Sydney spolu s Dixonem odlétá do Madridu vyzvednout kufřík obsahující skicu, která vypadá jako digitální kód, jenže nakreslenou vizionářem Milo Rambaldim v 15 století. Existují pouze dvě skici s tím, že tu první už SD-6 má a k rozluštění kódu potřebuje skicu z Madridu. O ní má zájem i konkurenční ruská agentura K-Direktoriát. Sydney se poprvé setkává, nikoliv naposled, s jejich agentkou Annou Espinosovou. Problém nastane v okamžiku, kdy SD-6 má kufřík, od něhož nemá klíč k otevření, který má zase K-Direktoriát. Sloan se dohodne s K-Direktoriátem na střetnutí jejich agentek v Berlíně ke společnému otevření kufříku...

Sydney je zavřená v ústavu v Bukurešti. Agent, který měl být její spojkou je nalezen s podřezaným hrdlem. Sydney je omráčena a probírá se v elektrošokové vaně. Vyslýchá jí agent K-Direktoriátu Dr. Kreshnik. Sydney ho přesvědčí, že jí musí nechat na živu, aby mohla získat polohu Parkashoffova těla. Kreshnik ji pustí, ale to byla chyba, protože Sydney přemůže jak jeho, tak i jeho gorily a utíká spolu se Shepardem do konspiračního domu CIA v Bukurešti.

FTL si hrála s pamětí Sheparda a jeho zrak je poškozený, vidí černobíle a nemůže si pořádně vzpomenout na místo, kde pohřbil Parkashoffa. Přesto se Sydney podaří z něj informaci dostat a najít jeho hrob. Pomocí jeho DNA se podaří v SD-6 dekódovat přístroj. Zjišťují, že další Rambaldiho artefakt se nachází v Oxfordu. Sydney tam jede, ale Dixon jí varuje, že by se tam mohla setkat s Annou Espinosovou...

Sydney s Dixonem musí získat informace o místě a času tajné schůzky mezi K-direktorátem a tajemnou skupinou Prvního. Jejich cesta proto vede přes Las Vegas do Ruska.

Jackovi a Vaughnovi se povedlo dostat Sydney ze spárů FBI díky odvedení pozornosti. Ona a Dixon se ale musí vypravit do Vídně a získat data na ruské ambasádě, aby znovu vystopovali muže známého jako Kasinov. Sydney se však na misi setkává se starou láskou. Vydá se s ním znovu na Sibiř, aby získala zařízení, které může poskytnout vodítka, které je dostanou blíže k úhlavnímu nepříteli SD-6.

SD-6 dostala informaci, že Sark chce ze Srí Lanky vypustit satelit vybavený terahertzovou kamerou, která vidí až sto metrů pod povrch země. Sloane chce vědět, co Sark hledá a vidět to, co uvidí Sark, a proto vyšle na Srí Lanku Sydney s Dixonem, aby do počítačového systému satelitu nainstalovali zařízení, které by předávalo signál kamery i SD-6. CIA chce po Sydney totéž. Sydney úkol úspěšně splní. SD-6 i CIA mají záznam terahertzové kamery, který ukazuje nějaký kovový předmět v hlubinách ledových jeskyní na Sibiři. Ten předmět je Rambaldiova hrací skřínka, která hraje melodii, v níž je zakódováno Rambaldiovo tajemství. Ale skřínku je možno spustit taky jen kódem a ten má Sark...

SD-6 našla důkazy o existenci tří lidí, které Sark nakazil virem podobným ebole. Sydney a Jack se musí zmocnit jejich lékařských záznamů a krve.

Sark upadl v podezření, že není k SD-6 loajální. Aby se očistil, předává informace o existenci systému, který by SD-6 dal do ruky mocnou zbraň.

Vědec Markovič vymyslel technologii Helix, s jejíž pomocí se dá snadno měnit podoba člověka v jiného. To by byla mocná zbraň v rukou teroristů a jiných zločinců. CIA musí dvojníky i Helix najít a zničit.

S tím souvisí i vyšetřování, které řídí Sydney, kdy mladá agentka CIA zemře a okamžitě padá podezření na jejího kolegu a milence agenta Jima Lennoxe. Je Jim skutečný nebo jen jeho dvojník?

Sloane je opět na scéně a chce sestavit Rambaldiho artefakty v novou zbraň. Sám to nedokáže, a proto unese matematika Caplana, který jako jediný může pomoci.

Sydney má konečně možnost opustit CIA, jenže únos geniálního matematika, jí přivádí zpět do boje.

V Mnichově byli uneseni dva agenti CIA, kteří pracovali jako rezidenti v letecko-kosmonautické firmě. K jejich únosu se přihlásila nejmenovaná organizace. Vyzvala CIA, aby si seznam jejich požadavků vyzvedla v obskurním mnichovském kině. CIA se domnívá, že únos provedla dosud málo známá skupina ruských nacionalistů, zvaná Dohoda. Sydney odjíždí na vlastní žádost do Mnichova a na určeném místě najde krabici s hlavou jednoho z agentů a požadavky únosců. Dohoda chce vyměnit druhého agenta CIA Rottera za Sarka, který je už dlouho v americkém vězení. Lindsey odlétá provést výměnu do Mexika.