El maletín contenía una sorpresa: un mecanismo de autodestrucción junto con un papel de papiro antiguo en el cual hay un código numérico de unos y ceros, de modo que Anna y Sydney han de hacer todo lo posible por obtener el código antes de su inminente destrucción.

Las iniciales reticencias de Sydney a facilitar el código al SD-6 producen un nuevo enfrentamiento entre ella y Vaughn, que ha sido ascendido y de nuevo es su contacto, el cual le advierte seriamente que su trabajo como doble agente la sitúa constantemente en medio de un grave peligro.

Cuando el SD-6 revela el código, ahora completo, obtiene una localización geográfica, una pequeña Iglesia de Málaga en España a la cual Sydney tiene que viajar para recuperar algo llamado "Sol Dorado". En su misión se cruza de nuevo con Anna, y deben luchar para obtener el mismo objeto.

Tras concluir la misión cuatro personas muy diferentes hacen frente a sus sentimientos. Los de Jack sobre la mentira y el misterio que rodea a la muerte de su esposa, los de Sydney frente a la muerte de un amigo, los de Vaughn hacia la propia Sydney y la sospecha de Francie de que su novio Charly la engaña con otra. Mientras tanto, Will continúa la investigación sobre la muerte de Danny.

Tras una nueva sesión informativa, Sydney y Dixon viajan a São Paulo donde Sydney, camuflada en un tubo de ventilación es testigo de como un grupo de cirujanos instalan una bomba en el corazón del Premio nobel de la Paz...

Sydney despierta en una sala de torturas y es sujeta a una serie de técnicas para hacer que confiese. Mientras tanto, Jack siembra algunas pistas falsas que implican a Russek y Sydney es liberada, aunque muy confusa y algo asustada ante la frialdad de su padre, que ha culpado y hecho ejecutar a un hombre inocente.

La nueva misión de Sydney le lleva a Kenia para intentar confirmar si Hassan está realizando negocios con armas por la zona. Allí Syd descubre que Hassan se ha sometido a cirugía estética y ahora su nueva identidad es Nebseni Saad. Sloane manda a Jack a Cuba para asesinar a Hassan, dado que sospecha que quiere cambiarse de bando, pero la CIA ordena a Jack que extraiga a Hassan de Cuba y lo traiga para custiodarlo y obtener su lista de clientes. La cosa no sale como cabría esperar y Jack es hecho prisionero por Hassan.

Will escucha la cinta que encontró y junto a un amigo suyo, consigue obtener una palabra del galimatías grabado en el cassette: SD-6. Su búsqueda le lleva hasta David McNeal, un matemático cumpliendo una condena por malversación de fondos. Will descubre que McNeal se declaró inocente en todo momento y que sólo admitió su culpabilidad tras el suicidio de su esposa. Intrigado, Will le visita en la cárcel, pero McNeil echa a Will, asustado al oír las siglas SD6.

Sydney viaja a Cuba para rescatar a su padre. Hassan, para cerciorarse de que Jack ya no es leal al SD6, le pide como prueba que mate al agente del SD6 que han capturado. Naturalmente, habla de Sydney...