札夫特军和联合军开战至今，已过了11个月。

中立国奥布的资源卫星赫利奥波利斯，悬浮在L5区。基拉・大和是在该地的工业学院就读的学生，他与平常一样出席研讨会时，在那里碰上了入侵太空殖民地，欲夺取高达的札夫特军。

配件所发生爆炸，太空殖民地内部也被MS基恩入侵，整个赫利奥波利斯陷入一片混乱。札夫特军不仅突袭成功，就连联合军秘密地制作的五架机动战士高达，也有三架落入他们手中。

找寻避难所的基拉，为了追逐一名未能及时逃脱的少女，在工厂区域内迷了路，并无意中在那里看到幸存的两架高达。同行的少女看到它们后，不知为何惊声尖叫。基拉设法让那少女找到了地方避难，自己却无处可躲。

在现场的联合军官玛硫・拉米亚斯，原想指引他到幸存的MS强袭高达中，但却遭到札夫特士兵袭击！而那个人，正是基拉的儿时好友阿斯兰・萨拉。