近未来。世界は、深海で発見されたオルファンという遺跡の話題で騒然としていた。ある日、ブレンパワードの誕生に偶然立ち会った字郡宮比瑪は、オルファンに従う組織リクレイマーの伊佐未勇とカナン・ギモスに襲われる。オルファンの意恩が正義だと信じる2人に怒り、独善だとなじる比瑪。気圧された勇たちは撤退するが…

海底から浮上するアンチボディを探知した戦艦ノヴィス・ノアのアノーア艦長は、比瑪を出撃させた。そこでカナンとシラーに追い詰められていた勇のブレンパワードに接触した比瑪は、勇と力を合わせて2体のグランチャーを退ける。その後、両親が在籍していたツクバ大学西東京分校の研究施設へ向かった勇だったが…。

ノヴィス・ノアに帰還した比瑪は、何故勇と共に戦えたのか考えていた。その頃、勇はマイクロウェーブ発振機を武器に転用できないかと腐心していた。そこに、ナンガとラッセ、比瑪のブレンパワードが到着し共闘を申し出るが、勇は1人で戦うと言い張る。するとそこへジョナサンたちが襲いかかってきて…。

1人でオルファンと戦う難しさを感じ始めていた勇は、オーガニック・プレートの情報を得るため、祖母の直子と暮らした生家に向かう。その頃、翠からデータ回収を命じられたカナンは、勇の生家を訪れていた。そこでカナンと鉢合わせた勇は、共にオルファンを捨てようと説得するが、カナンはそれを受け入れられず…。

ノヴィス・ノアに勇が乗艦した。ゲイブリッジは歓迎するが、艦長のアノーアは懐疑的だった。一方、ノヴィス・ノアの偵察を命じられたカナンは、勇を利用価値のみで語る伊佐未ファミリーに不信感を抱くが、それを察知したジョナサンは、シラーに尾行を命じる。ノヴィス・ノアに接近しつつ、退却するカナンを見た勇は…。

木曽山中で発生したプレート性誘発地震を調査するため、オルファンからはジョナサンのグランチャー部隊が出撃し、ノヴィス・ノアはコモドとヒギンズを派遺した。カナンにユウ・ブレンとグランチャーとの違いを理解させようとしていた勇は、プレート発見の報が入ると、出撃する比瑪に無理やり同行してしまう。

渥美半島の北岸に落ちた一枚プレートから、2体のブレンパワードがリバイバルした。そして、それぞれのブレンはカナンとヒギンズにアジャストした。そこに襲い掛かってきたジョナサンを迎え撃つブレンパワードたちは、リバイバルしたての双子を守りながらも、次第に連携をこなすほどになっていく。

オルファンへの対策などの間題を脇議するため、ノヴィス・ノアは呉港に寄港した。会議にはゲイブリッジとアノーアが出席し、護衛潜水艦キメリエス艦長のレイトと勇も同行した。勇は、オルファンの飛翔は地球上の全生命の危機と直結していることを訴えるが、各国の代表たちの認識は勇を失望させる。

呉港で補給を続けていたノヴィス・ノアに大富豪のミスター・モハマドが現れ、艦の指揮権を買い取りたいと言い出した。アノーアはその申し出を一蹴するが、モハマドの側近の中に紛れ込んでいたジョナサンがクルーを人質にとり、母であるアノーアに詰め寄る。その上、ジョナサンはクマゾーを連れて艦内を逃走し…。

再会した息子ジョナサンの憎悪に、アノーアは深く傷ついていた。気遣う勇や直子たちだが、どうすることもできない。そこに謎のオーガニック・プレートが出現し、ノヴィス・ノアを追尾し始めた。カナンたちが出撃する中、アノーアは自ら多目的小型VTOL機ウェッジに乗り込み、飛び立っていくのだが…。

行方不明のアノーアに代わりに、ノヴィス・ノアは船医のアイリーンが指揮することになった。一行は「オルファン対策会議」の開催地・佐世保港へ向かう。そこには勇の父でリクレイマーでもある研作も出席していた。研究者が論議を繰り広げる中、天才少年カントは新たな見解を発表し、ノヴィス・ノアの作戦は認可される。

勇は、佐世保の街で怪しげな男たちと同道する父・研作を見かけ、尾行する。彼らは港の倉庫でオーガニック・プレートを闇取引しようとしていたのだが、その交渉は決裂し、ハンガーから外されたプレートは街中に飛び出す。混乱に乗じてその場から逃げ出した研作は、グランチャーでオルファンへ帰ろうとしていたが…。

オルファンがついに浮上を開始した。ビームで衛星を破壊し、沿岸に多大な被害をもたらしながら、その威容を現し始めたのだ。ノヴィス・ノアへ帰還した勇は、ゲイブリッジの真意を問いただす。そして、オルファンを利用しようと考えるリクレイマーたちの思惑こそが、許せないものであると気付くのだった。

オルファンの浮上を阻止すべく、ブレンパワード部隊が出撃した。激戦の最中、ジョナサンは勇の母、翠と関係したことを告げて勇を精神的に追い込もうとする。その時、国連本部から「オルファン封じ込め作戦」の撤回が命じられた。撤退後、カナンは、命を捨てるようなラッセの戦い方を責めるが…。

国連からの停戦命令に反発し、ノヴィス・ノアはオルファンを再び海底へ戻すべく出撃する。勇のもたらした情報に基づいて、オルファンの急所を狙うブレンパワード部隊。迎撃に出たジョナサンに対し、勇は新戦法を挑む。病をおして出撃したラッセは、決死の覚悟でオルファンに一撃を加えて…。

再びノヴィス・ノアを訪れたミスター・モハマド。アイリーンは、ノヴィス・ノアの孤児院化を条件に、彼の提案する華僑とアラブの連合の援助を受け入れる。更に彼は、ブレンパワード3体とグランチャー1体のパイロットの青年ナッキィを連れてくる。だが、被災者の救助を優先するノヴィス・ノアに失望したナッキィは…。

クインシィの攻撃で北欧の雪原に飛ばされた勇は、新型グランチャー・バロンズゥを駆るジョナサンに遭遇する。勇を見つけたジョナサンは勇を追い詰めるが、そこに現れた新たなブレンパワードが勇を救い出す。その頃、ノヴィス・ノアのクルーは、勇の安否を気にしつつ、世界中が陥っているパニックに危機感を抱いていた。

勇を救った少女ネリーは、不治の病で間もなく死ぬ運命にあると言う。自分がこの地に辿り着いたのは、自分のブレンパワード、ネリー・ブレンを勇に託すためだったのだろうと告げるネリー。翌朝、ジョナサンは再び勇とネリーを襲う。その戦闘のさなか、ネリーとユウのブレンはリバイバルの輝きに包まれる。

北欧から脱出した勇は、休もうと地上に降りたところを謎の村人たちに捕まってしまった。アンチボディの反応を追ってきた比瑪とナッキィも、その村人の罠に落ちてしまう。彼らは盗賊をして生計を立てている部族で、国連の指揮を離れたため「お尋ね者」になったノヴィス・ノアのクルーの勇たちを、軍に突き出すと言う。

ノヴィス・ノアへの帰還途中、勇たち3人はカントの乗るブレンの暴走に巻き込まれ、オルファンの近くまで運ばれてしまう。そのオルファンに、リクレイマーの重要人物ガバナー＝ゲイブリッジが帰還する。バロンとジョナサンは、ガバナーがオルファンをアメリカの属頒にした張本人だとして、従順を装いつつ警戒していた。

直談判のため、ブレンパワードでオルファンに向かう勇と比瑪。迎撃するジョナサンたちの相手を引き受け、勇は比瑪をオルファンへと向かわせる。そして、オルファンに潜入した比瑪の、核ミサイルなどいらないと願う思いは、ノヴィス・ノアに迫っていた米艦隊の無数のミサイルを消滅させてしまうのだった。

ミサイルごとバイタル・グロウブで飛ばされた勇は、依衣子に戻ったクインシィとともにノヴィス・ノアへ帰還する。検査もパスし、クルーに受け入れられた依衣子だが、それは子供たちに打ち解けながら脱出の機会を伺うクインシィの芝居だった。そんな中、アイリーンたちはクインシィを勇のブレンに乗せてみるのだが…

ゲイブリッジがリクレイマーを総括するガバナーだと知った比瑪は、ゲイブリッジに詰め寄る。だが、ゲイブリッジは全てを覚悟しており、比瑪の怒りすら受け入れていた。そのガバナーを討つべく、クインシィを追ってきたヒギンズも、オルファンに招かれるように胎内に潜入して…。

オルファンに帰りたいクインシィは、比瑪のブレンパワードに乗ってノヴィス・ノアを飛び出した。同じ頃、クインシィのグランチャーが無人のままオルファンを飛び出し、その先にクインシィがいると直感したジョナサンはバロンズゥで追跡する。一方ヒメ・ブレンは依衣子が育った上の村へ辿り着き、クインシィは混乱する。

オルファンを止めるため、オルファンに人類の事情を理解させ、飛翔を思いとどまってもらうという手段に出たノヴィス・ノアのクルー。比瑪と勇はその可能性は充分にあると説明し、それを証明するかのように、ブレンたちはオルファンへの道を示す。そして、一夜の休息をとった勇たちは最後の作戦を決行する。

クインシィを取り込み、銀河への飛翔を始めたオルファンは、内部の者たちからもエナジーを奪い始めた。その時、アイリーンの呼びかけでノヴィス・ノアのクルーは次々と手を繋ぎ、エナジーを与えることでオルファンとともに生きようと訴える。そして、なおも上昇するオルファンに向け、比瑪は大事な勇を送り出す…。