一方面，ZAFT军突然发现早已废弃的尤尼乌斯7正在脱离其正常的轨道……

尤尼乌斯7原本是PLANT的农业卫星，C.E.70年2月14日的悲剧发生后，尤尼乌斯7就一直处于被废弃状态。但是，正当密涅瓦号追击加迪· 鲁号的时候，一群驾驶着ZAFT制MS的神秘人物开始将尤尼乌斯7的残骸推向地球。　　得到“尤尼乌斯7开始向地球移动”消息的杜朗达尔将此事告知了卡嘉莉，并决定立即前往尤尼乌斯7。休息室内，雷、露娜玛丽亚等人对此也是议论纷纷，尤兰轻佻的语气引起了正巧路过休息室的卡嘉莉的强烈不满，但她的言辞再一次遭到了对阿斯哈家族深怀不满的真更为激烈的反驳。　　蓝色波斯菊的新盟主加百列召开了蓝色波斯菊的会议，商讨如何应对尤尼乌斯7与地球相撞及其后事宜。在加百列的心中，已经开始酝酿对制造了殖民卫星的新人类进行报复的计划。　　为了摧毁尤尼乌斯7，玖尔队及密涅瓦号先后来到了尤尼乌斯7所在区域。阿斯兰主动要求驾驶MS参加任务，并得到了杜朗达尔的许可。但就在玖尔队进行破坏工作时，遭受了未知部队的攻击。真、雷、露娜玛丽亚和阿斯兰先后出击，援护遭到攻击的玖尔队。　　在此同时，潜伏在同一区域的加迪· 鲁号，也派出了三架高达……

正在尤尼乌斯7进行破坏作业的玖尔队遭到未知部队的攻击，MS及粉碎器均损失惨重，粉碎作业无法顺利进行。偏偏就在此时，奥尔、史黛拉等三人驾驶的高达也加入了对玖尔队的攻击；幸好真、阿斯兰等人及时赶到了战斗区域，与三架高达及谜之部队展开了激战。　　尤尼乌斯7将要坠落的消息开始在地球上传播开来，各方政府均发表了公告，正在玛尔基奥导师家休养的基拉和拉克丝也获知这个消息。　　与此同时，尤尼乌斯7区域的激战仍在继续。在阿斯兰等人的援护下，玖尔队成功地将尤尼乌斯7一分为二，但是，其中的一部分仍在加速向地球落下。　　阿斯兰与伊扎克及迪亚克汇合，决定进一步破坏尤尼乌斯7的残片，但三架高达依旧锲而不舍地对他们进行追击。阿斯兰与伊扎克联手轻易重创了混沌高达及深渊高达，其惊人的实力深深地震撼了真。　　塔丽亚决定让密涅瓦号伴随尤尼乌斯7的残骸进入大气层，并在到达极限时发射主炮将残骸摧毁。杜朗达尔议长同意了这项计划并转移到了伏尔泰号，但卡嘉莉决意留在密涅瓦号上与阿斯兰一起。　　由于卫星残骸即将突入大气圈，ZAFT军及加迪·鲁号分别招回了自军的MS，而阿斯兰则决定留在残骸上，利用粉碎器继续从内部破坏残骸，但他却遭到谜之部队MS舍生忘死的攻击而无法脱身。危急时刻阿斯兰幸好得到了真的援助而脱离了残骸，但两人已无法返回母舰，在强烈的气流中开始急速向地球坠下。

密涅瓦号随尤尼乌斯7的残骸一起进入了大气层。虽然无法确认阿斯兰和真的位置，塔丽亚仍然下令将残骸击毁。　　尤尼乌斯7的残骸化为无数的碎片坠落于世界各地，给地球和人类带来了惨痛的伤害。残骸的碎片也危及到了避难中的基拉等人，拉克丝用她那宁静安详的歌声，令受惊的孩子们镇定下来。　　机体不堪负荷的阿斯兰再次得到真的舍身援助，两架MS成功地回到了密涅瓦号上。密涅瓦号顺利降落于太平洋上，并计划前往奥布。正当卡嘉莉庆幸事情得以解决的时候，再次遭到了真的驳斥。　　杜朗达尔代表PLANT表示将对遭受灾难的地球伸出援手；但实际上，包括蓝色波斯菊在内各方势力，都在为积极地为将要到来的战争做着准备，罗德·加百列的手中也掌握了驾驶ZAFT军MS的恐怖份子驱使尤尼乌斯7坠落的证据。　　露娜玛丽亚邀请阿斯兰参加手枪射击练习，而阿斯兰优异的表现，再次震惊了众人。言谈中，真对阿斯兰依旧选择留在奥布表示了不解。　　“暴风雨就要来了。”看着咆哮的大海和天边的乌云，拉克丝对身边的基拉如此说道。

密涅瓦号抵达了奥布的淤能碁吕岛，回到这里的卡嘉莉也受到了奥布联合酋长国宰相乌纳特·艾玛·塞兰与其子尤纳的迎接。　　在内阁会议上，乌纳特提出了与大西洋联邦结盟一事，虽然遭到了卡嘉莉的极力反对，但由于“尤尼乌斯7是被PLANT的恐怖份子坠向地球的”一事已广为人知，民间反新人类的风潮再度高涨，卡嘉莉也毫无办法可想。　　淤能碁吕岛上，密涅瓦号由朝霞社进行修理；而负责修理工作的，正是玛琉等人。　　阿斯兰驾车外出，巧遇了由于家园被毁而搬到淤能碁吕岛上的基拉、拉克丝和孤儿们。“究竟在和谁作战？如何作战？”未能寻找到答案的阿斯兰向基拉倾吐了心中的迷茫。　　第二天早上，在与卡嘉莉的谈话中，出于对当前局势的担心，阿斯兰下定决心回到PLANT跟杜朗达尔议长进行商谈，以期避免地球与PLANT之间的再次对立。临走时，阿斯兰给卡嘉莉戴上了戒指。　　由于密涅瓦号的修理工作需要耗时数天，船上的众人纷纷外出。与兴高采烈的众人相比，真的心情截然不同，他换了便装来到伤心之地，然而眼前的景象早已全然不同……在纪念碑前，真遇到了素不相识的基拉。“花儿无论开得多么美丽，人总会将她摧毁。”无意识间，真说出了自己的心声。　　在阿斯兰回到PLANT的同时，以大西洋联邦及欧亚联邦为首的联合国发表了视PLANT为敌对国的正式通告。

在宣布PLANT为敌对国之后，地球联合就开始积极地备战；而相应的，PLANT普通市民对自然人的敌对情绪也被煽动起来。虽然杜朗达尔议长仍然极力试图通过和谈来解决问题，但战争已不可避免，PLANT不得不加强了自身的防御。　　另一方面，蓝色波斯菊的盟主加百列不仅计划着彻底消灭PLANT，还准备清除以奥布为代表的几个小国。　　地球联合军正式对PLANT宣战，并从月面基地出发，向PLANT发动了攻击；ZAFT军被迫还击。正当双方交战之时，搭载了核弹的地球联合军奇袭部队突然出现，并准备袭击PLANT，但在ZAFT军的秘密武器攻击下，奇袭部队全灭，地球联合军被迫撤回月面基地。　　在PLANT，等待与杜朗达尔议长会面的阿斯兰意外地见到了“拉克丝”，而且“拉克丝”对他十分亲热，这令阿斯兰十分迷惑……

　虽然以PLANT为目标的核弹被全部击落，但是PLANT普通民众的愤怒情绪还是由于突然遭受的攻击而被激化。在与杜朗达尔议长的谈话中，阿斯兰重新恢复了“阿斯兰·萨拉”的身份，为和平做着努力；杜朗达尔议长则对阿斯兰深表理解，劝慰他不必独自背负着父亲之事的重担。　　就在这时，“拉克丝”出现在PLANT的公共频道上，表示以杜朗达尔议长为首的最高评议会正在探索更好的道路，并劝导大家珍惜眼前的和平。最终，“拉克丝”以宁静的歌声平息了民众高涨的情绪。　　杜朗达尔议长毫不隐晦地向阿斯兰道出了这个“拉克丝”并非是真正的拉克丝的真相，并表示自己不仅需要假拉克丝的力量，还需要阿斯兰的力量。接下来，杜朗达尔又将阿斯兰带到了救世主高达的面前，而且把它托付给了阿斯兰，希望他能够坚持自己的道路。　　阿斯兰再次见到了假拉克丝，她告诉阿斯兰自己的真名是米娅·坎贝尔。在米娅的邀请下，两人共进了晚餐。席间，米娅表示自己也是拉克丝的歌迷，并说自己是想为PLANT尽一份力量才答应了假扮拉克丝。

　　加百列由于核攻击的失败而遭到了秘密组织内部广泛的批评，但这反而坚定了他消灭PLANT的决心；另一方面，PLANT最高评议会也通过了国防委员会的提案，为开战做好了准备。　　而在奥布行政府内，卡嘉莉等人也在围绕是否与大西洋联邦结盟而进行着激烈的争论。虽然卡嘉莉极力反对，但大多数酋长均赞同与大西洋联邦结盟以避免战火再度烧身。　　夜晚，难以入眠的基拉再度回忆起了上一次大战和那些在战斗中死去的朋友们……　　在杜朗达尔议长的安排下，伊扎克和迪亚克作为护卫监视而前往阿斯兰身边。三人来到了尼科尔的墓前，向牺牲的战友们献了花。伊扎克劝说阿斯兰回PLANT来，与朋友们一起为PLANT做些什么。　　安迪·巴尔特菲尔德使用秘密频道将危险的现状告诉了密涅瓦号，并劝其立即离去。塔丽亚听从了安迪的劝告，决定离开奥布。　　在劝解情绪低落的卡嘉莉的时候，尤拉突然向其求婚，令卡嘉莉大吃一惊。

　　为了救援被包围的部队，ZAFT军开始了降下地球的作战；而地球联合军也相应地发布了反空降动员令。　　密涅瓦号刚出奥布领海就发现前方竟然是以4艘航母为首的地球联合军舰队，而后方的奥布舰队也堵住了密涅瓦号的退路。密涅瓦号唯一的生路，便是强行突破前方地球联合军舰队的阻截。　　虽然数量上占有绝对的劣势，但在场面上密涅瓦号丝毫不落下风。见此情景地球联合军派出了巨型MA——扎姆扎扎。扎姆扎扎一出场便弹开了密涅瓦号的阳电子炮，其表现令所有的人都吃了一惊。　　激战中的密涅瓦号距离奥布领海越来越近，在尤拉的授意下，奥布舰队开炮向密涅瓦号示警。由于瞬间的疏神，脉动高达的脚不慎被扎姆扎扎抓住。危急中，一度昏迷的真爆发了种能力，并成功利用氘核光束送电系统补充了机体的能量，一举击溃了扎姆扎扎和地球联合军舰队。　　在杜朗达尔的安排下，阿斯兰成为ZAFT特殊部队FAITH的成员，并驾驶救世主高达前往地球与密涅瓦号汇合。

　　在损失了包括2艘航空母舰在内的6艘战舰之后，地球联合军舰队的残余部队被迫撤退，密涅瓦号成功突围。　　归舰的真因其不可思议的战绩而得到了威诺等人的欢呼，而同为MS机师的雷也对真的出色表现加以肯定；塔丽亚和阿瑟也逐渐明白了杜朗达尔议长将脉动高达交由真驾驶的用意。　　另一方面，尤拉加紧了对卡嘉莉的控制。他表示将在与大西洋联邦签署协议的同时举办婚礼；卡嘉莉虽然并不甘心，但在尤拉以方方面面的“大义”劝说之下，并无他法可想。　　由于政局的变动，寄居在玛尔基奥导师家里的安迪和玛琉敏锐地感觉到暴风雨即将到来，奥布不再是个能够容身的地方。　　果然，就在一天夜里，一支神秘的队伍突袭了玛尔基奥导师的家。由于哈罗的预警，基拉等人得以事先察觉，逃到了避难所里。在双方的交火中，安迪和玛琉发现这支神秘的队伍竟然是ZAFT的部队，而他们的目标则是拉克丝。　　看到普通武器无法对避难所造成威胁之后，神秘部队的指挥官下令使用MS对避难所进行攻击。面对千钧一发的危急状况，吉良驾驶自由高达出击，并发动了种能力轻易破坏了敌方所有MS的战斗力；神秘部队的指挥官只能选择自爆来销毁自军的痕迹。

　　挫败了神秘部队企图暗杀拉克丝的阴谋之后，基拉他们不得不认真考虑今后的去向。就在这时，玛娜送来了卡嘉莉给基拉的信。原来为了准备婚礼，卡嘉莉已经被关进了塞兰家，众人不由大吃一惊。卡嘉莉在信中表述了身不由己的苦衷，表示为了国家将和尤纳结婚，并委托基拉将戒指还给阿斯兰。　　等待即将到来的婚礼仪式的时候，卡嘉莉回忆起了和阿斯兰相识以来的点点滴滴……在奥布举国的关注下，尤纳将卡嘉莉带到了婚礼的举行地点。　　与此同时，基拉下定决心，和拉克丝、安迪以及以玛琉为首的旧时战友重新集结于大天使号上，启动了这艘前大战中的名舰前往营救卡嘉莉。　　正当尤纳和卡嘉莉在殿堂前宣誓时，基拉驾驶的自由高达突然出现，并将卡嘉莉带回到大天使号上。在奥布护卫舰队指挥官的刻意帮助下，大天使号成功下潜，脱离了奥布护卫舰队的包围。

　　就在大天使号离开不久，尚不知情的阿斯兰驾驶着救世主高达赶到了奥布，紧急戒备的奥布军出动了两架村雨对其进行攻击。无奈之下，阿斯兰只得离开。　　大天使号上，基拉否定了卡嘉莉的错误做法，将戒指还给了卡嘉莉，并劝她和大天使号一同行动，去寻找正确的道路。　　密涅瓦号到达了ZAFT的卡奔塔利亚基地。在休整期间，众人迎来了难得的闲暇。阿斯兰也抵达了这里，真对他的出现感到非常意外。然而对于真“为什么回ZAFT”的质问，阿斯兰并未给予回答。通过露娜玛丽亚的说明，阿斯兰了解到了自己不在时所发生的事情，并对卡嘉莉结婚的消息感到十分失落。　　杜朗达尔议长要求密涅瓦号前往直布罗陀支援友军。原来最近亚欧部分地区要求独立，地球军对此进行了武力镇压。从塔丽亚那里，阿斯兰得知了劫走卡嘉莉的正是自由高达和大天使号。　　密涅瓦号开始往地中海区域发进，但他们还不知道的是，自己已经被尼奥盯上了。

A special recap, that analyzes the events of the series following operation "Break the World" and military strengths of ZAFT, Orb & the Atlantic Federation. This episode does not appear on the DVD release.

　　尼奥调集了附近地球联合军据点的MS，并亲自驾驶温达姆带队对密涅瓦号一行展开了攻击。密涅瓦号被迫迎战，阿斯兰决定与真一同出击，并被塔丽亚委以MS部队指挥的重任；而雷和露娜玛丽亚则在舰上待机。　　驾驶混沌高达的斯汀·奥克雷选择了阿斯兰驾驶的救世主高达作为对手；尼奥则带队围攻在奥布突围一战中大出风头的真。　　与此同时，奥尔·尼达驾驶深渊高达在水中对ZAFT军进行了突袭。面对强大的对手，虽然有数量上的优势，但尼拉贡戈号上的ZAFT军水中用MS格恩却毫无还手之力。待机中的雷和露娜玛丽亚不得不在机体加装水中战装备后出击。　　看到激烈的战况，担心尼奥安危的史黛拉也加入了战团，与真战在了一起。由于数量上的优势，联合军占据了上风，而此时的真却无视阿斯兰的退后命令，执意要与盖娅高达分出胜负。在和斯特拉的激斗中，真无意中发现已来到了联合军正在建设中的据点。此时联合军士兵正在枪杀试图趁乱逃跑的平民，这一幕勾起真心底惨痛的回忆。　　发现部队损伤严重、而且联合军据点也被侵入之后，尼奥决定撤退。在联合军撤退前，ZAFT军的尼拉贡戈号被奥尔·尼达击沉。　　真不顾阿斯兰的阻止，执意毁坏了联合军的据点，救出了被羁押的民众。归舰后，即使被阿斯兰打了耳光，真仍然不认为自己做错了。　　“拥有能力的人更应该自觉！”阿斯兰如此回答。

　　在脱离奥布之后，大天使号就一直潜伏在斯堪地纳维亚王国。通过搜集来的信息，众人发现地球各处由于战争而陷入了混乱；相反，在假拉克丝的作用下，PLANT的气氛却显得相对平和许多。因为暗杀拉克丝事件及假拉克丝的事，基拉始终无法相信杜朗达尔议长，众人的心中也充满了疑问和不安。　　密涅瓦号到达了ZAFT军位于波斯湾的马哈穆尔基地进行休整。在会见基地司令时，阿斯兰的盛名引起了瞩目。在基地司令的介绍下，塔丽亚和阿斯兰发现为了前往直布罗陀基地，密涅瓦号必须突破屯驻了联合军重兵的加尔纳汉基地。　　真一直在为阿斯兰的事而耿耿于怀，但阿斯兰并不在意。在两人的单独谈话中，阿斯兰教导真不要忘记什么才是战士的条件。

　　ZAFT军拉多尔队准备再次攻击加尔纳汉基地的罗恩格林关卡，密涅瓦号也加入了这一行动之中。在战前的准备会议上，阿斯兰决定由真来负责主攻。协助ZAFT军的女孩科尼尔对真的能力提出质疑，但在阿斯兰的调解下，还是将数据交了出来。　　ZAFT军即将开始强攻罗恩格林关卡，真利用从科尼尔那里得到的数据，驾驶分离状态的脉动高达从不为人知的通路逐渐靠近了联合军的炮台，阿斯兰等人则从正面展开佯攻。　　密涅瓦号对联合军的MS部队发射了阳电子炮，但在阳电子反射器作用下并无效果，阿斯兰等人也陷入了和联合军MS部队的混战中。　　脉动高达突然出现在炮台下面，引起了联合军指挥部的一阵慌乱。真成功地破坏了炮台，联合军被迫撤退。胜利后的ZAFT军受到了市民的热烈欢迎，而真对阿斯兰的态度也逐渐好转。

　　密涅瓦号在协助拉多尔队成功攻克罗恩格林炮台之后，入港黑海沿岸的ZAFT军基地，那里正因为刚从联合军的暴政下被解放而热闹非凡。由米娅假扮的拉克丝也来到了这里，人群因为她的出现而欢呼鼓舞。　　由于见到米娅扮演的拉克丝极受欢迎，惊诧之余的阿斯兰同时留心到了驾驶橙色机体的海涅的身影。与此同时，杜朗达尔议长也和雷重逢了，其场面就如同父子重逢一般……　　在整个基地仍沉浸在慰劳演唱会的余音之时，杜朗达尔议长在迎宾馆会见了由塔丽亚舰长带领的真、雷和霍克姐妹等人，真因其战功而受到了议长的称赞。在席间，议长揭露了这场战争的背后主谋LOGOS，正是由于LOGOS的推动才使得战争无休无止，正是因为利益的诱惑才使得人类在杀与被杀之间挣扎不休。　　夕阳西下，车辆疾驰在小镇的路上，联合军88特务部队的身影闪现其中……

这里交待了真是如何前往PLANT并成为高达的驾驶员。原本住在奥布中立国的一名少年是为了什麼加入札夫特军，还成为高达的驾驶员。是为了报复失去亲爱家人的仇恨还是...

　　在和密涅瓦号的成员会面之后，杜朗达尔议长很快便离开了，而随同其前来的FAITH成员海涅·威斯藤夫鲁斯则留在了密涅瓦号上。虽然以前素未谋面，不过海涅却是个很容易相处的人，在交谈中阿斯兰得知海涅也被配属到密涅瓦号了。　　众人迎来了难得的休假，但是露娜玛丽亚却在为“拉克丝”和阿斯兰过于亲密的举动而吃醋。阿斯兰的辩解似乎根本无济于事，他也不由得头大起来。　　真独自一人来到海边，享受着难得的安宁。在那里，他和曾经相逢的少女史黛拉再度会面了。　　独自陶醉在舞蹈中的史黛拉一时不慎落入了海中，真连忙下水营救。虽然成功将斯特拉救起，但面对着悬崖的两人根本无法回去，真不得不发出了紧急求救信号。　　在相处的过程中，真和史黛拉由陌生到熟悉，两人的感情突飞猛进。　　收到求救信号后，阿斯兰赶来将两人救出，其后又路遇了正四处寻找史黛拉的斯汀和奥尔。　　“一定会再见面的！”在真的许诺声中，两人分开了。

　　对PLANT动武却屡遭挫折的加百列让奥布对黑海地区出兵，而尤拉也欣然答应了此事，并决定自己随奥布军队一同出动。　　史黛拉的精神出现不稳定，在尼奥的安抚下才安静睡去，但在醒来后却已记不清曾经和真发生的故事。　　海涅正式被配属于密涅瓦号上，平易近人的海涅很快便赢得了大家的喜爱。　　虽然军队内部都对出兵抱有疑问，但由一艘航母和六艘护卫舰组成的奥布军还是迅速地到达了联合军的苏伊士基地。密涅瓦号决定在马尔马拉海到达达尼尔海峡间的区域布防。被奥布军出兵黑海的消息所震惊的不仅是阿斯兰和真，还有大天使号上的众人，以及目前是自由记者的米丽亚。在单独谈话中，海涅教导阿斯兰不要忘记自己的军人身份，在战争中滥动慈悲肯定会死的。　　作为前阵的奥布军开始了攻击，密涅瓦号出动了脉动高达及救世主高达迎击。塔丽亚下令使用阳电子炮对奥布舰队进行攻击，但就在开炮的一刹那，从天而降的光束将密涅瓦号的阳电子炮击毁。发出这一攻击的，是驾驶自由高达的基拉。

　　随着自由高达一起出现在战场上的，是前次大战中的名舰——大天使号，他们的登场立即震惊了正在交战中的各方势力。卡嘉莉驾驶强袭·红出击，并在阵前表明了自己的奥布代表身份，要求奥布立即撤军。　　在尼奥的施压下，尤拉矢口否认了乘坐强袭口红的是卡嘉莉本人，并不顾奥布军的众人反对强行下令开火。奥布舰队不得不向自由高达和强袭·红射击，但不出所料，所有攻击均被自由高达挡下。　　包括特务小队三人在内的联合军MS部队对密涅瓦号发动了攻击；奥布军也在尤拉的命令下对密涅瓦和大天使发动攻击。　　见到卡嘉莉的命令无效后，基拉发动了种能力，对交战各方实施了针对武器的无差别攻击，其中也包括了正在对决中的火虎和盖娅高达。遭到攻击的史黛拉愤怒地对自由高达进行反击，但却被同样想在背后偷袭自由高达的火虎所阻挡，火虎被盖娅高达拦腰斩为两段，海涅战死。随后盖娅高达被自由高达一脚将踢入海中。　　优势易位后，尼奥下令撤退；看到战斗基本结束，自由高达和大天使号也撤出了战场。

　　密涅瓦号进入马尔马拉海的塔尔基乌斯海港休整。在送走海涅的遗物之后，真发泄了对自由高达和大天使号的不满和愤怒。阿斯兰对基拉的作法也十分不解，想与他们进行交流沟通，因此在向塔丽亚做了汇报之后，开始去寻找大天使号的去向。　　在路上，阿斯兰碰巧遇见了米丽雅莉亚。已经成为战地记者的米丽雅莉亚曾亲自旁观了密涅瓦号在黑海地区的战斗。在阿斯兰的拜托下，米丽雅莉亚联系上了大天使号。　　与此同时，大天使号上的众人也在为未知的前途而担心。接到米丽雅莉亚的消息之后，基拉决定仅由自己和卡嘉莉两人与阿斯兰会面。　　曾经的好友终于再度重逢，但彼此的方向却再也不同。阿斯兰站在PLANT的立场上对基拉干涉战争的作法加以指责；但他也无法解释假拉克丝的存在，以及目前仍不清楚的暗杀拉克丝事件。而跟踪阿斯兰而来的露娜玛丽亚在窃听到这些机密之后也是十分惊讶。　　另一方面，接受秘密任务的真和雷两人来到一处貌似已被废弃的研究所进行调查。在进入内部之后，看到眼前的景象的雷失控了……

　　虽然自己对基拉所说的那些事情也不甚清楚，但阿斯兰仍然在基拉面前一心为杜朗达尔议长辩护，并拒绝了卡嘉莉让其回奥布或大天使号的请求。由于立场的不同，双方最终还是只能黯然分道扬镳……　　真带着雷撤出罗德尼亚研究所之后迅速向塔丽亚做了汇报。由于雷的异常状况，ZAFT军开始对这个研究所进行全面的清查，发现这里竟然是联合的强化人研究所。　　而罗德尼亚研究所其实也是奥尔等人接受培养的地方。在收到研究所被ZAFT军占据的消息后，受到奥尔无意识语言刺激的史黛拉驾驶盖娅高达强行出击，前往罗德尼亚研究所。　　面对盖娅高达的来犯，阿斯兰和真一同出击迎敌。在击坠盖娅高达之后，真发现对方的驾驶员竟然就是自己在海边相遇的少女……

　　发现史黛拉受伤之后，真立即带着她返回密涅瓦号进行救治。他的所为令密涅瓦号的众人为之大吃一惊。在经过随舰医生检查之后，发现史黛拉有可能是联合军的强化人，其身体经过了基因操作，并且数据相当接近罗德尼亚研究所；而就连记忆也被进行了人为的操作。　　经过短暂的治疗，史黛拉醒了过来。但是由于强化药物的影响，她对于真的记忆已变得相当模糊。　　另一方面，大天使号上的拉克丝决定回PLANT看看情况。由巴尔特菲尔德陪同，真正的拉克丝利用了正在ZAFT基地巡回演出的假拉克丝的“拉克丝身份”，抢先一步登上了穿梭机。虽然其后发现了“真相”的ZAFT军进行了追击，但由于驾驶自由高达的基拉的保护，穿梭机安然无恙。在基拉的注视中，拉克丝搭乘的穿梭机顺利地飞向宇宙。

　　借助于抢来的穿梭机，拉克丝和巴尔特菲尔德成功地回到了隐藏在废弃物飘流带中的永恒号上。吃了哑巴亏的杜朗达尔议长秘密下令尽快抓住拉克丝，并计划趁拉克丝和基拉分开的良机各个击破。　　另一方面，加百列继续对尼奥施压，要求其务必消灭目前已成为ZAFT军象征的密涅瓦号。　　完成了跟踪阿斯兰任务的露娜玛丽亚向塔丽亚复命，但基拉对阿斯兰所说的那些关于真假拉克丝的事却始终萦绕在她的心头。　　尼奥与尤拉一起制定了在密涅瓦号前往直布罗陀途中设伏的计划，奥布的高级军官虽极力反对，但不得不服从指挥。　　密涅瓦号与联合军及奥布军的激战在克列塔岛展开；与此同时，基拉和米丽雅莉亚一起返回了大天使号上，在基拉的鼓励下，卡嘉莉决定直面自己所承担的责任，大天使号开始向克列塔岛进发。

　　在地球联合和奥布的夹击下，密涅瓦号陷入了前所未有的苦战。奥布军的村雨队对密涅瓦号发动决死的攻击，雷的MS被重创，阿斯兰和真也被斯汀和奥尔死死缠住无法脱身，幸好自由高达及时赶到化解了危机。　　同时赶到战场的卡嘉莉命令奥布军立即停战撤军，但战斗却一直持续了下去。混战中，斯汀和奥尔先后被基拉和发动了种能力的真击破，奥尔战死。　　奥布军不顾卡嘉莉的撤军命令，继续对密涅瓦号实施攻击。露娜玛丽亚的机体被大破，本人也不幸重伤。真换装剑影系统，大破奥布舰队。见此情景，基拉将一直阻碍着自己的阿斯兰击坠。　　在下达了全员弃舰的命令之后，奥布军的户高上校独自伴随着旗舰建御雷神消失在爆炸中。

　　收到拉克丝回到宇宙的消息之后，在独自一人的杜朗达尔议长的面前，出现了克鲁泽的幻影。“他们是在何时何地，因为什么而相遇的？”议长陷入了对往事的追忆之中。　　“如果人注定会相逢，如果一切都是注定的，那么努力挣扎活下去的意义又是什么？”克隆人克鲁泽和身为遗传学专家的杜朗达尔议长原本是旧识，在幻觉和回忆的交织之中，显现出杜朗达尔的内心也有着无法释然的东西。　　“如果无法回头，那么从一开始就选择正确的道路。”下定决心的杜朗达尔选择了自己的道路。

　　受户高上校殉职前的嘱托，奥布舰队残余人员在天城上尉的带领下来到大天使号上投奔卡嘉莉，并为基拉等人所接受。　　损伤惨重的密涅瓦号开始了休整，在战斗中负伤的露娜玛丽亚恢复了过来，然而阿斯兰却日渐消沉。史黛拉的身体状况越发危险，真无意间听到了随舰军医和塔丽亚的对话，发现史黛拉将要被PLANT用于研究，不禁大惊失色。　　夜晚，在雷的协助下，真驾驶脉动高达强行带走了史黛拉，随后雷向塔丽亚承担了关于放走史黛拉一事的一切责任。　　收到真发出的信号之后，尼奥只身前来与真接触。在尼奥承诺令史黛拉远离战争和死亡之后，真将史黛拉交还给了尼奥。

　　舰队的残余人员回到北欧潜伏了起来。与此同时，ZAFT军部也下达对违反军规的真和雷的处理决定，出乎众人的意料的是此次事件竟然被不予追究，真和雷随后也被释放。　　毁坏高达很快被投入欧亚战场，并发挥出轻易摧毁城镇和抵抗队伍的惊人的威力。

　　在柏林，毁坏高达将城市化为了焦土，所有抵抗都被史黛拉轻松摧毁。看到毁坏高达辉煌战果的加百列不禁大为得意。　　就在此时，自由高达和大天使号赶到了柏林。双方展开了混战，但自由高达在毁灭高达惊人的攻击力和防御力面前几乎毫无办法，只能依靠机动性来与其周旋。　　在ZAFT军柏林驻留部队几乎全灭的情况下，收到杜朗达尔议长命令的密涅瓦号迅速来到了柏林。脉动高达也加入了攻击毁灭高达的队伍，真和史黛拉，在彼此毫不知情的情况下展开了对决。然而，他们的战斗却被尼奥所阻止，真终于得知自己牵挂的史黛拉正坐在对面的驾驶舱中……　　混战中，基拉将尼奥驾驶的温达姆击坠；斯汀的混沌高达也被村雨队击毁。史黛拉感受到了真的呼唤，逐渐恢复了和真在一起的记忆；但由于受到尼奥被击坠的影响，史黛拉的精神还是失控了。就在毁灭高达胸前的复列位相能量炮即将发射时，基拉将毁灭高达击毁。　　“真……喜欢……”　　怀中少女的身体逐渐变冷，而真只能再一次地、发出绝望而无助的怒吼。

　　回忆着无法完成的誓言，痛苦万分的真将史黛拉的遗体放入了宁静的湖中。再抬起头时，少年的眼中已满是仇恨。　　回到密涅瓦号之后，真就把所有的精力都投入到分析自由高达的作战资料上，模拟自己和自由高达的战斗。虽然对真的做法很不赞同，但此时的阿斯兰对心存芥蒂的真已经丝毫没有了约束力，而且真还得到了雷的支持……　　玛琉将因受伤而昏迷的尼奥带到大天使号进行治疗，从身体资料来看，尼奥与穆完全一致，这使众人相信他就是原本以为已经在前次大战中战死的穆。但是，醒来的尼奥却完全没有了穆的记忆。　　看到阿斯兰有些低沉的样子，露娜玛丽亚劝慰了几句，无意间的词语却对阿斯兰有所触动。　　杜朗达尔议长向全世界发表讲话，配以经过刻意处理的影像资料展示出联合军在欧亚西部的暴行，并揭露了蓝色波斯菊背后的LOGOS才是制造战争悲剧的主谋，宣布不将其消灭誓不罢休。

　　在周密的策划下，杜朗达尔议长的演讲变成了对LOGOS的战争动员。由于LOGOS的成员和地球各大势力均有密切的联系，连奥布也不例外，感觉到其中危机的基拉决定和大天使号一起回奥布去。　　但是，为了清除大天使号这个“不确定因素”，ZAFT军已经下达了消灭大天使号的“天使坠落”作战命令，并命令由密涅瓦号实施支援。因此，大天使号甫一行动，立即遭到了威拉德队的攻击。由于基拉的坚持，大天使号仅有自由高达一架机体在外援护母舰；密涅瓦号加入战斗之后，大天使号的情形越发险恶。玛琉拒绝了塔丽亚劝降的好意，大天使号继续艰难地向入海处前行；但此时的自由高达却遭到了脉动高达出乎意料的猛烈攻击。　　原来，由于在之前的模拟练习中得到了雷的提示，满怀恨意的真已经完全熟悉了基拉的攻击方式。在密涅瓦号入海的同时，双方的战斗终于分出了胜负：脉动高达重创，自由高达大破……

　　卡嘉莉驾驶强袭·红将驾驶舱坠入海中受伤的吉良救了出来；同时，为了迷惑敌人，水下的大天使号将主引擎隔离爆破，继续向奥布驶去。　　战胜自由高达归来的真受到了整备维修人员的欢呼，在欢迎他的人群中还有露娜玛丽亚和雷。然而，愤于基拉被杀的阿斯兰狠狠地将拳头打在得意洋洋的真的脸上。对峙的两人被众人拉开，雷再次隐晦地批评了阿斯兰的立场和态度，阿斯兰对杜朗达尔议长的动机和做法产生了深切的怀疑。　　受杜朗达尔议长演说的鼓动，地球各地均发生了针对LOGOS的袭击事件，除加百列以外的LOGOS成员伤亡殆尽，整个LOGOS组织遭到毁灭性的打击。　　杜朗达尔议长带着米娅再次前往地球，与先期抵达直布罗陀基地的密涅瓦号汇合。阿斯兰和真单独受到议长的接见，和兴奋的真不同，阿斯兰的心里已经充满了对议长的疑窦。在见面时，杜朗达尔向两人展示了即将配给他们的新机体——命运高达和传奇高达。

　　阿斯兰当面向杜朗达尔议长质疑了对大天使号的做法，议长却表示倘若基拉的强大力量不能为ZAFT所用的话，那么就必须被消灭。　　杜朗达尔发表演讲之后，陆续有大量的联合军投向了PLANT一方；但是，由加百列掌控的联合军最高司令部以天堂基地为据点，依然拥有着很强的实力。　　米娅无意中偷听到了杜朗达尔和雷的谈话，发现议长其实一直在监视着阿斯兰，于是匆忙赶到阿斯兰的住处，劝阿斯兰顺从议长的意愿。经历了许多事之后，阿斯兰终于看清了议长的真面目，但就在此时，保安部的人已经来敲门了……　　阿斯兰想带着米娅一起离开，但已经习惯了“拉克丝”身份的米娅却拒绝了他。四处躲藏的阿斯兰逃到了美铃的房间，在美铃的协助下有惊无险地躲过了搜查。两人乘上格纳库中的一架扎古，开始了逃亡的旅程。

　　雷发现美铃协助阿斯兰逃脱后，立即和杜朗达尔取得了联系并与真分别驾驶传奇高达和命运高达进行追击。在雷的诱导下，虽然也曾有过片刻的犹豫，但机体性能占了绝对优势的真最终还是将阿斯兰和美铃乘坐的老虎击坠于海上。幸好一直埋身于亲PLANT的联合军中的莱德尼尔·基萨卡秘密出航并救出了两人。　　得知妹妹出事的露娜玛丽亚无法接受发生的事情，在听到真的道歉时不禁靠着真痛哭失声，而真也抱紧了露娜，有着相同痛苦的两人相拥而泣。　　ZAFT军即将对地球联合军最高司令部的所在地——天堂基地采取行动，基萨卡趁机将阿斯兰和美铃送往奥布。　　此时，大天使号也终于到达了奥布的秘密基地。在不同的地方，基拉和拉克丝不约而同地感觉到了暴风雨即将到来的气息：如果无法阻止杜朗达尔，那么他的下一个目标必定会是奥布。

　　ZAFT军进攻天堂基地的部队陆续到位，只等战斗号角的吹响；而天堂基地内以加百列为首的LOGOS残余人员也无法忍受杜朗达尔下达的最后通牒的屈辱，决定对ZAFT军迎头痛击。　　密涅瓦号上，真对即将驾驶脉动高达出击的露娜玛丽亚立下了守护的誓言，孤独中的两个人的关系开始突飞猛进。另一方面，重伤的阿斯兰和美铃被转移到大天使号上继续进行治疗，阿斯兰终于苏醒过来。　　在加百列的授意下，联合军对ZAFT军发动了突袭，而攻击的队伍中竟然还包括了5台毁灭高达。杜朗达尔迅速作出了反击的决定，但是空降部队却被联合军的秘密武器——对空炮尼伯龙根全灭。　　为了扳回一边倒的战局，真、雷和露娜玛丽亚也加入了战斗。在三人的奋战下，毁灭高达被陆续击破。见到局势不妙，加百列偷偷地逃离了指挥部，其后不久天堂基地便宣布投降。

　　达科斯塔受托前往L4殖民卫星门德尔的废弃研究所中寻找资料，无意中发现了当年还是一介研究员的杜朗达尔所提出的“命运计划”。　　天堂基地投降后，LOGOS成员全部被抓了起来，惟有事先悄悄逃走的加百列独自前往了奥布，在那里有和他关系密切的塞兰家族；另一方面，在大天使号上，身体逐渐复苏的阿斯兰和卡嘉莉坦陈了各自的心情，相互间的裂痕也逐渐在弥合。　　达科斯塔在返回永恒号的途中不幸被ZAFT军跟踪，为了保护工厂人员，拉克丝毅然决定让永恒号出击争取时间，而巴尔特菲尔德也驾驶MS出击。大天使号方面在得知永恒号的险恶境况之后，受到阿斯兰鼓励的基拉驾驶追加了推进器的强袭·红高达突破大气圈前往宇宙与拉克丝会合。　　由于战力的悬殊，基拉加入战斗后依然无法扭转战局，强袭·红高达也受到一定损伤不得不进入永恒号内。在那里，拉克丝将新完成的强袭自由高达交给基拉，依靠着它的强大力量，基拉在极短时间内便将追击的ZAFT军全灭。

　　直布罗陀基地内，由于先前战斗所取得的成果，真不但被再次授予了星云勋章，还与雷一起成为了FAITH。就在这时，传来了加百列藏身于奥布的消息，杜朗达尔遂名正言顺地开始计划对奥布作战。　　而此时真正掌控奥布的塞兰家却对眼前的危机浑然不觉，为了维护自身的利益而由尤纳公开答复宣布加百列并不在奥布境内。感觉受到愚弄的ZAFT军迅速发动了针对加百列和奥布执政府的攻击；奥布军在反应迟缓的尤纳下令后也开始了反击，但仓促出击的护卫舰队并不能组织起有效的抵抗，反而伤亡惨重。　　一直密切注视着局势发展的卡嘉莉决定驾驶空中霸王出击，却被基萨卡和艾莉卡拦下。在秘密的格纳库内，基萨卡将乌兹米遗言留给卡嘉莉的金色MS——晓交给了卡嘉莉。　　正当奥布军面临全线崩溃之际，驾驶着晓的卡嘉莉带队加入了战场，并果断地夺取了尤纳的军权，重整军势。此时密涅瓦号也抵达了奥布，在雷的暗示下，决心与奥布做一了断的真独自驾驶命运高达出击；而挡在他面前的，正是驾驶晓的卡嘉莉。

从阿斯兰和基拉各自的视角，回顾两人之间的人生轨迹。

在前一场大战中体会到战争空虚的阿斯兰。被狄兰达尔议长的话所动摇，离开奥布回到扎夫特。在他看来，只有作为战船与新锐舰密涅瓦号并肩作战。才是尽早结束战争的唯一手段。然而，同样渴望和平的朋友基拉却不断介入战争，使情况陷入混乱。阿斯兰一度与对狄兰达尔持怀疑态度的基拉等人决裂。之后在密涅瓦内部也被孤立。最终根据狄兰达尔的计谋被扎夫特追杀。与他所追求的理想分道扬镳。在梅林的帮助下逃离军队。虽然受到了追兵的追击而受伤，但还是找到了基拉等人。基拉和以前一样的笑容热情的迎接了他。两人要走的路，这时终于重合到了一起

为了令奥布摆脱不利的局面，仓促修理完毕的大天使号紧急出击。在出击前，玛琉释放了尼奥，并将空中霸王交给了他；而阿斯兰也劝美玲离舰以避开与密涅瓦号的战斗，但是美玲依然选择了留在大天使号上与阿斯兰一起。　　驾驶着晓的卡嘉莉与真展开了激战，但即使在村雨队的援护下，她依然不是战意狂热的真的对手。正当卡嘉莉岌岌可危之际，强袭自由从天而降化解了命运高达的攻击，与基拉一起的拉克丝则驾驶着无限正义降落到大天使号上。　　眼见战局逐渐扭转，塔丽娅不得不下令让一直处于后方位置的密涅瓦号上前攻击大天使号。双方酣战时，克莱茵派驾驶的三架大魔突然降落到战场上，给ZAFT军造成了出乎意料的打击。　　看到命运高达和强袭自由的战斗之后，雷让能量即将耗尽的命运高达立即返航。在补给完毕之后，真驾驶着命运高达再次出击，一同出击的还有驾驶传奇高达的雷，他们的目标只有一个，那就是彻底击毁强袭自由。　　卡嘉莉控制了奥布国防本部并开始搜捕加百列，但加百列已经成功逃走。　　“阿斯兰·萨拉，正义出击！”在拉克丝的鼓励下，阿斯兰终于解开了自己的心结，再次投身于战斗之中。

　　在大天使号与密涅瓦号的激战中，因驾驶的空中霸王受损而降落到大天使号的尼奥，由于似曾相识的场景而逐渐回忆起了一些原本不该存在的东西……　　另一方面，即使以基拉的技术和强袭自由的性能，在应付真和雷的围攻时也不免显得吃力；幸好阿斯兰驾驶无限正义及时赶到，挡下了真的攻击。面对早就以为死在自己必杀攻击下的阿斯兰，真不由露出了慌乱和震惊的表情；阿斯兰再度试图说服真看清眼前的世界，但仍旧毫无效果。　　藏匿在穿梭机发射基地的加百列决定不再等候乌纳特和尤纳，独自乘坐穿梭机前往月球去执行自己的计划。虽然遭到了奥布和ZAFT军两方面的拦截，但加百列的穿梭机依然成功升空。　　由于大天使号等部队的顽强奋战，ZAFT军的旗舰圣海伦号被击沉。面对陷入僵局且失去意义的战斗，塔丽娅果断下令ZAFT部队撤退。　　卡嘉莉前往奥布内阁，准备向全世界传达自己及奥布的理念，并对狄兰达尔的做法提出质疑；但她的发布会却被狄兰达尔刻意安排的另一场由米娅担任主角的发布会所打断。就在假拉克丝滔滔不绝地控诉奥布的行为时，真正的拉克丝站到了卡嘉莉的身旁。

　　真正的拉克丝清楚地表达了既不支持狄兰达尔议长，也反对LOGOS和加百列的立场。由于两个拉克丝的出现，无法辨别真伪的世界陷入了混乱之中。被突如其来的情况打乱计划的狄兰达尔不得不将米娅秘密安置起来。　　真和露娜玛丽亚同样由于拉克丝的发言而陷入了困惑之中，这时露娜玛丽亚也终于得知了妹妹和阿斯兰并未死亡的消息。　　ZAFT军发觉联合宇宙军正在进行异常的行动，但正当玖尔队等部队与联合军的护卫舰队交战时，联合军位于月面的秘密武器——轨道间全方位战略炮“镇魂曲”在加百列的指挥下发射，瞬间便毁灭了PLANT的数个卫星，令整个世界为之震惊。　　在雷的曲解下，真加深了对阿斯兰和吉良的误解，认为放走加百列的他们应该为此负责。在狄兰达尔的授命下，密涅瓦号开始返回宇宙；而感觉到危机来临的大天使号众人也决定回到宇宙中，去阻止狄兰达尔的命运计划。

　　由于遭受到突如其来的攻击，PLANT的市民陷入了恐慌之中；而ZAFT军则在狄兰达尔议长的调度下进入“镇魂曲”第一中继点与联合宇宙军交战。与此同时，密涅瓦号受命在“镇魂曲”再次发射之前，前往位于月面的联合军代达罗斯基地摧毁“镇魂曲”炮台本体。由于联合军的主力部队被ZAFT月面轨道部队所吸引，密涅瓦号顺利到达了代达罗斯基地并与联合军的护卫部队交战。依靠着三架机体的强大实力，密涅瓦号很快便击破了护卫部队并摧毁了“镇魂曲”，加百列也在乘座舰逃亡时被驾驶传奇高达的雷击毙。在卡嘉莉的安排下，大天使号被编入奥布军宇宙舰队，拂晓也被交由罗亚诺克驾驶。为了捍卫自由自主的原则，大天使号动身前往月面都市哥白尼进行情报收集工作；由于身为奥布领袖，卡嘉莉无法和众人一同出发，只能够将阿斯兰交托给美玲照顾。

　　加百列死后，联合军已无法组织起统一的有效抵抗。取得了预料中的胜利的狄兰达尔议长离他的“命运计划”的实现又前进了一步；但包括露娜玛丽亚等人在内，一些人已经开始认真思索这场战争的意义。　　大天使号到达了哥白尼市，巧合的是自卡嘉莉发表电视讲话后就被议长遣离的米娅也正隐居在这座月面都市中。外出休闲的基拉、拉克丝、阿斯兰和美玲很快便被议长属下的便衣盯上，正当拉克丝试衣时，哈罗送来了米娅的一封求救信。明知是陷阱却无法置之不理，几个人在拉克丝的坚持下仍然一起与米娅见了面。　　“你的梦想是你自己的，请为了自己而歌唱，梦想是不能被他人所利用的。”　　虽然米娅早已被议长的刻意诱导迷失了自我，但拉克丝真诚的话语还是使她清醒了过来。就在这时，以米娅的保镖莎拉为首的特务部队展开了针对拉克丝的暗杀。由于阿斯兰的活跃，暗杀部队暂时被压制。但就在驾驶拂晓的罗亚诺克前来接应众人时，重伤的莎拉挣扎着向拉克丝射出了最后一颗子弹。为了保护拉克丝，米娅挺身挡下了子弹，带着无尽的遗憾和眷恋离开了这个世界。

　　在米娅的遗物中有本电子日记，里面详细记录了她成为“拉克丝·克莱恩”之后的感想和经历，包括以拉克丝的身份演唱、与阿斯兰的数度相遇、以及按狄兰达尔议长的安排四处劳军和发表演讲。音容虽宛在，斯人却已逝去，徒令众人更加悲伤。　　就在这时，狄兰达尔议长展开了对整个地球圈的演讲。在LOGOS被彻底打倒之后，他的真正目的终于被自己毫不掩饰地公布出来，那就是以“命运计划”来矫正全人类，使之彻底消除战斗和纷争。

　　议长的话不出所料地在世界范围内引起了轩然大波。对于他所宣称的以人工手段改造基因来协调人类以消除无知和欲望、从而达到和平的方法，除了少数保持清醒的人，大多数人则处在茫然之中。为了守护奥布存在的理念，卡嘉莉代表奥布政府明确拒绝了议长的提议；但和奥布一样表示出坚决反对意图的，仅有斯堪的纳维亚王国一国而已。面对着当前的局势，大天使号和永恒号上的众人忧心忡忡；双方的理念终究是无法调和的，大家似乎都能预见到不可避免的冲突将要到来。由于受卡嘉莉的坚决态度影响，联合军阿尔扎切尔基地也开始有了动作；然而这一切早在狄兰达尔的掌握之中，除了待机的月面舰队和密涅瓦号之外，还动用了镇魂曲加以攻击，致使联合军的残余军力几乎全灭。感觉到无处可逃的大天使号众人终于决定与议长一战，并从月球出发与永恒号会合；狄兰达尔也将真和雷调离密涅瓦号，为与大天使号的决战开始做准备。

　　大天使号与永恒号合流之后，开始向镇魂曲的第一中继站所在地进发，试图将其摧毁；而奥布军的主力则前往月面代达罗斯基地去破坏镇魂曲的本体。得到消息后，狄兰达尔将半数月面舰队及密涅瓦号调往第一中继站实施增援。为了避免被夹击，大天使号与永恒号迅速展开了攻略作战，基拉和阿斯兰分别驾驶流星系统对第一中继站的守备部队进行强袭。正当双方交战之际，ZAFT的增援部队赶到了战场并立即投入了战斗。在大天使号和密涅瓦号的炮击战中，尼奥驾驶晓挡住了密涅瓦号的阳电子炮，似曾相识的场景终于令他的记忆完全恢复。伊扎克、迪亚克和阿斯兰再度在战场上相遇，然而两人却并未阻止阿斯兰的行动。在基拉和阿斯兰的联手攻击下，镇魂曲第一中继站终于被完全破坏。攻陷了第一中继站的大天使号和永恒号向月面代达罗斯基地转进，但就在这时，ZAFT军的要塞弥塞亚出现在众人的眼前，并以“新创世纪”对奥布军舰队进行射击，其威力令众人惊愕不已。

　　由于弥赛亚要塞的出现，令奥布陷入了随时可能遭受到毁灭性打击的危险境地。基拉不得不让阿斯兰和大天使号先行一步摧毁镇魂曲，由自己和永恒号来牵制ZAFT军。雷让真去追赶阿斯兰，决意自己独自和基拉做一了断。在和传奇高达的战斗中，基拉竟然感应到了与克鲁泽一样的信息，不禁大惊失色。密涅瓦号赶上了大天使号，两舰终于展开了最后的宿命对决。混战中，阿斯兰遇上了驾驶着脉动高达的露娜玛丽亚。露娜玛丽亚不顾阿斯兰的劝阻，执意对其进行攻击，结果脉动高达反被击伤。见此情景，真愤怒地发动了种能力，与阿斯兰战在一处。　　与克鲁泽同样是克隆体的雷向基拉表示自己就是克鲁泽，并以猛烈的炮火宣泄出对基拉这个最优秀的新人类无尽的憎恨；然而基拉却否认了雷的观点，认为每个人的存在都是不可替代的唯一。雷的心灵因基拉的话语而受到强烈的冲击，传奇高达也因此被强袭自由高达的炮火击中。　　另一方面，阿斯兰和真的战斗也终于分出了胜负，命运高达终于被击毁。

惨烈的战斗仍在继续，密涅瓦号受到了大天使号的近距离直击，并被无限正义高达破坏了主推进器，被迫坠落至月面。新创世纪再度发射，镇魂曲也将目标设定为奥布。万分危急的时刻，阿斯兰和穆强行突入镇魂曲内部将其破坏，基拉也开始使用流星系统重创弥赛亚要塞。　　真从昏迷中醒来，所见的却是镇魂曲的毁灭和即将消亡的弥赛亚要塞，失去信念依托的他在露娜玛丽亚的怀里痛哭不已。基拉独身一人进入弥赛亚要塞的指挥部，在那里等待着他的正是杜朗达尔。就在持枪相向的两人以各自的理念发生激烈碰撞的时候，雷和塔丽亚也先后来到了这里。枪声响起，杜朗达尔倒了下去，然而开枪的却是被基拉的话所打动而不愿没有明天的雷……塔丽亚让基拉迅速撤出即将爆炸的弥赛亚要塞，自己则留下来陪伴杜朗达尔和雷。　　在众人的注视下，弥赛亚要塞永远地消失了；宇宙中满目间只剩下无数的残骸，仿佛在诉说着什么……

　　故事发生在C.E.73年尤尼乌斯7号坠落后地球的动乱时期（时间为《机动战士高达高达SEED DESTINY》第7话「混迷の大地」），讲述了各大军事组织试图趁势对外的侵略和所采取的行动。剧中最为活跃的是所属地球联邦军第81独立机动群的「幻痛」部队「ホアキン小队」，小队由三架主战机体「漆黑强袭高达」，「蔚蓝决斗高达」和「翠绿暴风高达」及若干「GAT-01A2R 105 Slaughter Dagger」量产机组成，该小队转战各地都获得了不错的成果。 　　另一面的主线剧情与建立在宇宙的中立科研组织「D.S.S.D（深宇宙探查开发机构）」相连。该组织在开发「GSX-401 FW」机体上取得了显耀成果而被专门执行「肮脏任务」的幻痛部队盯上，试图抢夺此机体。开始上演着「D.S.S.D」与「幻痛」对抗的平民反暴事迹。

Sven Cal Bayan and his team are sent to eliminate a Coordinator refugee camp suspected of harboring terrorists. Sven has flashbacks of his military training and conditioning when he was a child. Sven proceeds to massacre the camp without hesitation. In another battle, while defending the Earth Alliance Forces ground carrier, Bonaparte, Mudie Holcroft is killed while fighting ZAFT forces. Meanwhile in space, Selene tests the new AI piloted GSX-401FW Stargazer with its Voiture Lumiere propulsion system.

Phantom Pain attacks the DSSD station to steal the AI data of the Stargazer. The brutal assault leaves many DSSD members and the Verde Buster pilot, Shams Couza, dead. To counter the attack, Selene and Sol launch in the Stargazer and use its unique features to destroy several enemy mobile suits. Lost in space, Selene captures the Strike Noir and uses the Stargazers propulsion system to catapult themselves near Venus. Sven and Selene meet face to face and start their long journey home. Selene administers a drug on both of them to increase the oxygen absorption inside their blood and they slowly enter coma state. They must be found within 27 days or they will die from lack of oxygen, but Sol finds the Stargazer 27 days and 21 hours later.