——寄托于卡的心意 被谋划好的闪电生死战。

被哥德温要求调查游星的收容所所长鹰栖不惜打伤成为游星朋友的冰室和矢薙，并把游星转移到别的房间。在那房间一个叫青山的人物正策划逃出收容所。青山邀请游星加入，游星打算带上冰室和矢薙一同逃出去。在那游星们面前鹰栖出现，开口辱骂朋友并挑衅游星。游星赌上自由决斗，但被鹰栖没收了全部的卡组，到底游星要。。。

游星用收容所的朋友们每人一张托付的卡和鹰栖战斗。手段卑鄙的鹰栖进行受到伤害就会有电流的决斗，但是自己不受电流，只有游星每次受到伤害会有电流伤害。鹰栖更用“剧毒链”（ポインズ・チェーン）企图破坏游星的卡组。

在半决赛的第一场比赛决定为“游星VS波马”。波马和游星做决战前的战斗准备。以龙亚的事件为契机，游星和波马谈起了各自都是为何而决斗的话题。双方怀着各自的信念在决战之地“决斗竞技场”上展开对峙。波马驾驶巨大D轮登场，牵制住游星，但是。。。。

赌上各自故乡的疾走决斗。波马召唤巨人轰炸机·大空袭式，用怪兽效果把游星逼进绝境。游星观察波马的战略，盖放埋伏卡等待反击的机会。观察了游星战略的波马打算对游星进行直接攻击一口气决胜负但是。。。。

——命运杯 最终决战！孤高之王 杰克·阿特拉斯

游星在与十六夜秋的决战获胜。但是，竞技场遭到毁灭性的损坏，已经不是能继续大会的状态了。游星为了提出中止大会的要求而去了雷克斯·哥德温那里。在那里等着游星的是杰克。杰克告诉了他哥德温举办这大会的目的。

不动游星VS杰克·阿特拉斯。杰克召唤真红魔龙，破坏了游星的废品战士。被压制的游星用高超同调士(ハイパー・シンクロン)进行同调召唤，召唤出星尘龙。两头龙展开了对峙。就在躲开游星攻击的杰克用红莲魔龙攻击了星尘龙的时候，红龙再度出现包围了决斗竞技场。

克罗从治安警察保管库盗走卡片后逃跑。展开追缉的治安警察发动强制骑乘决斗。面对治安警察的坚固防御克罗召唤出黑羽（ブラックフェザー）系列的怪兽应战。同一时间，游星从哥德温口中听到有关暗印人新的事实。

——结合勇气与力量！同调召唤！动力工具龙 受了伤的游星被送到玛莎(マーサ)所在的收容设施。另一方面龙亚主张龙印人们应该团结起来与暗印人战斗，并前往十六夜秋所在的桃源运动那里向身为十六夜监护人的迪威恩说明情况，但是……

杰克已返回哥德温处，而卡莉渚仍同跟杰克未断绝关系般拼命地收集有关杰克的情报。并且在调查十六夜秋所在的桃源运动时，意外发现了有关美人模特米丝蒂的资料。来到米丝蒂处的卡莉知道了冲击性的事实。

潜入桃源运动的卡莉渚知道了各种秘密，并和迪威恩进行决斗。卡莉被他的念力击飞从大楼坠落。就在那时，发生强烈地震，蜂鸟的巨画以桃源运动的大楼为中心出现。然后作为暗印人复活的卡莉再次出现在迪韦恩那里，提出决斗。

十六夜秋面前出现变身暗印人的米丝蒂，开始了赌上性命的决斗。秋召唤了黑蔷薇龙，与之对抗的米丝蒂召唤了“地缚神 卡拉伊瓦（地缚神コカライア）”。同时米丝蒂还向秋道出了复仇的理由。

游星他们为玛莎与拉里成为暗印人的牺牲品而悲痛不已。但是，抱着如果打倒暗印人说不定他们也会复活这一希望，游星他们前往决战之地。与此同时，众暗印人正在控制旧永转机的4个控制装置处各自等候着。龙亚和龙可也前往持有古代妖精龙的卡的迪马克那里，但在那途中，龙可随着一道光柱而突然消失了···

打倒了暗黑持印人迪马克的龙可顺利解放古代妖精龙成功。另一方面，生死不明的克罗在BAD附近平安生还，但克罗照顾的村子小孩们却全体失踪了。对暗黑持印人怒上心头的克罗以从泰达路斯桥一眼就能看见的巨人之塔作为目的地。

克罗VS暗印人·波马。游星想制止两人的战斗，克罗却求游星说让我继续这场复仇战。其实在他小时候，决斗怪兽卡不仅教会了孤独的克罗文字的读写与战略等东西，这些卡也带给了他朋友。不想让孩子们有自己那种痛苦回忆而亲近孩子们的克罗，无法原谅杀害了那些孩子们的暗印人。

暗印人波马召唤暗黑同步怪兽“暗黑航空母舰”，复活了巨人轰炸机·大空袭式。被赶进绝境的克罗使用陷阱卡“黑羽-反闪”（破坏全部怪兽后，终于波马召唤“地缚神查库·查略亚”了。

打倒鬼柳的游星，前往了暗印人BOSS鲁德格·哥德温所在的旧永转机。终于游星与鲁德格对峙了。鲁德格说要与游星父亲不动博士来个了断而选择在旧永转机能量涌出的地方发起挑战。

游星VS鲁德格战后篇。鲁德格召唤地缚神乌鲁，逼游星入绝路。对着被削减LP走投无路的游星，鲁德格作为临死前的礼物讲起了游星父亲不动博士和鲁德格间围绕永转机所发生的悲剧。

　　与雷克斯·哥德温一战的半年后，市区和卫星区合而为一，进行着灾后重建。游星他们以1年后举办的“世界疾走决斗大奖赛”为目标正在开发机器中。享受着和平生活的游星他们听到了，神秘D轮手“幽灵”出没不断在破坏D轮的传闻。面对前来委托协助搜查的深影和牛尾，游星他们…

游星为了查明神秘D轮手“幽灵”的真正身份而进行骑乘决斗。使用星尘龙对抗召唤五合体怪兽“机皇帝神智(机皇帝ワイゼル)”并展开攻击的幽灵，想不到却……

深深地体会到只要游星不在就什么都做不了，杰克和克罗开始重新考虑是否真的了解游星。游星在与鲁德格一战中，毫不隐瞒地说出了自己的烦恼。双方互相确认是否能接受他的「内心的黑暗」。

游星他们在深影和牛尾的委托下收留名为布鲁诺(ブルーノ)的失忆青年。布鲁诺拥有和D轮技术相关的极出色才能，于是很快与游星意气相投。两人专注于新引擎的开发上，可是…

普拉西多打算把游星他们的程序上载给疾走机人。另一方面，游星和耶格尔被操作封锁卡组的机器人关了起来。游星苦战封锁攻击的机器人。就在那时，定时炸弹的倒计时开始了。被逼得走投无路的游星会……。

游星他们为了参加WRGP的预赛而进行练习行驶。克罗试力量提升后的黑鸟号试得入迷，过了练习行驶时间还在赛道上行驶。这时「独角兽队(チーム・ユニコーン)」出现了。因为一点纠纷，游星和独角兽队的王牌安德烈(アンドレ)在预赛前以疾走决斗分个高低…。

WRGP的预赛终于开始！游星他们作为「5D's队」参赛。初战对手竟是「独角兽队」。游星他们研究了先前一战，以第一棒杰克、第二棒秋、第三棒游星这个顺序来挑战。

杰克败给安德烈。推着因决斗冲击而故障的命运之轮号返回维修站后，由第二棒的十六夜秋接力。秋VS安德烈。秋先发制人削减LP，但安德烈的速度指示物已满，手卡也有「ジ・エンド・オブ・ストーム(终结风暴)」的卡准备逆转。到底会…

游星赢得与让的激烈决斗。结果是5D's队突破了WRGP的预赛第一场。游星他们和让他们约定今后双方一起活跃之后，在车库开起祝捷会。这时雪莉出现，问起WRGP的真正意义。

WRGP会场突然出现了幽灵军团。为了收拾会场内的混乱，游星他们赶到幽灵军团那里。众人在那看到的是强迫场内的D轮手大混战的幽灵们。游星他们为了制止幽灵们为所欲为而加入大混战，但是……。

继沟口之后连雪莉也败给了幽灵军团，游星终于被幽灵军团追上了。在穷途末路的游星面前出现的是那个蒙面车手。游星受到车手引导而加速。可是，这时怒火冲天的普拉西多向着他俩追来了！！

游星加速同调成功了。召唤「流星龙」，对普拉西多的机皇帝反击。何塞和卢奇亚诺出现在胜利的游星面前。他们把自己的目的告诉游星。那目的究竟是……。

游星、雪莉、布鲁诺进入和太一有所联系的企业「永转机特快」。本想在那寻找情报，却怎么也找不到。游星他们为了进入戒备森严的区域，必须先潜入所长克拉克(クラーク)的房间找到钥匙，所以前往克拉克那里。终于，他们从克拉克房间找到钥匙，但没想到的是克拉克也回来了。必须为雪莉、布鲁诺争取时间的游星，在此向克拉克提出决斗。想不到，克拉克提出的方式是神经衰弱(记忆翻牌)决斗。游星到底会…。

游星他们为了探索太一的谜团而进了「永转机特快」。但在克拉克的阴谋下，被关在异次元传送装置「无限(インフィニティ)」里。游星他们尝试逃出，但机器完全失灵。就这样，他们飞往虫洞空间。到底游星他们能成功逃出吗？！

太阳队的战略竟是对第20回合解放1星怪兽就能召唤的最强怪兽「睡巨人咕咚」的召唤。虽然5D's队员察觉到了那个作战，可是防止不了召唤，「睡巨人 咕咚」终于被召唤了。尽管克罗用黑羽龙对抗，但是……。

游星VS哈拉尔德。游星采取巩固防御的作战。另一方面，哈拉尔德凌驾于其战略之上，一口气就召唤了第3神“极神圣帝奥丁”。使用奥丁的效果，哈拉尔德用3极神攻击，游星因而被逼入绝境，但他召唤救世星龙对抗。

游星打算反击的手段被哈拉尔德识破，反遭还击。勉强抵御了神攻击的游星成功加速同调，召唤流星龙。流星龙VS星界三极神。最后胜利会鹿死谁手……。

5D's队战胜了诸神黄昏队。漫长战斗的最后，世界疾走决斗大奖赛的决赛被决定是5D's队VS太一三皇帝何塞、普拉西多、卢奇亚诺他们新世界队。决赛前，新闻记者卡莉想要出5D's队的特集报道。

游星在与阿波利亚的决斗中胜利了。在漫长战斗的尽头，5D's队成为WRGP的第1届冠军。游星他们觉得赢了绝境就守住新童实野市的和平了。然而，突然之间，天空破裂，弧线摇篮出现。

雪莉说出看到游星来新童实野市上空出现的弧线摇篮会死这个未来的事。但是，游星为了守护城市，决心前往弧线摇篮。在诸神黄昏队的协助下发现通向弧线摇篮的入口的游星打算一人前往，不过…

游星作为进化的证明，让身为与同伴们的牵绊的5只同步怪兽同步，召唤了流天类星龙。游星把Z-ONE场上的怪兽全部破坏并步步紧逼，Z-ONE召唤“究极时械神赛菲隆”（究极时械神セフィロン）对抗。这时游星终于召唤出了星尘龙！

游星VS杰克最终战。终于与杰克的决斗有所了断，游星下定自己应走的道路的决心。同样地，杰克和克罗、秋、龙亚、龙可他们看了这场战斗，也决定了他们自己应走的道路。然后……