Sydney Bristow è una studentessa universitaria che è stata reclutata da una divisione segreta della CIA, denominata SD-6, durante il suo primo anno di college. I sogni della ragazza divengono realtà quando il suo fidanzato le chiede di sposarlo. Sydney gli racconta la verità e Danny viene ucciso dalla SD-6.

Sydney è decisa a distruggere la SD-6, ma a quanto sembra non sarà un lavoro veloce come la ragazza credeva. La SD-6 entra in possesso di un ordigno nucleare, così la giovane chiede aiuto al padre Jack, anch'egli un agente della CIA che sta facendo il doppio gioco. Will si interroga sulla morte di Danny.

Sloane invia Sydney e Dixon a Madrid per recuperare un codice, al quale però è interessata anche un'agente russa, rivale di Sydney. Will continua ad indagare sulla morte di Danny, mentre Francie ha dei problemi con Charlie, il quale potrebbe avere una relazione con un'altra donna. Michael Vaughn è stato sostituito.

Syd e Dixon si occupano di un complotto, il cui scopo è quello di eliminare l'Unione del Commercio Organizzato. Il doppio gioco di Sydney comincia a crearle dei problemi, così Michael prova a confortare la giovane. Syd e Francie scoprono Charlie, mentre sta baciando un'altra donna.

Syd e Dixon aiutano un uomo, che possiede alcune informazioni su un vaccino, ad entrare negli USA. Vaughn presenta a Syd un agente che ha una straordinaria somiglianza con l'uomo da salvare. Will scopre che Danny, prima di morire, stava partendo per Hong Kong, non Singapore, con una misteriosa donna.

Per raccogliere informazioni da un uomo programmato, a sua insaputa, per essere un assassino, Syd va in missione sotto copertura in una specie di manicomio. Charlie dice la verità a Francie e non si tratta di un tradimento. Will è sulle tracce della misteriosa donna di Danny. Ma le cose si complicano.

Sydney aiuta Shepard a fuggire dall'ospedale e viene a sapere che si tratta del killer di Danny. Sloane scopre che il virus nei computer della SD-6 è stato impiantato da qualcuno all'interno della divisione. Jack racconta alla figlia i retroscena che 20 anni prima condussero alla morte di sua madre Laura.

Sloane è deciso a scoprire chi sono le talpe all'interno della SD-6. Jack chiede a Sloane informazioni sulla morte di Eloise Kurtz, colei che ha impersonato la misteriosa donna di Danny. Sydney si occupa di un nuovo mistero legato a Rambaldi e trova ancora sulla sua strada l'agente del KGB Anna Espinosa.

L'uomo di Sloane informa il suo superiore che Sydney è la talpa che la SD-6 sta cercando. Dixon viene colpito durante unaa missione. Syd deve occuparsi di un nuovo mistero che coinvolge Hassan. Sloane ordina alla SD-4 che Syd venga uccisa, ma la CIA intercetta l'ordine. Will fa un passo in avanti nelle indagini.

Sydney è di nuovo sulle tracce di Hassan. Will fa analizzare la cassetta della morte di Eloise e sente le parole "SD-6" ed inizia una nuova indagine su un uomo che si trova in prigione. Jack, che è prigioniero di Hassan, fa una proposta al mercante di armi. Il quale però a sua volta ha appena catturato Sydney.

Vaughn scopre alcuni indizi che potrebbero collegare Jack agli omicidi di alcuni agenti della CIA, avvenuti alcuni anni prima. Syd e Dixon devono occuparsi del socio di Hassan, che ha preso il posto del mercante d'armi nel piano criminale. Jack rivela a Sydney che sua madre era un agente del KGB.

Alcuni uomini armati, comandati da Cole, penetrano nella SD-6. Cole è deciso a vendicarsi di Sloane, il suo ex-boss. Will inizia a temere per la propria vita, ma una donna lo sprona a proseguire con la sua indagine. Vaughn, dopo la scoperta sulla madre di Syd e sulla morte di suo padre, va in terapia.

Vaughn disobbedisce agli ordini e tenta di aiutare Jack e Sydney ad impedire la distruzione della SD-6. Cole continua la ricerca di un misterioso dispositivo. Will indaga sulla morte della moglie di McNeil, che è stata fatta passare per un suicidio. Cole viene catturato dalla CIA, insieme ad una misteriosa fiala con liquido.

Sydney e Dixon si recano a Las Vegas per indagare su un agente che potrebbe avere avuto dei legami con il gruppo di Cole. McNeil esorta Will ad indagare su di un software che potrebbe fornire una importante lista di utenti. Syd scopre che Charlie, mentre stava con Francie, è uscito con un'altra.

Vaughn chiede a Sydney di usare la sua amicizia con la moglie di Sloane per avere accesso ad un antico libro di Rambaldi. Will viene rapito da qualcuno che gli chiede di mettere fine alle sue indagini. Vaughn, grazie al liquido contenuto nella fiala di Cole, visualizza, in una pagina bianca del libro, l'immagine di Sydney.

Il capo della SD-9, Edward Poole, arriva negli USA con alcune informazioni circa un traditore all'interno dell'alleanza dei 12. Per tradurre il testo della Profezia contenuto nel libro antico di Rambaldi, deve essere usato un codice conservato in Vaticano.

Sydney viene fermata da alcuni agenti federali ed interrogata circa i suoi rapporti con la CIA, la SD-6 ed il manoscritto di Rambaldi. Intanto Vaughn e Jack tentano il tutto per tutto per liberare Sydney e per provare che la giovane non è collegata alla profezia enunciata da Rambaldi.

Mentre è impegnata in una nuova missione a Vienna, Sydney si imbatte in una sua vecchia fiamma, nonché altro agente, Noah Hicks, che l'ha piantata cinque anni prima. Jack consulta uno psichiatra, dopo aver scoperto che sua moglie Laura è ancora viva. Will e Francie cominciano a nutrire alcuni sospetti su Syd.

L'antica passione sembra riaffiorare tra Sydney e Noah. La ragazza nel frattempo continua a fare nuove scoperte sulla madre e sul piano originario del KGB che coinvolse lei e suo padre. Il Direttorio K manda un killer per uccidere Khasinau. Si tratta di una persona molto vicina a Sydney e la SD-6.

Nel tentativo di intrappolare Khasinau, Sydney e Michael preparano la vendita di un manufatto di Rambaldi. Ma gli agenti della SD-6 sono sulle loro tracce. Will scopre l'identità di uno dei suoi assalitori: si tratta del padre di Syd. La moglie di Sloane, in punto di morte, rivela a Syd di aver sempre saputo della SD-6.

Jack vuole scoprire la talpa che ha passato informazioni a Will e così istruisce il giornalista. Sloane minaccia di dimettersi dopo che l'Alleanza ha deciso di uccidere sua moglie e così finisce per concludere un patto con Sark. A Parigi le strade di Will e Syd si incrociano. Il giornalista viene messo sotto custodia protettiva.

Per salvare la vita di Will, Sydney e Vaughn devono distruggere l'ennesimo dispositivo. L'Alleanza decide alla fine il destino di Emily Sloane. Jack scopre chi è la talpa che lavora per Khasinau all'interno della CIA. Quest'ultimo ha rapito Syd. La giovane incontra "l'Uomo", ma si tratta di una donna: sua madre.

Laura spara contro la figlia. Dixon rivela a Sloane di essere certo del fatto che Syd sta facendo il doppiogioco. Quest'ultima deve scoprire se Vaughn è ancora vivo. Dopo la morte della moglie, Sloane entra a far parte dell'alleanza. Will ritratta quanto scritto sulla SD-6. Laura / Irina si arrende alla CIA.

Sydney deve scoprire se il gesto compiuto da sua madre è davvero sincero o l'ennesimo tentativo di ucciderla. Sloane spedisce Sydney a recuperare un disco contenente alcune informazioni compromettenti. Will decide di aiutare Francie nel progetto del ristorante.

Dopo 20 anni, Jack e Laura si rivedono per la prima volta. Will incontra Vaughn, il quale lo sottopone ad una seduta di ipnosi regressiva. In una nuova missione, Syd deve battere in astuzia Sark, il suo nemico giurato. L'obiettivo è un carillon, il cui suono è in realtà un codice numerico.

Per allontanare Sydney da sua madre, Jack è costretto a prendere una drastica decisione. Will è avvicinato da una donna che crede alle cospirazioni. Ma in realtà si tratta di un'agente della SD-6 mandata da Sloane per testare Will. Dixon indaga sull'origine di una telefonata sospetta per Sloane.

Sydney scopre un terrificante segreto quando viene mandata in missione per neutralizzare una nuova generazione di armi. Sloane racconta a Jack la verità sulla morte di Emily. Will dà una mano a Francie che sta per inaugurare il suo ristorante.

Jack decide di fare un grande sacrificio quando la fiducia di Syd nei suoi confronti sta per venire meno. Sydney e Vaughn sono stati esposti ad un mortale virus mentre si trovavano a Taipei. Ancora ossessionato dai suoi demoni, Sloane comincia a crollare. Vaughn chiede aiuto a Will per risolvere un caso.

Sydney deve trovare una cura per Vaughn, il quale è stato infettato mentre si trovavano a Taipei. Ma per trovare un antidoto, Syd è costretta a venire a patti con Sark; intanto Will continua la sua ricerca per Vaughn e scopre alcune evidenti discordanze riguardanti alcuni test di intelligenza.

Sydney, Jack e Irina devono fare la parte della famiglia felice in una missione sotto copertura avente lo scopo di sottrarre sei testate nucleari in mano ad una fazione nemica. Sloane ha deciso che Sark lavorerà per la SD-6. Vaughn allontana Will dalla sua ricerca. Emily Sloane potrebbe essere ancora viva.

La lealtà di Irina viene messa in discussione quando la donna, durante la missione sotto copertura, incontra Gerard Cuvee. Sloane informa l'Alleanza sul fatto che Emily potrebbe essere ancora viva.

Jack incontra Ariana Kane, un'agente dell'Alleanza mandata per investigare sulle circostanze che hanno condotto alla scomparsa di Emily Sloane. Marshall deve affrontare la sua prima missione insieme a Sydney. Will si sottopone ad un test psicologico della CIA, mentre Francie diviene sospettosa.

Dopo aver completato la sua prima missione la vita di Marshall è in serio pericolo. Il primo sospetto in merito alla scomparsa di Emily Sloane è Jack Bristow. Vaughn scopre la verità in merito al coinvolgimento di Jack nell'omicidio dell'agente della CIA Haladki. Sydney confida a Francie i suoi sentimenti per Michael.

Ariana Kane decide di servirsi di Sydney per rintracciare Jack che è fuggito, mentre questi chiede aiuto ad Irina per scoprire chi sta ricattando Sloane. Sydney e Vaughn rischiano di mettere in serio pericolo le loro posizioni quando decidono di cenare insieme, in missione, in un romantico ristorante di Parigi.

Sloane è scomparso ed il suo posto viene preso da Geiger. Questi nutre dei sospetti nei confronti di Sydney e suo padre. Will lascia il ristorante di Francie e i due si scambiano un bacio romantico. Geiger legge una e-mail di Sloane che rivela chi sono gli agenti doppiogiochisti.

Dopo aver sgominato l'intera rete dell'Alleanza, Sydney, Vaughn e Jack devono stabilire se l'agente Lennox, la cui missione sotto copertura è appena stata compromessa, dice la verità oppure sta mentendo.

Sydney deve decidere in merito al suo futuro. Sloane le rivela di avere sempre saputo la verità e di averla usata per liberarsi una volta per tutte dell'Alleanza. L'uomo intende scoprire cosa si cela dietro una nuova invenzione di Rambaldi e si serve di un brillante scienziato che è stato minacciato.

Sloane si prepara a testare l'arma di Rambaldi e prova a convincere Kabir a diventare suo partner nel piano nefasto. Vaughn chiede aiuto a Will, mentre viene individuato quello che è l'obiettivo scelto da Kabir come prova. Vaughn chiede a Dixon di salvare Syd, mentre Sloane trova la pagina mancante.

Un agente della CIA chiede a Sydney di indagare su alcuni movimenti sospetti di Vaughn. Irina si reca a Bangkok per incontrare una persona che potrebbe essere collegata al manoscritto. Vaughn tranquillizza Sydney. Irina tradisce tutti e consegna il manoscritto nelle mani di Sark e Sloane.

Jack informa Sydney del tradimento di Irina. Sloane in Toscana si ricongiunge con la moglie Emily. Jack riceve ordini da Kendall di ritrovare Irina, la quale è a Stuttgart insieme a Sark. Will ha scoperto cosa contengono i dati che ha esaminato: si tratta del DNA di milioni di cittadini. Syd è sulle tracce della madre Irina.

Dopo che ha accidentalmente ucciso Emily, Dixon chiede di essere riassegnato, mentre Sloane medita vendetta. Irina consegna a Neil Caplan i dati del DNA per individuarne uno specifico. Syd scopre che la moglie di Caplan è un'agente SVR. Sloane contatta Francie ed individua l'assassino di Emily.

Una profezia di Rambaldi preannuncia una nuova ed imminente catastrofe. Ci sono solo 48 ore per prevenire il nuovo disastro. Syd e Dixon si recano a Panama City. A causa del suo stato mentale, Vaughn agisce per allontanare Dixon dalla missione. Sloane si reca in Himalaya alla ricerca di risposte da un monaco.

Will potrebbe essersi compromesso e Jack prende le necessarie contromisure. Francie ha fatto in modo che Will risulti essere il colpevole dell'omicidio di Diane. Così il giovane viene mandato in un campo di prigionia, ma riesce a fuggire durante il trasporto. Sloane vuole fare un patto con Jack Brystow, ma questi si rifiuta.

Will indaga su Doren e scopre che si tratta di Francie. Sloane cattura Jack e lo informa che la macchina di Rambaldi è quasi pronta. Syd neutralizza la falsa Francie, subito dopo si risveglia in una strada di Hong Kong, dove Vaughn le annuncia che era stata data per morta, dispersa in azione da ormai due anni.

Dopo aver ricevuto alcune spiegazioni da Vaughn, Syd decide di fuggire, ma viene fermata e portata in ospedale, dove scopre che suo padre è in prigione. Per ottenere la sua scarcerazione, Syd partecipa ad una missione per recuperare un chip. Jack mostra alla figlia un filmato dove lei sta uccidendo un diplomatico russo.

Syd va ad abitare in un appartamento vicino a quello di Weiss e decide di non rivelare quanto ha scoperto sul suo conto. Dixon le consiglia di entrare in terapia. A Monaco, Brystow recupera un pacco contenente la testa di un agente CIA. La Convenzione vuole scambiare un prigioniero con Sark. Vaughn torna all'agenzia.

Il Gorky Park di Mosca è stato colpito da un satellite in caduta libera. Syd ha una accesa discussione con Lauren a proposito della cattura di Sark. Jack continua ad indagare sulla morte di Lazarey. Sark prova a recuperare Medusa, un vecchio programma della SD-6. Syd e Vaughn sono di nuovo insieme in missione.

Sydney si infiltra in un gruppo che sta trafficando armi biologiche. Qualche dettaglio del passato riaffiora quando questa incontra Simon Walker. Jack, dopo aver manomesso il filmato della morte di Lazarey decide di conferire con Dixon per proteggere Sydney dal CSN. Per salvarlo, Syd è costretta ad accoltellare Vaughn.

Weiss rintraccia Vaughn che è stato colpito da Sydney. Walker scambia l'arma biologica con Sark in anticipo. Jack incontra Walker per saperne di più su Sydney ma viene scoperto. Syd e Marshall vanno in missione a Osaka per disabilitare un virus. Sark aiuta Kazari Bomani a vendicarsi dei torti subiti da Arvin Sloane.

Durante una missione a Milano, Syd si imbatte di nuovo in Allison Doren, che ora è divenuta una figura chiave nel gioco della Convenzione. Le indagini di Lauren sulla morte di Lazarey la conducono vicino a Sydney. Quest'ultima viene assegnata a Sloane, che continua il doppio gioco con la Convenzione.

Jack prende drastiche misure affinché il CSN non scopra il coinvolgimento di Syd nella morte del diplomatico russo. Ma la sua azione provoca scompiglio nel matrimonio fra Vaughn e Lauren, la quale è ad un passo dalla verità. Sydney va in missione con Sloane allo scopo di ottenere il sistema operativo di un'arma mortale.

Scoperta la verità sulla morte di Lazarey, Sydney viene presa in custodia dal CSN. Jack e Vaughn scendono a patti con Sloane per liberare la ragazza. Lauren viene messa di fronte ad una scelta difficile. Torturata, Sydney sta inoltre per essere sottoposta ad una terapia chirurgica invasiva allo scopo di recuperare la memoria.

Sydney accetta di sottoporsi ad una terapia sperimentale condotta da un eccentrico dottore. Ma la mente di Sydney si dimostra molto resistente alle sollecitazioni. Lindsey fa un accordo con Sloane: il suo silenzio in cambio della morte di Sydney Brystow.

Per scoprire qualcosa di più su di St. Aidan, Sydney sottrae Will dalla custodia protettiva. I due vanno in missione e recuperano un cubo contenente il DNA di Rambaldi. Inoltre si imbattono in Allison Doren. Lindsey arresta Jack e Vaughn per la fuga di Syd. Sark uccide il dottor Brezzel. Sark ha rapito il redivivo Andrian Lazarey.

Sydney viene drogata, poi si risveglia su un aereo. Qui Kendall le racconta per filo e per segno i due anni trascorsi. Dal lavaggio del cervello al lavoro svolto per la Convenzione e la CIA. Il piano di questi ultimi prevede la fecondazione di un ovulo di Sydney col DNA di Rambaldi. Il piano viene sventato. Lauren uccide Lazarey.

Jack contatta una donna che potrebbe aiutarlo a liberare Sydney e Vaughn, che sono stati fatti prigionieri in Nord Corea. La donna in questione, Katya Derevko, la sorella di Irina, vuole in cambio da Jack una contropartita: la morte di Arvin Sloane.

Sydney e Vaughn vengono incaricati di recuperare un'agenda contenente i nomi dei capi di sei cellule della Convenzione. Sydney e Weiss tentano di convincere Cummins a collaborare con la CIA. Carrie entra in travaglio durante una missione. Lauren e Sark iniziano ad uccidere i capi delle cellule della Convenzione.

Mentre cercano di recuperare una bomba al plasma, Sydney e Vaughn scoprono di avere altri due pericolosi rivali, che altri non sono che Lauren e Sark. Sloane rivela un segreto al dottor Barnett: ha avuto una relazione con Irina Derevko. Marshall comincia a fare il papà a tempo pieno del neonato Mitchell.

Sydney e Vaughn devono convincere Daniel Ryan che sono parte della Convenzione, al fine di assicurarsi la collaborazione dell'uomo ed evitare un'esplosione. L'uomo accetta, ma in realtà egli ha concepito una vendetta contro la Convenzione, poiché ritiene gli uomini di quest'ultima i diretti responsabili della morte del fratello.

Sark riesce a fuggire e rapisce i figli di Dixon, ne libera uno e costringe l'uomo a sottrarre, insieme a Syd, uno dei manufatti di Rambaldi che sono custoditi in Nevada. Lauren incastra Sloane, il quale viene arrestato. Sydney, Dixon e Jack consegnano il manufatto a Sark ed ottengono la liberazione della figlia di Marcus.

Sydney e Vaughn devono impedire che Bomani s'impossessi delle chiavi della scatola di Rambaldi. Jack rivela al senatore Reed i suoi sospetti su Lauren. Sark ordina che quest'ultima uccida suo padre, ma a compiere l'omicidio ci pensa la madre di Lauren. Vaughn prende una decisione definitiva sul suo matrimonio con Lauren.

Sydney e Jack provano a mettere in guardia Vaughn circa i loro sospetti su Lauren. Nel frattempo debbono fermare un piano della Convenzione che ha come obiettivo l'ennesimo virus informatico. Bomani e Sark hanno il cuore che permette alla macchina di Rambaldi di fornire alcune informazioni sul Passeggero.

Jack e Syd vengono a sapere della relazione fra Sloane e Irina. Vaughn scopre il tradimento di Lauren. Jack si rifiuta di aiutare Sloane, che sta per essere giustiziato. Sark rapisce Conrad. Vaughn e Sydney provano a liberarlo, ma Sark lo uccide. Prima di morire, Conrad rivela a Sydney che il Passeggero è sua sorella.

Sydney va in Cecenia per liberare la sorella, che è detenuta in un campo di prigionia. Vaughn viene rapito e torturato da Lauren e Sark che vogliono sapere dov'è il Passeggero. Sloane informa Sark ed approfitta di una irruzione per scomparire con la figlia Nadia. Vaughn implora Sydney di non cercare la sorellastra.

Con l'aiuto di Katya e Toni, Sydney e Vaughn tentano di catturare Sloane e Nadia e fermare nel contempo un vecchio nemico. L'ossessione di Vaughn per Lauren comincia a consumare l'uomo. Katya è attratta da Jack. Sotto l'effetto dell'elisir, Nadia comincia a tracciare l'equazione di Rambaldi.

Travestita da Syd, Lauren penetra nella base CIA e sottrae i calcoli sull'equazione di Rambaldi. Nadia deve decidere se fidarsi o meno di Sloane. A Palermo, ha luogo lo scontro finale tra Sydney e Lauren. In un caveau di Wittenberg, Sydney compie una scioccante scoperta.

Sydney e Vaughn sopravvivono al tremendo incidente automobilistico. Sydney scopre che l'uomo che più di ogni altro le è rimasto accanto potrebbe essere un agente doppiogiochista. Non solo: Sydney ora aspetta un bambino da lui. I due indagano su di un vecchio progetto noto come Quinto Profeta. Vaughn rimane seriamente ferito durante la consegna di un libro. Morirà poco dopo in ospedale.

Sydney collabora con Renee Rienne, una fuggitiva sulla lista dei ricercati della CIA, per individuare Gordon Dean. La pista conduce ad un mercante di armi con il quale Dean sta facendo affari tramite Curtis. Quest'ultimo ha appena comprato del materiale pericoloso per alimentare un'unità criogenica. Jack assume un nuovo agente di nome Thomas Grace, mentre Weiss ottiene una promozione

Sydney e Grace scoprono che Rachel Gibson, una spia accusata di tradimento, ha molto in comune con Sydney. La ragazza è infatti convinta di lavorare per una divisione occulta della CIA. Dixon accompagna Sloane, il quale ha ottenuto un permesso dalla prigione di 48 ore allo scopo di acquisire una possibile cura per la figlia Nadia. In realtà, Sloane cade in una trappola tesagli da un padre ferito.

La vita di Sydney è in pericolo quando Gordon Dean scopre che Rachel è ancora viva ed è fuggita grazie agli uomini della APO con i fondi segreti della sua organizzazione. Nel frattempo, Sloane attende con trepidazione la sentenza del suo processo. Ma la visita in prigione di un emissario di Gordon Dean sembra volgere la situazione a suo favore, non senza un'adeguata contropartita.

Sydney e Tom scoprono che Renee ha aperto il contenitore criogenico ma finiscono con il ritrovarsi sotto assedio di un gruppo di mercenari che vogliono a tutti i costi entrare in possesso di quanto si trovava all'interno del container: il corpo del padre della ragazza. Sloane minaccia la figlia del membro di una commissione governativa al fine di ottenere un pieno reintegro all'APO.

Sydney accompagna con la sua voce una nervosa Rachel durante la sua prima missione in solitaria su di una piattaforma petrolifera dove ha trovato rifugio un costruttore di armi. Sloane deve decidere se tradire o meno la fiducia che si è appena guadagnata presso l'APO onorando l'accordo che ha siglato con Gordon Dean. Lo informa perciò della imminente impresa della Gibson.

Sloane confessa a Jack di essere in contatto con Gordon Dean e così Sydney e gli uomini della APO tentano di catturare l'uomo e scoprire per chi sta operando. Per continuare a tenere in scacco Sloane, il gruppo Quinto Profeta dimostra di possedere una cura per Nadia. L'uomo cerca in tutti i modi di mantenere il controllo.

Durante una missione, Rachel entra in contatto con Sark. Così lei e Sydney sono costrette a collaborare con l'uomo per impedire che una bomba mortale finisca nelle mani di un pericoloso mercenario, il quale nel frattempo ha catturato Jack ed una sua collega dell'MI6.

Sydney viene rapita e fatta cadere in uno stato ipnotico al fine di recuperare alcune informazioni dal profondo della sua mente. I rapitori si servono dei più bei ricordi inerenti Vaughn. Ma, all'insaputa di Sydney, la persona che muove le fila di tutto è un volto familiare che ha alcuni interessi su di lei e sul bambino che deve ancora nascere: sua madre Irina.

Quando una squadra APO rimane bloccata nel quartier generale della CIA a Langley, Jack chiede aiuto a Weiss. Tom compie una serie di azioni sospette per recuperare alcuni dati sul programma di protezione testimoni. Ancora prigioniera sulla nave cargo, Sydney viene sottoposta ad una procedura chirurgica d'urgenza per salvare il suo bambino.

Irina riappare a casa di Sydney. In seguito, le due donne e Jack si recano a Vancouver per recuperare "Orizzonte". Durante la missione, Irina rivela il suo ennesimo doppio gioco e Sydney entra in travaglio. Con l'aiuto dei suoi genitori, la ragazza dà alla luce una bambina. Un uomo in Bhutan riceve delle buone notizie: si tratta di Vaughn, vivo e vegeto e ora anche padre.

100° episodio. La maternità di Sydney è davvero di breve durata: la giovane viene a sapere che il suo vecchio amico Will Tippin è stato rapito da Espinosa. La squadra APO riesce a liberarlo per poi scoprire che al giovane è stato piantato un ordigno nel cranio. Sloane è ad un passo dall'ottenere la tanto agognata cura per Nadia. Espinosa si sottopone ad un esperimento dagli esiti sconcertanti.

Sloane decide di usare la cura per Nadia che il Quinto Profeta gli ha fornito. La squadra APO si mette sulle tracce di Espinosa, ma la caccia lascia una vittima sul campo. Un drammatico confronto fra Sloane e Nadia su Rambaldi si conclude con la morte di quest'ultima. Sloane si unisce al Quinto Profeta per concludere le sue ricerche sulla misteriosa Pagina 47.

La disputa fra Sydney e una fisicamente alterata Anna trova nuovo terreno di scontro quando uno strano chip di computer, strettamente collegato a Vaughn, viene rinvenuto all'interno del corpo senza vita di Renée. Sloane continua le sue ricerche, ma è tormentato dalla visione di Nadia. Jack rivela al gruppo APO che Vaughn è ancora vivo. La morte di Anna potrebbe essere un vantaggio per Syd.

Sydney continua a spacciarsi per Anna così da poter individuare gli scopi segreti del Quinto Profeta. L'agente è costretta a fare coppia con Sark per rintracciare l'indizio finale di Rambaldi prima dei suoi avversari. I due finiscono in una prigione italiana. Vaughn vede Isabelle per la prima volta. Rachel scopre che Tom sta facendo indagini per scoprire il mandante dell'omicidio della moglie.

Sloane prende in ostaggio Marshall e Rachel allo scopo di individuare l'ultimo indizio cruciale nel gioco di Rambaldi. La squadra APO tenta di bloccarlo e così Sydney e Vaughn raggiungono la vetta di una montagna in Italia per impedirgli di portare a termine il suo piano. Nel frattempo, Peyton uccide i membri del Quinto Profeta e Sark attacca la sede APO. Per salvare tutti, Tom è costretto al sacrificio.

La battaglia finale si svolge in Mongolia, dove Sloane ha rinvenuto la tomba di Rambaldi, si prepara ad utilizzare l'Orizzonte e a scatenare una strage mediante un doppio attacco missilistico. La lotta per fermare lui e la sua complice Irina richiede il sacrificio estremo di Jack. Sette anni dopo, Sydney e Vaughn sono felici su una casa sulla spiaggia insieme ai loro due bambini.