막대한 희생을 낳은 지구연합-자프트 간의 제 2차 야킨 두에 공방전을 끝으로 마침내 정전 조약이 체결되었지만, 두 세력 사이에는 여전히 불안한 분위기가 감돌고 있다. 오브의 수장 카가리 유라 아스하는 플랜트 최고평의회 의장, 길버트 듀랜달과의 극비 회담을 위해 자프트의 신 공장인 ‘아모리 원’을 방문하는데… 그때 갑자기 울리는 경보! 신형 MS 건담을 강탈당한다.

갑작스러운 건담 강탈 사건에 휘말리게 된 카가리와 아스란은 긴급 대피를 위해 자쿠 워리어에 올라탄다. 빼앗긴 세 대의 신형 기체 카오스, 어비스, 가이아와의 전투로 궁지에 몰린 순간! 신이 탑승한 임펄스 건담이 등장한다.

강탈당한 세 대의 기체를 따라 신과 레이는 ‘아모리 원’ 밖으로 나간다. 하지만 그곳에서 기다리고 있던 건 연합특수부대 사령관 네오였다. 한편, 미네르바 함 내에 들어선 카가리와 아스란은 듀랜달 의장의 안내로 전투를 참관하게 되는데… “다시는 이런 비극을 되풀이하지 않겠다고 맹세했건만…!”, 미네르바와 임펄스의 상상 이상의 전력을 보며 카가리는 분노한다.

적 모함을 따라 데브리대에 돌입한 신과 루나 마리아 일행. 하지만 어찌 된 영문인지 적들에게선 아무런 움직임도 보이지 않는데… 이것이 미끼라는 사실을 알아챈 바로 그 순간, 매복해 있던 카오스, 가이아, 어비스가 신 일행을 공격하기 시작한다.

유니우스 세븐이 안정 궤도를 벗어나 지구를 향해 낙하하기 시작하고 이 사태를 심각하게 바라본 플랜트는 이자크 쥴을 대장으로 하는 파쇄 부대를 급파시킨다. 한편, 지구에서는 로드 지브릴을 신 맹주로 한 블루 코스모스가 다시금 움직임을 시작하려 하고 있었는데…

유니우스 세븐의 파괴를 위해 지구로 급파하는 이자크 부대. 하지만 이내 알 수 없는 무리로부터 습격을 당하고, 신과 레이, 루나마리아, 그리고 아스란이 이자크 부대와 합류하여 본격적인 전투에 돌입한다. 메테오 브레이커의 기동을 시도하려는 그 순간, 패트릭 자라의 사상을 근거로 전쟁을 벌이려는 테러리스트들이 등장하는데…

유니우스 세븐을 파괴하는 데에는 성공했지만, 그 파편들로 인해 지구 각지는 막대한 피해를 입고 말았다. 한편, 블루 코스모스의 신 맹주 지브릴은 이를 명분으로 대서양 연방에 개입하려는 계략을 세우는데… 같은 무렵 오브의 한 해변가, 키라 야마토는 운명의 폭풍이 다가오고 있음을 직감한다.

마침내 오브에 입항한 미네르바. 대표 수장으로서 정무에 복귀한 카가리는 수뇌진들로부터 지구와 플랜트 사이의 갈등에 변명의 여지가 없음을 통보받은 채, 오브의 입지를 결단할 것을 강요받는다. 한편, 오브에서 잠시 동안의 휴식을 취하게 된 미네르바의 승무원들. 가족을 잃었던 장소를 찾아간 신은 추모비 앞에 서 있는 한 남자를 발견한다.

유니우스 세븐 낙하 사건의 주범으로 자프트를 지목한 지구연합은 플랜트를 적성 국가로 간주하는 공동 성명을 발표, 이에 지구군 월면 기지에서는 개전을 위한 준비가 시작된다. 대화를 통한 해결을 주장하는 듀랜달의 호소에도 아랑곳하지 않는 지구연합. 눈앞에 닥친 지구군의 공격에, 국방위원회는 플랜트를 지키기 위한 대비책을 돌입한다.

지구연합의 핵 공격 사실이 알려지면서 플랜트 내 분위기가 어수선해진 가운데, 더 이상 자신의 신분을 속일 수 없었던 아스란은 자신의 아버지, 패트릭 자라의 말을 부정하며 듀랜달에게 평화를 호소한다. 이윽고 듀랜달의 안내로 들어가게 된 한 격납고 안, 아스란의 눈앞에 신형 세이버 건담이 그 모습을 드러낸다.

플랜트 최고평의회는 지브롤터와 카펜타리아를 포위 중인 지구군에 대한 공격을 결정, 이는 보복이 아닌 적극적 자위권 행사임을 통보한다. 같은 무렵, 오브 의회에서는 대서양 연방과의 동맹 체결이 진행되려 하고 있었는데…

퇴로가 끊겨 정면돌파가 불가피한 상황에 놓이게 된 미네르바 함. 절체절명의 순간, 신의 SEED가 발동되고 그의 압도적인 힘에 미네르바의 모든 승무원들은 놀라움을 감추지 못한다. 같은 무렵, 플랜트에서는 페이스 휘장을 수여받은 아스란이 평화를 위해 다시 한번 싸움에 나설 준비를 시작하는데…

신의 활약으로 절체절명의 위기를 벗어난 미네르바는 다음 목적지인 카펜타리아로 향한다. 같은 무렵, 오브에서는 불안한 정세를 진정시키기 위해 카가리와 유우나의 결혼이 진행되려 하고 있었는데… 그날 밤, 키라의 집을 급습한 코디네이터 특수부대! 그들의 목적은 단 하나, 바로 라크스 클라인을 암살하는 것이었다.

갑자기 들이닥친 암살자들로 인해 불안한 분위기가 감돌고 있는 가운데, 카가리의 결혼 소식까지 전해 듣게 된 키라는 그녀에게서 받은 반지를 바라보며 굳은 결의를 다진다. 드디어 다가온 카가리의 결혼식 날. 아스란에 대한 생각을 떨쳐내지 못하고 망설이는 카가리의 앞에 프리덤 건담이 나타나는데…!

결혼식장에서 프리덤에게 납치당한 카가리는 키라를 향해 분노하며 그 이유에 대해 묻는다. 하지만 이내 아스란에게 선물받은 반지를 보자 카가리는 눈물을 터뜨리고 마는데... 한편, 미네르바에 합류한 아스란은 듀랜달 의장으로부터 건네받은 페이스 휘장과 명령서를 탈리아 함장에게 전달한다.

카펜타리아에서 출발해 지브롤터로 향하는 미네르바. 하지만 그곳에서 그들을 기다리고 있던 건 지구군으로부터 병력을 소집한 네오였다. 낯선 수중전에 이은 네오의 능숙한 양동 작전에 미네르바는 고전을 면치 못하는데…

라크스 암살 미수 사건으로 인해 큰 혼란에 빠진 아크엔젤 일행. 혼란스러운 정세 속에서 카가리는 플랜트로 향한 아스란을 걱정한다. 같은 무렵, 미네르바는 수에즈 공략의 전선인 마하무르 기지에 도착해 지구군의 주요 거점인 로엔그린을 파괴하기 위한 계획을 세우고 있었는데

본격적인 로엔그린 게이트 파괴 작전에 돌입한 미네르바. 작전 지휘를 맡은 아스란은 작전의 핵심 역할로 신을 지목하는데… 일련의 사건들로 인해 여전히 아스란에게 반발심을 가지고 있던 신이지만, 코닐의 간절한 눈빛에 신은 마음을 다잡는다.

지구군의 가르나한 기지를 함락시킨 미네르바는 흑해 연안 도시, 디오키아에 위치한 자프트 기지에 도착한다. 같은 무렵, 자프트 기지에서는 라크스로 위장한 미아가 위문 공연을 앞두고 있었는데… 한편, 듀랜달로부터의 초대를 받은 미네르바의 파일럿들. 듀랜달은 전쟁의 원흉으로 블루 코스모스를 모체로 한 로고스를 지목, 그들을 규탄할 것을 주장한다.

중립국 오브에서 가족들과 함께 평온한 일상을 보내고 있던 신 아스카. 하지만 행복은 그리 오래가지 못했고 평화로웠던 오브에도 전화의 바람이 불어오기 시작했다. 지구연합군의 공격으로 한순간에 가족을 모두 잃게 된 신. 그는 여동생이 남긴 유일한 유품인 핸드폰을 손에 쥐고 오열한다. 그 후, 오랜 시간이 흘러 플랜트로 이주하게 된 신은 이윽고 자프트군에 입대한다. 소중한 것을 다시는 빼앗기지 않기 위해

오랜만의 휴가를 얻게 된 미네르바 일행. 휴식을 취하는 그들 앞에 듀랜달 의장으로부터 배속 명령을 받은 새로운 페이스, 하이네 베스텐플루스가 나타난다. 한편, 해안선을 거닐고 있던 신은 한 소녀가 절벽 아래로 덜어지는 것을 목격하고 그녀를 구하기 위해 황급히 바다로 뛰어드는데

스텔라와의 추억을 소중히 간직하는 신. 하지만 스텔라는 이미 신과의 기억을 제거당한 후였다. 한편, 수에즈에서는 유우나를 필두로 대서양 연방에 굴복한 오브군이 네오와의 합류를 앞두고 있었는데

갑자기 나타난 프리덤의 등장에 혼란스러워진 전장. 카가리는 자신이 오브의 대표임을 자처하면서 오브군의 즉각적인 전투 중지를 명령한다. 하지만 네오의 압력에 넋을 잃은 유우나는 카가리의 존재를 부정한 채 전투 재개를 명령하는데

오브군과의 전투에서 막대한 손상을 입은 미네르바는 함 수리를 위해 마르마라해 항구에 정박한다. 하이네의 죽음의 원인이 프리덤과 아크엔젤에게 있다고 여기며 분노하는 신. 아스란은 키라에게 그 진의를 묻고자 아크엔젤의 행방에 대한 단서를 찾기 시작한다.

키라에게 라크스 암살 사건에 대해 전해 듣게 된 아스란은 듀랜달 의장의 행보에 점차 의심을 갖기 시작한다. 같은 무렵, 미네르바는 신의 긴급한 연락을 받고 한 연구 시설에 도착하게 되는데

가이아를 조종한 사람이 스텔라였다는 사실에 놀란 신은 부상당한 그녀를 미네르바 함 내 의무실로 옮긴다. 탈리아는 신의 행동이 명백한 군기 위반임을 알리며 질책하는데… 곧이어 나온 검사 결과, 스텔라는 지구연합군의 강화 인간이었던 것이다.

이터널과 무사히 합류하는 데에 성공한 라크스 일행, 셔틀을 빼앗아 달아난 그녀를 향해 듀랜달 의장은 그녀가 가짜임을 주장하며 이터널을 추적할 것을 명한다. 한편, 지브릴로부터 미네르바 공격을 명령받은 네오는 오브군과 연합하여 미네르바를 격추시키기 위한 그물을 치기 시작하는데

크레타 섬 앞바다에서 다시 한번 맞닥뜨리게 된 미네르바와 지구연합군. 지리적으로 불리한 상황에 놓이게 된 미네르바는 힘겨운 싸움을 이어가는데… 궁지에 몰린 그때, 미네르바의 앞에 나타난 프리덤과 아크엔젤! 카가리는 다시 한번 오브군을 향해 정전할 것을 명령한다.

어두운 집무실, 라우 르 크루제의 환상을 향해 듀랜달은 묻는다. “정해진 숙명이 있다면 우리가 발버둥 치면서 살아가는 것이 어떠한 의미가 있지?” 그는 젊은 날, 자신을 떠난 탈리아의 뒷모습을 떠올리며 외친다. “그럼 내가 바꾸겠다. 모든 것을!”

치열했던 격전으로 인해 많은 손상을 입은 미네르바는 지브롤터를 눈앞에 두고 수리와 보급으로 인해 발이 묶이게 되는데… 같은 시각, 신은 우연히 탈리아와 군의관의 대화를 엿듣게 되고 스텔라를 몰래 탈출시키기 위한 계획을 세우기 시작한다.

스텔라를 몰래 탈출시킴으로써 심각한 군기 위반을 저지른 신과 레이. 그들은 곧바로 미네르바 함 내 감옥에 구속된다. 한편, 몸을 회복한 스텔라에게 거대한 가변 MS, 디스트로이 건담을 선사하는 네오. 디스트로이를 선봉으로 지구군의 유라시아 침공이 시작되자, 그 소식을 들은 미네르바와 아크엔젤도 곧바로 행동을 개시한다.

도시를 차례차례 궤멸시켜나가는 디스트로이, 그의 앞을 프리덤과 아크엔젤이 가로막는다. 신이 디스트로이를 향해 공격을 하려던 그 순간, 네오에게서 디스트로이를 조종하고 있는 사람이 스텔라라는 것을 듣게 되는데

차갑게 식어버린 스텔라를 품에 안고 약속을 지키지 못한 자신을 자책하며 울부짖는 신. 이윽고 고개를 든 그의 눈에는 어둡고 굳은 결의의 눈빛이 깃들어 있었다. 한편, 플랜트에서는 로고스를 향한 길버트 듀랜달의 선전 포고가 시작되는데…

듀랜달의 갑작스러운 연설로 전 세계가 격양된 가운데, 미네르바에는 플랜트 본국으로부터 프리덤과 아크엔젤에 대한 격침 명령이 떨어진다. 스텔라를 죽음에 이르게 한 프리덤을 쓰러뜨릴 수 있음에 매우 기뻐하는 신. 그와 반대로 아스란은 갑작스러운 격침 명령에 혼란을 감추지 못한다.

신의 맹공으로 프리덤이 격파되자 아스란은 큰 충격을 받고 혼란에 빠진다. 한편, 듀랜달 의장의 연설에 감명받은 사람들이 전 세계 각지에서 게릴라 행위를 개시하는 가운데, 듀랜달의 호출을 받게 된 신과 아스란. 그들의 눈앞에 최신예 MS, 데스티니와 레전드가 나타난다.

데스티니를 받고 기뻐하는 신과 달리 듀랜달 의장을 향한 아스란의 의구심은 더욱더 커져만 간다. 미아에게서 의장이 자신을 의심하고 있다는 사실을 듣게 된 아스란은 곧바로 탈주를 결심하게 되는데…

가까스로 지브롤터 기지를 탈출하는 데에 성공한 아스란과 메이린. 하지만 이내 듀랜달 의장으로부터 격추 허가가 내려지는데… 갑작스러운 명령에 당황하는 신. 아스란은 그런 신을 설득하려 하지만 그의 목소리는 레이에 의해 왜곡되고 만다.

아스란과 메이린의 탈주로 미네르바의 승무원 모두가 크게 동요하는 가운데, 듀랜달로부터 최후통첩을 받은 지구연합군은 디스트로이 5기를 앞세워 갑작스러운 전투를 시작한다. 같은 무렵, 아크엔젤에서는 아스란이 의식을 되찾고 있었는데…

헤븐즈 베이스를 완전히 제압하는 데에 성공한 자프트지만, 지브릴의 행방은 여전히 묘연한 상태. 같은 무렵, 아크엔젤에서는 ‘프리덤’이라는 강력한 힘을 잃게 된 키라가 초조함을 감추지 못한다. 한편, 과거 유전자 연구소 조사에 나선 라크스 일행은 그 안에서 ‘데스티니 플랜’이라고 적힌 한 노트를 발견하게 되는데…

지브릴이 오브의 세이란 가문에 몸담고 있었다는 사실이 밝혀지고 자프트는 이내 오브에 대한 무력 제압을 개시한다. 위기에 빠진 오브를 구하기 위해 출격을 준비하는 카가리. 그때 키사카와 에리카 시몬스가 나타나 그녀를 한 공장으로 데려가는데… 이윽고 카가리의 앞에 나타난 MS, 아카츠키. 그것은 우즈미 나라 아스하가 남긴 오브의 이념이자 힘이었다.

Athrun and Kira recall the past events from their perspective and explain why they follow the paths they have chosen.

아크엔젤의 긴급 발진을 앞두고 네오를 석방하는 마류. 같은 무렵, 오노고로 앞바다에서는 데스티니를 막기 위한 카가리와 오브군의 치열한 전투가 계속되고 있었는데… 얽히고설킨 관계 속에서 스트라이크 프리덤과 데스티니의 대격돌이 다시 시작된다!

데스티니와 레전드의 연계 공격으로 고전을 면치 못하는 키라. 그 순간, 아스란이 인피니트 저스티스를 몰고 나타난다. 혼란스러워하는 신을 향해 아스란은 데스티니를 압도하는 힘을 보여주는데…

전 세계 미디어를 통해 듀랜달 의장에 대한 반대 성명을 발표하는 라크스 일행. 미아는 진짜 라크스가 모습을 드러낸 것에 대해 격하게 동요한다. 두 명의 라크스의 등장으로 미네르바 함 내에서도 혼란스러운 분위기가 지속되는 가운데, 다이달로스 달 기지에서는 콜로니를 이용한 거대한 빔 병기, 레퀴엠의 기동 준비가 시작되고 있었다.

레퀴엠 제1 중계점을 향해 총공격을 시작하는 자프트의 주력군. 그 가운데 다이달로스와 가장 가깝게 위치해 있던 미네르바는 단신으로 다이달로스 기지의 포 본체를 공격하라는 명령을 받는다. 두 번째 발사 준비가 완료되기까지 얼마큼의 시간이 남았는지조차 모르는 일촉즉발의 상황. 미네르바는 긴급하게 신과 레이, 루나 마리아를 출격시킨다.

지브릴의 죽음과 함께 레퀴엠의 모든 중계점을 제압한 자프트군. 한편, 월면 도시 코페르니쿠스에서 몸을 숨기고 있던 미아는 아크엔젤이 항구에 정박해 있다는 사실을 듣자 불안감을 멈추지 못하는데…

눈앞에서 미아의 죽음을 목격하게 된 키라와 라크스 일행은 큰 슬픔에 빠지고 남겨진 그녀의 가방에서 그녀의 일기가 적힌 디스크 하나를 발견한다. 한편, 전 세계를 향해 플랜트 피해자들에 대한 추도 성명을 발표한 듀랜달은 「인류 존망을 건 마지막 방위책」으로 ‘데스티니 플랜’을 도입할 것을 선언하는데…

갑작스러운 듀랜달의 ‘데스티니 플랜’ 발표에 오브와 스칸디나비아 왕국을 제외한 세계 각 국은 큰 혼란에 빠진다. 미네르바 함 내에서도 저마다 곤혹감을 감추지 못하는 가운데, 레이의 모습에 불안감을 느낀 신은 듀랜달 의장과 함께 세계를 위해 싸우겠다 결심하는데…

이터널과의 합류에 성공한 아크엔젤은 레퀴엠의 핵심, 스테이션 원을 파괴하게 위해 출격한다. 키라 일행의 행동이 평화로 가는 길을 막는 행위라며 비난하는 듀랜달. 신은 이러한 의견에 동조하는 레이에게서 약간의 위화감을 느끼면서도 증오의 사슬을 끊기 위해 그들과 다시 한번 싸울 것을 결심한다.

아크엔젤과 이터널은 레퀴엠의 파괴를 위해 메사이어를 공격하지만 거대한 빔 실드로 둘러싸인 메사이어에게는 무용지물이었다. 이대로라면 오브가 공격당할지도 모른다고 판단한 키라와 라스크. 그들에게 뒤를 맡긴 채, 아스란과 아크엔젤은 레퀴엠으로 향한다.