日常的に怪獣の脅威にさらされる日本。怪獣を討伐する「日本防衛隊」への入隊を目指していた日比野カフカは、夢をあきらめ怪獣専門清掃業で働いていた。防衛隊第3部隊隊長として活躍する幼馴染･亜白ミナとの、ともに怪獣と戦うという約束を想いやるせなさを感じる日々の中、カフカは、防衛隊員を志す後輩・市川レノと出会う。

謎の小型怪獣に寄生され自身も怪獣に変身してしまったカフカは、防衛隊に討伐されることを恐れ、レノと共に病院から逃走。その時、怪獣に襲われる親子を発見する。危険を顧みず怪獣に立ち向かうカフカは、渾身の力を込めて拳を振るう。

試験早々に実力差を見せつけられたカフカはレノの助けもあり再び立ち上がるが、キコルの活躍により最終審査は瞬く間に終了。受験生たちは、キコルのすさまじい戦闘力に圧倒されるのみだった。そんな中、突如試験会場内に謎の怪獣が出現。不測の事態に、会場は混乱に陥る。

突如出現した謎の人型怪獣は容赦なくレノと伊春を攻撃。致命傷を負った伊春をかばいながら、レノは果敢に立ち向かっていく。選抜試験の際に同じ怪獣に会敵していたキコルからの情報を頼りにレノは辛うじて食らいついていくが、徐々に追い詰められていく。

第３部隊の面々がカフカ助命のために奔走する一方、有明りんかい基地では怪獣８号と功の死闘が続いていた。大怪獣の力を自在に操る功は、かつて防衛隊史上最強と謳われた実力をいかんなく発揮するが、カフカによるコントロールを失い暴走した怪獣８号は肉体の損傷も顧みない攻撃で反撃。無慈悲な攻撃が功を追い詰めていく。